등록전매입세금계산서와 무관한 임대사업 확장목적의 세금계산서에 해당된다는 주장의 당부

○○○세무서장이 2008.4.11. 청구인에게 한 2007년 제2기 부가가치세 87,925,210원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 서울특별시 1서초구 **동 883-1번지 및 같은 동 883-2번지*/ 위의 지하 1층, 지상10층 규모의 ○○○ 빌딩(이하 “쟁점빌딩”이라 한다)을 2007.10.19. 매매대금 3,540백만원에 매입하고 2007.11.25. ○○○세무서장에게 사업자등록을 신청하여 2007.11.26. 사업자등록증○○○을 교부받았다.
• 나. 또한, 청구인은 서울특별시 ○○○에 소재한 ○○○를 2007.5.22. 취득하고 2007.7.3. 처분청에 사업자등록을 신청하여 처분청으로부터 사업자등록증○○○을 교부받고 부동산임대소득에 대하여 2008.1.15. 부가가치세를 신고․납부하였으며, 쟁점빌딩을 사업의 확장이전 목적으로 매입하고 신고누락하였다는 취지의 부가가치세 경정청구서를 2008.2.21. 처분청에 접수하였다.
• 다. 이에 처분청은 청구인의 경정청구를 검토하는 과정에서 ○○○세무서장이 2008.1.25. 신고된 청구인의 쟁점빌딩에 대한 2007년 제2기 확정조기환급신고(신규사업장 등록번호로 신청함)에 대하여 현지확인조사를 실시한 결과 쟁점빌딩의 관련 매입세액은 이미 등록전매입세액으로 불공제처리한 사실을 확인하고, 청구인이 쟁점빌딩에 대해 신규사업장 등록번호의 세금계산서로 신청한 매입세액이 등록전 매입세액으로 불공제 처리되자 다시 기존사업장 등록번호로 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 재발행 받아 이 건 경정청구를 제기한 것으로 보아 2008.4.11. 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○세무서장으로부터 쟁점빌딩에 대하여 등록전매입세액으로 불공제 받은 신규사업장 등록번호의 매입세금계산서는 청구인의 경리직원이 착오로 재발행 받아 부가가치세를 신고하였던 것이고, 처분청에 경정청구한 기존사업장 등록번호의 쟁점세금계산서는 소급하여 발행된 세금계산서가 아니라 당초부터 교부받아 보관하던 것으로서 이는 부동산임대사업 확장목적의 매입세금계산서이므로 쟁점빌딩의 매입세액공제를 구하는 경정청구는 정당한데도 이를 거부한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점빌딩에 대하여 ○○○세무서장에게 2007.11.25. 사업자등록을 신청(개업일 2007.10.19)하여 2007.11.26. 신규사업자등록증을 교부받고 2007년 제2기 확정 부가가치세 조기환급을 2008.1.25. 신고한 후 ○○○세무서장이 동 매입세액이 등록전매입세액의 불공제대상으로 설명하자 2008.2.4. ○○○세무서장에게 수정신고를 하고 쟁점세금계산서를 소급하여 재발행하여 이 건 경정청구를 제기한 것으로써 청구인이 사업의 확장이전 목적으로 기존사업장 등록번호로 세금계산서를 발급받았다면 처음부터 처분청에 2007년 제2기 부가가치세확정신고시 이를 환급신고하였어야 하는 것이고 또한 쟁점세금계산서는 쟁점빌딩의 매도자인 이○○○이 동일 과세기간에 타사업자에게 교부한 세금계산서 서식 및 도장과도 다르며, 이○○○이 이후 기존사업장 등록번호로 부가가치세 수정신고도 하지 아니한 점 등을 고려하면, 청구인은 ○○○세무서장이 현지확인조사 후 등록전매입세액으로 불공제결정 처리하자 쟁점세금계산서를 재발행 받아 경정청구 한 것으로 보여 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점빌딩의 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22. 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액 3의 2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정)

5. 제5조제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (2) 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정교부 할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 제60조【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 법 제32조의2제1항의 규정에 의한 신용카드매출전표등의 수취명세서(전자계산조직에 의하여 처리된 테이프 또는 디스켓을 포함하며, 이하 "신용카드매출전표등수취명세서"라 한다)를 국세기본법시행령 제25조제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의2. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법시행령 제25조의3 의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 1의3. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표등수취명세서를 국세기본법시행령 제25조의4 의 규정에 의한 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 1의4. 법 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점빌딩의 건물 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴본다.

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 쟁점빌딩에 대하여 2008.2.21. 처분청에 기존사업장등록번호의 쟁점세금계산서로 확장이전 목적의 쟁점빌딩을 매입하고 고정자산매입신고를 누락(환급세액 87,925천원)하였다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 쟁점세금계산서는 ○○○세무서장으로부터 등록전매입세액으로 불공제 결정된 후 소급하여 작성된 사실과 다른 세금계산서라 하여 청구인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

(2) 또한, 청구인은 2007.11.25. 쟁점빌딩의 매입과 관련하여 ○○○세무서장에게 개업일을 2007.10.19.로 하여 사업자등록을 신청하여 2007.11.26. 신규사업자등록증을 교부받고 2008.1.25. 2007년 제2기 확정 부가가치세 조기환급신고를 하였으며, ○○○세무서장은 2008.1.31～2008.2.1 부가가치세 조기환급신고에 대한 현지확인을 실시하고 청구인에게 쟁점빌딩의 관련 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 등록전매입세액에 해당하여 매입세액불공제 대상으로 설명하자 청구인은 2008.2.4. ○○○세무서장에게 쟁점빌딩의 관련 매입세액 89,284,533원을 불공제대상으로 하여 수정신고서를 접수하고 동 부가가치세를 자진납부하였다.

(3) 한편, 처분청의 과세자료 및 사업자등록증사본에 의하면, 청구인은 서울특별시 ○○○에 소재한 ○○○를 취득하고 2007.5.22.을 개업일로 하여 사업자등록신청하여 2007.7.3. 처분청으로부터 기존사업장 등록번호에 의하여 부동산임대사업자등록증을 교부받았으며 2008.1.15. 위 부동산임대소득에 대하여 부가가치세를 신고납부하였다.

(4) 부동산매매계약서사본에 의하면, 제1조에서 청구인은 이○○○로부터 쟁점빌딩을 매매가액을 3,450,000천원으로 하면서 계약금 350,000천원, 중도금 300,000천원을 2007.10.2. 지급하고, 잔금 2,890,000천원을 2007.10.19. 지급하며, 제2조에서 매도인은 매매대금의 잔금수령과 동시에 매수인에게 소유권이전등기에 필요한 모든 서류를 교부하고 동 부동산의 인도일은 2007.10.19.로 하며, 특약사항으로써 매수인은 잔금지급일에 잔금지급과 함께 건물분 부가가치세를 지급하고 양도인은 세금계산서를 발행하도록 약정되어 있다.

(5) 청구인이 당초부터 양도자인 ○○○ 대표 이○○○로부터 쟁점빌딩에 대하여 기존사업장 등록번호로 쟁점세금계산서를 교부받았으나, 2007년 제2기 부가가치세신고시 경리직원의 착오로 신규사업장의 등록번호로 신고한 것이지 쟁점세금계산서를 소급하여 작성한 것이 아니라고 주장하면서 제시한 이○○○의 사실확인서(2008.7.2.)에 의하면, 이○○○은 2007.10.19. 쟁점빌딩의 양도대금의 잔금을 수령하고 청구인이 제시한 사업자등록증상의 사업자등록내용대로 세금계산서 및 계산서를 청구인에게 교부하였으나, 2007년 11월 말경 청구인의 사무실 여직원이 새로운 사업자등록증이 나왔으므로 새로운 것으로 요청하여 이에 대하여 불이익이 없다는 약속을 받고 신규 사업자등록번호로 세금계산서를 발행하고 2007년 제2기 부가가치세확정신고를 하였는데 2008.1.28. 청구인의 사무실에서 새로이 교부받은 세금계산서로는 매입세액 공제가 되지 않아 당초 교부하였던 대로 정정신고를 요구하여 매출세금계산서합계표 일부기재사항의 착오를 이유로 당초 세금계산서 교부내용에 맞춰 정정신고를 하였다는 취지로 기재되어 있다. 또한 김○○○의 사실확인서에 의하면, 이○○○의 요청으로 재발행한 세금계산서 대로 ○○○세무서장에게 쟁점빌딩에 대하여 수정신고를 하였다는 취지로 기재되어 있다.

(6) 공인중개사 김○○○의 사실확인서(2008.7.2.)에 의하면, 김○○○은 쟁점빌딩의 매매를 중개하였는 바, 2007.9.20. 양도인인 이○○○과 양수인인 청구인의 동의를 받아 부동산매매계약서를 작성하고 김○○○의 입회하에 쌍방이 날인하여 계약금을 상호 수수하였으며 2007.10.19. 양 당사자는 잔금을 지급하고 청구인이 제시한 사업자등록증에 의한 계산서 및 세금계산서를 상호 수수하였다는 내용으로 기재되어 있다.

(7) ○○○이 2008.7.2. 발급한 출입국에 관한 사실증명에 의하면, 청구인은 2007.12.12. 출국, 2007.12.16. 입국, 2008.1.22. 출국, 2008.1.30. 입국하는 등 2007.10.5.부터 2008.5.28. 기간 중 17회에 걸쳐 출국과 입국을 한 것으로 나타난다.

(8) 청구인이 ○○○세무서장에게 매입세액환급신고한 쟁점빌딩의 세금계산서는 신규사업장 등록번호로 나타나고 청구인이 당초부터 기존사업장 등록번호로 교부받았다고 주장하는 쟁점세금계산서는 공급자는 ○○○, 공급받는 자는 청구인, 등록번호는 기존사업장 등록번호이고 공급가액 892,845,334원, 세액 89,284,533원으로 기재되어 있다.

(9) 쟁점빌딩의 양도자인 이○○○의 2007년 제2기 부가가치세확정신고서(2008.1.25.)의 매출처별세금계산서합계표의 매출처(일련번호 3)에, 청구인의 신규사업장 등록번호로, 공급가액 892,845,334원으로 나타난다.

(10) 청구인은 처분청이 이○○○이 사용한 인장이 신규사업장 등록번호의 세금계산서와 기존사업장의 등록번호의 세금계산서가 각각 다르다고 한데 대하여, 이○○○은 평상시 여러 개의 인장을 사용한다고 주장하며, 세금계산서 4매를 견본으로 사진촬영하여 제시하였고, 또 처분청이 이○○○은 신규사업장 등록번호에서 기존사업장 등록번호로 정정신고를 하지 않았다는 주장에 대하여, 이○○○이 2008.2.1. ○○○세무서장에게 면세사업 관련 경정청구를 하면서 등록번호를 정정하였다고 주장하며 접수증○○○과 함께 제시한 이○○○의 2007년 제2기 부가가치세 경정청구서사본에 의하면, 면세사업수입금액을 2,647,154,666원에서 2,747,154,666원으로 수정하면서 매출처별세금계산서합계표 매출처 사업자등록번호란의 청구인 신규사업장 등록번호 위에 기존사업장 등록번호가 기재되어 있다.

(11) 살펴 보건대, 청구인은 쟁점빌딩을 매입하고 ○○○세무서장에게 신규사업장 등록번호에 의하여 2008.1.25. 부가가치세조기환급신고를 하였으나 이는 등록전 매입세액임을 인정하고 2008.2.4. 매입세액불공제대상으로 수정신고하여 관련 부가가치세를 신고납부한 후 기존사업장 등록번호에 의하여 처분청에 이 건 경정청구를 하였다. 또한 청구인은 이미 2007.7.3. 기존사업장 등록번호로 사업자등록증을 교부받아 부가가치세를 신고․납부한 임대사업자로서 쟁점빌딩의 매매계약서에 잔금지급일인 2007.10.19.에 매도인은 쟁점빌딩을 인도하고 매수인은 건물분부가가치세를 지급하며, 특약사항으로 매도인은 세금계산서를 발행하도록 특정되어 있는 바, 청구인은 쟁점빌딩의 매입과 관련하여 2007.11.25. ○○○세무서장에게 신규사업자등록신청을 하였으므로 잔금지급일인 2007.10.19.에는 신규사업장의 사업자등록증을 교부받기 이전이고, 그렇다면 위 당사자들은 잔금지급과 동시에 부가가치세를 지급하고 세금계산서를 기존사업장 등록번호를 수수할 수밖에 없으며, 쟁점빌딩의 양도자는 물론 세무회계 및 부동산중개인 등의 관련인들이 양도인이 당초 기존사업장 등록번호의 세금계산서를 발행하였다는 취지로 사실확인하고 있는 점 등을 종합하면, 쟁점빌딩의 매입과 관련하여 기존사업장 등록번호로 쟁점세금계산서를 교부받았으나 2007년 제2기 부가가치세 신고시 경리직원의 착오로 신규사업장 등록번호로 된 세금계산서로 신고한 것이고, 그 후 이를 착오를 인정하고 ○○○세무서장에게 수정신고를 한 후, 기존사업장 등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서로 경정청구를 한 것이지, 쟁점세금계산서를 소급하여 재발행한 것이 아니라는 청구인의 주장에 수긍이 간다. 따라서, 청구인은 기존의 부동산임대업자가 사업규모를 확장하기 위하여 다른 장소에 있는 쟁점빌딩을 매입하고 기존사업장 등록번호로 세금계산서를 교부받은 다음 이 건 경정청구를 한 것으로 인정되고 그렇다면 쟁점빌딩의 건물 관련 매입세액의 환급을 구하는 경정청구를 거분한 이 건 처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.