재건축사업시행기간 중에 조합원입주권으로 주택을 취득한 경우 이를 대체주택을 취득한 경우로 볼 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2008.9.8. 청구인에게 한 2007년 귀속 농어촌특별세 69,228,170원(이후 42,266,060원으로 경정됨)의 부과처분은, 청구인이 2007.7.3. 양도한 ○○○를 1세대 1주택 비과세대상인 고가주택으로 보고 양도소득세 산출세액 및 감면세액을 산출하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2007.7.3. ○○○호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1,090,000,000원에 양도하고 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세대상인 재건축사업시행기간 중에 취득한 대체주택의 양도에 해당한다고 하여 6억원을 초과하는 부분에 대하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택이 1세대 2주택에 해당한다고 보고 장기보유특별공제를 배제하고 50%의 세율을 적용하여 2007.12.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 120,178,450원을 추가로 경정고지(이하 “당초처분”이라 한다)하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.13. 이의신청을 거쳐 2008.7.24. 이 건 심판청구를 제기하였다.
• 라. 한편, 청구인은 이 건 심판청구와 별도로 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 의 3 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 신축주택 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 양도소득세 전액을 감면해 줄 것을 처분청에 시정요구하였고, 처분청은 2008.9.8. 쟁점주택이 위 조세특례제한법에서 정한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택에 해당한다고 하여 양도소득세는 전액 감면하는 것으로 재경정하였으나, 청구인의 1세대 1주택 비과세 주장은 받아들이지 아니하고 양도소득세 산출세액 및 감면세액을 산출하여 당초처분에는 없었던 농어촌특별세 69,228,170원(이후 42,266,060원으로 경정)을 결정고지하였다.
• 마. 이에 청구인은 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세대상에 해당하므로 6억원까지는 비과세를 적용하고 6억원을 초과하는 양도소득금액에 대하여만 양도소득세 산출세액 및 감면세액을 계산하고 이에 따라 농어촌특별세를 산출하여야 한다고 하여 2008.12.3. 우리 원에 심판청구취지를 변경하여 제출하였다.

• 가. 청구인 주장 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 ① 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년이상 거주하고, ② 주택재건축사업으로 취득하는 재건축주택이 완성된 후 1년이내에 그 주택으로 세대전원이 이사하여 1년 이상 거주하고, ③ 주택재건축사업으로 취득하는 재건축주택이 완성된 후 1년 이내에 대체주택을 양도하면 그 대체주택은 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하고 1세대 1주택으로 보아 비과세하도록 규정하고 있는데, 청구인의 쟁점주택 양도는 위 비과세 요건을 충족하는 대체주택의 양도에 해당하는 것이다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제89조 제2항 의 단서 및 소득세법 시행령 제156조 의 2 제5항은 “그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(대체주택)을 취득한 경우”라고 규정하고 있어 비과세되는 주택의 범위를 기존주택의 재건축·재개발 중에 부득이하게 취득한 “주택”으로 한정하고 있는 바, 이 건의 경우 기존주택의 취득 이전에 이미 부동산을 취득할 수 있는 권리 즉 분양권을 승계취득한 것으로 소득세법 제89조 제2항 의 단서 및 같은 법 시행령 제156조의 2 제5항의 규정에 의한 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용할 수 없다고 판단된다.

• 가. 쟁 점 재건축사업시행기간 중에 조합원입주권으로 주택을 취득한 경우 이를 대체주택을 취득한 경우로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

○ 소득세법시행령 제156조 의 2 【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 동조 동항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 대체주택을 양도할 것

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.(각호 생략)

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득과세표준 세율(이하 생략) 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50

○ 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 1 조세특례제한법·관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면세액(괄호생략) 100분의 20

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택을 재건축한 양지아파트재건축조합은 2000.12.26. ○○○으로부터 재건축사업계획승인을 받았고, 청구인은 2001.7.31. 쟁점주택을 취득할 수 있는 권리인 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 승계취득하였으며, ○○○은 2003.12.24. 재건축아파트 사용승인을 받았고, 청구인은 ○○○의 조합원으로서 쟁점주택을 취득하여 2004.3.29. 쟁점주택의 소유권보존등기를 경료한 사실이 등기부등본, 건축물대장, 입주권 매매계약서 및 처분청 심리자료 등에 나타난다.

(2) 청구인의 배우자 ○○○는 2003.4.9. ○○○(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 취득하여 거주하다가 쟁점외주택의 재건축사업이 시행되었고, 쟁점외주택 재건축조합인 ○○○은 2003.6.30. 서울특별시 ○○○으로부터 재건축사업계획승인을 받았고 2007.3.27. 재건축아파트 사용승인을 득하였으며, ○○○는 ○○○의 조합원으로서 쟁점외주택의 재건축주택(○○○)을 취득하여 2007.8.1. 소유권보존등기를 경료한 사실이 등기부등본, 건축물대장 및 처분청 심리자료 등에 나타난다.

(3) 청구인 세대는 2003.4.9. 쟁점외주택에 이사하여 거주하다가 쟁점외주택의 재건축사업시행기간(2003.6.30.~2007.3.27.) 중인 2004.3.26. 세대원 전원이 쟁점주택에 입주하여 2007.4.25.까지 약 3년 1개월 거주하였으며, 쟁점외주택이 재건축되고 1년이내인 2007.4.25. 쟁점외주택의 재건축주택에 세대원 전원이 이사하여 2008.11.17. 현재까지 1년이상 거주하고 있는 사실이 주민등록표 및 처분청 심리자료 등에 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점외주택의 재건축주택이 완성된 후 1년이내인 2007.7.3. 쟁점주택을 1,090,000,000원에 양도한 사실이 부동산매매계약서, 등기부등본에 나타나며, 청구인 세대는 쟁점주택 양도일 현재 쟁점외주택 외에 다른 주택을 보유한 사실은 없는 것으로 처분청 심리자료에 나타난다. (5) 소득세법 시행령 제156조 의 2 제5항에 의하면, 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 대체주택을 취득한 경우로서 ① 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것, ② 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것, ③ 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 대체주택을 양도할 것의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 제154조 제1항 (1세대 1주택 비과세)의 규정을 적용하도록 규정하고 있는 바, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 취득한 시기는 쟁점입주권을 취득한 2001.7.31.이므로 쟁점외주택의 재건축사업시행인가일 이후에 대체주택을 취득한 경우에 해당하지 아니한다는 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 주택재건축사업조합원(승계조합원 포함)이 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택의 취득시기는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의거 사용검사필증교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)로 하는 것이므로(○○○, 2007.4.12.외 다수 같은 뜻임), 청구인이 쟁점주택을 취득한 시기는 쟁점입주권을 취득한 때가 아니라 ○○○이 쟁점주택의 사용승인을 받은 때라고 할 것이다. (나) 청구인은 2001.7.31. 쟁점주택을 취득할 수 있는 권리인 조합원입주권을 승계취득하였으나 위에서 살펴본 바와 같이 쟁점주택의 취득시기는 사용승인일인 2003.12.24.이고, 쟁점외주택의 재건축사업시행기간은 2003.6.30.(사업계획승인일)부터 2007.3.27.(사용승인일)까지 이므로, 청구인은 쟁점외주택의 재건축사업시행기간 중에 대체주택인 쟁점주택을 취득한 사실이 인정된다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 청구인 세대는 쟁점외주택의 재건축사업시행기간 중에 대체주택인 쟁점주택을 취득하였고, 소득세법 시행령 제156조 의 2 제5항에 규정된 대체주택에서의 1년이상 거주요건, 재건축주택 완성 후 세대 전원이 1년 이내 이사 및 재건축주택에서 1년 이상 거주요건, 재건축주택 완성 전 또는 완성 후 1년 이내 대체주택 양도요건 등 여타의 비과세요건을 충족한 것으로 나타나고 있으므로, 청구인의 쟁점주택 양도는 소득세법 시행령 제156조 의 2 제5항에서 정한 1세대 1주택 비과세요건을 충족하고 있다고 판단된다. 따라서 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여 비과세 적용을 배제하고 양도소득세 산출세액 및 감면세액을 산출하여 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.