장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면

○○○세무서장이 2008.7.3. 청구인에게 한 2007년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 소재 토지 346.8㎡ 지상에 건물 681.54㎡을 신축하여 2005.5.25. 지분 4분의 1을 배우자 ○○○에게 증여한 후 2007.10.15. ○○○과 함께 양도하고 2007.12.28. 청구인 지분 4분의 3(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 양도소득세를 예정신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2008.5.8. 쟁점부동산이조세특례제한법제97조에서 규정하고 있는 장기임대주택에 해당하므로 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여야 한다는 경정청구를 하였고, 처분청은 2008.7.3. 청구인이 임대를 개시한 날로부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 주택임대신고서를 제출하지 아니하여 조세특례제한법 제97조 제3항 및 동법 시행령 제97조 제3항의 요건을 충족하지 못하였다 하여 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 국민주택 규모의 다가구주택 14가구를 신축한 후 5년 이상 임대하여 조세특례제한법제97조에서 정하고 있는 장기임대주택에 대한 양도소득세 50% 감면 요건을 충족하였고, 2002년부터 2007년까지 임대사업자로 등록하여 종합소득세를 납부하였음에도 임대를 개시한 날로부터 3개월 이내에 관할세무서장에게 주택임대신고서를 제출하는 행정적 절차를 이행하지 아니하였다는 이유만으로 감면을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제97조 제1항 의 규정에 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 주택임대에 관한 사항을 주택의 임대를 개시한 날로부터 3월 이내에 관할세무서장에게 제출하도록 되어 있으나, 청구인은 주택임대신고서를 제출하지 아니하고 2003.6.9. 주택임대에 대한 사업자등록만 신청하여 조세특례제한법제97조 제3항 및 동법 시행령 제97조 제3항의 요건을 충족하지 못하였으므로 장기임대주택에 대한 양도소득세 50% 감면 적용을 배제하여 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점부동산의 임대에 관한 사항(주택임대신고서)을 임대개시일로부터 3월 이내에 관할 세무서장에게 제출하지 아니하였다 하여조세특례제한법제97조의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1998.2.18. ○○○ 지상에 철근콘크리트조 평스라브지붕 다가구용 단독주택 14가구(1층 4가구, 2층 4가구, 3층 3가구, 지하 3가구)를 신축으로 소유권 보존등기하였다가 2005.5.23. 지분 4분의 1을 배우자에게 증여하였으며 2007.10.15. 청구인 지분 4분의 3(쟁점부동산)과 배우자 지분 4분의 1을 함께 양도하였음이 등기부등본으로 확인된다.

(2) 청구인은 배우자에게 증여한 지분 4분의 1을 제외한 쟁점부동산에 대하여 1세대 2주택에 해당하는 부동산으로 보아 2007.12.28. 양도소득세를 신고납부하였다가 쟁점부동산이조세특례제한법제97조의 장기임대주택에 해당한다는 이유로 2008.5.8. 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하여 달라는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2008.7.3. 이를 거부하였다.

(3) 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이유를 보면, 청구인은 1998.2.6. 지하 1층 지상 3층의 다가구용 단독주택을 신축하여 총 19가구를 임대하였음이 임대차계약서 및 임차인의 주민등록정보로 확인되어조세특례제한법제97조 제1항의 요건을 충족하나, 주택의 임대에 관한 사항을 임대개시일로부터 3월 이내에 관할세무서장에게 제출하지 아니하였고, 다만 주택임대 사업자등록을 2003.6.9. 관할세무서장에게 신청함으로써 조세특례제한법제97조 제3항 및 동법 시행령 제97조 제3항의 요건을 충족하지 못하였다는 사유로 경정청구를 거부하였음이 처분청의 ‘양도소득세 경정청구 검토서’로 확인된다.

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점부동산이 1998.2.18. 신축된 다가구주택으로서 조세특례제한법제97조 및 동법 시행령 제97조에서 규정하고 있는 5호 이상 주택이 5년 이상 임대된 사실에 대하여는 이견이 없는 반면, 동법 제97조 제3항 및 동법 시행령 제97조 제3항에서 규정한 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 처분청에 제출하지 아니하였으므로 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 처분청에 사업자등록 및 주택임대신고를 하지 아니한 경우에도 당시 조세특례제한법제97조의 규정에 의한 감면주택은 임대주택법상 임대사업자 등록 또는 관할 세무서에 사업자등록을 필요적 요건으로 하지 아니하므로 쟁점부동산에 대하여는 조세특례제한법제97조에서 규정한 5년 이상 임대한 장기임대주택으로 보아 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 할 것이다○○○. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.