주택을 장기임대주택으로 보아 1세대 3주택에서 제외할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.12.6. ○○도 ○○시장에게 임대 주택법 제6조 의 규정에 의하여 임대사업자로 등록하였고, 2006.6.1. ○○○세무서장에게 소득세법 제168조 의 규정에 의하여 사업자등록을 한 임대사업자로서, ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호(59.97㎡, 이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 1999.12.24. 취득하여 2007.9.10. 양도하고, ○○도 ○○시 ○○동 ○○-○○ ○○아파트 ○○동 ○○호(59.39㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1999.12.18. 취득하여 2007.10.5. 양도한 후 장기임대주택 또는 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로 하여 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 또는 제97조의 2 제2항에 따라 2007.11.30. 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점외주택 및 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제97조, 제97조의 2, 제98조, 제99조의 감면대상에 해당하지 아니하고 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호의 1세대 3주택 이상자 중과세 제외대상에도 해당하지 않는 것으로 보아 청구인이 신청한 양도소득세 감면신청을 배제하고 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 60%의 세율을 적용하여 2008.5.15. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 60,976,000원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.12. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항의 규정에 의해 1세대 3주택 중과세 제외대상인 장기임대주택에 해당하기 위해서는 ① 기존사업자기준일(2003.10.29.) 현재 2호이상의 임대주택을 임대하고 있는 거주자가 5년이상 임대한 주택, ② 양도당시 국민주택규모이하로서 기준시가가 3억원을 초과하지 아니하는 주택, ③ 2003.10.29. 이전에 임대 주택법 제6조 에 따라 시⋅군⋅구에 임대사업자로 등록, ④ 2004.6.30.까지 소득세법 제168조 에 따라 사업자등록이라는 요건을 충족하여야 하는 바, 청구인의 경우 장기임대주택 요건 중 위의 ① 내지 ③의 요건은 충족하지만 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 개업일을 1999.12.6.로 하여 2006.6.1.자로 등록하였기에 ④의 요건을 충족하지 못하고 있다. 그러나 다주택자에 대한 중과세는 주택에 대한 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수함으로써 부동산시장의 안정과 과세형평을 도모하기 위한 목적으로, 1세대 3주택자의 중과적용 법시행일(2004.1.1.)이전부터 건설경기의 침체 등 외환위기를 거쳐오면서 미분양된 주택의 분양활성화를 위해 미분양주택 및 신축주택취득자에 대한 세제혜택을 부여하였고 청구인도 상기와 같은 미분양 신축주택 등을 취득하여 임대 주택법 제6조 의 규정에 의해 의정부시에 임대사업자등록을 하게 된 것이므로, 장기임대주택자에 대한 중과제외 취지에 비춰볼 때 2004.6.30.까지 사업자등록을 하지 아니하였다하여 60% 세율로 중과하는 것은 법취지에 비춰볼 때 잘못이 있다. 따라서 쟁점주택 양도에 대해서는 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항의 규정에 의해 3주택이상자에 대한 중과세율 적용을 배제하고 일반세율을 적용하여 결정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 단서규정에서 2003.10.29. 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 사업자등록을 하였으나 소득세법 제168조 의 규정에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30.까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제68조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정되어 있어 모든 임대사업자에게 경제적 선택의 기회를 부여하였으며, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 이상 법문 그대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유도 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 소득세법 시행령 제167조 의 3에서 규정한 동법 제168조의 사업자등록을 2004.6.30. 이후인 2006.6.1.에 등록하여 요건을 충족하지 아니한 쟁점주택은 장기임대주택으로 보지 않는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주택을 장기임대주택으로 보아 1세대 3주택에서 제외할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60

○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

○ 소득세법 시행령 제167조 의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등” 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

○ 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장·군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택을 1999.12.18. 취득하여 2007.10.5. 양도하고 장기임대주택 또는 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로 하여 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 또는 제97조의 2 제2항에 따라 양도소득세 감면신청을 하였으나, 처분청은 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제97조, 제97조의 2, 제98조, 제99조의 감면대상에 해당하지 아니하고 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호의 1세대 3주택 중과세 제외대상인 장기임대주택에도 해당하지 않는 것으로 보아 60%의 세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 1999.12.6. ○○도 ○○시장에게 임대 주택법 제6조 의 규정에 의하여 임대사업자로 등록하였고, 2006.6.1. ○○○세무서장에게 소득세법 제168조 의 규정에 의하여 사업자등록을 한 임대사업자로 나타나며, 쟁점주택 양도당시 쟁점주택 외 4채의 주택을 보유하고 있는 것으로 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인은 비록 2004.6.30.까지 소득세법 제168조 소정의 관할세무서장에 대한 사업자등록을 하지 아니하였지만, 1999.12.6. ○○시장에게 임대사업자등록을 하고 2호 이상의 주택을 5년 이상 임대하였으므로 장기임대주택에 대한 중과세 제외규정의 입법취지 등을 고려하여 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득산출세액은 일반세율을 적용하여야 한다고 주장한다.

(4) 살피건대, 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 나목에 의한 장기임대주택으로서 중과세 제외대상에 해당하기 위해서는, 2003.10.29. 이전에 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자등록(이하 “임대사업자등록”이라 한다)과 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 거주자가 소정의 요건을 갖추어야 하고 2003.10.19. 현재 임대사업자등록을 하였으나 사업자등록은 하지 아니한 자가 2004.6.30.까지 사업자등록을 하면 임대사업자등록일에 사업자등록을 한 것으로 소급하여 의제되는 것인 데, 청구인은 2006.6.1.에 가서야 사업자등록을 하였으므로 2003.10.29. 이전에 임대사업자등록과 사업자등록을 한 거주자에 해당하지 아니하는 것으로 나타나며, 1세대 3주택 중과세에서 제외하는 장기임대주택의 요건을 2003.10.29. 이전에 임대사업자등록과 사업자등록을 한 거주자로 한정하고 하고 있는 위 규정을 훈시규정이라고 보기는 어렵다 할 것이므로, 비록 청구인이 고양시장에게 임대주택법에 의한 임대사업자등록을 하고 5년이상 쟁점주택을 임대하였다고 하더라도 2003.10.19. 이전에 소득세법에 의한 사업자등록까지 마치지는 아니한 이상 1세대 3주택 중과세에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이다(○○○, 2007.9.13. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득산출세액 산정시 60%의 중과세율을 적용한 것은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.