요양기관 요양급여비용 청구를 대행하고 수수료를 징수한 경우 수익사업에 해당됨

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 의료법 제28조 에 의하여 설립된 사단법인으로서 2002년부터 국민보험 재정안정화 대책의 일환으로 제정된 국민건강보험 재정 건전화 특별법제10조(현행 국민건강보험법 제43조 제6항)에 근거하여 ○○○의원 등 요양기관의 요양급여비용 청구를 계속적으로 대행하고 일정한 수수료를 징수하였다.
• 나. 처분청은 2008.1.28.부터 2008.2.29.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과 청구법인이 요양급여비용의 청구를 대행하고 그 대가로 요양기관으로부터 받은 수수료가 법인세법 제3조 및 동법 시행령 제2조에 의하여 수익사업에서 생기는 소득에 해당한다고 보아 2008.5.13. 청구법인에게 법인세 2003사업연도 22,359,060원, 2004사업연도 47,882,580원, 2005사업연도 9,546,460원, 2006사업연도 25,107,020원, 합계 104,895,120원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 의료법제28조의 규정에 의하여 설립된 사단법인으로서 국민보건 향상을 위하여 치의학, ○○○의료 및 공중보건의 연구와 의도의 앙양 및 의권의 옹호, 회원간의 친목과 복지를 목적으로 설립되었고, 2002년부터 국민보험 재정안정화 대책의 일환으로 제정된 국민건강보험 재정 건전화 특별법제10조(현행 국민건강보험법 제43조 제6항)에 의하여 청구법인은 영세 ○○○의원 등을 돕고 환자의 정보유출방지를 위하여 요양기관(○○○의원 등)의 요양급여비용 청구를 대행하고 요양기관들로부터 실비변상적인 회비(청구금액의 4%)를 추가회비로 수령하였다. 청구법인은 보건복지가족부 ○○○의 규정에 의하여 요양급여비용청구 업무를 수행하기 위하여 소수인원(29명, 전원이 비정규직 성과급직원)을 임시 채용하여 사업이 완료될 때까지 운용할 목적으로 요양급여비용 청구팀을 구성하였고 회원들의 업무지원 목적의 요양급여청구팀은 국민보건 향상과 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 고령자 및 청구금액이 적은 영세 요양기관의 희망에 의하여 실비변상적인 회비만을 받고 본 사업을 꾸준히 수행하고 있으므로 이러한 수수료는 법인세법 제3조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제2조의 규정에 의하여 수익사업에 해당하지 아니하므로 이 건 법인세 과세는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2002년부터 관련법령에 의하여 요양기관(○○○의원 등)의 요양급여비용청구를 대행하고 요양기관들로부터 실비변상적인 회비를 수령하였으므로 수익사업이 아니라는 주장이나, 관련법령상 청구법인이 의무적으로 청구대행을 하여야 하는 것이 아니며, 비용 지출 후 적립금이 있다는 것으로 보아 실비 변상적 수입으로 볼 수 없고, 설령 실비 변상적이라 하더라도 업무 대행 수수료를 징수하므로 청구 법인의 보험료 대행청구 수수료를 수익사업으로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하

• 가. 쟁 점 청구법인이 요양급여 비용청구를 대행하고 받은 수수료 수익이 법인세법 제3조 및 동법 시행령 제2조 제1항 제6호에 규정하는 수익사업에서 제외하는 소득에 해 당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2008. 12. 26, 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제3조 【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. 소득세법 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익

3. 소득세법 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 법인세법 시행령 (2007.2.28, 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

6. 사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업 (3) 법인세법 시행규칙 제1조 【수익사업의 범위】 법인세법 시행령 제2조 제1항 본문의 규정에 의한 사업은 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당회수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다. (4) 국민건강보험법 제43조 【요양급여비용의 청구와 지급】① 요양기관은 요양급여비용의 지급을 공단에 청구할 수 있다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 심사청구는 이를 공단에 대한 요양급여청구로 본다.

⑥ 요양기관은 제2항의 규정에 따른 심사청구를 다음 각 호의 단체로 하여금 대행하게 할 수 있다.

1. 의료법제26조 제1항의 규정에 따른 의사회·치과의사회·한의사회·조산사회 또는 동조 제6항의 규정에 따라 신고한 각각의 지부 및 분회 (5) 의료법 (2006.10.27. 법률 제8067호로 개정된 것) 제26조 【중앙회와 그 지부】① 의사·치과의사·한의사·조산사 및 간호사는 대통령령이 정하는 바에 의하여 각각 전국적 조직을 가지는 의사회·치과의사회·한의사회·조산사회 및 간호사회(이하 “중앙회”라 한다)를 설립하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인세 과세경위를 보면, 처분청은 2008.1.28.부터 2008.2.29.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과 청구법인이 요양급여비용의 청구를 대행하고 그 대가로 요양기관으로부터 받은 수수료가 부가가치세법제12조에 의하여 면세사업에 해당하지 아니하며, 법인세법제3조 및 동법 시행령 제2조에 의하여 수익사업에서 생기는 소득에 해당한다고 보아 2008.5.13. 청구법인에게 2003년 제1기부터 2006년 제2기까지의 부가가치세 568,773,620원과 2003사업연도부터 2006사업연도까지의 법인세 104,895,120원을 경정결정한 후, 청구법인이 2008.8.20. ○○○에 요양기관의 요양급여비용 심사청구를 대행하는 용역의 부가가치세 면세여부에 대하여 질의한 결과 2008.12.16. 해당 용역이 부가가치세법제12조 제1항 제16호 규정에 따라 부가가치세가 면제된다고 회신(○○○ 2008.12.16.)됨에 따라 이를 근거로 처분청이 2009.2.2. 부가가치세 568,773,620원을 직권취소하였다.

(2) 청구법인에 대한 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 청구법인은 치과의사를 회원으로 하는 의료법제26조에 의하여 설립된 비영리 사단법인으로 치의신고 및 관련 정기간행물을 발행하고 있고 수익사업으로 치의신고의 광고료, 인증료, 학술대회 관련 행사, 실태조사 수입 등이 있으며, 2002년 10월부터 국민건강보험재정건전화특별법에 근거하여 청구법인 산하에 ‘요양급여비용 청구센터’를 설치하여 요양기관의 요양급여비용 청구를 대행한 후 수수료를 징수하면서 법인세를 신고하지 아니하였고, 2002년 10월부터 2006년 12월까지 ‘요양급여비용 청구센터’의 수입금액은 4,105백만원, 유보적립금은 485백만원에 이르는 사실이 나타난다.

(3) 청구법인의 정관 제2조에 의하면 국민보건 향상을 위하여 치의학, 치과의료 및 공중구강보건의 연구와 의도의 앙양 및 의권의 옹호, 회원간의 친목과 복지를 도모함을 목적으로 하며, 제6조에 의하면 보험업무에 관한 사항이 사업에 포함되어 있음이 나타난다.

(4) 국민건강보험법에 의한 의료보험사업을 수익사업에서 제외토록 규정한 법인세법 시행령제2조 제1항 제6호의 조문 연혁을 보면, 1978.4.24. ‘보험업에 있어서는 의료보험법에 의한 의료보험사업’을 수익사업에서 제외하는 것으로 신설된 이후 1998.12.30. ‘비생명보험업중 의료보험업 및 국민의료보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업’을 수익사업에서 제외하는 것으로 개정되었고, 2001.12.31. ‘비생명보험업중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업’을 수익사업에서 제외하는 것으로 개정된 후, 2006.2.9. ‘사회보장보험업중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업’을 수익사업에서 제외하는 것으로 개정되었음이 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2002년 10월부터 국민보험 재정안정화 대책의 일환으로 제정된 국민건강보험 재정 건전화 특별법제10조(현행 국민건강보험법 제43조 제6항)에 의하여 영세 ○○○의원을 대신하여 요양급여비용의 청구를 대행하고 있으므로 그 대가로 요양기관으로부터 받은 수수료는 법인세법 시행령제2조 제1항 제6호의 “사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업”에 해당하므로 수익사업에서 제외함이 타당하다는 주장이나, 동 규정은 1978.4.24. 의료보험법에 의한 의료보험사업을 수익사업에서 제외하는 것으로 신설되었다가 국민의료보험법에 의한 의료보험사업으로 개정된 후, 2001.12.31.국민건강보험법에 의한 의료보험사업으로 개정되는 등 동 규정의 ‘의료보험사업’은 국민건강보험법제12조 내지 제38조에서 규정하고 있는 국민건강보험공단의 의료보험사업을 뜻하는 것으로 보이므로 청구법인과 같이 요양급여비용의 청구를 대행하고 수수료를 받는 사업을 국민건강보험법에 의한 ‘의료보험사업에 해당하는 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 비록 법령에 근거하여 공익목적으로 청구대행사업을 한다고 하더라도 동 규정은 의무적으로 행하여야 하는 규정이 아닌 점, 동 사업에서 2002년 10월부터 2006년 12월까지 4,105백만원의 수익이 발생하고 청구법인의 고유목적사업과 구분하여 485백만원을 유보하고 있는 점 등으로 볼 때 이 건 청구법인의 요양급여비용의 청구를 대행하고 얻은 수수료 수익은 수익사업에서 제외하기 어렵다고 판단된다.

(6) 따라서, 처분청이 청구법인에 대하여 요양급여비용의 청구를 대행하고 그 대가로 받은 요양기관으로부터 받은 수수료가 법인세법제3조 및 동법 시행령 제2조에 의한 수익사업에서 생기는 소득에 해당한다고 보아 이 건 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.