경정될 것을 미리 알고 수정 신고한 것으로 볼 수 있는지 여부

1. ○○세무서장이 2008.4.4. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 38,882,600원 및 2005사업연도 법인세 13,126,940원의 부과처분은 근로자 원천징수 보험료 5,140,315원 및 5,997,870원을 각 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. ○○지방국세청장은 청구법인의 거래처인 ○○운수를 세무 조사하여 ○○운수가 가공 세금계산서를 수수하였고 청구법인이 ○○운수로부터 2004년 제1기 ~2005년 제2기에 411,318,000원의 가공매입세금계산서를 수취한 사실을 확인하였다.
• 나. 처분청은 청구법인을 조사하여 과다 매입신고액 405,769,000원(2004년 제1기 39,800,000원, 2004년 제2기 129,376,000원, 2005년 제1기 97,680,000원, 2005년 제2기 138,913,000원) 중 청구법인이 수정신고 한 114,557,000원(2005년 제1기 55,040,000원, 2005년 제2기 59.517.000원)을 제외한 공급가액 291,212,000원(2004년 제1기 39,800,000원, 2004년 제2기 129,376,000원, 2005년 제1기 42,640,000원, 2005년 제2기 79,396,000원)의 매입세액을 불공제하여, 2008.4.4. 청구법인에게 부가가치세 44,200,780원(2004년 1기 6,381,930원, 2004년 제2기 20,021,290원, 2005년 제1기 6,371,690원, 2005년 제2기 11,425,870원)을 경정․고지하고, 법인세 52,009,540원(2004사업연도 38,882,600원, 2005사업연도 13,126,940원)을 부과하였으며, 청구법인의 과다 매입신고액 중 부외인건비 125,935,000원(2004년 53,178,890원, 2005년 72,756,130원)을 제외한 320,410,880원(2004년 132,914,740원, 2005년 187,496,170원)을 대표자 상여 처분하여 소득금액 변동통지 하였다. 다 청구법인은 이에 불복하여 2008.6.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) ○○운수로부터 수취한 세금계산서 2004년 169,176,000원(230건), 2005년 242,142,000원(116건)을 매입세액으로 공제하여 신고한 후, 2005년도 114,557,000원을 청구법인이 자체 부인하여 2006년 9월 수정신고 하였다. 법인 직영차량외의 지입차량에 대하여는 현금거래를 하는 물류업계의 관행에 따라 2004년 9월까지 지입차량으로 알고 염○○에게 현금을 지급하였으나, 염○○가 지입차량의 실질 차주임을 알게 된 2004년 10월부터 2005년 12월까지는 운송비를 염○○에게 계좌이체 하였으므로, 계좌이체 된 43,617,000원을 운송비로 인정하여 매입세액 공제하여야 한다.

(2) 청구법인이 정규직 및 잡급직 직원에게 2004년 402,502,690원(정규직 258,181,590원, 잡급직 144,321,100원), 2005년 359,986,990원(정규직 273,602,990원, 잡급직 86,384,000원)을 현금으로 지급하였던 바, 연봉계약서에 합의된 금액은 근로기준법에 의하여 준수하지 않을 수 없는 금액이므로 인건비로 인정되어야 하며, 계좌 이체된 금액에 포함되지 아니한 4대 보험료와 잡급직 인건비 중 본인이 확인한 금액은 인건비로 인정되어야 한다.

(3) 2005년 ○○운수로부터 수취한 세금계산서 중 지출근거가 없는 운송비 114,557,000원을 가공경비로 보아 2005사업연도 결산서에 선급비용으로 자산계정에 계상하면서 상대계정을 가공가수금으로 처리하였으나, 가공채무가 상여처분의 대상이 될 것을 우려하여 2006.8.31. 대표자 임○○이 법인계좌에 114,557,000원임을 입금하고 2006.9.7. 법인세 수정신고를 하였다. 처분청은 경정할 것을 알고 수정신고 하였다고 하여 대표자 상여처분 하였으나, 과세표준이나 세액의 변동을 초래하지 아니하는 계정과목의 변동은 수정신고의 대상이 아니고 처분청이 자료제출을 요구한 시점은 2007.5.4.로서 청구법인의 수정신고와는 무관하므로 상여처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 당해 운반비 중 실질사업자 염○○에게 5회에 걸쳐 계좌 송금한 43,617,000원에 상당하는 매입세액의 공제를 주장하나, 이는 염○○가 타인명의로 발행한 세금계산서로서 부가가치세법제17조 제2항의 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 매입세액 공제대상이 아니다.

(2) 청구법인의 인건비 지급여부를 확인하기 위한 재조사 과정에서 관련 지출증빙을 요구하자 청구법인은 2004 ~ 2005년 작성되었다고 주장하는 작업일지 등을 제출하였으나 당일의 작업내용, 동원인원, 작업시간 등이 구체적으로 기재된 현재의 청구법인의 작업일지와 달리 제출된 작업일지는 단순히 인원만 기재되었고 모두 같은 필체로 작성되어 신빙성이 없는 가공자료로 판단된다.

(3) 청구법인의 수정신고는 ○○지방국세청장이 ○○운수에 대한 자료상조사를 시작한(2006.6.8) 후에 수정 신고한 것으로서 법인세법시행령 제106조 제4항 단서의 규정과 같이 경정이 있을 것을 미리알고 선급금을 대표자로부터 회수하고 수정 신고한 것이므로 대표자에 대한 상여처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 계좌 이체한 43,617,000원을 운반비로 보아 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부

② 현금으로 지급하였다는 급여 및 근로자로부터 원천징수한 4대 보험료를 인건비로 인정할 수 있는 지 여부

③ 청구법인이 경정될 것을 미리 알고 수정 신고한 것으로 보아 수정 신고한 금액을 대표자 상여 처분 할 수 있는지 여부청구인이 쟁점주택의 양도당시 1세대3주택 이상에 해당하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1)부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매 장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매 장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수 관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고 기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외 유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외 유출된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인은 ○○운수 대표 염○○에게 계좌 이체한 43,617,000원이 운반비이므로 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있고, 통장사본에 의하면 청구법인의 계좌(○○은행 298---)에서 2005.1.12. ~ 2006.1.24. 중 5회에 걸쳐 43,617,000원이 염○○에게 이체된 것으로 나타난다. (나) 부가가치세법 제17조 제2항 에서는 교부받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 불공제하도록 규정하고 있다. ○○지방국세청의 ○○운수에 대한 세무조사 결과를 보면, ○○운수의 대표 염○○는 부녀자 등 다수의 명의를 빌려 지입차주로 사업자등록을 하고 2002년 제1기 ~ 2006년 제1기 중 566개 업체에 30,593,990,000원의 가공, 위장 세금계산서를 교부하였고, 그 중 청구법인에게 교부한 가공세금계산서는 411,318,000원이며, ○○운수의 거래처는 부가가치세 상당액만을 염○○에게 송금하거나 공급대가 전액을 염○○의 계좌에 입금하였다가 부가가치세를 제외한 금액을 돌려받은 것으로 나타난다. 청구법인이 염○○에게 계좌 이체한 43,617,000원이 운반비로 지급한 것인지 여부가 확인되지 아니할 뿐 아니라, 해당 세금계산서는 실질 사업자인 염○○가 아닌 타인명의로 교부된 세금계산서로서 부가가치세법 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로, 관련 매입세액에서 공제하기 어렵다고 판단된다. (다) 따라서, 처분청이 염○○에게 송금된 43,617,000원의 매입세액을 공제하지 아니하고 과세한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다. (2)쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인은 인건비가 큰 비중을 차지하는 노동집약 업종으로서 4대 보험(국민연금보험, 국민건강보험, 산재보험, 고용보험)의 보험료 부담 등을 줄이기 위해 인건비의 일부를 현금으로 지급하였으나 대부분을 인건비로 인정받지 못하였고, 급여세서 원천징수한 4대 보험료 또한 인건비로 인정받지 못하였으므로 이들을 인건비로 인정하여야 한다는 주장이다. (나) 청구법인은 정규 직원에게 지급한 연봉계약서상의 연봉 및 특근수당의 합계액인 2004년 402,502,690원(정규직 258,181,590원, 잡급직 144,321,100원), 2005년 359,986,990원(정규직 273,602,990원, 잡급직 86,384,000원)을 모두 인건비로 인정하여야 한다고 주장하였고, 처분청이 청구법인의 실지 지급여부를 조사하여 아래 〈표1〉과 같이 현금지급 분 인건비를 인정한 사실이 확인된다. 〈표1〉인건비 주장금액 및 인정금액 (단위: 백만원) 연도 당초계상액(a) 법인주장액 인건비확인액 추가인건비 (b-a) 계좌송금 현금지출 계(b) 2004년 213 381 239 27 266 53 2005년 177 314 214 36 250 73 계 390 695 453 63 516 126

• 주) 현금지출인건비는 통장 입출확인 시 인건비로 출금된 금액범위 내에서 인정함 처분청의 조사결과에 의하면, 현장별로 작성자가 상이하고 작업내용, 동원인원, 작업시간 등이 구체적으로 기재되고 있는 현재의 작업일지와 달리, 2004년 및 2005년에 작성되었다는 작업일지는 필체가 동일하고 인원만 기재된 것으로서 사후에 작성된 것으로 보여 신빙성을 인정하기 어렵고, 청구법인의 계좌 입출금 내역에 의하는 경우 아래 〈표2〉와 같이 처분청이 인정한 현금 지급분외에 추가로 현금을 지출할 수 있는 재원이 없으며, 매출대금도 대부분 통장에 입금되는 점을 고려하면 통장거래 외에 추가로 자금을 조성하여 인건비를 지출하였다고 보기 어렵다고 판단된다. 〈표2〉청구법인 등 통장 입출금 집계 (단위: 백만원) 연도 구분 항목 법인통장 개인통장 합계 2004년 입금 매출대금 1,054 10 1,064 기타입금 85 85 출금 인건비 224 7 231 기타원가 590 6 596 기타출금 229 229 2005년 입금 매출대금 966 8 974 기타입금 162 162 출금 인건비 224 3 227 기타원가 662 1 663 기타출금 314 314 따라서 한○○외 7인과 체결한 연봉계약서상의 금액이 모두 인건비로 지급되었다고 보기 어렵고 고○○외 3인에게 작업현장에서 현금으로 지급하였다는 금액은 계좌에서 인출된 사실이 있을 뿐, 인출된 현금이 인건비로 지급되었는지 여부는 확인되지 아니하며, 당사자의 확인서는 임의작성이 가능한 것으로 신빙성을 인정하기 어려우므로 이들 금액은 인건비로 인정하기 어렵다고 판단된다. (다) 청구법인이 납부한 4대 보험료는 아래 〈표3〉과 같이 2004년 12,350,310원, 2005년 14,168,560원인 사실이 국민연금보험료 사업장 가입자 납부증명(2009.7.140. 국민연금공단), 건강․장기요양보험료 납부확인서(2009.7.9. 국민건강보험공단), 민원인용 징수카드 산재보험, 고용보험(2009.7.9. 근로복지공단 ○○지점)에 의하면 근로자가 부담한 4대 보험료는 2004년 5,140,315원, 2005년 5,997,870원으로 확인된다. 청구법인이 근로자에게 계좌 이체한 급여에는 원천징수한 4대 보험료가 제외되었고, 처분청은 계좌 이체된 급여와 현금으로 지급된 급여 중 일부만을 인건비로 인정하여 근로자가 부담한 4대 보험료는 인건비로 인정하지 아니한 사실이 확인된다. 따라서 근로자의 급여에서 원천징수한 4대 보험료는 청구법인의 인건비로 인정되어야 할 것으로 판단된다. 〈표3〉4대 보험료 납부금액 (단위: 원) 2004년 2005년 회사부담 근로자부담 회사부담 근로자부담 국민연금 3,145,950 3,145,950 3,586,500 3,586,500 건강보험 1,717,250 1,717,250 2,132,370 2,132,370 산재보험 1,916,110 2,017,820 고용보험 430,685 277,115 434,000 279,000 소계 7,209,995 5,140,315 8,170,690 5,997,870 합계 12,350,310 14,168,560

(3) 쟁점③에 대하여 본다. (가)청구법인은 2005년에 ○○운수로부터 받은 세금계산서 중 지출근거가 없는 운반비 114,557,000원을 가공경비로 계산하여 2005사업연도 선급비용(자산계정)으로 처리하였다가, 2006.8.31. 대표 임○○이 법인계좌에 같은 금액을 입금하고 2006.9.7. 법인세 수정신고를 하였다. 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서 등에 의하면 처분청은 청구법인의 2005사업연도 가공매입금액에서 처분청이 인정하는 부외인건비 71,756,130원을 제외한 187,496,170원을 대표자 상여로 소득처분 하였고, 소득처분 금액에는 위 가공운반비와 관련된 126,012,700원이 포함된 것으로 나타난다. (나) 법인세법 시행령제106조 제4항 단서에서는 ‘세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리알고 사외 유출된 금액을 익금 산입하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다. 이는 본문의 규정에 의하여 당해 법인이 수정신고 기한 내에 부당하게 사외 유출된 금액을 회수하고 익금 산입하여 신고하는 경우에는 그 소득처분을 유보로 하여 과도한 세 부담의 불이익이 없도록 하는 대신, 처분청으로부터 세무조사 통지를 받거나 과세자료에 대한 소명안내문을 받는 등 처분청의 경정이 있을 것이 충분히 예상되는 상황에서 당해 법인이 상여처분을 면할 목적으로 사외 유출된 금액을 회수하고, 익금 산입하여 신고하는 경우에는 그 소득 처분을 상여로 하여 소득세를 추가로 과세하겠다는 취지로 보인다. (다) ○○지방국세청의 ‘거래사실내역조회(조사과-677, 2006.7.11)에 의하면, ○○지방국세청장은 2006.6.8. ~ 2006.9.22. ○○운수 염○○의 개인제세 통합조사 및 관련 39개 사업자의 부가가치세 조사를 실시하였고, 확인대상 거래처(904개 사업장)에는 청구법인이 포함되었으며, 회신기한을 2006.7.21.로 기재한 거래사실 조회서를 각 거래처에 통보한 것으로 나타나고, ’개인제세 및 부가가치세조사 관련 거래처 현지 확인 실시계획(조사과-718, 2006.7.19)에 의하면, ○○지방국세청장은 청구법인을 포함한 15개 거래업체에 대하여 현지 확인계획을 수립하여 실시한 것으로 나타난다. (라) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인은 수정신고는 과세표준이나 세액의 변동을 초래하지 아니하는 계정과목의 변동에 불과하고 처분청이 자료제출을 요구한 시기(2007.5.4)보다 8월 전이므로 가공운반비와 관련된 126,012,700원의 소득처분은 부당하다는 주장이나, 가공경비로 계상하여 선급비용으로 처리하였다가 대표자가 법인계좌에 입금한 금액은 사외유출 되었던 것으로 보아야 하고, 청구법인의 수정신고(2006.9.7)는 ○○운수 및 청구법인에 대한 조사가 착수된 2006.6.8.이후로서 ○○지방국세청장으로부터 거래사실 조회서를 수취하고 현장조사가 실시된 후이므로 청구법인은 경정이 있을 것을 미리 알았던 것으로 보인다. (마) 따라서, 처분청이 126,012,700원을 대표자에게 상여처분하고 소득금액 변동통지 한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.