1세대 3주택 이상 보유자에 대한 장기보유특별공제 배제가 재산권을 침해당하였다는 주장의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1976.12.17. ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고 2007.1.11. 양도하였으며, 쟁점주택 양도일 현재 주택 6가구를 소유하고 있어, 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다 하여 60%의 중과 세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 처분청에 2008.5.31. 양도소득과세표준 확정신고 및 세액 891,954,430원을 자진납부하였다가, 1세대 3주택 이상 소유자에게 장기보유특별공제를 배제하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 이유로 처분청에 2008.7.23. 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 2008.8.25. 쟁점주택 양도당시 주택 6가구를 소유하고 있어 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다 하여 소득세법 제95조 제2항 규정에 의한 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 위 경정청구에 대해 거부처분하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택을 거주목적으로 1976.12.17. 취득하였고 실질적으로 가족들이 1989.6.9.까지 거주하였으며 청구인 소유의 주택들은 모두 13~33년 전에 취득한 주택으로서 그 당시 사회경제적인 여건이 원활하지 못하여 미분양아파트가 발생되었던 시기에 청구인이 근무하던 ○○○주식회사 ○○○에서 쟁점주택 단지에 골재를 납품하는 관계로 회사의 형편상 거절할 수 없는 상황에서 불가피하게 취득한 주택이며, 그 취득경위가 투기목적이 아니었음에도 불구하고 처분청에서 1세대 3주택자에 대해 60%의 중과 세율 적용과 장기보유특별공제를 배제한다는 세법을 신설하여 국민의 재산권을 부당하게 침해하였으며 쟁점주택의 양도소득은 양도당시에 일시에 형성된 것이 아니고, 청구인의 소유기간 중에 계속적으로 발생되거나 형성된 것이므로 새로운 법령 공포일 전에 형성된 소득에 대하여 새로운 법령을 소급하여 적용하는 것은 납세자의 신뢰이익을 현저하게 침해하고 법적안정성을 위태롭게 하는 법률행위이며, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하는 바, 합리적인 이유없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하여 우대하는 것은 허용되지 않는 것이 조세법의 원칙이라고 볼 때, 다른 자산을 과다하게 보유한 자는 중과세에서 제외하고 단지 주택을 다수 보유하고 있다 하여 취득사유 및 그 시기를 불문하고 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 것은 국가가 공권력을 남용하여 조세를 부과징수하는 것으로서 납세자의 기본적 생존권 및 조세평등권을 위협하는 부당한 권력행사이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택의 양도에 대해 취득당시 투기목적이 없었고 실제로 청구인의 가족들이 거주하다가 양도한 주택임에도 새로운 법을 신설하여 60%의 중과세 세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 소득세법 95조 제2항 에서 1세대 3주택 이상 주택 소유자 및 미등기전매자에 대하여는 60%의 중과 세율 적용과 동시에 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 규정하고 있고, 세법상 양도소득세에 관한 신설규정은 일반적으로 양도당시를 기준으로 적용하는 것이 타당하므로 취득당시 기준으로 투기목적이 없었다거나 실제로 청구인을 포함한 가족들이 쟁점주택에서 거주하였다 하여 위 규정의 적용을 배제할 수는 없는 것이므로 처분청이 위 규정을 근거로 장기보유특별공제를 배제하여 이 건 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 1세대 3주택의 양도에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 소득세법 제95조 제2항 의 개정규정(2003.12.31. 개정, 2004.1.1. 이후 양도분부터 적용)을 적용함에 있어, 2003.12.31. 이전에 취득하고, 개정일 이후 양도한 1세대 3주택 양도에 대하여 위 규정을 적용하는 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15[제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 면적기준 미만인 주택(이하 이 항에서 “기준면적 미만 고가주택”이라 한다)에 해당하는 경우에는 100분의 25]

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)양도소득과세표준의 100분의 60

양도소득과세표준의 100분의 70

○ 소득세법시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면
• 나. 이하생략

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도당시 쟁점주택을 포함하여 주택 6가구를 소유하고 있어 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다고 보아 소득세법 제95조 제2항 규정에 의한 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 청구인의 경정청구에 대해 거부처분하였으며, 이에 대해 청구인은 1세대 3주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제한다는 위 개정규정(2003.12.31. 개정, 2004.1.1. 이후 양도분부터 적용)을 2003.12.31. 이전에 취득한 1세대 3주택에 대하여도 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 주장인 바, 이에 대하여 본다.

(1) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점주택 양도일 현재 청구인은 아래와 같이 쟁점주택을 포함하여 주택 6가구를 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 심리자료에 의하면, 처분청은 쟁점주택 양도당시 시행되던 소득세법 제95조 제2항 규정(2003.12.31. 개정되어 2004.1.1. 이후 양도분부터 적용)에 의해 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택 이상 소유자에 해당한다고 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 청구인의 경정청구에 대해 거부처분한 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 위 거부처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 주장이나, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우, 그 효력발생 전에 종결한 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니므로, 법규 등의 변경으로 과거에는 과세대상이 되지 않던 것에 대하여 부과처분을 하게 되었다고 하여 헌법규정에 위반된 소급과세라거나 재산권의 부당한 침해라고 할 수 없다 하겠다.

(4) 따라서, 청구인이 쟁점주택을 취득할 당시에는 1세대 3주택 이상 소유자의 주택 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용하였다 하더라도 청구인의 쟁점주택 양도당시에는 2003.12.31. 개정된 소득세법 제95조 제2항 규정에 의한 1세대 3주택 이상 소유자에 해당하여 장기보유특별공제의 적용요건이 충족되지 아니한다 할 것이므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.