매입세액 공제를 받은 가공매입세금계산서에 대해 법인세 신고시 손금계상하지 아니하였다는 청구주장의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 의약품도매업을 영위하다가 2006.12.31. 폐업한 법인으로 ○○○○로부터 2003년 제1기 195,900,000원, 2003년 제2기 82,200,000원, 합계 278,100,000원(공급가액이며, 이하 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 세금계산서를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액공제를 받았다.
• 나. ○○지방국세청장은 ○○○○에 대한 법인세조사를 실시한 바, 쟁점금액에 대하여 위장․가공거래혐의자료로 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점금액을 실물거래 없는 가공매입으로 보아 손금불산입하여 2007.12.15. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 119,141,730원을 결정고지하였고 쟁점금액에 부가가치세 상당액을 합한 305,910,000원을 대표자 상여처분하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.29. 이의신청을 거쳐 2008.7.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 주사약품 등의 전문의약품을 ○○대학교 ○○대학 ○○병원 등 종합병원 및 대형약국에 납품하는 도매업을 운영하던 중 ○○○○으로부터 일반 의약품인 ○○○에 대한 쟁점금액의 가공 세금계산서를 수취하였으나, 청구법인은 ○○○를 실제 매입하지 않았으므로 부가가치세만 지급한 사실이 있어 부가가치세를 과세하는 것은 이의가 없으나, 장부상 쟁점금액을 매입으로 처리하지 않아 법인세신고시 쟁점금액이 손금으로 계상되지 않았음이 청구법인의 법인세신고서 및 재무제표, 청구법인의 거래처별 외상매입금 원장과 ○○○○의 매출원장에 쟁점금액의 차액이 발생한 사실, 청구법인이 ○○○○에 대한 대금결재가 없는 사실 등에 의하여 확인된다. 또한 처분청은 청구법인의 2003사업연도 의약품 제조 또는 판매사업자로부터의 매입금액이 쟁점금액을 포함하여 19,136,853천원으로서 2003사업연도 결산서상 상품총매입액 19,087,499천원과 비슷하여 쟁점금액이 매입원가에 반영되지 않았다고 하였으나, 의약품 제조 또는 판매사업자로부터의 매입금액 19,136,853천원에는 상품매입액만이 아니라 견본비 등 손익계산서상 비용으로 처리된 견본비 등 78,814천원이 존재하며, 매입에누리 317,555천원을 반영한 손익계산서상 매입액은 18,769,944천원으로서 사업자로부터 매입금액 19,136,853천원과는 443,722천원이 차이가 나는 것임을 알 수 있다. 따라서 청구법인은 쟁점금액을 당해 사업연도의 비용으로 계상하지 않았으므로 이 건 법인세 부과처분과 305,910,000원의 대표자상여처분은 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점금액의 세금계산서에 대하여 부가가치세 매입세액공제를 받았다는 사실은 인정하면서도 쟁점금액을 장부상 매입으로 처리하지 않아 법인세신고시 쟁점금액이 손금으로 계상되지 않았다고 주장하며 이에 대한 입증자료로 법인세 신고서, 청구법인의 거래처별 외상매입금 원장, 청구외법인의 매출처 원장 등을 제시하고 있으나, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 결산서상의 매입금액과 부가가치세 신고서상의 매입금액이 실제로 일치하는지의 여부가 확인되지 아니하며, 통상적인 회계처리 구조로 보아 수취한 매입세금계산서를 부가가치세 신고서에는 반영하고 장부에는 매입으로 반영하지 하지 않았다는 것은 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 대법원 판례○○○에 의하면 과세관청이 실물거래 없이 발행한 세금계산서에 대하여 손금부인하고 부과처분을 한 경우 실물거래가 있었다는 점에 관한 입증책임은 납세자에게 있다고 판시하고 있음에 반해 청구법인은 쟁점금액을 손금에 산입하지 않았음을 구체적이고 객관적으로 입증하지 못하고 있으므로 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액 상당액을 법인세신고시 비용으로 계상하지 않았다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

5의 2. 특수관계자로부터 자산 양수를 하면서 기업회계기준에 따라 장부에 계상한 고정자산 가액이 제89조 제1항ㆍ제2항의 규정에 의한 가액(이하 이 호에서 "시가"라 한다)에 미달하는 경우 다음 각호의 금액에 대하여 제24조 내지 제34조의 규정을 준용하여 계산한 감가상각비상당액

• 가. 실제 취득가액이 시가를 초과하는 경우에는 시가와 장부에 계상한 가액과의 차이
• 나. 실제 취득가액이 시가에 미달하는 경우에는 실제 취득가액과 장부에 계상한 가액과의 차이

8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중부가가치세법제17조의 2의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)

11.~16. 생략

17. 제1호 내지 제16호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인은 당해 세금계산서가 실물거래 없는 가공세금계산서로 부가가치세 매입세액불공제 대상이라는 사실에 대하여는 인정하나 2003사업연도 법인세 신고시 쟁점금액을 손금으로 계상하지 않았다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 과세기록에 의하면, 청구법인은 의약품 및 의료품도소매업을 1988.12.16. 설립하여 2006.12.31. 폐업하였다.

(2) ○○지방국세청의 위장매출혐의자료 파생검토서(2007년 4월)에 의하면, ○○지방국세청장이 2006년 12월～2007년 4월 기간에 ○○○○에 대해 법인세조사시 동아제약의 내부감사문건에 의하여 2003년 중 ○○○○주식회사 등 15개 약품도매상에게 2,344,386천원(공급가액) 상당의 위장매출혐의(이 중 청구법인은 2003년 제1기 195,900천원, 2003년 제2기에 82,200천원 계 278,100천원임)를 확인하고 이를 각 거래처 관할 세무서장에게 통보하였다. 또 ○○지방국세청의 조사공무원이 ○○○○으로부터 징취한 확인서(2007년 4월)에 의하면, 당사가 제조한 일반의약품인 ○○○를 판매함에 있어 의약품 취급 면허가 없는 식품유통업자나 세금계산서 수취를 거부하는 소매약국에 매출하는 경우에는 ○○○ 공급에 따른 세금계산서를 이들에게 교부하지 아니하고 실물거래 없이 매입세금계산서를 원하는 의약품도매업자들에게 2001년～2005년 중 950억원 상당의 사실과 다른 세금계산서를 교부한 사실이 있다는 취지로 기재되어 있다.

(3) 처분청 답변서 및 ○○지방국세청장의 이의신청결정서에 의하면, 청구법인은 ○○○○이 생산하는 제품 중 ○○○에 대한 쟁점금액에 해당하는 세금계산서를 교부받아 당해 과세기간의 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하였다. 또한, ○○○ 원장상 청구법인과의 거래내역(공급대가)을 보면, 청구법인과 ○○○의 2003년도 중 전체 거래금액(공급대가)은 2003년 1월 118,348,692원, 2월 144,137,213원, 3월 124,709,783원, 4월 94,821,210원, 5월 134,629,979원, 6월 33,695,002원, 7월 109,326,426원, 8월 125,343,999원, 9월 125,211,724원, 10월 94,053,465원, 11월 122,676,576원, 12월 176,127,358원으로 합계 1,403,081,427원이고, 이 금액은 청구법인이 ○○○○로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입액 1,275,526,000원의 공급대가 1,403,078,000원과 거의 일치한다.

(4) ○○지방국세청장이 국세통합시스템에 의하여 청구법인의 매입세금계산서를 분석한 기록에 의하면, 2003사업연도 매입세금계산서 합계금액은 19,310,260,649원이며, 이 중 의약품 제조 또는 판매 사업자로부터의 매입금액은 쟁점금액을 포함하여 19,136,853,000원이고, 2003사업연도 결산서상 당기 상품총매입액은 19,087,499,754원이다.

(5) 청구인은 수기장부와 결산서가 일치하고 수기장부에 ○○○○ 으로부터 ○○○ 매입분은 기장되지 않았으므로 쟁점금액은 장부에 손금으로 기장되지 않았다고 주장하나, 과세전적부심사결정서 및 청구법인이 제시한 수기장부에는 ○○○○에 대한 외상매입금 잔액 649,608천원과 법인세신고서의 세무조정합계표 유동부채명세서상 2003.12.31. 현재 외상매입금 잔액 649,608원과는 일치하지만, 이것만으로 쟁점금액이 손익계산서에 반영되었는지 여부는 확인되지 아니한다.

(6) 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 실물거래 없는 가공매입이라는 사실은 인정하면서도 법인세신고시 이를 손금으로 계상하지 않았다고 주장하나, 청구법인의 2003사업연도 의약품 제조 또는 판매 사업자로부터의 매입금액이 쟁점금액을 포함하여 19,136,853,000원으로서 2003사업연도 결산서상 상품 총매입액 19,087,499,754원과 비슷하여 쟁점금액이 매입원가에 반영되지 않았다고 볼만한 특별한 사정이나 증거를 찾아 볼 수 없고, 부가가치세매입세액은 공제받고도 그 매입액을 손금으로는 계상하지 아니하였다고 주장하는 것은 복식부기원리상 상대계정과목이 다른 그 무엇의 계정으로 계상하였다는 뚜렷한 증거나 사정설명도 부족하므로 수긍하기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.