자료상행위자로부터 세금계산서 수취사실이 확인되므로 매입세액 불공제 처분은 적법함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 OO구 OO동 569-21에서 통신기기 및 단말기 제조업을 영위하는 법인인 바, 주식회사 OO텔레콤(이하 󰡒거래 상대방󰡓이라 한다)과 2001년 제2기에 2,327,340,000원의 매출거래 및 2,048,199,000원의 매입거래를, 2002년 제1기에 1,828,459,000원의 매출거래 및 1,351,663,000원의 매입거래(이하 󰡒쟁점거래󰡓라 한다)를 한 후, 그에 따를 매입 ․ 매출세금계산서를 수취 ․ 교부하고 해당기 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 OO세무서장으로부터 쟁점거래가 가공거래라는 사실을 통보받고 해당기 매입 ․ 매출을 모두 부인하여, 2008.1.9. 청구인에게 2001년 제2기 부가가치세 59,596,680원 및 2002년 제1기 부가가치세 15,922,830원 합계 75,519,510원을 경정 ․ 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.27. 이의신청을 거쳐 2008.7.18. 심판청구를 제기를 하였다.

• 가. 청구법인 주장 처분청은 국세기본법상 서류보존기간인 5년이 지난 후에 청구인에 대한 아무런 조사 없이 단순히 거래상대방의 다른 거래가 가공거래였다는 이유만으로 쟁점거래 역시 가공거래라 추정하여 이 건 과세처분을 하였는 바, 이는 근거과세원칙에 반하는 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 2006.7월 경 이 건 거래에 관한 소명자료 제출을 청구인에게 요구하였으나 이에 응하지 아니하였고, 자료상혐의자와의 거래가 실제거래인지 여부에 관한 입증책임은 청구인에게 있음에도 현재까지 아무런 입증을 하지 못하고 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 국세기본법상 장부보존기간 내에 이루어진 소명요구 당시 파산절차 진행중이었던 청구인이 위 소명요구에 불응하였다는 이유로 국세 기본법상 장부보존기간이 경과한 후 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제16조 【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 ․ 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사 ․ 결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다. 제85조의3 【장부 등의 비치와 보존】 ① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하여야 한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 ″매입세액″이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액을 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다. (각하 생략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 󰡐가공세금계산서 조사종결보고서󰡑 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 심리자료를 종합하면 아래의 사실이 확인된다. (가) 청구인은 통신기기 및 단말기 제조업을 영위하는 법인으로 2003.10.2. 파산선고를 받았는 바, 청구인과 거래상대방의 쟁점거래 내역 등은 아래 표와 같다. (단위: 백만원) 과세기간 매출 매입 쟁점거래 전채거래 비율 쟁점거래 전채거래 비율 2001년제2기 2,327 8,066 28.8％ 2,048 19,522 10.4％ 2002년제2기 1,828 11,626 15.7％ 1,357 24,193 5.6％ ※ 모두 공급가액 기준임 (나) 처분청의 󰡐가공세금계산서 조사종결보고서󰡑에 의하면, 처분청은 청구인이 자료상 고발업체와 세금계산서를 서로 주고받은 사실을 확인하여 청구인의 가공세금계산서 수취 ․ 발행 협의에 대하여 조사를 실시하였는데, 조사 당시 청구인이 파산절차 진행중인 까닭에 가공매출 관련 실무자를 확인할 수 없었고, 동일한 과세기간에 매출과 매입이 동시에 발생한 특이성이 있으며, 거래상대방에 대한 조사 결과도 동일한 점 등을 종합하여 청구인과 거래상대방 사이의 쟁점거래를 가공거래로 확정하였다. (다) OO세무서장의 󰡐자료상 조사 복명서󰡑에 의하면, OO세무서장은 거래상대방(주식회사 OO텔레콤, 이후 주식회사 OOO텔레콤으로 합병되었다)의 가공세금계산서 발행 ․ 수취 혐의에 대한 조사를 하였는데, 조사 당시 거래상대방의 대표이사 유OO은 장부제시 및 출석요구(2006.7.5.)에 불응하였고, 거래상대방은 특수관계자 사이에 󰡐(주)OOO텔레콤⟶(주)OO텔레콤⟶(주)OOO솔루션⟶(주)OOO텔레콤󰡑및 󰡐(주)OOO텔레콤⟶(주)OO텔레콤⟶(주)OO와이어리스⟶(주)OOO텔레콤󰡑의 순서로 동일 자료를 상호발생시킴으로써 회전거래를 통하여 허위세금계산서를 수취 ․ 교부하였으며, 청구인과 OOO엔터테인먼트는 거래증빙제출 및 소명요구에 응하지 않아, 관련 거래 전체를 가공거래고 확정하였는 바, 그 금액은 아래 표와 같다. (단위:백만원) 과세기간 매출 매입 신고금액 가공확정 비율 신고금액 가공확정 비율 󰡑01년제2기 (쟁점거래분) 9,212 2,061 (2,048) 22.4% 6,226 4,703 (2,327) 75.5% 󰡑02년제1기 (쟁점거래분) 5,835 3,215 (1,351) 55.0% 7,312 4,542 (1,828) 62.1% (라)OO세무서장의 󰡐고발서󰡑에 의하면, OO세무서장은 위 (다)항과 같은 이유로 거래상대방을 자료상으로 확정하고 거래상대방과 실행위자인 유OO을 형사고발하였는바, 고발서의 범죄사실일람표에는 청구인과의 쟁점거래 내역이 포함되어 있는 것으로 확인된다. (마)OO세무서장의 󰡐세금계산서 발행경위 확인서󰡑는 거래상대방에 대한 조사 당시 거래상대방과의 거래 업체인 OO반도체, OOOO텔레콤에 대하여 거래에 관한 소명을 요구한 확인서로, 이와 동일한 형태의 청구인에 대한 확인서는 없으나 위 확인서의 첨부 목록에 청구인이 포함되어 있는 사실은 확인된다.

(2) 이에 대하여 청구인의 파산관재인은, 청구인이 파산선고를 받은 날 기존에 보관중인 서류 일체를 인수하였으나 2006년 7월 경 처분청이 보냈다는 소명요구서는 발견하지 못하였고, 부가가치세 확정을 위한 기초가 되는 매출 ․ 매입애 관한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 납세의무자의 신고나 기존 정부 결정에 오류 또는 탈루가 있는 경우에만 이를 경정할 수 있는 것이며, 경정사유에 관한 입증 없이 이를 부인할 수 있는 것은 아니라 할 것인데, 이 건 과세처분은 청구인의 거래상대방이 주식회사 OOO텔레콤 등과 가공거래를 하였으므로 청구인과 거래상대방과의 쟁점거래도 가공거래일 것이라는 막연한 추정에 의하여 이루어진 것이어서 부당하고, 특히 2001년 제2기분의 경우 2007.1.25. 2002년 제2기분의 경우 2007.7.25.에 5년간의 장부보존의무기간이 경과하였는데 처분청이 장부보존기간이 지난 2008.1.9.에야 청구인으로부터 아무런 소명이 없다며 특별한 근거 없이 쟁점거래를 가공거래로 본 것은 매우 부당하다고 주장한다.

(3) 한편, 청구인이 자료상혐의자로부터 세금계산서를 교부받은 경우에는 실물 거래 없이 매입세액을 공제받고 손금으로 계상하였을 가능성이 높은 반면, 위 거래가 실지거래였다는 사실관계의 대부분은 청구인의 지배영역 안에 있는 것이어서 청구인이 이를 입증하기 쉽다는 점을 감안하면, 위와 같은 거래가 가공거래가 아니라는 사실에 관한 입증책임은 청구인에게 있다고 할 것(국심 2003서2715, 2004.2.4., 같은 뜻임)이다.

(4) 살피건대, 청구인은 OO세무서장으로부터 아무런 소명요구를 받은 사실이 없다고 주장하나, 일반적인 가공세금계산서의 조사절차에 비추어 보면 조사대상자와 거래한 모드 상대방에게 소명요구서를 보낸 것으로 봄이 합리적이고, 처분청이 수많은 거래상대방에 대한 소명요구서를 모두 보관하는 것은 현실적으로 곤란한 측면이 있는 점, 처분청이 표본으로 보관하고 있는 󰡐세금계산서 발행경위 확인서󰡑에 첨부된 목록에는 청구인이 포함되어 있는 점 및 OO세무서장이 거래상대방과 그 거래처들 사이의 거래 관계에 대한 소명 지연을 이유로 거래상대방에 대한 조사기간을 2개월 연장(2006.4.24.~2006.6.20.)한 점 등을 고려하면, 청구인의 위 주장과는 달리 처분청이 장부보존기간 내인 2006년 7월 경 정상적으로 청구인에게 소명을 요구하였으나 청구인이 이에 불응한 것으로 봄이 타당하고, 거래상대방의 전체거래 내역 중 상당부분이 가공거래로 확적되어 형사고발 되었으며, 이 중에 청구인과의 쟁점거래가 상당한 비중으로 포함되어 있을 뿐만 아니라, 청구인과 거래상대방간의 쟁점거래가 비슷한 액수의 매출과 매입이 동시에 발생하는 특이한 형태를 띄고 있는 점 등을 종합하면, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 그 매출 ․ 매입세액을 각 부인하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.