재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용 여부

도봉세무서장이 2007.12.30. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 26,973,090원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1981.10.5. 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○-○○번지 주택을 취득하여 보유하던 중 ○○동 ○○○○○조합(1999.9. 사업계획승인)으로부터 2004.12.23. 사업승인이 된 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○-○번지 ○○○○○○○ ○○○동 ○○○○호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 조합원 자격으로 분양받아 2005.2.22. 소유권 이전등기를 한 후, 2006.12.26. 양도하고 양도소득세 26,973,090원을 신고․납부하였다가, 2007.10.23. 처분청에 ‘쟁점주택이 2004.12.23. 사용승인을 받은 주택으로서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 및 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 의 주택에 해당되므로 신축주택취득기간인 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중 주택조합이 조합원 이외의 자(이하 “일반분양자”라 한다)와 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하는 경우에는 양도소득세를 100% 감면받을 수 있는 것인데도 청구인은 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받은 경우에만 양도소득세가 감면되는 줄로 잘못 알고 양도소득세를 납부하였으므로 청구인이 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 재건축조합원의 자격으로 쟁점주택을 취득하였으므로 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받은 경우에만 양도소득세가 감면되는 것이나, 쟁점주택은 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받았으므로 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 양도소득세 감면을 적용할 수 없다 하여 2007.12.30. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.25. 이의신청을 거쳐 2008.6.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 재건축조합의 조합원 자격으로 쟁점주택을 취득하였고, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하는 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지) 경과 후인 2004.12.23. 사용승인을 받았으나, 신축주택 취득기간 내인 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중 재건축조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로, 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당함에도 이를 배제한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 및 조세특례제한법 시행령제99조의3 제3항 제2호의 규정은 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 적용되는 감면규정이므로 쟁점주택에는 적용할 수 없고, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 주택에 대하여는 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제2호 가 적용되어야 할 것이나, 동 규정에 의할 경우 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받은 쟁점주택은 감면 대상으로 볼 수 없으므로 청구인의 감면신청을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택이 취득기간 후에 사용승인된 경우로서 취득기간 내에 일반분양한 사실이 있는 경우에는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

○조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

○조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제2조 【일반적 적용례】 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

○조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상 소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정․고시된 분당․일산․평촌․산본․중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시재개발법 제34조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 ○○○○○조합의 조합원 자격으로 2002.9.14. 쟁점주택을 분양받았고, 2004.12.23. 쟁점주택에 대한 사용승인을 받았으며, 2005.2.22. 청구인의 명의로 소유권 이전등기한 쟁점주택을 2006.12.26. 양도하였음이 처분청 조사자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 제출한 ○○○○○조합의 분양자료에 의하면, ○○○○○조합이 조합원 분양분을 제외한 잔여주택에 대하여 조합원 이외의 일반분양자와 분양계약을 체결한 날은 2002.9.23.부터 2003.9.25.까지 3일간으로 신축주택취득기간 이내인 것으로 나타난다.

(3) 위 조세특례제한법 제99조의3 제1항 은 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서, 그 제1호에서 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우라는 제목으로, ‘신축주택취득기간 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)’을 규정하였고, 그 위임을 받은 조세특례제한법 시행령제99조의3 제3항은 법 제99조의3 제1항 제1호 소정의 대통령령이 정하는 주택이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합이 그 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택으로서 신축주택취득기간 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택’을, 그 제2호에서 ‘조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다’고 각 규정하였는 바, 위 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 가 ‘대통령령이 정하는 주택’을 잔여주택으로 한정하여 규정하고 있지는 아니한 점과 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제3항 제2호 의 규정 내용 등에 비추어 보면, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에는 조합원이 그 주택조합 등으로부터 취득하는 소위 조합원공급분 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택도 위 조세특례제한법제99조의3 제1항 제1호 소정의 양도소득세 감면대상인 신축주택에 포함된다고 봄이 상당하다고 할 것이다.

(4) 따라서, 신축주택취득기간 내에 주택조합과 조합원 이외의 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있는 이 건의 경우 청구인이 조합원의 자격으로 취득한 쟁점주택에 대하여도 위 조세특례제한법 제99조의3 제1항 제1호 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.