주무관청에 등록되지 아니한 종교단체로 보아 고유목적사업준비금을 손금불산입한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 주무관청인 문화관광부에 등록되지 아니한 비영리법인(종교법인)으로서 1979.6.1. 0000시 00구 0동 306-4 토지 177㎡를 취득하고 1993.5.11. 건물 197.37㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2007.1.30. 00000주식회사에 양도하고 2007사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산 양도에 따른 고정자산처분이익에대하여고 유목적사업준비금7억1,795만원을 손금산입하고 과세표준을 1,624,590,721원으로 하여 법인세과세표준 신고를 하고 세액 394,299,640원을 자진납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 법인세법 시행령제36조 제1항에 의한 주무관청에 등록된 단체에 해당하지 아니한다고 보아 고유목적사업준비 금 7억1,795만원을 손금불산입하고 자산처분이익 과소신고액 102,045,018원을 익금산입한 후, 신고납부불성실가산세 23,907,505원을 추가하여 2008.7.11. 청구인에게 2007사업연도 법인세 230,782,280원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2005.4.8. 법인으로 사업자등록증을 교부받았고, 처분청이 청구인에게 법인으로 사업자등록증을 교부한 것은 처분청이 청구인을 법인으로 보는 단체로 승인한 것으로 보아야 하며, 처분청은 청구인이 주무관청에 등록되지 아니하였다 하여 고유목적사업준비금을 손금불산입하고 법인세를 경정고지 하였으나, 법인으로 보는 단체인 교회, 노회, 총회 등이 은행이자 지급 및 부동산을 양도하는 경우 고유목적준비금이 설정되지 아니하면 많은 세금을 부담하게 되는 결과를 초래하게 되는 바, 과세관청에서 기부금 공제를 적용하는 경우에는 법인세법상의 규정을 적용하면서, 주무관청에 등록 여부를 가리는 경우에는 다른 법령을 적용하여 고유목적사업준비금의 설정을 배제하는 것은 모순이므로 청구인에 대한 법인세 과세처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 법인으로 보는 단체에 해당되나,법인세법 시행령 제36조 규정에 의한 주무관청에 등록된 사실이 없으므로 고유목적사업준비금 손금산입대상인 비영리법인으로 볼 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 2007사업연도 부동산 양도에 따른 고정자산처분이익에 대하여 처분청이 고유목적사업준비금 7억1,795만원을 손금불산입하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인을 법인세법 시행령제36조 제1항 제1호 마목 규정에 의한 “종교의 보급 및 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 해당하는 것으로 보아 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)

2. 소득세법 제17조 제1항 제1호 ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 항번개정) (2) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31. 개정)

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31. 개정) ☞ 구법은 제36조 제1항 제1호 및 제2호에 해당하는 법인(구법→개정 전)

2. (삭제, 2001. 12. 31.)

3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31. 개정) 제36조【지정기부금의 범위】① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998. 12. 31. 개정)

1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (2001. 12. 31. 개정)

• 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998. 12. 31. 개정)

2. 다음 각목의 기부금(1998. 12. 31. 개정)

• 다. 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익목적으로 지출하는 기부금으로서 재정경제부령이 정하는 기부금 (2001. 12. 31. 개정)
• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 법인세법 시행령제36조 제1항 규정에 의한 주무관청에 등록된 단체에 해당하지 아니한다고 보아 고유목적사업준비금 7억1,795만원을 손금불산입하여 법인세 등을 과세하였으며, 이에 대해 청구인은 법인으로 사업자등록증을 교부받았고, 이는 처분청에서 법인으로 보는 단체를 승인한 것으로 보아야 함에도, 처분청이 주무관청에 등록되지 아니하였다 하여 고유목적사업준비금을 손금불산입하고 법인세를 경정고지 하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 본다.

(1) 청구인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하였으나 주무관청에 등록되지 아니한 단체로서, 처분청으로부터 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 비영리법인으로 사업자등록을 하였다. (2)법인세법제29조 제1항, 법인세법 시행령제56조 제1항 및 제36조 제1항 제1호 마목 등의 규정에 의하면, 법인으로 보는 비영리법인의 경우, 2001사업연도 이전까지는 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 대상법인의 범위에 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 단체를 포함하고 있어, 주무관청에 등록되지 아니한 종교단체도 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있었으나, 2001.12.31. 법률 제6558호 등에 의한 위 법령의 개정으로 2002.1.1.이후는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체”에 한하여 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있도록 그 대상을 제한적으로 규정하였다.

(3) 이 건 과세처분 경위를 보면, 청구인은 쟁점부동산을 2007사업연도에 양도하고 2007사업연도 법인세 신고시 쟁점부동산 양도에 따른 고정자산처분이익에 대해 고유목적사업준비금을 손금산입하여 과세표준을 신고하였으며, 처분청은 청구인이 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 주무관청에 등록된 종교단체에 해당하지 아니한다하여 고유목적사업준비금을 손금불산입하여 이 건 과세하였음이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(4) 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙제4조(설립허가) 제2항의 규정에 의하면, “주무관청은 법인설립허가신청을 받을 때에는 법인설립허가증을 신청인에게 교부하고 법인설립허가대장에 필요한 사항을 기재하여야 한다”라고 규정되어 있는 바, 청구인은 위 규정에 의하여 주무관청에 비영리법인의 설립허가를 신청하여야 하나, 주무관청에 의하여 등재․관리되고 있음을 입증할 수 있는 관련 증빙은 전혀 제시하지 못하고 있다.

(5) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합해 보면, 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인의 경우 법인세법 시행령제56조 제1항에서 규정하는 단체에 한하여 같은 법 제29조(고유목적사업준비 금의 손금산입)의 규정을 적용받는 것(재정경제부 법인-279, 2006.4.11. 같은 뜻)인 바, 청구인은 법인으로 보는 단체에 해당하는 종교법인에는 해당되나 주무관청에 등록된 사실이 없고, 단지 원천징수 등 납세편의를 위한 비영리법인의 사업자등록을 교부받은 사실만으로는 청구인을 위 법령에 의해 등록된 단체로 인정하기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청에서 청구인이 주무관청에 등록되지 아니하였다 하여 위 규정에 의한 비영리법인에 해당하지 아니하는 것으로 보아 고유목적사업준비금을 손금불산입하고 법인세를 경정고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.