분양계약 해제로 수정세금계산서를 교부받은 경우 당초 공제받은 매입세액을 신고 납부하여야 함

심판청구를 기각합니다.

청구인은 2004.3.2. 주식회사 서○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 ○○시 ○○구 ○○동 12-10 ○○휴플러스 301호(이하 “쟁점1건물”이라 한다) 및 같은 건물 306호(이하 “쟁점2건물”이라 하고, 쟁점1건물과 합하여 이하 “쟁점건물”이라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2004.3.29. 쟁점1·2건물에 대한 부동산임대업으로 사업자등록을 한 후(개업일 2004.3.2.), 청구외법인으로부터 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받아 오다 잔금을 납부하지 않은 상태에서 분쟁이 발생하여 법원의 화해조서에 의해 종결(2007.10.5.)됨에 따라 청구외법인으로부터 2007.10.12.을 작성일자로 한 공급가액 196,420,828원 및 공급가액 159,694,244원의 감액 수정세금계산서를 교부받고 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 이에 따라 청구인이 당초 공제받은 매입세액(19,642,080원 및 15,969,420원)에 가산세(4,500,000원 및 3,658,590원)를 포함하여 2008.5.6. 청구인에게 2007.2기 부가가치세 24,142,080원 및 19,628,010원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.15. 이의신청을 거쳐 2008.6.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구외법인이 법원의 화해조서를 근거로 청구인에게 감액 수정세금계산서를 교부할 당시(2007.10.12.)는 청구인이 쟁점건물에 대한 부동산임대사업자가 아니라 청구외법인과 분양계약을 체결(2007.4.17.)하고 소유권이전등기(2007.5.21.)를 한 장○○ 외 1인이며, 청구인이 2007.5.21. 적법하게 폐업신고를 하였으므로 실질적인 폐업이 된 것이고, 폐업일에 잔존재화가 없어 사업자의 지위에 있지 아니한 청구인에게 세금계산서를 잘못 교부하였음은 물론 세금계산서를 교부받을 의무가 없는데도 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부동산매매업을 영위하는 사업자가 사업용 건물 신축 중에 분양계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 지급받고 세금계산서를 발행 신고하였으나, 당초 분양계약이 취소된 경우에는 그 사유가 발생한 때에 부가가치세법 시행령 제59조 의 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부할 수 있는 것이며, 계약해제 관련분쟁이 발생하여 수정세금계산서를 교부하려고 하는 경우 수정세금계산서의 교부시기는 법원의 확정 또는 조정판결을 받은 때이므로, 분양계약의 해제로 인한 청구외법인의 수정세금계산서는 법원의 화해조서로서 소송이 종결된 시기에 교부됨이 타당하므로 청구인에게 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 임대목적으로 상가를 분양받고 매입세액을 공제받은 후, 분양계약의 해제로 청구외법인의 감액 수정세금계산서를 교부받고 무신고함에 따라 공제받은 매입세액에 가산세를 포함하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하“세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 시행령 제59조 (1994.12.31, 대통령령 제14471호로 개정된 것)【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제59조 (2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정된 것)【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

3. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 기재하고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우: 세무서장이 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 작성하되, 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 작성하여 교부하고, 수정하여 교부하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련자료 및 결정결의서 등에 의하면, 청구인은 2004.2.24. 청구외법인으로부터 ‘○○휴플러스 3층 A호’를 1,136,310,000원에 분양받기로 하고 2004.3.2. 이를 분할 구분한 점포 A·F·G호로 하여 분양계약을 체결한 후, 2004.3.29. 점포 A를 301호(이하 “쟁점1사업장”이라 한다)로 하고 점포 F·G를 306호(이하 “쟁점2사업장”이라 한다로 하여 부동산임대사업자로 사업자등록신청을 하고(개업일 2004.3.2.), 2004.1기~2006.1.기 과세기간 중 분양대금의 납부에 따라 청구외법인으로부터 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받았으며, 처분청은 청구외법인이 분양계약의 해제에 따라 청구인에게 감액 수정세금계산서를 교부(2007.10.12.)하였는데도 청구인이 무신고하였다 하여 당초 공제받은 매입세액에 가산세를 포함하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 확인된다. <청구인의 매입세액 공제내역> (단위: 원) 쟁점1사업장 쟁점2사업장 공급가액 환급세액 공급가액 환급세액 2004.1기 예정 122,763,018 12,276,301 29,942,671 2,994,267 2004.1기 확정 73,657,811 7,365,781 49,904,452 4,990,445 2004.2기 확정 49,105,207 4,910,521 19,961,781 1,996,178 2005.1기 예정 49,105,207 4,910,520 19,961,780 1,996,178 2005.1기 확정 49,105,207 4,910,521 19,961,780 1,996,178 2005.2기 확정 49,105,207 4,910,521 19,961,780 1,996,178 2006.1기 예정 49,105,207 4,910,521 441,946,860 44,194,686 159,694,244 15,969,424

(2) 청구인은 청구외법인이 수정세금계산서를 교부할 당시(2007.10.12.) 이미 쟁점사업장에 대한 폐업신고를 적법하게 하였을 뿐만 아니라 폐업일(2007.5.21.) 현재 쟁점건물이 제3자에게 소유권이전등기가 되었으므로 부가가치세법상 사업자가 아니어서 세금계산서를 교부받거나 부가가치세를 납부할 의무가 없을 뿐만 아니라 폐업일에 잔존재화도 없다고 주장하므로, 이에 대하여 살펴본다. (가) 분양계약해제와 관련한 자료 등을 보면, 청구인은2006.1.20. 및 2006.5.30. 계약서상 공용면적과 공부상 면적차이 등을 이유로 잔금을 납부할 수 없음을 청구외법인에게 통보하였고, 청구외법인은 청구인에게 구두 또는 서면으로 수차례 잔금납부통지를 하였음에도 불구하고 계속 계약내용을 이행하지 않아 이미 분양계약이 2006.4.25.자로 해제되었음을 통보(2006.6.8. ○○우체국 내용증명)한 사실이 확인된다. 한편, 쟁점건물에 대한 분양계약서를 보면, 제10조(해약 및 손해배상) 제1항에서 청구외법인은 청구인이 다음 각호의 행위를 하였을 경우 이행의 최고 등 다른 법적절차를 취함이 없이 일방적으로 본 계약을 해약할 수 있다고 하면서, 중도금 혹은 잔금을 30일 이상 연체할 경우로 약정하고 있다. (나) 청구인이 2006.8.9. ○○고등법원에 제출한 소장 등을 보면, 청구인은 청구외법인이 2006.6.8. 잔금납부 불이행을 이유로 계약해제통보를 한데 대해, 사기 또는 착오를 원인으로 분양계약을 취소한다고 하면서 청구외법인을 상대로 ‘계약금 및 중도금 반환청구의 소송’을 제기한 사실을 알 수 있다. (다) 청구외법인은 ○○고등법원의 화해조서에 의해 소송이 종결되자 2007.10.12.을 작성일로 하여 감액 수정세금계산서(공급가액 △196,420,828원 및 △159,694,244원)를 청구인에게 교부하고 2007.2기 과세기간에 매출세액에서 동 매출세액을 차감하여 부가가치세를 신고하였고, 청구인은 처분청이 이 건 과세예고통지(2008.4.2.)를 한 후인 2008.6.8. 폐업일을 2007.5.21.로 하여 폐업신고를 한 사실이 확인된다. (라) 사업자가 폐업하는 경우 해당 과세기간에 대하여 사업장 관할세무서장에게 자진 신고·납부하여야 하고, 부동산임대사업자가 사업자등록을 하고 계약금 등에 대한 세금계산서를 상가신축(분양)사업자로부터 교부받아 매입세액 공제로 하여 부가가치세를 환급받았으나, 당해 계약이 해제된 경우에는 부가가치세법 제5조 및 같은법 시행령 제59조의 규정에 의하여 수정세금계산서를 교부받아야 하는 것이며 당초에 공제(환급)받은 매입세액은 당해 계약해지가 발생한 때가 속하는 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 이를 반영하여 납부하여야 하는 것인 바(조심2008서1009, 2008.6.19. 같은 뜻), 청구인이 폐업신고를 하여 사업자의 지위에 있지 아니한다 하여 당초 공제받은 매입세액에 대한 신고납부의무가 면제되는 것은 아니라 할 것이다. (마) 이 건의 경우, 청구인이 부동산임대사업자로 등록을 하고 상가분양사업자로부터 계약금 등에 대한 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제(환급)받은 후 당해 분양계약이 청구인의 잔금미납부로 인하여 2006.4.25. 해제되었으므로, 해제일이 속하는 과세기간(2006.1기)에 당초 공제받은 매입세액을 신고납부함이 타당하다 할 것이고(청구외법인의 관할세무서장이 2007.2기 과세기간에 발행된 감액 수정세금계산서의 적법여부를 가려서 다시 과세하는 것은 별론임), 따라서 청구인이 동 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 이를 반영하여 신고납부하지 아니하였으므로 당초 공제받은 매입세액에 가산세를 포함하여 과세하는 경우 이 건 과세처분보다 부담세액이 더 커지게 되므로, 불이익변경금지의 원칙에 따라 처분청의 결정을 그대로 유지함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.