신축주택이 양도소득세 과세특례 감면 적용대상인지 여부

주 문 처분청이 2008.5.16. 청구인에게 한 2005년 귀속 양도소득세 115,594,480원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.4.8. ○○특별시 ○○구 ○○동 670 ○○○○○○아파트 ○○○동 ○○○○호(전용면적 121.74㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1,350,000,000원에 양도하고, 2005.5.13. 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 115,594,480원을 신고하고 2005.6.28.과 2005.8.12. 각각 57,797,240원 합계 115,594,480원을 납부하였다가, 2008.3.17. 처분청에 쟁점주택의 양도는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 및 같은법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 2008.3.17.자 경정청구에 대하여 법정처리 기한인 2008.5.16까지 아무런 통지를 하지 아니함으로써 거부처분(부작위)을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인이 양도한 쟁점주택은 재건축한 아파트로서 주택조합등이 조합원외의 자인 일반분양자와는 신축주택주택기간내인 2002.4.25~27. 사이에 매매계약을 체결한 사실이 있는 아파트이다. 일반분양자의 경우 100% 감면적용을 받는 위 재건축아파트의 경우 비록 청구인과 같은 조합원은 신축주택취득기간 이후인 2005.1.28. 사용승인 되었다 할지라도 조세특례제한법 제99조 의 3 및 같은법 시행령 제99의 3 제3항 제2호에 의거 양도소득세 감면을 하여야 한다. 위와 같은 사안에 대하여 대법원은 일관되게 양도소득세 감면이 타당하다고 판결하고 있고, 청구인과 같은 아파트의 양도인 중 한명으로 위 취지의 불복을 진행 중이었던 송경섭의 경우에 있어서도 수원지방법원에 사건이 계류중에 있었다가 최근 관할세무서가 자진하여 경정하여 준 사실도 있다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택은 “자기가 건설한 신축주택”이며 신축주택 최종감면시한인 2003.6.30.을 지나 사용승인되었으므로 감면대상에 해당하지 않는다. 또한 청구인의 주장 중 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호는 같은법 제99조의 3 제1항 제1호의 “주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우”에서 위임된 것으로 “자기가 건설한 신축주택”에 대한 위임규정이 아니므로 법문에 따라 엄격 해석하여야 하는 조세법률주의에 따라야 하므로 유추해석 할 수는 없기 때문에 감면에 해당하지 않는다. 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 제3항 제2호는 조합원이 잔여주택인 일반분양분 아파트를 취득하는 경우, 신축주택취득기간 내에 조합원 아닌 자의 계약본이 있을 경우, 감면을 인정하겠다는 규정이므로 청구주장은 인정하기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 (2002.12.11, 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일보터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 조세특례제한법시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 12. 31, 대통령령 제17458호로 개정된 것) ③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 주택󰡓이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 󰡒주택조합 등󰡓이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 󰡒잔여주택󰡓이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1호의 규정에 의한 신축주택 취득기간(이하 이 조에서 󰡒신축주택취득기간󰡓이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택󰡓이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 󰡒대통령령이 정하는 조합원󰡓이라 함은 도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2) 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2002. 12. 11, 법률 제6762호로 개정된것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (3) 조세특례제한법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월1일부터 시행한다. 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (4) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대1주택(거주용건물의 연면적⋅가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법 시행령 제156조 【고급주택의 범위】 (2002.10.1.대통령령 17751호로 개정되기 전의 것) 법 제89조 제3호에서 “거주용건물의 연면적⋅가액 및 시설 등이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고급주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택과 이에 부수되는 토지를 말한다.

2. 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적(주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함한다)이 165제곱미터 이상이고 양도당시의 실지거래가액이 6억원을 초과하는 것

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구인은 2005.4.8. 쟁점주택을 1,350,000,000원에 양도하고 2005.5.13. 실지거래가액으로 양도차액을 산정하여 양도소득세를 신고하였다가 2008.3.17. 조세특례제한법시행령 제99조 의 3 제3항제2호의 신축주택취득자의 양도소득세 감면대상에 해당한다. 하여 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인의 위 경정청구에 대하여 법정처리기한까지 결과통지를 하지 아니하여 부작위에 의한 거부처분을 한 사실이 양도소득세 신고서 등 심리자료에 나타난다. (2)처분청이 작성한 1세대 1주택 비과세 검토조서에 의하면 쟁점주택의 공부상 면적은 토지 49.45㎡, 주거용도 121.74㎡이며, 청구인은 쟁점주택 양도당시 쟁점주택 외에 다른 주택은 없고, 1세대 1주택 비과세 요건인 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주 요건을 충족하는 것으로 나타나며, 검토자의견에 쟁점주택은 재건축 고가주택으로서 6억이하 1세대 1주택 비과세 처리하고 6억원 초과분에 대해 양도소득세 115,594,480원을 결정한다는 내용이 나타난다.

(3) 청구인 제시자료 및 처분청 심리자료, 서울행정법원 판결문(2007구합5127사건) 등에 의하면, 대치주공재건축조합은 2001.4.28.○○특별시 ○○구 ○○동 670 소재 ○○고층아파트의 재건축에 대한 사업계획승인을 받고, 위 대지상에 ○○○○○○7개동 805세대를 건립한 후, 2005.1.28. 그 사용승인을 받았으며, 그 과정에서 위 ○○○○○○아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트에 관하여 2002.3.27. 일반분양공고를 거쳐 일반분양계약을 체결하고 2002.4.27. 최초로 계약금을 납부받은 사실이 나타난다.

(4) 쟁점주택 등기부등본 및 공급계약서에 의하면, 청구인은 ○○○○아파트재건축조합의 조합원으로서 쟁점주택을 분양받아 2001.8.23. 조합원분단금 납부계약을 체결하였고, 2005.4.8. 매매를 원인으로 소유권을 이전한 사실이 나타난다. (5)처분청은, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 자기가 건설한 신축주택에 해당하고 신축주택취득기간(2001.5.23.~ 2003.6.30.) 경과후인 2005.1.28. 사용승인을 받은 주택이므로 신축주택취득자의 양도소득세 감면요건을 충족하지 아니하였다는 의견이고, 청구인은 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조 3 제1항 제1호에서 규정한 대통령령이 정하는 주택에 해당하며 같은법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 부합하여 감면요건을 충족한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (6) 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항은 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우’라는 제목으로, ‘2001년5월23일부터 2003년6월30일까지의 기간(이하 이종에서 󰡐신축주택취득기간 󰡑이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득한 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)’을 규정하고 있고, 그 위임을 받은 조세특례제한법시행령 제99조 의 3 제3항은 위 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 주택으로, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 ’주택조합 등‘이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 ’잔여주택‘이라 한다)으로서 신축주택취득기간 내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택’을 그 제2호에서 ‘조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에 한한다’라고 각 규정하고 있는 바, 위 법 제99조의 3 제1항 제1호가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받은 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 것도 위 법 제99조의 3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다 하겠다(대법원 2008.5.29. 선고 2007두146 판결 외 다수, 우리 원 국심 2007중5050, 2008.11.11. 합동회의 같은 뜻)

(7) 이상의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인이 재건축조합의 조합원으로서 취득한 쟁점주택이 신축주택취득기간 이후인 2005.1.28.사용승인 되었다 하더라도 재건축조합이 재건축아파트 중 조합원에게 공급하고 남은 잔여아파트를 신축주택취득기간 내인 2002.4.27. 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으며, 쟁점주택은 전용면적이 121.74㎡로서 대치주공재건축조합이 조합원 외 일반분양자들과 매매계약을 체결하고 그 계약금을 납부받은 2002.4.27. 당시의 구 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 구 소득세법 시행령(2002.10.1. 대통령령 17751호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호에서 정한 양도소득세 비과세대상에서 제외되는 고급주택의 면적 요건에 미달하여 신축주택에 대한 양도소득세 감면에서 제외되는 고급주택에는 해당하지 아니하므로(대법원 2008.6.12. 선고 2007두13371 판결 외 다수 같은 뜻), 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호 소정의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.