당해 부과처분 효력 다툼에 있어 부과제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금 공제를 주장할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○시 ○○○구 ○○동 366-2 소재 “○○○전문점”을 2004.4.24.부터 2004.12.31.까지 운영하였으며, 2003년도에 주식회사 동남○○○○(이하 “동남○○○○”라 한다)로부터 공급가액 109,120천원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2003년 귀속 종합소득세 신고시 공급가액을 필요경비에 산입하였다.
• 나. 처분청은 동남○○○○에 대하여 자료상 조사를 실시한 결과, 쟁잼세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액을 필요경비 불산입하여 2008.4.25. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 59,934,070원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 쟁점세금계산서에 대하여 필요경비를 부인한 이 건 2003년 귀속분의 과세근거에 대하여는 다투지 아니하고, 직전년도인 2002년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비 불산입한 재료비 160,823,477원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 필요경비에 산입하고, 이를 이월결손금으로 재계산하여 2003년 귀속 종합소득금액을 재산정하여야 한다는 주장을 내용으로 2008.7.1. 이의신청을 거쳐 2008.9.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점① 관련 2002년 귀속분에 대한 경정청구기한(3년) 및 부과제척기한(5년)이 도과되었다고 하더라도, 법인세와 소득세 모두 기간과세 구조로 되어 있고 이월결손금 공제를 허용하고 있어 두 세목을 달리 볼 이유가 없는 바, 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었거나 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장은 다시 할 수 있는 것이므로(대법원 2007.7.12. 선고, 2005두12701 판결), 이 건 관련 2002년에 발생한 결손금은 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액 결정시 사업소득금액에서 이월결손금으로 공제하는 것이 타당하다.

(2) 쟁점② 관련 청구인이 당초 2002년 귀속 종합소득세 신고시 올바르게 세무조정을 하지 아니하고 종합소득세를 신고 ․ 납부한 책임은 있으나, 이는 은행대출 및 세무조사 대상자 선정 등을 감안하여 종합소득세를 조금이라도 납부하기 위한 관행화된 필요경비 불산입에 해당하며, 계정별 원장상 재료비는 482,673,968원이고, 이는 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 제출한 계정별 원장, 계산서 및 세금계산서에 의하여 확인되고, 쟁점금액은 2002년도에 실제로 재료를 구입하여 식당에서 영업용으로 사용한 것이므로 이는 필요경비에 산입되어야 하고, 따라서 쟁점금액을 포함한 필요경비가 당해연도 수입금액을 초과하여 결손금이 발생하였으므로 이를 2003년 귀속 종합소득세 경정시 이월결손금으로 공제하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점① 관련 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고 기한은 2003.5.31.이고, 국세기본법 제45조의2 (경정 등의 청구) 제1항에서 규정하는 경정청구기간인 2년 이내에 청구인이 경정청구를 한 사실이 없으며, 같은 법 제26조의2(국세부과의 제척기간) 제1항 제3호에서 규정하는 부과제척기간인 5년이 만료되어 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 납세의무는 당초 신고내용대로 확정되어 그 과세표준이나 세액을 변경시킬 수는 없으므로 이 건 심판청구는 같은 법 제55조(불복)에서 규정하는 불복청구의 대상이 될 수 없다.

(2) 쟁점② 관련 청구인은 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 세무대리인이 아무런 이유없이 정당하게 지급한 재료비 상당의 쟁점금액을 필요경비 불산입하였다고 주장하나, 필요경비 불산입한 것에 대한 합리적인 이유를 발견할 수 없고, 오히려 청구인이 제시하고 있는 쟁점금액 관련 세금계산서 등이 가공자료이기 때문에 세무대리인이 필요경비 불산입하였거나, 당기에 매출누락금액이 있어서 그에 대응되는 재료비 등을 필요경비 불산입하였을 가능성도 배제할 수 없는 것인 바, 청구인이 이 건 과세처분을 받고서야 직전 귀속년도의 소득금액을 재계산하여야 한다고 주장하는 것은 국세기본법 제15조 에서 규정하는 신의 ․ 성실의 원칙에도 위배되는 것으로서 청구주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁점 2003년도에 교부받은 세금계산서의 공급가액을 필요경비 불산입하여 2003년 귀속 종합소득세를 경정 ․ 고지한 처분에 대하여 청구인이 2002년 귀속 종합소득세 신고시 필요경비 불산입하였다는 재료비를 이월결손금으로 재계산할 수 있는지 여부에 있어서,

① 2002년 귀속 종합소득세 신고분에 대한 경정청구기간 도과로 심판청구대상이 아닌지 여부

② 2002년 귀속분 재료비(쟁점금액)를 필요경비로 보아 이월결손금을 재계산할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제15조 【신의 ․ 성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제22조 【납세의무의 확정】

① 국세는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

○ 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

○ 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 국세기본법(2003.12.30. 법률 제7008호로 개정되기 전의 것) 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

○ 국세기본법(2005.7.13. 법률 제7582호로 개정된 것) 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

○ 국세기본법(2005.7.13. 법률 제7582호) 부칙 ② 【경정 등의 청구에 관한 경과조치】 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따른 기간이 경과하지 아니한 결정 또는 경정의 청구에 관하여는 제45조의2 제1항의 개정규정을 적용한다.

○ 국세기본법 시행령(2005.5.31. 대통령령 제18849호로 개정되기 전의 것) 제10조의2 【납세의무의 확정】 법 제22조 제1항에 규정하는 당해 세법에 의한 절차에 따라 그 세액이 확정되는 때는 다음 각호와 같다.

1. 소득세 ․ 법인세 ․ 부가가치세 ․ 특별소비세 ․ 주세 ․ 증권거래세 ․ 교육세 또는 교통세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때. 다만, 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법(2003.7.30. 법률 제6958호로 개정되기 전의 것) 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액 ․ 사업소득금액 ․ 일시재산소득금액 ․ 기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

○ 소득세법(2003.7.30. 법률 제6958호로 개정되기 전의 것) 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】

① 사업소득이 있는 거주자가 비치 ․ 기장한 장부에 의하여 당해연도의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금(당해연도에 속하는 필요경비가 당해연도에 속하는 총수입금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다)은 당해연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 부동산임대소득금액 ․ 근로소득금액 ․ 일시재산소득금액 ․ 연금소득금액 ․ 기타소득금액 ․ 이자소득금액 ․ 배당소득금액에서 순차로 공제한다.

② 부동산임대소득 또는 산림소득이 있는 거주자가 비치 ․ 기장한 장부에 의하여 당해연도의 소득별 소득금액을 계산함에 있어 발생하는 소득별 결손금과 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금으로서 제1항의 규정에 의하여 당해연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 공제하고 남은 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)은 당해 이월결손금이 발생한 연도의 종료일부터 5년내에 종료하는 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 먼저 발생한 연도의 이월결손금부터 순차로 당해 소득별로 이를 공제한다.

③ 제2항의 규정은 당해연도의 소득금액을 추계결정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재 ․ 지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계결정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법(2003.7.30. 법률 제6958호로 개정되기 전의 것) 제70조 【종합소득 과세표준확정신고】

① 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의한 신고를 “종합소득 과세표준확정신고”라 한다.

○ 소득세법 시행령(2003.6.30. 대통령령 제18044호로 개정되기 전의 것) 제101조 【결손금의 통산과 이월결손금의 공제】

① 법 제45조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 결손금은 당해 사업자의 소득별 소득금액계산시 당해연도에 속하거나 속하게 될 필요경비가 당해연도에 속하거나 속하게 될 총수입금액을 초과하는 경우의 그 초과금액을 말한다.

② 법 제45조 제2항의 규정에 의한 이월결손금(법 제26조 제2항의 규정에 의하여 자산수증익 또는 채무면제익으로 충당된 이월결손금은 제외한다)의 공제는 다음 각호에 의한다.

1. 사업소득에서 발생한 이월결손금은 사업소득금액, 부동산임대소득금액, 근로소득금액, 일시재산소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순차로 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여, 청구인의 이 건 심판청구가 국세기본법상 불복대상으로서 본안심리 대상인지 여부에 대하여 본다. (가) 이 건 심판청구에 대하여, 처분청은 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고분에 대한 경정청구기간(2년) 및 국세부과의 제척기간(5년)이 만료되었으므로 청구인의 납세의무가 이미 확정된 바, 이 건은 심판청구대상이 아니라는 의견이나, 각 사업연도의 법인소득금액을 계산함에 있어서, 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사 ․ 결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 그 확정된 과세처분과는 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있고(대법원 2003두13212, 2004.6.11., 같은 뜻), 이에 따라, 처분청도 부과 제척기간이 경과한 사업연도의 이월결손금이 과다계상된 것에 대하여 세무상 적정하게 계산된 이월결손금으로 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 법인소득금액을 재산정하여 그 과세표준이나 세액을 경정할 수 있는 바(국심 2007서3165, 2008.3.20. 같은 뜻), 이 건의 경우와 같이, 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 확정신고분에 대한 경정청구기간(2년)이 도과하여 더 이상 당해 귀속분의 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 이와는 별개인 2003년 귀속분에 대한 종합소득세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 소득세법 의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 다시 할 수 있는 것으로 봄이 타당하다고 할 것이므로, 이 건 심판청구는 국세기본법상 심판청구대상인 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②와 관련하여, 쟁점금액을 2002년 귀속분 재료비로서 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 과세표준 산정시 필요경비에 산입할 수 있는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구인의 2002년 귀속 종합소득세 신고 및 청구주장 내역은 아래 <표 1>과 같다. <표 1 > 2002년 귀속 종합소득세 신고 및 청구주장 내역 (단위: 원) 구분 수입금액 필요경비 필요경비 불산입 소득금액 납부세액 합계 재료비 신고(a) 674,762,401 612,504,485 186,090,682 160,823,477 62,257,916 12,717,945 청구주장(b) 674,762,401 773,327,962 25,267,205 0 -98,565,561 472,233 차액(a-b) 0 -160,823,477 160,823,477 160,823,477 160,823,477 12,245,612 (나) 청구인은 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 필요경비 불산입한 금액 186,090,682원 중 재료비가 160,823,477원(쟁점금액)인 사실이 조정계산서 및 소득금액조정합계표에 의하여 확인되고, 2002년 장부상 재료비 482,673,968원에 대하여는 세금계산서 및 계산서에 의하여 확인되므로 쟁점금액은 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 본다.

1. 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 소득금액조정합계표상의 필요경비 불산입 내역은 아래 <표 2>와 같다. <표 2> 소득금액조정합계표상의 필요경비 불산입 내역(2002년) (단위: 원) 구분 잡손실 재료비 (쟁점금액) 매출 합계 금액 253,833 160,823,477 25,013,372 186,090,682

2. 2002년 귀속 손익계산서(2002.1.1. ~ 2002.12.31.)상의 매출원가 등의 내역은 아래 <표 3>과 같으며, 동 매출원가 482,673,968원은 계정별 원장(계정과목: 재료비)상으 합계액과 같은 것으로 나타나고, 당기재료비 매입액에 대하여는 세금계산서 및 계산서 등을 증빙으로 제출하였다. <표 3> 손익계산서상의 매출원가 등의 내역(2002년) (단위: 원) 구분 기초재료비 재고액 당기재료비 매입액 기말재료비 재고액 매출원가 금액 1,012,300 482,617,511 965,843 482,673,968 (다) 처분청은 이에 대하여, 청구인이 당초 신고시 쟁점금액 등을 필요경비 불산입한 것에 대한 합리적인 이유를 발견할 수 없고, 오히려 청구인이 제시하고 있는 쟁점금액 관련 세금계산서 등이 가공자료이기 때문에 세무대리인이 필요경비 불산입하였거나, 당기에 매출누락금액이 있어서 그에 대응되는 재료비 등을 필요경비 불산입하였을 가능성도 배제할 수 없으므로, 쟁점금액의 재료비는 필요경비로 인정할 수 없다는 의견이다. (라) 살피건대, 청구인이 당초 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고시 임의로 재료비를 필요경비 불산입한 합리적인 이유를 발견할 수 없고, 청구인이 주장하는 쟁점금액 관련 세금계산서 및 계산서 등이 가공자료이기 때문에 세무대리인이 필요경비 불산입하였거나, 당기에 매출누락금액이 있어서 그에 대응되는 재료비 등을 필요경비 불산입하였을 가능성을 배제할 수 없다는 처분청의 의견이 타당성이 있어 보이며, 2002년 귀속분에 대한 청구인의 장부상 계상액이 실제와 부합하는지 여부가 분명하지 아니한 바, 쟁점금액을 2002년 귀속 종합소득세 산정시 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로 인정하기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.