자료상으로부터 수취한 세금계산서의 매입세액불공제 처분 당부

1. 청구인의 2003년 귀속 종합소득세에 관한 청구부분은 각하한다.

2. ○○○세무서장이 2008.3.17. 청구인에게 한 2003년 제2기분 부가가치세 9,530,060원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2003.6.10. 개업하여 ○○○이라는 상호로 박스 제조 및 포장디자인을 영위한 사업자로서, 거래상대방인 ○○○로부터 2003년 제2기 공급가액 5,809만원 상당의 매입세금계산서 6매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부 받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았고, 2003년 귀속 종합소득세 신고시 동 금액을 필요경비로 산입하였다.
• 나. 처분청은 ○○○의 자료상혐의자 조사결과에 따라 통보한 과세자료에 의하여 ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공의 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제하고 매입액을 필요경비에 불산입하여 2008.3.17. 청구인에게 2003년 제2기분 부가가치세 9,530,060원을, 2008.5.9. 2003년 귀속 종합소득세 5,345,040원을 각 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.26. 이의신청(부가가치세)을 거쳐 2008.9.29. 이 건 심판청구(부가가치세 및 종합소득세)를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2003년 6월 사업초기 ○○○ 사장 최○○○이 자신이 투자한 박스제조 회사인 ○○○를 소개하면서 투자대금 회수관계로 일부대금을 최○○○에게 결제하여 줄 것을 요구하여 매입대금 일부를 최○○○에게 지급한 사실이 있고, ○○○로부터 믹서기 및 장판 등의 박스를 구입하여 포장 디자인을 거쳐 ○○○(주) 등에 납품하였다. 청구인은 2003년 제2기 매입액 70,777천원, 매출액 90,410천원을 신고하였으며, ○○○로부터 제품 박스를 전체 매입액의 82%인 58,096천원 상당을 공급받은 것으로 신고하였고, 사업초기 자금이 어려운 관계로 매출처인 ○○○(주) 등에서 외상매출금이 입금된 다음, 바로 매입대금을 ○○○와 실투자자인 최○○○에게 계좌이체로 결제하였다. 처분청은 최○○○이 ○○○와 사업자 등록사항이나 근로소득 지급 현황 등 아무런 연관관계가 없다고 하였으나, 청구인이 문답서에서 ○○○ 최○○○으로부터 ○○○를 소개받았다고 진술한 바 있고, ○○○이 ○○○의 매출처로서 연관관계가 없다는 처분청의 판단은 확대 해석한 것이며, 처분청은 정확한 금융자료를 요구하나 일반 영세 소상공인의 대금지급 결제는 처분청이 요구하는 수준에 이르지 못하는 것이 현실이다. 처분청은 쟁점세금계산서를 가공매입세금계산서로 보았으나, 동 매입액을 제외하면 박스 제조·도·소매업종에서 12,681천원의 매입으로 90,410천원의 매출을 달성하는 것이 되어 납득하기 어려운 점과 ○○○도 쟁점세금계산서상의 공급가액을 매출액으로 신고한 점, ○○○의 업종, 취급품목 연관성 등으로 볼 때 이 건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 거래처인 ○○○는 자료상 확정자로 2007.8.28. ○○○세무서장으로부터 부분자료상으로 고발당하였고, 청구인이 현금지급을 주장하여 ○○○의 통장을 확인한 바, 729만원 이외에 대금을 수령한 증빙이 확인되지 아니하여 계좌 이체된 729만원은 자료에 대한 수수료로 판단되고, 최○○○에게 송금한 내역은 거래처 ○○○가 아닌 타인에게 송금한 것이므로 매입세액 등을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 청구인이 공제받은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 과세한 처분의 당부

② 본안심리 대상인지 여부(종합소득세 심판청구기간 경과여부)

• 나. 관련 법령

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 국세기본법 제68조 【청구기간】

① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003년 제2기 거래상대방인 ○○○로부터 2003년 제2기 공급가액 5,809만원 상당의 쟁점세금계산서를 교부 받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제받았고, 2003년 귀속 종합소득세 신고시 동 금액을 필요경비로 산입하였으나, 처분청은 ○○○로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 가공의 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 불공제하고 매입액을 필요경비에 불산입하여 2008.3.17. 청구인에게 2003년 2기분 부가가치세 9,530,060원을, 2008.5.9. 2003년 귀속 종합소득세 5,345,040원을 각 고지한 사실이 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 ○○○로부터 믹서기 및 장판 등의 박스를 구입하여 포장 디자인을 거쳐 ○○○(주) 등에 납품하였고, 매입대금을 ○○○ 및 실 투자자인 최○○○에게 계좌이체하였다고 주장한다. (나) ○○○ 자료상조사 종결복명서에 의하면, ○○○는 부가가치율 과다로 조사대상자로 선정되었으며, 대표자 김○○○는 정상거래를 주장하나, 관련증빙을 제시하지 못하고 있어 2003년 제2기 과세기간에는 매출액의 65%를 가공거래로 확정하는 등 아래 표와 같이 조사한 사실이 확인된다.○○○ 또한, ○○○세무서장은 청구인이 쟁점세금계산서상의 공급대가를 지급함에 있어 현금지급을 주장하나, 청구인이 ○○○와 관계가 명확하지 아니한 최○○○에게 지급한 금액이 물품대금인지 알 수 없고, 청구인이 ○○○ 계좌로 이체한 729만원 이외에는 대금을 지급한 증빙이 없으므로 ○○○의 계좌로 이체된 대금은 가공자료에 대한 수수료로 판단하였다. (다) 청구인은 2003년 6월 사업초기 ○○○ 사장 최○○○이 자신이 투자한 박스제조 회사인 ○○○를 소개하면서 투자대금 회수관계로 일부대금을 최○○○에게 결제하여 줄 것을 요구하여 매입대금 일부를 최○○○에게 지급한 사실이 있고, 사업초기 자금이 어려운 관계로 주요 매출처에서 납품대금이 입금되면 당일 내지 그 다음날 바로 쟁점세금계산서상의 매입대금을 지급하였다고 주장하며 제출한 금융거래내역서의 매출액 및 매입액의 입·출금 내역은 아래 표와 같이 나타난다.○○○ 청구인의 계좌거래 내역에 의하면, 청구인의 계좌에서 2003.7.24.~2004.2.5. 3회에 걸쳐 ○○○ 계좌로 729만원이 이체되었고, 2003.9.17.~2004.2.20. 5회에 걸쳐 5,324만원이 최○○○의 ○○○ 계좌로 이체된 사실이 확인된다. (라) 청구인이 2003년 제2기 과세기간동안 ○○○로부터 쟁점세금계산서를 아래 표와 같이 발급받아 부가가치세 신고시 매입세액 공제를 받았으며, ○○○는 청구인에게 쟁점세금계산서를 발급하고 부가가치세 신고시 매출처별세금합계표에 5매(2003.12.30.분은 누락) 5,476만원(공급가액)만 신고한 사실이 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다. ○○○ (마) 청구인이 2003년 제2기 매입 및 매출관련 부가가치세 신고 현황은 아래와 같이 나타난다.○○○ (바) 청구인이 ○○○와 동업관계인 최○○○에게 쟁점세금계산서상의 매입대금을 지급하였다고 주장하나, ○○○와 최○○○과의 관계는 객관적인 자료에 의하여 확인되지 아니하며, 청구인은 최○○○과의 거래실적이 없는 것으로 나타난다. 청구인은 2003.6.10. ○○○이라는 상호로 제조업(박스) 및 서비스업(포장디자인)을 영위하다가 2007.5.4. 폐업하였으며, ○○○(대표자 최○○○)은 1996.5.19. 도소매업(주방, 가전기기)을 영위하다가 2005.4.15. 폐업한 사실이 국세청 사업자자료에 의하여 확인된다. 청구인이 제출한 인우보증서에 의하면, ○○○는 거래처인 최○○○과 동업관계인 ○○○로부터 거래처 알선을 요청 받아 청구인을 소개해 주었고, 청구인에게 박스 디자인 및 박스 납품을 요청하여 청구인이 디자인한 박스를 제조업체인 ○○○로부터 납품받았다고 진술하고 있다. (사) 살피건대, 처분청은 청구인이 ○○○에 송금한 금액을 조사청의 조사내용과 같이 수수료인 것으로 보아 매입세액을 불공제하였으나, ○○○가 자료상으로 확정되어 고발되었다 하더라도 청구인의 쟁점세금계산서와 관련된 2003년 제2기에는 매출액 9억7,962만원 중 6억3,684만원이 가공으로 확정(가공비율 65%)된 점, 청구인이 매출처인 ○○○에게 세금계산서를 발급하고 매출 대금을 입금받아 ○○○와 최○○○에게 송금한 점, 청구인은 최○○○과 거래가 발생하지 아니한 점, 청구인의 매출처인 ○○○(주) 관리팀장이 청구인이 디자인한 박스를 ○○○로부터 납품받았다고 사실 확인하고 있는 점, 청구인은 2003.6월에 개업한 신규사업자로서 쟁점세금계산서가 전체 매입액의 82%에 해당하는 점 등을 종합하여 보면, 청구인이 교부받은 쟁점세금계산서는 실지거래에 따라 교부받은 매입세금계산서로 보이므로 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 2008.5.6. 청구인○○○에게 2003년 귀속 종합소득세 5,345,040원을 고지하였고, 경비원 김○○○이 수령하였으며, 청구인은 2008.9.25. 처분청에 심판청구서를 등기로 발송하여 심판청구를 제기하였다. (나) 국세기본법 제68조 제1항 에서 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하도록 규정하고 있다. (다) 종합소득세의 경우, 청구인은 고지서를 수령한 2008.5.9.로부터 90일 이내인 2008.8.7.까지 심판청구를 제기하였어야 하나, 2008.9.25.에 처분청에 등기로 접수한 것이 확인되므로, 결국 청구인이 제기한 종합소득세에 대한 심판청구는 심판청구 기간을 경과한 부적합한 심판청구로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.