그룹 전체적인 업무를 수행하는 쟁점부서의 경비는 공통경비로서 매출액비율로 안분하여 손금인정하고 임원의 주식취득자금의 대여는 업무무관가지급으로 보는 것이며, 임원의 출자관계에 있는 법인으로의 전출은 현실적인 퇴직으로 퇴직금은 승계되지 아니하며, 원천징수된 환급세액은 납부할 세액에서 조정하여 납부하는 것임.
그룹 전체적인 업무를 수행하는 쟁점부서의 경비는 공통경비로서 매출액비율로 안분하여 손금인정하고 임원의 주식취득자금의 대여는 업무무관가지급으로 보는 것이며, 임원의 출자관계에 있는 법인으로의 전출은 현실적인 퇴직으로 퇴직금은 승계되지 아니하며, 원천징수된 환급세액은 납부할 세액에서 조정하여 납부하는 것임.
(1) 쟁점부서에서 발생한 경비를 공통경비로 보아 손금불산입한 처분이 타당한지 여부 (기각)
(2) 청구법인의 대표이사에게 대여한 한컴주식취득자금이 업무와 관련 있는지 여부 (기각)
(3) 소득금액 계산시 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중 ○○○의한도초과액 계산이 적정한지 여부 (인용)
(4) 소득금액 계산시 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중 전출법인에게 승계받은 금액을 손금불산입한 것이 적법한지 여부 (인용)
(5) 소득금액 계산시 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중 계속사업자인 청구법인이 원천징수한 퇴직소득세를 환급하여야 하는지 여부 (기각) 청구번호: 2008서2602 결정일자: 2010-12-10 세목: 법인세 심판청구번호 조심 2008서 2602(2010. 12. 10)
1. ○○○세무서장이 2008.3.28., 2008.4.10. 청구법인에게 고지한 법인세 2002사업연도분 33,177,560원, 2003사업연도분 3,745,305,110원, 2004사업연도분 1,531,954,480원, 2005사업연도분 1,040,632,640원 합계 6,351,069,790원의 부과처분 중 2002사업년도 소득금액 계산시 임원퇴직금한도초과액으로 손금불산입한 금액 16,392,682원은 ○○○의 전입일을 2001.6.1.로 하여 다시 계산하고, ○○○ 등 4인이 전출한 법인에서 승계받은 퇴직금 14,856,150원을 임원퇴직금한도초과액 계산에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 관계회사들과 사업을 공동으로 운영하거나 영위한 사실이 없으며, 쟁점부서를 청구법인의 소속 임직원만으로 구성하고 청구법인의 자금만 투입하여 운영하였을 뿐이며 모든 기업이 행하는 정상적인 투자업무 영역임에도 대규모 집단의 그룹 총괄기구처럼 쟁점부서의 경비 중 일부를 공동경비로 보아 인위적으로 안분하여 손금불산입한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인 대표이사 ○○○은 청구법인의 자금으로 ○○○(이하 ○○○”이라 한다) 주식을 취득하였지만 ○○○에 대한 경영권확보로 청구법인의 대외 이미지 및 신임도가 제고되었으며, 청구법인이 ○○○을 인수하는 계기가 되었고, 기업가치가 증대되는 효과를 가져왔다. 따라서 처분청이 2003～2005사업연도의 법인세 과세표준 계산시 청구법인이 그룹 회장인 ○○○에게 ○○ 주식 취득자금을 대여한 금액에 대하여 인정이자를 계산하여 익금산입한 금액과 동 대여금을 업무와 무관한 자산으로 보아 지급이자 손금불산입한 금액을 취소하고, 이와 관련하여 인정이자를 그룹 회장에게 상여 처분한 소득금액변동통지는 취소되어야 한다.
(3) 2003～2005사업년도의 세무조사 과정에서 청구법인이 소명자료를 잘못 제출하여 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중 ○○○의 퇴직금 한도초과액을 재계산하여야 하며, 법인세 과세표준 계산 과정에서 임원퇴직금 초과액을 상여로 소득처분한 금액 중 전출법인에서 승계 받은 퇴직금은 제외되어야 하므로 상여 처분한 소득금액 변동통지를 취소하여야 하고, 또한 과세관청에서 최종적으로 한도초과액을 재계산하여 상여처분한 금액에 대하여는 이미 원천납부한 퇴직소득세를 환급해 주어야 한다.
(1) 청구법인은 건설시행사로 성장한 법인이나 사업다각화를 위하여 2001년 17개사, 2002년 15개사, 2003년 14개사, 2004년 18개사, 2005년 20개사 등 계열사를 둔 중견 그룹법인으로 업종이 다양한 법인으로 구성되어 있어 각 계열사 간 업무조정과 그 영역에 대한 문제와 기업인수 합병 등 그룹차원의 문제 및 사주와 문제를 조정하는 기구를 운영해온 사실이 확인된다. 청구법인의 경영관리팀에서 작성한 “2006년 주요업무추진실적” 1쪽에는 계열사에 대한 실적관리, 부진사항과 2쪽에는 2007년 주요업무 추진계획에 계열사 중점관리와 지원계획 4개항이 있고, 제3쪽에는 주요업무추진계획 5개항이 있다. 청구법인의 구조조정본부에서 작성한 “2006년 구조조정본부 비용배분 검토세부내역”에는 2005년 배부기준 등이 기재되어 있어 구조조정본부 등 쟁점부서는 청구법인보다 그룹 계열사 관리 등을 위한 업무를 수행한 사실이 확인된다. 청구법인의 경영관리팀에서 2007.1.29. 작성한 “2007년 업무추진계획”에는 일반현황, 2006년 주요업무추진실적, 2007년 그룹경영환경, 2007 계열사 경영관리계획, 2007년 주요 업무추진계획 등이 확인되고 있다. 청구법인은 2007.2.14. 세무조사기간 중 처분청에 제출한 ○○○”에는 그룹공통경비 안분계산이 누락되었으며, 구조조정본부 및 그룹 광고선전비 등 공통경비를 ○○○에서 전액 부담하였다고 확인하였고, 동 자료에는 2001～2005년 회사 조직도에 쟁점부서가 회장실 직속으로 표시되어 있으며, 구조조정본부의 역할 등이 기록되어 있는 등 청구법인은 그룹의 주력 기업으로 많은 계열사를 관리하면서 사세를 확장하고 그룹의 의사결정 과정에서 총괄기구를 운영해온 사실이 확인되고 있다. 청구법인은 세무조사 과정에서 그룹 공통경비의 안분 계산한 부분에 대하여 사실관계를 확인해 달라는 요청을 받아 청구법인 스스로 오류를 시인한 후 그룹 공통경비를 계열사별로 안분 계산하여 소명자료를 제출한 사실이 있으며, 심판청구로 이에 반한 주장을 하는 것은 잘못이다.
(2) 청구법인이 건설시행사로 그룹 회장에게 기업자금을 대여한 사실에는 다툼이 없으며, 그룹의 사세 확장을 위하여 한컴 주식을 취득할 목적으로 기업의 자금을 대여한 것은 정상적인 거래로 볼 수 없고, 건설 시행이 주업인 청구법인이 사업목적 및 영업내용과 무관한 한컴 주식취득을 위하여 자금을 대여한 것은 업무와 무관한 가지급금에 해당한다. 그룹회장인 ○○○은 청구법인으로부터 자금을 차입하면서 본인 소유 비상장 법인 ○○○ 주식 33%와 ○○○ 주식 15%를 청구법인에 담보로 제공하였고, 주식 양도 후 양도차익을 신고․납부한 사실로 볼 때 청구법인을 대리하여 한컴주식을 취득한 것이 아니다. 2003.3.19 ○○○ 대표이사 ○○○이 ○○○주식 7.31%를 인수함으로써 최대 주주가 되었다고 공시를 하였으며, 청구법인이 ○○○ 회장에게 대여한 자금이 한컴 주식의 취득에 사용되어 청구법인의 업무 무관한 대여금으로 확인되고 있으므로 처분청은 청구법인이 대여금(가지급금) 이자를 수수하지 아니하여 ○○○ 회장에게 인정이자를 계산 후 상여처분하고 청구법인이 ○○○ 회장에게 대여한 가지급금은 업무와 무관하므로 인정이자를 익금산입한 후 해당 지급이자를 손금불산입한 처분은 정당하다.
(3) 2003～2005사업년도 법인세 각사업연도 소득금액 계산시 손금불산입 대상으로 본 임원퇴직금 한도초과액 중 (가) 청구법인은 임원 ○○○의 퇴직금 한도초과액이 잘못 계산되었다는 주장에 대하여, 청구법인이 세무조사 기간 중 제출한 “임원퇴직금과다지급액 손금불산입내역”에는 ○○○의 청구법인 입사일이 2002.6.1.로 기재되어 있고, “임원사간 전출입자명단”에는 청구법인 입사일이 2002.6.1.로 기재되어 있다. ○○○의 입사일이 다른 증빙서류에 의하여 확인된다면 임원퇴직금한도액도 재계산할 수 있을 것이다. (나) 설령, 임원퇴직금 한도초과액을 손금불산입한다 하더라도 승계액은 상여처분대상이 아니라 기타처분에 해당한다는 주장에 대하여 보면, 관련 규정에서 임원퇴직금한도초과액을 귀속자에게 처분하도록 규정하고, 임원은 사용인이므로 상여로 소득처분한 것은 정당하며, 또한 임원은 법인세법 시행령제44조 및 같은 법 시행규칙 제22조 제1항의 규정을 적용하지 아니하므로 퇴직금은 승계되지 아니한다. (다) 청구법인은 상여로 처분한 임원퇴직금한도초과액이 퇴직소득세로 원천징수된 퇴직소득세가 환급 되어야 한다는 주장에 대하여, 임원퇴직금 한도초과를 이유로 상여로 소득처분한 소득은 근로소득에 해당하므로 청구법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 동 금액을 지급한 것으로 의제하여 원천징수 납부하여야 하고, 상여처분으로 감소된 퇴직소득은 재계산하여 퇴직소득세로 기 납부한 금액에서 차감하여야 하며, 퇴직소득에 대한 원천징수세액은 환급이 발생하고 소득처분으로 인한 근로소득에 대한 소득세는 추가․징수하여야 하므로 원천징수의무자인 청구법인은소득세법규정에 의한 환급할 세액과 추가로 징수할 세액을 조정하여 납부하도록 규정되어 있다. 따라서 청구법인은 매월 소득세를 원천징수하여 소득세가 발생하고 있으므로 퇴직소득의 감소로 인하여 발생하는 환급세액에 대해서는 납부할 근로소득세에서 차감하여 법인 스스로 납부하면 되는 것이므로 불복대상에 해당하지 아니한다.
① 2002～2005사업연도 소득금액 계산시 공통경비로 손금불산입한 처분이 타당한지 여부
② 2003년 청구법인의 대표이사에게 대여한 한컴주식취득자금이 업무와 관련이 있는지 여부
③ 2003～2005사업연도 소득금액 계산시 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중
③ -1 ○○○의 한도초과액 계산이 적정한지 여부
③ -2 전출법인에서 승계받은 금액을 손금불산입한 것이 적법한지 여부
③ -3 계속사업자인 청구법인이 원천징수한 퇴직소득세를 환급하여야 하는지 여부
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제28조【지급이자의 손금불산입】① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(괄호 생략)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제44조 【퇴직금의 손금불산입】① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직금은 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 “현실적인 퇴직”이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다.
③ 법인이 임원에게 지급한 퇴직금 중 다음 각 호의 1에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 정관에 퇴직금(퇴직위로금 등을 포함한다)으로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액
2. 제1호외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 당해 임원에게 지급한 총급여액(괄호 생략)의 10분의 1에 상당하는 금액에 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액 제48조【공동경비의 손금불산입】① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
2. 기타의 경우에는 당해 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등의 직전사업연도의 매출액 총액에서 당해 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 재정경제부령이 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 재정경제부령이 정하는 기준에 의할 수 있다. 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.
② 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직금은 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다.
③ 영 제44조 제3항 제2호에서 “재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수”라 함은 역년에 의하여 계산한 근속연수를 말한다. 이 경우 1년 미만의 기간은 월수로 계산하되, 1월 미만의 기간은 이를 산입하지 아니한다. (4) 소득세법 제148조 【퇴직소득에 대한 징수세액】원천징수의무자가 퇴직소득을 지급하는 때에 원천징수하는 소득세의 계산은 다음 각 호의 규정에 의한다.
1. 퇴직소득을 받는 거주자가 당해 연도에 이미 지급된 다른 퇴직소득이 없는 경우의 세액은 그 지급할 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액
2. 퇴직소득을 받는 거주자가 당해 연도에 이미 지급된 다른 퇴직소득이 있는 경우의 세액은 그 이미 지급된 퇴직소득금액과 그 지급될 퇴직소득금액을 합계한 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 금액에서 이미 지급된 퇴직소득금액에 대하여 징수한 세액을 공제한 금액 (5) 소득세법 시행령 제196조 【근로소득세액 연말정산】② 원천징수의무자는 근로소득원천징수부에 의하여 당해 연도에 지급한 소득자별 근로소득의 합계액에서 법 및 조세특례제한법에 의한 소득공제를 한 금액을 과세표준으로 하여 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산한다.
③ 원천징수의무자는 제2항의 종합소득산출세액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액을 소득세로 징수한다. 다만, 다음 각 호의 금액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에 그 초과하는 부분은 이를 환급하여야 한다.
1. 법 제134조 제1항의 규정에 의하여 원천징수하는 세액(가산세액을 제외한다)
2. 법 제134조 제4항의 규정에 의한 공제세액 제203조【퇴직소득세액의 정산】① 동일 연도에 2회 이상 퇴직한 퇴직자에게 퇴직소득을 지급하는 원천징수의무자는 당해 퇴직자의 전근무지의 퇴직소득과 자기가 지급할 퇴직소득을 합계한 금액에 대하여 법 제148조의 규정에 의하여 퇴직소득세를 정산할 수 있다.
② 법 제22조 제1항 제1호 라목 및 마목의 소득을 지급하는 자가 퇴직소득 중 일부만을 먼저 지급하고 이후 과세기간에 잔여분을 지급하는 경우 먼저 지급하는 퇴직소득에 대하여는 당해 소득의 과세기간에 원천징수하고 이후 과세기간에 지급하는 퇴직소득에 대하여는 먼저 지급한 소득을 합산하여 퇴직소득세액을 계산한 후 기납부한 퇴직소득세액을 차감한 퇴직소득세를 원천징수한다.
③ 법 제22조 제1항 제1호 라목 및 마목의 소득을 지급하는 자가 퇴직소득의 일부 또는 전부를 지연하여 지급하면서 지연지급에 대한 이자를 함께 지급하는 경우 당해 이자는 이를 퇴직소득으로 보아 원천징수한다.
(1) 쟁점①인 2002～2005사업연도 소득금액 계산시 공통경비로 손금불산입한 처분이 타당한지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 건설시행사로 성장한 법인이나 사업다각화를 위하여 2001년 17개사, 2002년 15개사, 2003년 14개사, 2004년 18개사, 2005년 20개사 등 계열사를 둔 중견 그룹법인으로 업종이 다양한 법인으로 구성되어 있다. (나) 청구법인의 경영관리팀에서 작성한 “2006년 주요업무추진실적” 1쪽에는 계열사에 대한 실적관리, 부진사항과 2쪽에는 2007년 주요업무 추진계획에 계열사 중점관리와 지원계획 4개항이 있고, 제3쪽에는 주요업무추진계획 5개항이 기재되어 있다. (다) 청구법인의 구조조정본부에서 2006. 3.17. 작성한 “2006년 구조조정본부 비용배분 검토 세부내역”에는 2005년에는 지속적으로 이익을 실현하고 있는 5개 계열사의 2005년 사업계획상 경상이익을 기준으로 인건비와 경비 등 2,671백만원을 배부하였고, 2006사업연도 특별경비는 청구법인이 전액부담(안)과 2005년 실적과 2006계획을 7:3의 가중치로 배분(안)을 비교하여 가중치 배부(안)을 적용하는 것이 합리적이라고 검토하였고, 실제 경비배부는 법인세 절감 차원에서 청구법인이 전액 부담하였음이 나타난다. (라) 청구법인이 2006.12월 작성한 구조조정본부 인건비 및 일반경비의 2006년 구조조정본부 비용실적(안)에는 “그룹공통비의 세무상 유의할 사항 배부기준으로 그룹공통행사비는 구조조정본부에서 각 그룹사 행사 및 홍보활동을 주관한 비용, 그룹광고비 등을 직전사업연도 기업회계기준에 의한 매출액 비율로 안분하여야한다”고 기재되어 있다. (마) 청구법인의 경영관리팀에서 2007.1.29. 작성한 “2007년 업무추진계획”에는 일반 현황, 2006년 주요업무추진실적, 2007년 그룹경영환경, 2007 계열사 경영관리계획, 2007년 주요 업무추진계획 등이 기재되어 있다. (바) 청구법인은 2007.2.14. 세무조사기간 중 처분청에 제출한 “○○○개발” 자료에는 그룹공통경비 안분계산이 누락되었으며, 구조조정본부 및 그룹 광고선전비 등 공통경비를 ○○○개발에서 전액 부담하였다고 확인하였고, 동 자료에는 2002～2005년 회사 조직도에 쟁점부서가 회장실 직속으로 표시되어 있고, 구조조정본부의 역할 등이 기록되어 있는 등 청구법인은 그룹의 주력 기업으로 많은 계열사를 관리하면서 사세를 확장하고 그룹의 의사결정 과정에서 회장직속 총괄기구를 운영해온 사실이 확인된다. (사) 청구법인의 ‘프라임그룹 구조조정본부 공통비 배부 현황’에는 그룹지원업무를 담당하는 경영기획실이 2002~2004년까지 ○○○(구. 산업)에 편성되었으나, 2005.9월부터 ○○○로 명칭을 변경한 후 ○○○에서 독립하였고, 2005년부터 구조조정본부 직원을 5개 계열사(○○○)에 소속시켜 인건비와 경비를 각 계열사에서 부담하였으며, 2004년까지 그룹 지원업무를 담당하는 부서경비를 ○○○개발에서 부담하였고, 2001～2004년까지 그룹 지원업무를 담당하는 부서(2002년 경영관리팀, 2003년 경영관리팀, 비서팀, 2004년 경영관리팀, 인사기획팀, 총무관재팀, 비서팀)의 인건비만을 그룹계열사 중 지속적으로 이익을 실현하고 매출액규모가 큰 계열사의 직전연도 매출액을 기준 배분하였으며, 2005년부터 그룹공통경비 및 인건비는 인원수, 사보수, 매출액 등을 기준으로 배분하였으나, 직접비(복리후생비 등), 간접비(세금과 공과)는 배부하지 않았음이 나타난다. (아) 살피건대, 청구법인은 쟁점부서가 청구법인에 소속된 부서로서 청구법인의 이익만을 위하여 업무를 수행하였다고 주장하나, 쟁점부서는 각 계열사 간 실적관리, 업무조정, 그 영역에 대한 문제 및 기업인수 합병 등 그룹차원의 문제와 사주와의 문제를 조정하기 위하여 조정하는 기구를 운영한 것으로 확인되고 있는 바, 쟁점부서의 인건비를 그룹 계열사 중 지속적으로 이익을 실현하고 매출액 규모가 큰 계열사의 직전연도 매출액을 기준으로 배분하는 것은 쟁점부서의 업무 자체가 청구법인만 위하여 있는 것이 아니라는 것을 청구법인이 스스로 인정하고 있는 것으로서, 쟁점부서의 경비도 계열사의 매출액 정도에 따라 부담하는 것이 합리적이라 할 것이다. 더욱이 청구법인도 2006년부터 그룹 공통경비를 각 계열사의 매출액 비율로 안분하여 부담하고 있음을 볼 때, 쟁점부서는 청구법인만을 위하여 업무를 수행한 것이 아니라 그룹 전체적인 입장에서 업무를 수행한 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점부서의 경비를 그룹 공통경비로 보아 매출액비율로 안분한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②인 2003년 청구법인의 대표이사에게 대여한 한컴주식 취득자금이 법인의 업무와 관련이 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인의 대표이사인 ○○○은 본인 소유 비상장법인 ○○○ 주식 33%와 ○○○ 주식 15%를 청구법인에 담보로 제공하여 청구법인으로부터 5,360,000,000원을 차입하였고, 이를 이용하여 ○○○ 주식을 2003.3.19. 장내매입을 통해 5,000,000주(7.31%지분)를 취득하고 2003.7.29 유상증자를 통해 1,500,000주를 추가 취득하였다. 대표이사 ○○○은 보호예수기간 2년이 만료되자 보유하고 있던 ○○○주식 전량을 2005.9.26. 당일 종가로 5,479,500,000원에 청구법인에 장외 매도하여 2005.8.28.과 2005.9.29. 청구법인에게 차입금을 전액 상환하였다. 이 결과, 대표이사 ○○○은 ○○○ 주식 매매거래로 양도차익 119,500,000원(5,479,500,000원-5,360,000,000원)이 발생하여 동 금액에 대한 양도소득세를 신고․납부하였으나, 청구법인은 동 매매차익을 2005사업연도 수익으로 하여 익금산입하지 아니하였다. (나) 청구법인의 등기부등본의 사업목적에는 종합건설, 주택건설, 호텔업 등으로 등재되어 있다. (다) 청구법인의 대표이사인 ○○○은 2003년 청구법인에 “본인은 회사를 대리하여 ○○○ 주식 650만주를 구입하였고 이에 대한 주식취득자금 6,590백만원을 회사에서 차입하였는바, 회사의 회수 청구가 있을 시에는 민․형사상의 책임 등 어떠한 이의를 제기하지 아니하고 즉시 주식 명의 이전할 것을 확약한다.”고 각서를 제출하였으며, 2003.7.31. 청구법인에 “본인은 귀사의 요청으로 ○○○의 주식취득 및 유상증자에 참여하기 위하여 귀사로부터 자금을 차입하였고, 본 차입금 상환시까지 본인이 취득한 ○○○ 주식 6,500,000주를 언제라도 귀사에 담보를 제공하겠다.”고 각서를 제출하였다. (라) 살피건대, 업무무관가지급금 등에 관한 손금불산입 입법 목적은 법인이 특수관계자에게 업무와 관련없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계자에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있으며(○○○), 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적 사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것(○○○)이므로 부동산개발을 주력으로 영위하는 청구법인이 특수관계자인 대표이사에게 자금을 대여하여 한컴주식을 취득하고 청구법인의 계열사로 편입한 것은 청구법인의 사업목적 및 영업내용과 무관하게 그룹의 사세 확장을 위한 것이므로 업무무관 가지급금으로 볼 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(3) 쟁점③-1인 2003～2005 각사업연도 소득금액 계산시 손금불산입한 임원퇴직금 한도초과액 중 ○○○의 퇴직금 한도초과액 계산이 적정한지 여부에 대하여 살펴보면, 처분청은 임원 ○○○의 청구법인 입사일을 2002.6.1.로 하여 임원퇴직금 한도초과액을 계산하였으나, 청구법인이 우리 원에 제출한 ○○○의 ○○○에 대한 “퇴직금계산내역서 및 퇴직금 결의서”에는 2001.6.1. 청구법인에 전입한 것으로 기재되어 있다. 따라서 처분청이 ○○○의 전입일을 2002.6.1.로 하여 임원퇴직금한도초과액을 계산한 것은 잘못이다.
(4) 쟁점③-2인 2003～2005사업연도 소득금액 계산시 전출법인에서 승계받은 임원퇴직금을 손금불산입한 것이 적법한지를 살펴본다. (가) 처분청은 ○○○ 외 3인에 대한 임원퇴직금한도초과액을 아래 <표>와 같이 청구법인이 지급한 금액 중 청구법인의 부담액을 차감하고 계산하였다.
○○○ (나) 법인세법 시행령제44조 및 같은 법 시행규칙 제22조에 의하면, 임원이 당해 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인에 전출한 경우 현실적 퇴직에 해당하므로 청구법인이 전출법인으로부터 승계받은 퇴직금은 반환 대상이라 할 것이다. 따라서 처분청이 전출법인에서 승계받은 금액을 임원퇴직금한도초과액에 포함시킨 것은 잘못이므로 해당 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.
(5) 쟁점③-3인 임원퇴직금한도초과액이 퇴직소득세로 원천징수된 경우 환급대상인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 손금불산입대상이 아닌 임원퇴직금한도초과액은 퇴직소득세로 이미 원천징수되었으므로 환급하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제203조 제2항에는 “소득을 지급하는 자가 퇴직소득 중 일부만을 먼저 지급하고 이후 과세기간에 잔여분을 지급하는 경우 먼저 지급하는 퇴직소득에 대하여는 당해 소득의 과세기간에 원천징수하고 이후 과세기간에 지급하는 퇴직소득에 대하여는 먼저 지급한 소득을 합산하여 퇴직소득세액을 계산한 후 기 납부한 퇴직소득세액을 차감한 퇴직소득세를 원천징수 한다”고 규정하고 있다. (나) 따라서, 계속사업자인 청구법인은 원천징수의무자로서 매월분 소득세를 납부할 상황이기 때문에 퇴직소득의 감소로 인하여 발생하는 환급세액은 기 납부한 퇴직소득세에서 차감하여야 할 것이므로 원천징수된 퇴직소득세를 환급하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.