자료상혐의 사업자로부터 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2008.3.4. 청구인에게 한 2002년 1기 부가가치세 26,100,900원, 2002년 2기 부가가치세 13,329,000원, 2002사업연도 법인세 69,540,330원의 부과처분(대표자 상여처분 포함)은 이를 취소한다.

• 가. 청구인(이하 “청구법인”이라 한다)은 2000.6.10~2005.1.1.기간동안 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○번지 ○○딩 ○층에서 ‘화장장 소각로’ 기계설치 및 제작업을 주로 하는 법인으로, 2002년에 주식회사 ○○기계(○○○시 ○○구 ○○동 ○○○-○○번지 ○○딩 ○층, ‘화장장 소각로’ 설치업, 대표이사 송○○, 2002.1.9. 개업, 2003.12.31. 직권폐업, 이하 “○○기계”라 한다)로부터 세금계산서(공급가액 합계 172,820,820원)를 수취한 후, 세금계산서에 기재된 부가가치세 17,282,088원을 매입세액으로, 세금계산서에 기재된 공급가액 172,820,820원을 손금으로 계상하여 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 자료상혐의 사업자 ○○기계로부터 화장장 설치공사와 관련하여 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입(대표자 상여처분 포함)하여 2008.3.4. 청구법인에게 부가가치세 39,429,900원(2002년 1기 26,100,900원, 2002년 2기 13,329,000원), 2002사업연도 법인세 69,540,330원을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.24. 이의신청을 거쳐 2008.9.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 2005년 1월 경리직원의 사문서 위조 및 허위세금계산서 발급 등에 따른 사고로 인해 사업을 폐업함에 따라 세금관련 자료가 파기되어 이 건 거래가 실제 거래임을 규명하는데 한계가 있지만, ○○기계가 청구법인의 재하도급업체로서 ○○시립 화장장 설치공사와 관련하여 전기공사를 수행하면서 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입한 사실과 청구법인이 하도급업체로서 발주처인 (주)○○기공을 피보험자로 하여 ‘계약이행보증보험’에 가입한 점에 비추어, 청구법인과 ○○기계 간에 실제 하도급거래가 이루어졌음을 확인할 수 있다. 한편, 청구법인이 재하도급업체 ○○기계에 공사대금을 현금으로 지급하게 된 것은 청구법인의 발주처인 (주)○○기공이 화장장 설치공사에 따른 노무비 체임문제를 해결하고자 청구법인을 포함한 모든 하도급업체에 지급할 기성금에 대해 지정된 기성일에 모든 하도급업체 및 재하도급업체를 한 장소에 불러 모아 놓고 모두 현금으로 지급하도록 함에 따라 청구법인도 재하도급업체인 ○○기계에 지급할 기성금에 대해 중원기계를 포함한 재하도급업체를 한 장소에 불러 모아 놓고 ○○기계가 청구법인의 공사담당자 앞에서 현금으로 노임을 지급하도록 한 데 기인한다. 따라서, 처분청이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 이 건 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

○○기계가 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입하였다는 이유만으로 청구법인과 ○○기계 간에 하도급거래가 이루어졌다고 단정하기 어렵고, EH 청구법인이 발주처인 (주)○○기공의 입회하에 재하도급업체인 ○○에 지급할 공사대금을 현금으로 지급하였다고 주장하지만 발주처인 (주)○○기공의 공사담당자는 하도급업체와 재하도급업체와의 대금결제에 대해서는 재하도급 당사자 간의 문제로서 발주처가 관여할 문제가 아니라고 확인한 바 있고, 또 발주처인 (주)○○기공이 청구법인에게 지급한 최종 공사대금지급일은 2002년 6월인 반면, 청구법인이 ○○기계에 지급한 최공사대금지급일은 2002.12.26.로 나타나고 있어 발주처인 (주)○○기공의 입회하에 현금으로 하도급공사대금을 지급하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. 더욱이, 청구법인이 제시한 공사대금 입금표는 물론, 다른 거래처의 공사대금 입금표에 ○○기계의 직원 박

○○ 가 서명된 점에 비추어, 청구법인이 제시한 공사대금 입금표는 하도급거래에 대한 증빙으로 인정하기 어렵다. 따라서, 청구법인이 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

○○시립 화장장 설치공사와 관련하여 자료상혐의 사업자 ○○기계로부터 가공세금계산서를 수취한 경우로 보아 매입세액불공제 및 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령

○ 부가가치번세 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. (단서생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조제2항제1호의2 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 재하도급업체 ○○기계로부터 적법한 세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 청구법인이 발주처인 (주)○○기공을 피보험자로 하여 가입한 ‘계약이행보증보험’ 보험료 영수증, ○○기계가 청구법인을 피보험자로 하여 가입한 ‘근로자재해보장책임보험’ 보험료영수증, ○○기계가 청구법인으로부터 하도급 공사대금을 수령한 데 대한 ‘공사대급입금표’ 등을 제출하고 있는바, 그 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인이 2002.3.22. 서울○○보험(주)에 가입한 ‘계약이행보증보험’ 보험료 영수증에는 피보험자는 (주)○○기공, 보험기간은 2002.12.14~2002.4.30., 보험가입금액은 143,000,000원, 보험료는 737,020원으로 각각 기재되어 있다. (나) ○○기계가 2002.3.6. ○○화재해상보험(주)에 가입한 ‘근로자재해보장책임보험’ 보험료 영수증에는 피보험자는 청구법인, 보험기간은 2002.3.6.~2002.4.30., 보험가입기간과 관련한 공사금액은 187,000,000원, 적용노무비는 30,800,000원, 보험료는 242,300원으로 각각 기재되어 있다. (다) 청구법인이 심리자료로 제출한 청구법인의 매출장부에는 청구법인이 ○○시립 화장로 설치공사를 수행하고 (주)○○기공에 대한 매출금액 692,968,999원을 계상한 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 ○○기계로부터 수취한 세금계산서 및 ○○기계가 청구법인에게 교부한 공사대금 입금표 내역은 아래 <표>와 같다. 세금계산서 입금표 비고 거래일 공급가액 부가가치세 지급일 지급금액 2002.1.31 28,066,820원 2,806,688원 2002.2.28 38,873,508원 청구법인은 공사계약금 187,000,000원과 세금계산서 공급가액 172,820,820원과의 차액 14,179,180원은

○○기계의 미공사분으로서 이를 차감한 금액에 대한 세금계산서를 수취하였다고 주장함 2002.3.25 57,000,000원 5,700,000원 2002.4.3 62,700,000원 2002.4.4 27,754,000원 2,775,400원 2002.4.4 30,529,400원 2002.12.26 60,000,000원 6,000,000원 2002.12.26 66,000,000원 계 172,820,820원 17,282,088원 계 190,102,908원

(2) ○○○세무서장이 작성한 ‘○○기계에 대한 자료상혐의 조사서’(2006년 10월) 내용 중

○○기계의 매출처인 (주)○○○○○(청구법인)에 대한 조사 부분에는 (주)○○○○○의 대표이사 김○○이 박○○가 (주)○○로켄의 경리업무를 담당하면서 회사의 명판 등을 도용하여 허위세금계산서를 발행하였다고 진술하고 있고, 위 김○○이 박○○를 사문서 위조 등을 이유로 고소한 서류를 검토한 바 (주)○○플랜트와 ○○기계 간의 2002년 거래는 정상거래로 판단된다고 기재되어 있으며, ○○기계의 가공세금계산서 발행과 관련된 조사 부분에는 ○○기계가 2002~2003년에는 정상적으로 사업을 하였지만, 폐업(2003.12.31.)이후 2004년 2기에 실물거래 없이 가공세금계산서를 교부(공급가액 9억9천만원)한 데 대해 관할 경찰서에 고발조치한다고 기재되어있다.

(3) 청구법인의 대표이사 김

○○이 (주)○○로켄의 경리과장 박○○를 상대로 사기, 업무상횡령, 사문서위조, 조세범처벌법 위반 등을 이유로 고소한 사건에 대한 서울○○지방법원의 판결문(2006고단1065, 2006.10,11, 선고)에는 피고 박○○가 2004.4.2.경 ○○○○시 ○○구 ○○동 230-1번지 소재 (주)○○로켄 사무실에서...... 중간기재생략...... 사문서인 (주)○○○○○(청구법인) 대표이사 명의의 재직증명서 1매를 위조하였고, 또한 2004년 12월 말경 위 (주)○○로켄 사무실에서 ○○기계가 (주)○○로켄에 2004.6.30.경 150,000,000원, 합계 990,000,000원의 허위세금계산서를 발행 ․교부하는 등 조세범처벌법을 위반한 사실이 인정된다 하여 징역 1년 2월에 처한다고 기재되어 있다.

(4) 처분청의 청구법인에 대한 ‘부가가치세 및 법인세 조사서’(2008년 1월)에는 청구법인이

○○○세무서장이 자료상혐의 사업자로 고발한 ○○기계와 2002년 거래에 대해 해명안내문을 발송하였지만, 현재까지 반송․회신이 없는 것으로 보아 가공세금계산서를 수취한 것으로 판단된다 하여 이 건 매입세액불공제 및 손금불산입한 것으로 나타난다.

(5) 국세청 전산자료인 2002년 귀속 ‘근로소득 조회서’에는

○○기계의 직원 박태수가 ○○기계로부터 급여 5,500,000원을 지급받은 것으로 나타난다.

(6) 청구법인은 발주처인 (주)

○○기공으로부터 공사대금을 최종적으로 지급받은 날은 2002.6.26.이고, 청구법인이 재하도급업체 ○○기계에 최종적으로 공사대금을 지급한 날은 2002.12.26.이며, ○○기계에 대한 하도급 공사대금 최종지급일(2002.12.26.)이 계약이행보증보험의 만기일(2002.4.30.)보다 늦게 된 사정은 2002.4.4.까지 ○○기계의 하도급 공사대금 187,000,000원 중 3차 기성금 112,820,000원을 지급하였으나 설계변경으로 인해 중원기계의 공사 미수행분에 대한 삭감을 통보하였는데, ○○기계가 잔여기성금 74,180,000원 전체를 지불할 것을 요구하는 바람에 장기간 다툼이 계속되다가 2002년 12월초 미공사분 14,180,000원을 삭감하기로 합으하여 2002.12.26. 잔여기성금 60,000,000원으로 지급하게 된 것이라고 주장하고, 또한 처분청이 공사대금 입금표에 청구법인의 직원 박○○가 이 건 거래와 관련된 입금표는 물론, ○○정공 등 다른 거래처의 입금표에 서명․날인하게 된 것은 ○○시립 화장장 설치공사를 수행하면서 발주처인 (주)○○기공이 재하급업체의 노무비 체불에 대한 사고를 미연에 방지하고자 하도급업체에 노임직불 위임계약을 요구함에 따라 청구법인이 하도급업체의 노임금액을 발주처에 올리고 청구법인의 경리부가 노임지급대장에 재하도급업체의 조당을 받으면서 현장노무자에 대한 노임을 지급하게 서명․날인하게 된 것이라고 주장한다. (가) 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 2에서는 사업자가 교부받은 세금계산서 기재 내역 중 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 법인세법 제19조 및 동법 시행령 제19조 제1호에서는 법인의 사업과 관련된 지출로서 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입금액은 손금에 해당한다고 규정하고 있다. (나) 일반적으로 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 하겠지만, 세금곗나서를 발행한 사업자가 자료상혐의 사업자로 판명된 경우에는 세금계산서를 수취한 사업자가 실물거래가 이우어졌으믕ㄹ 적극적으로 입증하는 것이 바람직하다 할 것이다. (다) 살피건대, 이 건의 경우 처분청은 ○○기계가 청구법인을 피보험자로 하여 가입한 근로자재해보장책임보험에 가입하였다는 사정만으로 청구법인과 ○○기계간에 재하도급 공사계약이 이루어졌다고 단정하기 어렵다는 점, 청구법인의 발주처 (주)○○기공이 청구법인에게 지급한 최종공사대금지급일이 2002년 6월인 반면, 청구법인이 재하도급업체 ○○기계에 지급한 최종 공사대금지급일이 2002.12.26.로 나타나고 있는 점, ○○기계의 직원 박○○가 이건 공사대금 입금표는 물론 다른 하도급업체의 공사대금 입금표는 물론 다른 하도급업체의 공사대금 입금표에 서명 ․ 날인하고 있는 점을 이유로 청구법인이 ○○기계로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 경우로 보았지만, 첫째, 처분청의 이 건 과세근거가 된 ○○○세무서장의 중원기계에 대한 자료상 조사서에는 ○○기계가 2003.12.31. 직권 ․ 폐업된 후 2004년 2기 이후에 실물거래 없이 가공세금게산서를 발행한 데 대해 사법당국에 고발한 것으로 나타난 반면, 청구법인과 ○○기계 간의 2002년분 거래에 대해서는 정상거래로 판정한 것으로 나타난는 점, 둘째, 청구법인은 발주처인 (주)○○기공을 피보험자로 하여 ‘계약이행보증보험’에 가입하였고, 또 청구법인의 재하도급업체인 ○○기계는 청구법인을 피보험자로하여 공사현장에 투입되는 근로자에 대한 ‘근로자재해보장책임보험’에 가입한 것으로 나타나는 점, 셋째, 청구법인이 ○○기계에 최종적으로 하도급 공사대금을 지급한 날(2002.12.26.)이 발주처인 (주)○○기공의 청구법인에 대한 최종 공사대금지급일(2002.6.26.)보다 늦어지게 된 사정은 청구법인과 ○○기계 간에 설계변경에 따른 잔여기성금 다툼이 발생하여 잔여기성금을 지급하지 못하다가 2002년 12월 조에 당사자 간에 공사 미수행분 14,180,000원을 삭감하기로 합의함에 따라 나머지 잔여기성금 60,000,000원을 2002.12.26.에 지급한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 청구법인과 ○○기계간에는 하도급 공사계약이 이루어진 것으로 보인다. 그렇다면, 청구법인이 ○○기계로부터 수취한 세금계산서는 적법한 세금게산서에 해당한다 할 것이다.

(7) 따라서, 청구법인이 ○○기게로부터 실물거래 없이 가공세금겟나서를 수취한 경우로 보아 처분청이 관련 매입세액불공제 및 손금불산입(대표자 상여처분 포함)하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.