부동산을 양도한 후 사업시행인가를 받은 경우에도 사업시행자에 해당됨

○○세무서장이 2008.6.5. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 311,737,220원의 부과처분은 청구인이 2006.12.29. 양도한 〈별지〉부동산 각각의 13분의 2 공유지분에 대하여 조세특례제한법제85조의 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

청구인은 2002.3.10.〈별지〉부동산의 각 13분의 2 지분(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 상속을 원인으로 취득하여 2006.12.29. (주)○○○개발(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도하고, 2007.6.1. 기준시가(양도가액 261,571,309원, 취득가액 151,131,722원)에 의하여 양도소득세를 신고하였다. 처분청은 양수인의 사업시행인가일이 쟁점부동산의 양도일 이후인 2007.4.5.인 사실을 확인하고 쟁점부동산 양도에 대하여 조세특례제한법제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 없다고 보아 실지거래가액(양도가액은 1,048,836,923원, 청구인이 상속을 원인으로 취득하여 취득가액은 기준시가에 의하여 153,365,921원으로 계산)에 의하여 양도차익을 산정하여 2008.6.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 311,737,220원을 경정․ 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.30. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 양수인은 소유자 총회를 통하여 제정된 규약에 따라 사업시행자로 지정되어 쟁점부동산 양도당시 이미 사업시행자로서의 지위가 성립되어 있었고, 도시 및 주거환경정비법상 사업시행자라 함은 정비계획의 수립․ 정비구역의 지정고시부터 준공까지 일련의 정비 사업을 시행하는 자를 의미하는 것이며, 조세특례제한법제77조와 연계하여 살펴볼 때, 조세특례제한법제85조의 사업시행자를 사업시행인가 고시 이후의 사업시행자로 한정하여 해석할 근거가 없으므로 쟁점부동산 양도 이후에 사업시행인가 고시가 있었다는 사유만으로 조세특례제한법 제85조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례의 적용을 배제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 도시 및 주거환경정비법 제40조 에 의하여 준용되는 공익사업을 위한 토지 등의 보상에 관한 법률제2조 및 제4조 등에 의하면, ‘공익사업’을 국가․지방자치단체․정부투자기관․지방공기업 또는 국가나 지방자치단체가 지정한 자가 주택의 건설 또는 택지의조성에 관한 사업을 시행하는 사업으로, 이러한 공익사업을 수행하는 자를 ‘사업시행자’로 각각 규정하고 있어 사업시행인가일 이전에 쟁점부동산을 양도한 이 건은 사업시행자에게 양도한 경우가 아니므로 조세특례제한법제85조의 양도소득세 과세특례 규정을 적용할 수 없는 만큼, 이와 다른 내용인 청구인 주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도가 조세특례제한법제85조의 규정에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

② 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

7. 제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산인 경우 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

(2) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것) 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제104조의2제1항 의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정 고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정 고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의2제1항 의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다)전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의2제1항 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조제2항제6호 및 동법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2005.12.31>

1. 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발 예정 지구를 지정한 날

2. 산업입지 및 개발에 관한법률 제7조의3 의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조 의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과 미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조 의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날 (3) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】 ⑨ 상속 또는 증여(상속세 및 증여세법 제33조 내지 제42조의 규정에 의한 증여를 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다.

(4) 도시 및 주거환경정비법(2007.12.21. 법률 제8785호로 개정되기 전의 것) 제2조【용어의 정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “정비사업”이라 함은 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역안에서 정비기반시설을 정비하고 주택 등 건축물을 개량하거나 건설하는 다음 각목의 사업을 말한다. 다만. 다목의 경우에는 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축사업을 포함한다.

• 라. 도시환경정비사업: 상업지역․ 공업지역 등으로서 토지의 효율화 등이 필요한 지역에서 도시환경을 개선하기 위하여 시행하는 사업

8. “사업시행자”라 함은 정비 사업을 시행하는 자를 말한다. 제28조【사업시행인가】① 사업시행자(제8조제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

② 시장ㆍ군수는 제4조제1항의 규정에 의한 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축사업의 사업시행인가를 하고자 하는 경우에는 건축물의 높이ㆍ층수ㆍ용적률 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여 건축법 제4조 의 규정에 의하여 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다)에 설치하는 건축위원회(이하 "건축위원회"라 한다)의 심의를 거쳐야 한다.

④ 시장ㆍ군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장ㆍ군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경ㆍ중지 또는 폐지하는 경우에는 국토해양부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○시 ○○구청장의 건축계획심의결과 통보서(도시관리과-, 200,.), 사업시행변경인가 신청서 접수증(200.12.15.), 사업시행인가고시(200.4.5.) 및 이 건 과세근거자료 등에 의하면 쟁점부동산과 관련하여 아래와 같은 사실관계가 확인된다. (가) 청구인은 2002.3.10. 쟁점부동산을 취득(원인: 상속) 하였는데, 쟁점부동산의 소재지는 2004.5.15. 도시환경정비구역(○○로 제1구역 제53지구, ○○시 ○○구)으로, 2005.6.30. 일반투기지역으로 각각 지정되었다. (나) 양수인은 2006.8.16. ○○시 ○○구청장에게 건축계획심의 신청을 하였으며, 이에 ○○시 ○○구청장은 2006.11.17. 건축심의 결과(조건부 동의)를 통보하였다. (다) ○○로 1구역 제○○지구 일대 부동산 소유자들은 2006.12.11. 임시총회를 개최하여서 양수인을 정비사업자로 지정(규약 제7조)하는 도시환경정비사업 규약을 의결하였고, 양수인을 정비사업자로 지정(규약 제7조)하는 도시환경정비사업 규약을 의결하였고, 양수인은 2006.12.15. ○○시 ○○구청장에게 사업시행인가를 신청(토지 소유자 79.59% 동의, 건축물 소유자 100%동의) 하였다. (라) 청구인은 2006.12.29. 양수인에게 쟁점부동산을 양도하였고, ○○시 ○○구청장은 2007.4.5. 양수인을 사업시행자로 지정하는 등의 내용으로 도시환경정비사업 시행인가․ 고시를 하였다.

(2) 조세특례제한법제85조에서 투기지정지역 내의 공익사업용 부동산에 대하여 양도소득세 과세특례를 규정하고 있는 입법취지는 투기 부동산의 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액이 아니라 기준시가에 의할 수 있도록 함으로써 납세자의 조세부담을 완화함과 동시에 공익사업의 원활한 시행을 도모하기 위함에 있다(대법원 2007.12.27. 선고 2006두 16779, 같은 뜻임) 하겠다.

(3) 도시 및 주거환경정비법제2조 제8호에서 정비 사업을 시행하는 자를 “사업시행자”로 규정하는 한편, 같은 법 제28조 제1항과 제4항에서 사업시행자는 정비 사업을 시행하고자 하는 경우 사업시행계획서를 지방자치단체장에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 하고, 사업시행인가를 신청하기 전에 토지 등 소유자의 동의를 얻어야 한다고 규정하고 있을 뿐이며 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 반드시 얻어야 한다고 규정하고 있지는 아니한 점 및 과세형평상 사업시행인가 이전에 사업시행에 협조하여 미리 토지를 양도한 자가 그 이후에 양도한 자와 비교하여 불이익을 받아야 할 합리적 이유가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 양수인이 이미 지방자치단체 건축위원회로부터 건축계획심의결과를 통보받고 부동산 소유자들의 동의를 얻어 건축 계획서를 작성하여 사업시행인가를 신청하는 등 사실상 사업시행자로서의 역할을 수행한 것으로 보이고, 특히 사업시행인가 신청일 이후에 쟁점부동산을 양도한 후 양수인이 사업시행인가를 받아 사업시행자로 지정된 이 건은 쟁쟁부동산을 조세특례제한법제85조에서 규정하는 ‘당해 사업시행자에게 양도한 경우’에 해당한다고 해석함이 합리적이라 할 것이다.

(4) 따라서, 위와 같이 쟁점부동산의 양도가 조세특례제한법제85조의 양도소득세 과세특례의 적용요건을 충족하지 아니한다고 인정할 만한 근거가 없는 이상, 과세특례의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 기준시가에 따라 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.