제공받은 시스템 개발용역이 가공거래에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2008.5.6. 청구인에게 한 2002사업연도 법인세 47,070,340언, 2002년 제1기 부가가치세 23,385,000원 과세처분 및 2002년 귀속 110,000,000원의 소득금액 변동통지처분은 이를 취소한다.

청구인은 1991.6.1. 개업하여 200년 2월부터 보일러 및 비데의 컨트롤보드를 제조하는 사업자로서, (주)

○ 토

○ 인터넷(이하 “청구외법인” 이라 한다)으로부터 2002.4.30. 공급가액 40,000천원, 2002.6.30. 공급가액 70,000천원 합계 110,000천원의 매입세액공제 2매(이하 “쟁점세금계산서” 및 “쟁점금액”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 2002사업연도 법인소득금액 계산시 쟁점금액을 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다. 처분청은 청구인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서 중 10,000천원만 실지거래가액으로 보고 나머지 금액 100,000천원에 대해서는 이를 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 손금불산입하여 2008.5.6. 처욱인에게 2002.1기 부가가치세 23,385,000원, 2002사업연도 법인세 47,070,340원 및 대표자 상여처분 110,000천원을 결정고지하였다.

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 청구외법인으로부터 실제로 재화 및 용역을 공급받고 그 대가를 지급하였음에도 불구하고, 가공거래로 판단하는 것은 부당하며, 청구인은 2002.4.30. 1차 세금계산서 발행시 대차대조표에 외상매입금으로 44,000천원을, 2002.6.30. 2차 세금계산서 발행시 77,000천원을 외상매입금으로 각각 계상하였으며, 개발비 110,000천원(공급가액)을 주식잔금 50,000천원과 대여금 60,000천원으로 대체한 후 부가가치세 11,000천원을 별도로 청구외법인에게 2002.7.25. 송금하였다.

(2) 청구외법인 대표이사 서

○○ 이 2회에 걸쳐 130,000천원의 자금지원을 청구인에게 요청하였고, 청구인이 대표이사 김

○○ 은 청구외법인의 증자시 지원금액만큼의 주식을 양도받는 조건으로 2000.11.4. 40,000천원, 2001.12.24. 90,000천원 합계 130,000천원을 지원하였으나, 청구외법인으로부터 16만주(액면가 500원, 총 80,000천원)의 주식만을 취득하였을 뿐이며, 차액 50,000천원에 대해서는 추후 청구외법인의 주식을 양수하거나 또는 현금으로 회수할 예정이었다.

(3) 청구외법인의 급한 자금차용 요청으로 2004.5.13. 청구인은 60,000천원을 송금하였으나, 청구외법인이 이를 상환할 능력이 없자 ‘남아있는 주식잔금 50,000천원 및 차입금 60,000천원’과 청구인에 대한 외상매출금 110,000천원을 상계하자고 제안하여 이에 응하게 된 것인 바, 청구인이 청구외법인으로부터 재화 및 용역을 공급받고 그에 대한 대가를 지급한 사실이 무통장입금증, 송금확인증 등 각종 객관적인 자료에 의해 증명됨에도 불구하고 단지 실제 대금 지급시점과 계약서상 대금 지불조건이 상이하다는 이유로 이를 가공거래로 보아 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 2000년 이후 청구인의 대표자인 김

○○ 이 청구외법인의 주주로서 2000년~2001년까지 지급한 130,000천원 중 주식대금인 80,000천원을 제외한 50,000천원은 대여금에 해당되며, 이 대여금을 차후 2004년 외상매입금과 상계처리하기로 하였다는 주장이나, 청구인이 제출한 개발계약서 제4조(대금지불조건)를 보면, 1차로 계약발효후 1개월 이내 40,000천원을 현금지급하고, 2차로 제출된 개발품에 대하여 청구인의 승인 후 15일 이내 70,000천원을 현금지급한다고 명시되어 있으며 MP3 음성안내시스템에 대한 개발완료가 2002.6.28.인 것으로 확인되는 바, 대금정산이 계약서대로 이루어지려면 2002.6.28.인 것으로 확인되는 바, 대금정산이 계약서대로 이루어지려면 2002.4.10~2002.7.13까지 이루어져야 하며 청구인의 주장대로 2000.11.4. 20,000천원, 2001.12.24. 30,000천원의 대여금으로 가지급하였다면 2002년 4월에 체결된 개발계약서상 대금지불조건에 명시가 되어야 할 것이고, 2002.4.30. 및 2002.6.30. 세금계산서에 동 금액만큼 영수하였다고 기재를 하였을 것이나, 청구라고 기재한 것으로 보아 지불하지 않은 것으로 보아야 할 것이다.

(2) 청구외법인과의 계약서 및 거래대금 지급내역을 볼 때 개발용역비용은 110,000천원이 아니, 2002.7월에 대금지급이 확인되는 11,000천원만이 실제 매입이 이루어진 것으로 판단되고 100,000천원은 가공매입한 것으로 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 청구외법인과 실제로 110,000천원 상당액을 거래하였는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 법인세법 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세 법시행령 제106조【소득처분 】

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 청구외법인으로부터 시스템개발용역을 공급받고 쟁점세금계산서를 교부받은 후 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하고 법인소득금액 계산시 쟁점금액을 손금에 산입한 것에 대해 처분청은 그 대가의 지급시점이 계약서상 지급시점과 다르다는 이유로 이 건 경정고지한 사실이 처분청의 경정결의서 등에 의해 확인된다.

(2) 처분청의 청구인과 청구외법인에 대한 조사내용을 보면 아래와 같다. 첫째, 청구외법인은 소프트웨어를 개발하는 업체로서 2000년 8월에 벤처기업으로 인증받았고, 청구인과 청구외법인은 MP3 음성안내 시스템 개발용역 계약을 2002.4.10. 체결한 후, 청구인은 개발완료된 음성안내시스템을 청구외법인으로부터 납품받아 2002.9.3. 주식회사 ○○마을에 18,650천원 상당액을 매출하였다고 주장하고 있다. 둘째, 청구인이 제출한 MP3 음성안내 시스템 개발용역 계약제4조(대금지불조건)를 보면, 1차로 계약 발효후 1개월이내 40,000천원을 현금지급하고, 2차로 제출된 개발품에 대하여 청구인의 승인후 15일 이내 70,000천원을 현금지급한다고 명시되어 있다. 셋째, 청구외법인이 청구인에게 제출한 개발 완료보고서를 처분청이 검토한바에 의하면, MP3 Board의 ‘List File' 및 ’Source File'은 청구인의 직원인 정○○실장이 개발을 담당하였고, ‘회로도’ 및 'Art work File'은 청구외법인이 개발하였다고 조사되어 있다. 넷째, 청구인이 110,000천원을 투자하여 개발한 음성아내시스템의 매출내역을 보면, 2002.9.3.(주)

○○ 마을에 18,650천원을 매출하였고 위 매출대금 중 13,445천원이 결산서상 미수금명세서에 등재되어 있는 사실이 확인되며, (주)

○○ 마을은 2002년 8월에 개업하여 2005년 1월에 폐업하였다.

(3) 청구인은 위 처분청의 과세이유는 부당하다는 주장과 함께 다음과 같은 증거자료들을 제시하고 있다. 첫째, 청구인이 제출한 2000.10.31. 청구외법인과 청구인간에 체결된전략적 제휴 협정서를 보면 제1조에 제휴당사자로 청구외법인과 청구인이 등재되어 있는 사실이 확인되고, 청구외법인이 개발용역을 맡은 “MP3보드부(하드웨어)”가 MP3 음성안내 시스템의 개발에 시간⋅개발비용 및 기술비중을 거의 다 차지하며, 청구인의 직원인 정

○○ 차장이 개발담당한 ‘List File' 및 ’Sourec File'은 간단한 소프트파일에 불과하다고 주장하고 있다. 둘째, 청구외법인이 청구인에게 제출한 개발완료보고서에 의하면, 2002.4.10.부터 2002.4.15.까지 사양 입수 및 협의를 마치고, 2002.5.30. 및 2002.6.20.에 1차 샘플과 최종샘플을 가각 제출한 후 2002.6.28. 개발완료 보고를 하는 것으로 구체적인 일정이 짜여져 있는 사실이 확인된다. 셋째, 청구인은 청구외법인과 시스템개발용역에 대한 계약을 체결한 후 청구외법인으로부터 2차례에 걸쳐 매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고의무를 이행하였으며, 그에 대한 회계처리를 외상매입금 계정으로 처리한 사실이 확인된다. 넷째, 청구인의 2002.12.31. 현재 대차대조표상에 청구외법인에 대한 외상매입금 잔액이 110,000천원이 계상되어 있으며, 동시에 청구외법인의 원장에도 청구인에 대한 외상매출금 잔액 110,000천원이 계상되어 있는 사실이 확인되고, 청구외법인은 위 외상매출금 잔액을 2005.1.31. 차입금 등과 대체한 사실이 청구외법인의 대체전표에 의해 확인된다. 다섯째, 청구인이 청구외법인에게 수차례에 걸쳐 송금한 후, 그 회계처리를 대표이사 가지급금으로 그 상대계정은 현금 또는 예금계정으로 처리해 온 사실이 확인되며, 청구인은 청구외법인에게 2차례에 걸쳐 130,000천원을 송금한 무통장입금증 2매 및 2002.7.25. 청구외법인의 시스템개발용역 공급에 따라 발생한 매출세액 11,000천원을 입금한 사실이 있다는 사실확인증을 제시하고 있다. 여섯째, 청구인은 청구외법인에게 지급한 거래대금이 계약내용과 다른 이유는 음성안내 시스템의 시장도입 부진 및 수금도 제대로 되지 않았기 때문이며, 청구외법인으로부터 배당받지 못한 주식대금 잔금이 남아 있었기 때문이라고 주장한다. 일곱째, 청구인이 제출한 청구외법인의 가수금 원장, 보통예금 계정, 외상매출금 계정, 대체전표 등을 보면, 청구인에 대한 외상매출금 회수로 계정과목을 처리하면서 상대계정과목으로는 단기차입금 등과 대체처리한 사실이 확인된다. 여덧째, 청구외법인의 2002년 연간매출액을 보면 2002년 제1기에 931,994천원이고, 2002년 제2기에 357,961천원인 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 당초 음성안내시스템의 개발을 추진한 것은 (주)○○마을의 대표이사 정○○이 앞으로 음성안내시스템의 수요가 엄청날 것이므로 시장개척을 같이 해보자는 적극적인 제의가 계기되었다고 주장하면서, (주)○○마을에 18,650천원을 매출한 후 추가적으로 매출이 발생하지 않은 이유가 음성안내시스템의 개발이 완료된지 얼마되지 않아 (주)○○마을에 대한 채권자들의 채무이행 독촉으로 (주)○○마을이 폐업되었고 대표자 정○○이 잠적해 버렸기 때문이라고 주장하고 있다.

(5) 위 사실관계를 종합해 볼 때, 청구인이 청구외법인으로부터 재화 및 용역을 공급받고 그 대가를 지급한 사실이 금융자료 및 회계처리 등에서 입증되고 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 부가가치세 신고시 적정하게 제출하였으며 재무제표상에도 이를 반영하여 회계처리한 사실이 확인되어 쟁점세금계산서는 청구인이 실제거래를 한 후 청구외법인으로부터 교부받은 것으로 보이므로 단순히 계약서상의 대금지급 시점과 실제 지급시점이 다르다는 이유만으로 이를 가공거래고 보는 것은 부당한 처분으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.