양도한 아파트가 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면적용 대상인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.3.17. 서울특별시 OO구 OO동 OO아파트 101-OOO(이하 “쟁점①아파트”라 한다), 1997.3.19. 서울특별시 OO구 OO동 OO아파트 304-OOO(이하 “쟁점②아파트라 하고, 쟁점①아파트를 포함하여 이하 ”쟁점아파트“라 한다)를 각 취득하여, 1998.7.22. 쟁점아파트를 포함한 5호 이상의 주택에 대하여 장기 임대주택 사업자등록을 하였으나, 위 임대주택 5호중에서 2호를 양도한 이후에 1호의 주택을 다시 취득 ․ 임대하여 2000.12.31. 현재 4호의 주택만 임대하였다. 2001.1. 이후 청구인은 2호의 주택을 추가로 취득 ․ 임대하여 쟁점아파트를 포함 5호 이상을 5년 이상 임대한 후인 2008.7.28 쟁점①아파트를, 2008.10.6. 쟁점②아파트를 양도하고, 조세특례제한법제97조 및 같은 법 시행령 제97조에 의하여 양도소득세 50%를 세액감면신청하면서 양도소득세 예정신고납부를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점아파트가 2000.12.31 현재 4호만 임대하여 조세특례제한법제97조 및 같은 법 시행령 제97조에 규정하고 있는 감면요건이 충족되지 않은 것으로 보아 위 세액감면신청을 배제하고 2009.5.18. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 16,257,230원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법 시행령제97조 제5항 제4호를 보면, ‘5호 이상의 주택을 계속 임대하여야 한다’라고 규정하고 있지 아니하고, ‘5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니한다’라고 규정되어 있는 바, 5호이상의 주택을 임대한 전 후의 기간을 합산할 수 있도록 규정되어 있다. 따라서, 쟁점아파트는 1986.1.1. 이후 신축된 국민주택으로서 청구인은 1988.1.1. 임대를 개시하여 5호 이상의 주택을 임대한 기간이 7년 10월(1989.1~1996.6., 2002.3.~2008.7.)이므로 장기임대주택에 대한 양도소득세 50% 감면규정을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제97조를 보면, 2000.12.31. 이전에 5호 이상의 주택 임대를 개시하여 5년 이상 임대를 한 임대주택에 한하여 양도소득세를 50% 감면하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 5호의 주택을 임대를 하였으나 2000.12.31. 현재에는 4호의 주택만 임대를 하고 있어 양도소득세 50% 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트를 양도한 경우, 쟁점아파트가 조세특례제한법제97조에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면적용 대상인지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】①대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택중 1995년 1월 1일이후 취득 및 임대를 개시하여 5년이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】④법 제97조제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본

5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서"주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것

• 다. 사실관계 조사

(1) 이 건의 사실관계는 위 1. 사실관계 및 처분개요와 같다.

(2) 청구인은 쟁점아파트는 1986.1.1.이후 신축된 국민주택으로서 1988.1.1. 임대를 개시하여 5호 이상의 주택을 임대한 기간이 7년 10월(1989.1. ~ 1999.6., 2002.3. ~ 2008.7.)이므로 양도소득세 50% 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법제97조 규정에 의한 양도소득세의 감면은 거주자가 동조 제1항 각호의 1에 해당하는 5호 이상의 국민주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 적용되는 것이며, 이를 적용함에 있어 2000.1.1.이후추가로 취득하여 임대를 개시한 주택은 동조 제1항의 임대주택에 해당하지 아니하는 것이다. 따라서, 청구인이 2001.1.1 이후 추가로 취득하여 임대를 개시한 주택을 포함하여 5호 이상의 주택을 5년 이상의 임대기간을 계산한 후 장기임대주택에 대한 양도소득세의 50%를 감면하라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.