등기부상 본점에 대한 임차료를 업무와 관련 없이 지출한 비용으로 보아 손금불산입 및 매입세액불공제한 처분

○○세무서장이 2008.1.10. 청구법인에게 한 별첨 명세 2002년 제2기~2007년 제1기분 부가가치세 25,803,610원의 부과처분은 취소하고, 별첨 명세 2002~2006사업 연도분 법인세 43,352,300원의 부과처분은 청구법인이 서울○○빌딩 115.703㎡, ○○빌딩 115.5㎡를 임차하여 지출한 임대보증금, 임차료 및 관리비를 업무와 관련하여 지출한 금액으로 보아 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 1998.8.25. ○○항공사가 국내대리점인 (주)○○에어에이젼시가 100% 출자하여 설립된 법인으로 주한미군 및 군무원을 상대로 항공권 판매 및 여행알선업을 주업으로 하고 있다. 처분청은 2007년 10월 청구법인에 대한 조사결과, 청구법인이 ○○시 ○○구 ○○동

○○번지 ○○빌딩 7층 면적 99㎡(이하 “○○사업장”이라 한다)를 사업장으로 하고 있음에도 설립시부터 2003.2.19.까지 ○○시 ○○구 ○○로 4가 ○○번지 ○○상공 회의소빌딩 면적 115.703㎡(이하 “쟁점(1)사업장”이라 한다), 2003.2.20.부터 현재 까지 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○○호 면적 115.5㎡(이하 “쟁점 (2)사업장”이라 하고, 쟁점(1), (2)사업장을 “쟁점사업장”이라 한다)를 임차하여 등기 부등본상 본점소재지로 하고 임차료를 지불하면서 실제는 모회사인 (주)○○에어에이젼시의 사업장으로 사용하였다 하여 2002년~2007년까지의 임차료 및 관리비 공급대가 201,301천원을 손금불산입하고 부가가치세 매입세액을 불공제하는 한편 임대보증금 15,960천원~17,500천원을 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자계산하여 익금산입하는 등 2008.1.10. 청구법인에게 별첨 명세 2002년 제2기~2007년 제1기분 부가가치세 25,803,610원 및 2002~2006사업연도분 법인세 43,352,300원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.4.4. 이의신청을 거쳐 2008.8.5. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○항공사의 항공권판매 등 (주)○○에어에이젼시와 사업상 밀접한 관계가 있어 업무의 공유와 효율성 및 이익의 극대화를 위하여 부득이 (주)○○에어 에이젼시 사업장과 같은 소재지에 쟁점사업장을 설치하였다. 청구법인과 (주)○○에어에이젼시는 대표이사, 전무, 이사 등 경영진이 동일하고, 쟁점사업장에서 청구법인의 의사결정, 결재, 이사회개최, 문서보관, 내방객 접대, 수도권에 위치한 미군부대 문서수발 등 청구법인의 업무와 관련하여 사용하였음에도 일반직원이 쟁점사업장에 근무하지 않았다는 사유로 임대료 등을 업무무관지출로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 ○○사업장에서 전직원들이 근무하면서 모든 영업행위를 하였고, 쟁점 사업장은 (주)○○에어에이젼시의 회의실로 사용되었으며, 이사회개최도 ○○사업장 에서 한 것으로 나타나므로 쟁점사업장에 대한 임대료 등을 청구법인의 업무무관지출로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인 등기부상 본점에 대한 임차료를 업무와 관련 없이 지출한 비용으로 보아 손금불산입 및 부가가치세 매입세액불공제하고 임대보증금을 인정이자계산하여 익금 산입한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

○ 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령 령이 정하는 것

○ 법인세법시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산.(단서 생략)

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산.(단서 생략)

○ 법인세법시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

① 법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주 등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 (주)○○에어에이젼시의 사업장에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1998.8.25. 설립하면서 (주)○○에어에이젼시 사업장(378㎡)이 소재한

○○상공회의소 같은 층에 쟁점(1)사업장(115.703㎡)을 임차하여 본점으로 하고 (주)○○에어에이젼시 사업장과 칸막이 없이 트여있는 공간으로 사용하다 2000.12.9. ○○사업장(99㎡)을 지점으로 설치하면서 청구법인의 직원 11명 모두 ○○사업장으로 근무지를 이전하였으며 대표이사 및 임원 2인은 종전의 (주)○○에어에이젼시 사업장과 쟁점(1)사업장이 트여있는 공간에서 계속 근무하였다. (나) (주)○○에어에이젼시 사업장이 2003.2.22. ○○빌딩 301호(429㎡)로 이전할 당시에 청구법인 본점도 2003.2.20. 같은 빌딩 302호(115.5㎡)에 쟁점(2)사업장을 임차하여 이전하고 종전과 같이 (주)○○에어에이젼시 사업장과 트여있는 공간으로 사용하고 대표이사 및 임원 2인도 그 곳에서 근무하였으며 도보로 5분거리에 있는

○○사업장은 지점으로 계속 사용하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 2002년~2006년에 쟁점사업장을 직접사용하지 않았다 하여 청구법인이 납부한 임차료 및 관리비를 업무와 관련없이 지출한 비용으로 보아 손금불산입하고 부가가치세 매입세액불공제하는 한편 임대보증금으로 지급한 15,960천원~17,500천원을 업무무관 가지급금으로 보아 인정이자 계산하여 익금산입하였다.

(3) 청구법인이 쟁점사업장에 대한 임대보증금, 임차료 및 관리비로 지출한 금액이 업무와 관련 없이 지출하였는지 살펴본다. (가) 청구법인의 설립경위를 보면, 1998.8.25. 설립 이전에는 ○○항공사 국내대리점 모회사 (주)○○에어에이젼시에서 주한미군 및 군무원에게 ○○항공사 항공권 등을 판매하였으나, ○○군과 당국에서 ○○미군과 군무원들을 상대로 하는 항공권판매 영업을 하나의 대리점에 배정하기로 함에 따라 ○○항공사는 ○○항공사 및 ○○ 항공사와 공동대리점을 설치하여 영업을 하게 되었고, 다만 ○○항공사는 미군측의 예약시스템(worldspan)으로는 자신의 항공권을 사용할 수 없어 부득이 전세계 공통 으로 사용하는 LATA(국제항공협회) 발행 항공권을 사용하기로 하고, LATA 가입은 여행사만이 가입하여 항공권을 분출받을 수 있기 때문에 이에 따라 청구법인(여행사) 을 설립한 것으로 청구법인 제시자료에 나타난다. (나) 청구법인은 ○○부대의 영내에서 ○○항공사의 항공권을 판매하고 판매실적 등을 ○○항공사 국내 대리점인 (주)○○에어에이젼시에게 보고하고 통제를 받으며, 청구법인이 수령하는 ○○부대로부터의 우편물 및 항공권을 쟁점사업장에서 수취 하고, 각종 서류 등도 쟁점사업장에서 보관하고 있는 것으로 청구법인 제시 사진에서 확인된다. (다) 청구법인의 임원(대표이사 유○○, 전무 정○○, 이사 김○○)은 (주)○○에어에이젼시의 임원을 겸임하고 있음이 등기부등본 및 재직증명에서 확인되고, 임원들의 근무장소는 (주)○○에어에이젼시 및 쟁점사업장 소재지이며, 청구법인 직원들은 임원들로부터 서류 결재를 득하기 위하여 ○○사업장(지점)에서 쟁점사업장 (본점) 소재지를 방문하여 결재를 받았음이 청구법인의 지출결의서 등에서 확인된다. (라) (주)○○에어에이젼시 및 쟁점사업장 입구 안내데스크 전면에는 ○○라는 상호를 크게 부착하였으나, 엘리베이터 옆 3층 안내판에는 청구법인의 명칭도 있는 것으로 나타난다. (마) 청구법인의 이사회 회의록에 ○○사업장을 본점으로 한 회의록 2건이 있으나

○○사업장에는 입구 전면에 안내창구가 설치되어 있고, 직원들 근무장소 이외에는 별도의 회의실이 없으며, 청구법인의 다른 회의록 13건에는 쟁점사업장을 본점으로 한 회의록임이 확인된다. (바) (주)○○에어에이젼시와 청구법인간 2001년~2006사업연도 중 매출액 및 당기 순이익을 비교해 보면, (주)○○에어에이젼시는 매출액이 5,234백만원 내지 10,510백만원, 당기순이익은 417백만원 내지 555백만원인 반면, 청구법인은 매출 액이 1,894백만원 내지 2,522백만원, 당기순이익은 9백만원 내지 41백만원인 것으로 나타나 청구법인이 쟁점사업장의 임대보증금, 임차료 및 관리비를 부담한 것이 (주)○○에어에이젼시 및 청구법인 전체의 소득금액을 줄이기 위한 것으로는 볼 수 없다.

(4) 이상의 관련법령 및 사실관계를 종합해 보면, 청구법인과 모회사인 (주)○○에어 에이젼시는 ○○항공사 항공권 판매 등 사업상 밀접한 관계가 있고, 대표이사 및 임원도 동일하여 청구법인은 (주)○○에어에이젼시와 같은 건물에 본점을 설치할 필요가 있고, 본점(쟁점사업장)에서 청구법인의 의사결정, 결재, 이사회개최, 문서보관, 수도권 소재 미군부대 문서수발 등 업무를 수행하였음이 청구법인 제시자료 에서 확인되는 점에 비추어 쟁점사업장은 청구법인의 업무와 관련하여 임차한 사업 장으로 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점사업장 임차를 위하여 청구법인이 지출한 임차료 및 관리비를 업무무관지출로 보아 손금불산입 및 부가가치세 매입세액불공제하고 임대보증금을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자계산하여 익금산입한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [붙임] 부가가치세 및 법인세 고지내역 (단위: 원) 부가가치세 법인세 과세기간 세액 사업연도 세액 2002.2기 4,133,160 2002.1.1~12.31 12,049,360 2003.1기 3,078,960 2003.1.1~12.31 8,240,860 2003.2기 2,656,070 2004.1기 2,480,010 2004.1.1~12.31 7,438,820 2004.2기 2,398,880 2005.1기 2,313,370 2005.1.1~12.31 9,845,330 2005.2기 2,226,420 2006.1기 2,236,060 2006.1.1~12.31 5,777,930 2006.2기 2,163,510 2007.1기 2,117,170 계 25,803,610 계 43,352,300