신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부

○○세무서장이 2008.5.15. 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 7,486,970원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○제1구역주택재개발조합의 조합원으로 참여하여 ○○○○시 ○○구 ○○○동 325 ○○○○○○○ 708동 2209호(건물 전유부분 84.88㎡로 국민주택규모 이하의 주택이며, 이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하였다가 2004.10.20. 양도하고 2004.10.25. 양도소득세 7,486,970원을 예정신고 및 납부하였으나, 2008.4.7. 쟁점아파트의 양도가 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 100% 감면대상이라고 하여 기납부한 양도소득세 7,486,970원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 조합원이 주택재개발조합으로부터 신축주택을 분양받을 경우 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.)내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 감면대상에 해당하는 것이나, 쟁점아파트는 2001.2.15. 사용승인을 받아 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 2008.5.15. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.7.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 주택재개발조합의 조합원자격으로 쟁점아파트를 취득하였고, 쟁점아파트는 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.) 경과 후인 2001.2.15. 사용승인을 받았으나, 신축주택취득기간내인 1998.12.21.~1998.12.22. 기간 중에 주택재개발조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로 청구인이 양도한 쟁점아파트에 대하여 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 규정에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 제99조 제3항 제2호 에서 조합원이 취득하는 주택은 같은 법 제99조 제1항 제2호의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 하며, 조합원이 주택조합으로부터 취득한 것이 같은 법 제99조 제1항 제1호에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정되는 것인 바, 청구인은 쟁점아파트를 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점아파트는 같은 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당되며, 같은 법 제99조 제1항 제1호를 적용받기 위해서는 신축주택 취득기간내에 사용승인을 받아야 하나, 청구인의 쟁점아파트는 사용승인일이 2001.2.15.이므로 감면대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 쟁점아파트가 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택 취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 ○○제1구역주택재개발조합의 조합원으로 참여하여 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.)이 경과한 2001.2.15. 사용승인을 받은 쟁점아파트를 2004.10.20. 양도한 사실 및 위 주택재개발조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대를 신축주택취득기간 중인 1998.12.21.~1998.12.22. 기간 중에 계약을 체결하여 일반 분양한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청은 청구인의 2008.4.7.자 경정청구에 대하여 청구인이 쟁점아파트를 주택재개발조합의 조합원자격으로 취득한 것이고 조합원자격으로 취득한 경우 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받아야 하나 그 기간을 경과한 2001.2.15. 쟁점아파트에 대한 사용승인을 받았다고 하여 2008.5.15. 청구인의 경정청구를 거부하였으나, 청구인은 관련법령인 조세특례제한법 시행령제99조 제3항 제2호의 해석상 주택재개발조합이 신축주택취득기간 중에 잔여주택을 일반인에게 분양하고 계약금을 납부받은 사실이 있으므로 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받은 경우에도 감면대상으로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(3) 청구인이 증빙자료로 제시하는 쟁점아파트에 대한 공급계약서에 따르면, 청구인이 ○○제1구역주택재개발조합과 2000.2.27. 조합원 공급분인 쟁점아파트에 대하여 계약을 체결한 사실이 나타나고, ○○은행 사이트 분양아파트 검색결과에 의하면 ○○제1구역주택재개발조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대(891세대)를 일반인에게 분양하면서 계약기간을 1998.12.21.~1998.12.22.로 정하여 공고한 사실이 확인되며, 쟁점아파트에 대한 집합건축물대장 및 등기부등본에 의하면 쟁점아파트의 건물 전유부분은 84.88㎡이고 2001.2.15. 사용승인을 받아 2001.4.14. 청구인 명의로 소유권보존 등기한 사실이 확인된다.

(4) 살피건대, 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점 및 같은 법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 공급받는 이른바 조합원 공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 것도 위 법 제99조 제1항 제2호 소정의 양도소득세 과세특례 적용대상이 되는 신축주택에 포함된다고 보는 것이 타당하다고 할 것이다(대법원 2008.5.29. 선고 2007두146 판결; 국심 2007중 5050, 2008.11.10., 합동회의결정, 같은 뜻임).

(5) 따라서, 청구인이 주택재개발조합의 조합원으로서 취득한 쟁점아파트에 대하여 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.) 이후인 2001.2.15. 사용승인을 받았다고 하더라도, 주택재개발조합이 조합원에게 공급하고 남은 잔여 아파트를 신축주택취득기간내인 1998.12.21.부터 1998.12.22.까지의 기간 중에 조합원 외의 자에게 일반분양하고 계약금을 지급받은 사실이 있으므로 쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조 제1항 의 규정에 의한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례적용 대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.