면세사업과 관련한 매입세액으로 공제 받지 못하여 부가가치세를 과세할 경우 그 세액의 손금산입 시기

○○세무서장은 2008.7.4. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 26,320,900원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 청구법인은 아파트 등 주택신축판매업을 영위하는 법인으로, ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 74 소재 ○○○○1차 아파트(국민주택 규모 주택 포함 총 421세대) 건설공사와 관련하여 수취한 세금계산서의 매입세액 2005년 제2기 100,000,000원, 2006년 제1기 16,210,021원, 2006년 제2기 15,606,776원(이하 “공통매입세액”이라 한다)을 과세․면세 사업비율에 따라 안분계산하지 않고 전부 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 공통매입세액 중 사업비율(면세사업 비율 81.5%)에 의하여 안분계산한 면세사업 관련 매입세액 2005년 제2기 81,500,000원, 2006년 제1기 12,414,737원, 2006년 제2기 11,368,879원(이하 “면세사업 관련 매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 불공제하여 2007.9.6. 청구법인의 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하였다(2007년 제2기 부가가치세 환급금으로 충당하여 추가고지는 하지 아니하였다).
• 다. 청구법인은 2008.4.7. 면세사업 관련 매입세액을 2005사업연도 및 2006사업연도 손금에 산입하여 2006사업연도 법인세 과세표준과 세액의 경정(환급)을 구하였다.
• 라. 처분청은 “공제받은 매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 불공제되어 부가가치세를 추징당하는 경우 그 세액은 고지일이 속하는 사업여도(2007사업연도)의 손금에 산입”하는 것이라며 2008.7.4. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 법인세법 제40조 는 “각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있어 이 건 매입세액불공제분 부가가치세의 경우 그 손금이 확정된 2005사업연도와 2006사업연도의 손금으로 귀속됨에도 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 부가가치세법시행령 제61조 규정에 의하여 매입세액을 과세사업과 면세사업분으로 구분하여 면세사업분 매입세액은 매입세액을 불공제하며, 매입세액이 불공제되어 부가가치세를 추징당하는 경우에는 가산세를 제외한 금액은 고지일이 속하는 연도에 필요경비로 산입되는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 타당하다.

• 가. 쟁 점 면세사업과 관련한 매입세액으로서 공제받지 못하여 부가가치세를 추징당하는 경우 그 세액의 손금산입 시기
• 나. 관련법령

○ 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】 다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제57조에 규정하는 외국법인세액을 포함한다) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액을 제외한다)

○ 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은 2005년 제2기 내지 2006년 제2기 과세기간의 면세사업 관련 매입세액을 과세사업 관련 매입세액과 구분하지 않고 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 처분청은 2007.9.6. 면세사업 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 청구법인의 부가가치세를 경정하였다. 청구법인은 동 면세사업 관련 매입세액을 2005사업연도 및 2006사업연도 손금에 산입하는 것으로 법인세 과세표준과 세액의 경정을 구하였으나 처분청은 이를 거부하였다. (2)청구법인은 이 건 매입세액불공제분 부가가치세의 경우 그 손금이 확정된 2005사업연도와 2006사업연도의 손금으로 귀속되어야 한다고 주장한다. (3)살피건대, 부가가치세 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제받지 못하기 때문에 손금에 산입되는 것이며, 그 손금의 귀속시기는 당해 손금 관련 매입채무가 확정된 사업연도가 되는 것이므로 이 건 면세사업 관련 매입세액 중 2005년 제1기분 2005사업연도, 2006년 제1기 내지 제2기분은 2006사업연도의 손금에 산입하여 각 법인세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다. (4)따라서, 처분청이 부가가치세 면세 관련 매입세액을 부가가치세가 고지된 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하는 것이라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.