2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 일본 내의 본점간 합병의 결과로 국내에서 이루어지는 두 지점간의 통합은 동일법인 내에서 물리적, 회계적으로 구분되어 있는 두 부문을 단순히 하나로 통합하는 것에 불과하므로 양도와 같은 법인세 과세대상이 될 수 없다.
(2) 법인세법상 외국법인에 대하여는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 않도록 하고 있고(법인세법 제3조 제1항), 이 건 과세처분의 대상, 즉 일본 본점간 합병으로 인한 국내 지점간 통합시 소멸지점의 자가창설적 영업권을 포함한 잔여재산에 대한 시가 평가 차액 역시 법인세법상 내국법인에 있어서 청산소득과 동일한 것이므로 외국법인에 대하여는 법인세를 과세할 수 없다.
(3) 내국법인에 있어서 청산소득으로 취급되는 소멸법인의 잔여재산에 대한 시가평가 차액을 외국법인에 대하여만 자산의 양도에 따른 소득으로 보아 최종 사업연도의 각사업연도 소득으로 취급하는 경우, 이는 ‘국내에서 사업을 하는 일본법인의 고정사업장(지점)에 대하여 내국법인에 부과되는 조세보다 불리하게 부과하지 아니한다’는 한일조세조약상 무차별 규정에 위배된다(한일조세조약 제24조 제2항).
(4) 또한, 내국법인에게는 청산소득으로 취급되는 것을 외국법인에 대하여만 자산양도에 따른 각 사업연도 소득으로 취급하고자 한다면, 이러한 과세취급에 대한 법적인 근거가 명확해야 할 것인 바, 현행 법인세법에서는 이러한 차별 취급에 대한 근거가 없으므로 이건 과세는 조세법률주의에 위배된다.
(5) 설령, 소멸당시 청구인의 잔여재산에 대한 시가평가 차액을 자산의 양도에 따른 소득으로 보더라도 이 양도로 인한 소득을 얻거나 얻을 수 있는 자(양도 주체)에게 법인세가 부과되어야 할 것 바, 청구인은 양도의 주체(소득을 얻거나 얻을 수 있는 자)가 아니라 양도의 대상(양도 객체) 그 자체로서 통합을 통하여 소멸되었을 뿐이며, 소득을 얻거나 얻을 수 있는 위치에 있지도 아니하므로 청구인에게 법인세를 부과하는 것은 부당하다. <영업권의 존재 여부>
(1) 일본 본점의 합병에 따라 국내 소재 두 지점이 단순 통합되어 소멸된 청구인은 소멸 당시 법인세법상 과세대상(감가상각을 통한 손금산입대상)이 되는 영업권이 있다고 보았으나, 청구인은 영업권을 인식할 수 있는 “사업의 양도․양수과정”이나 “설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시 등”과 같은 경제적 사건이 발생하지 아니하여(법인세법 시행규칙 제12조 제1항) 영업권을 계상․인식할 수 없다.
(2) 청구인은 소멸 당시까지 일본인 주재원 1명, 출납 겸 주재원 비서로 여직원 1명, 업무지원 스탭 3-4명으로 구성된 영세 규모의 조직으로서 독자적인 영업활동을 수행하기 보다는 국내시장의 조사 및 업무연락 등과 같은 본사 영업을 보좌하는 업무를 담당하였는 바, 이러한 현실을 보면 세법상 보충적 평가방법에 따라 단순 계산된 금액인 3,987백만원에 달하는 거액의 영업권등이 존재하였다고 볼 수 없다.
(3) 또한, 처분청은 청구인에게 영업권의 구성 요소가 되는 영업상의 이점 등이 실재하였는지 등에 대하여 구체적 사실 확인이나 입증절차 없이 세법상 보충적 평가방법에 따라 계산된 영업권 가액이 정(正)이라는 이유만으로 동 금액을 영업권의 가치로 보아 과세하였으나, 세법상 영업권 계산식은 초과 수익력이라는 영업권의 존재가 입증된 경우 이를 측정하는 방법의 하나일 뿐, 동 방법에 의하여 계산된 숫자가 정(正)이 된다고 하여 이것이 바로 영업권의 존재를 입증하는 것은 아니다.
(4) 나아가, 내국법인의 경우도 합병과정에서 발생하는 소멸법인에 대한 영업권에 대한 과세는 각 사업연도소득에 대한 과세 문제가 아니라 청산소득에 대한 과세 문제로 취급되며, 외국법인의 국내지점에 대하여는 청산소득에 대한 법인세를 과세할 수 없도록 하고 있으므로(법인세법 제3조 제1항) 외국법인인 청구인에 대하여 청산소득에 상당하는 영업권등의 평가액을 각 사업연도소득으로 전환하여 과세할 수 없다. <영업권 평가의 적정 여부>
(1) 청구인의 법인세 신고서는 매출거래에서 발생하는 소득 중 일본의 본점 기여분을 전혀 고려하지 아니한 채 전액을 청구인의 귀속소득으로 계상하였고, 처분청은 이를 근거로 보충적 평가방법을 적용하여 영업권을 계산함으로써 과대평가 되었다.
(2) 청구인에 귀속되는 영업권의 적정 가치를 산정하고자 한다면, 청구인의 매출거래로 인한 소득을 일본 본점 기여분과 국내지점인 청구인의 기여분으로 원천배분한 후 청구인의 기여로 인한 소득금액만을 기초로 하여 영업권을 계산하여야 한다.
(1) 외국법인의 국내사업장은 국내원천소득에 대하여만 납부의무가 있는 것이므로 국내원천소득이 있다면 각 사업연도소득에 대한 법인세 신고납부 의무가 있는 것이며, 국내사업장의 패쇄 시점이 속한 사업연도의 초과 수익력에 의한 영업권등을 적정하게 평가한 소득도 국내원천소득으로서 법인세 과세대상소득에 해당한다.
(2) 본점 합병에 따른 국내지점 간 통합시, 국내사업장의 경우에 합병도 양도로 볼 수 있는 본질적인 부분은 수익을 발생케 하는 자산이나 사업장이 국내에 소재하여 사업을 통하여 얻는 유·무형의 자산이 존재하느냐에 있으므로 이 건의 영업권뿐만 아니라 가치 있는 모든 자산은 사업이 이전되는 시점에 발생된 시가와 장부가액과의 차익을 각 사업연도 소득으로 신고하여야 한다.
(3) 또한, 영업권의 존재여부를 판단함에 있어 외국법인이 국내사업장을 설치하여 사업을 개시하고 수익을 창출하였다면 그 과실은 국내사업장에 귀속되어야 하고, 이전되는 자산은 유형자산 뿐만 아니라 각종 무형자산, 즉 초과수익에 의한 영업권도 포함되는 것이며, 특수관계자 간의 거래시 자산의 포괄 양도자인 청구인이 사업을 양도할 때에 영업권을 적정한 방법으로 시가를 산출하여 그 대가를 이전하는 자산가액에 포함하여야 함에도 특수관계 있는 법인에게 무상 이전하였으므로 이는 영업권등의 양도에 대한 소득을 신고 누락한 것이다.
(4) 영업권은 법인세법상 ‘산업상·상업상 또는 과학상의 지식, 경험에 관한 정보 또는 노하우’라고 규정한 국내원천소득 중의 하나이므로, 국내사업장을 폐쇄하는 시점에 영업권을 평가하지는 아니하였으나 사회통념상 영업권이 있는 것이므로 이 건 자가창설적 영업권도 자산 부채를 포괄적으로 이전할 때 영업권의 시가를 이전자산 가액에 포함시켜야 한다. <영업권의 존재 여부>
(1) 영업권이란 사업의 포괄적인 양도과정에서 장부상의 이전자산, 부채와는 별도로 영업상의 신용․명성, 거래선 확보 등 사업상의 모든 이점들이 집약되어 초과 수익력이 있는 무형의 가치있는 자산을 말하는 것으로, 청구인은 1998년 10월 개업 이후 본점이 한국 내의 주요매출처와 관련한 국내외 거래처 물색, 신용상태파악, 거래중개 및 알선 등을 계속해서 수행하여 엉업이익을 유지하여 왔으며, 이와 같은 영업활동을 통하여 초과 수익을 창출하였으므로 세법에 의거 영업권을 평가하여야 한다.
(2) 청구인은 일본인 주재원을 포함하여 5~6명의 소규모 조직이라고 하나, 현대 정보지식사회에서는 인터넷과 같은 정보시스템과 소수정예의 소규모 인적자원으로도 얼마든지 많은 수익과 이익을 창출할 수 있는 사례는 얼마든지 있을 수 있고, 본점은 국내사업장이 있음으로 인해 국내거래처 유지 및 신규 확보 등을 할 수 있으므로 청구인의 중요성은 상당하다 할 것이다.
(3) 영세한 소매상도 통상 권리금이라는 형태의 영업권이 존재하는 바, 청구인의 피합병으로 인한 사업의 포괄적 이전은 특수관계자 간의 거래에 해당하므로, 영업권의 시가는 상속세및증여세법상의 순손익금액에 의한 초과수익을 계산하는 방법으로 평가하여야 하며, 이를 근거로 평가한 금액은 합리적인 산출근거가 될 수 있으므로 당초 처분은 정당하다. <영업권 평가의 적정 여부>
(1) 청구인이 세무 신고한 자료에 따라 계산된 영업권은 적법한 것이고, 이제 와서 신고내용 중 본점 기여분이 있다는 주장은 세법상의 신의성실의 원칙에도 어긋나는 것이다.
(2) 소득을 본점과 청구인으로 원천배분한 후 청구인 귀속 소득만으로 영업권을 평가하자는 주장은 영업권이 국내사업장의 귀속소득에 대한 초과 수익력에 의하여 평가된 자산이므로 국내사업장만의 영업권임을 알 수 있고, 원천배분 후 소득으로 영업권을 분할하여 평가하는 사례를 찾을 수도 없으므로 합리적인 방법도 아니다.