소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은 종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 입주권 상태로의 보유기간까지 즉, 종전주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용함
소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은 종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 입주권 상태로의 보유기간까지 즉, 종전주택의 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용함
○○세무서장이 2008.6.13. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 61,880,610원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】
① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】
① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 토지(괄호 생략) 또는 건물(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득
2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득
- 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)
○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】
① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(괄호 생략)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.
1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10
2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15
3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45
③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】
① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (이하 생략)
○ 소득세법 시행령 제155조 【1세대 1주택의 특례】
(17) 법 제89조 제2항 본문의 규정에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 1년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.
1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우
2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우
○ 소득세법 시행령 제156조 【고가주택의 범위】
① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액(1주택의 일부를 양도하는 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다)이 6억원을 초과하는 것을 말한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 심리자료에 의하면, 청구인이 1991.12.10. 종전주택을 115,000천원에 취득하여 보유하다가 ○○○○○단지아파트 재건축사업조합에 조합원으로 참여하고, 2002.11.29. 종전주택이 속한 아파트단지의 재건축사업계획이 승인되어 조합원으로서 재건축되는 전용면적이 114.70㎡인 아파트에 입주할 수 있는 쟁점입주권을 취득(재건축 부담금 257,406천원 부담)하였으며, 2006.12.28. 쟁점입주권을 1,312,406천원에 양도한 것으로 나타나고, 청구인 세대가 종전주택에서 1992.6.20.부터 1996.2.12.까지 약 5년 8개월간 거주하였고, 종전주택을 재건축당시까지 계속 보유하다가 재건축조합에 제공한 사실이 청구인이 제시한 주민등록초본 및 쟁점주택 등기부등본에 의하여 확인되며, 처분청이 1세대1주택에 해당하지 아니한다는 의견을 제시하고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 재건축사업계획 승인일 현재 청구인이 양도한 쟁점입주권은 소득세 법 시행령 제155조 제17항 의 규정에 따라 1세대1주택으로 보는 조합원입주권에 해당하는 것으로 보인다.
(2) 청구인은 1세대1주택으로 의제되는 쟁점입주권에 대하여 종전주택 취득일로부터 양도일까지의 기간에 해당하는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 장기보유특별공제는 토지․건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용되고, 입주권 상태로 보유한 기간에 발생한 양도차익에 대하여는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 의견이다.
(3) 소득세법제95조 제2항 등의 법령에 의하면 장기보유특별공제는 토지ㆍ건물 등 부동산의 양도차익에 대하여만 적용하고, 아파트입주권 등 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있고, 재건축아파트 입주권의 양도차익은 철거된 종전주택의 보유기간에 대한 양도차익과 입주권 상태로 보유한 기간에 대한 양도차익을 구분하여 계산한 후 이를 합산하도록 규정하고 있는 점으로 보아, 재건축아파트 입주권에 대한 장기보유특별공제는 원칙적으로 철거된 종전주택의 양도차익에 대하여만 적용하고 입주권 상태로의 양도차익에 대하여는 적용하지 아니하는 것임을 알 수 있으나, 예외적으로 소득세법 시행령 제155조 제17항 에서 재건축아파트 입주권 중 1세대1주택으로 의제되는 입주권(사업계획승인일 현재 철거된 종전주택이 1세대1주택의 비과세요건을 갖춘 것)의 양도에 대하여는 1세대1주택 비과세제도 적용시 납세의무자간 과세형평 등을 도모하고자 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도임에도 불구하고 조세정책상 이를 주택(부동산)의 양도로 의제하여 비과세하도록 규정하고 있고, 소득세법 제89조 제1항 제3호 등에서는 1세대1주택으로 의제되는 재건축아파트 입주권 중 양도가액이 6억원을 초과하는 입주권은 이를 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 분에 대한 양도차익에 대하여는 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다.
(4) 살피건대, 이 건 쟁점입주권과 같이 1세대1주택으로 의제되나, 고가주택에 해당되어 양도가액 중 6억원에 대하여는 비과세하고 6억원을 초과하는 분에 대하여 양도소득세를 과세하는 경우, 소득세법상 당해 입주권을 양도 당시 주택(부동산)인 것으로 의제하는 이상, 장기보유특별공제액의 계산시 그 대상이 되는 양도차익은 기존주택의 양도차익과 쟁점입주권의 양도차익을 합한 금액으로 하고, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어서도 보유기간에 따른 적용률은 종전주택의 보유기간 뿐만 아니라 쟁점입주권 상태로의 보유기간까지 즉, 종전주택의 취득일부터 쟁점입주권 양도일까지의 기간을 통산하여 적용하는 것이 타당하다 할 것이므로(국심 2006서3839, 2007.5.17., 국심 2004서4696, 2006.6.28. 국세심판관합동회의 결정 외 다수 같은 뜻임), 쟁점입주권 양도차익에 대하여 종전주택 및 쟁점입주권 보유기간을 합산하여 그에 해당하는 장기보유특별공제를 적용하여 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 청구인의 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.