법인세 경정처분의 당부를 다툼에 있어 그 이전 5년 이내의 이월결손금에 대하여 추가로 다툴수 있는지 여부 및 증액경정 세액의 범위를 초과하여 불복할 수 있는지 여부
법인세 경정처분의 당부를 다툼에 있어 그 이전 5년 이내의 이월결손금에 대하여 추가로 다툴수 있는지 여부 및 증액경정 세액의 범위를 초과하여 불복할 수 있는지 여부
1. ○○○세무서장이 2008.1.7. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 6,266,990원 및 2006사업연도 법인세 215,044,710원의 부과처분은 청구법인이 2002 ~ 2006사업연도 법인세 신고시 자본금과 적립금조정명세서(을)에서 세무상 유보로 관리하고 있는 ○○○ 주식회사의 주식 40만주에 대한 유가증권평가손실 20억원을 2002사업연도의 손금으로 추인하여 2002 ~ 2006사업연도의 이월결손금, 과세표준 및 세액을 경정하되,국세기본법제22조의2의 규정에 의거 2008.1.7. 청구법인에게 경정·고지된 법인세액을 한도로 하여 그 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구법인은 1968.11.11. ○○○ 주식회사로 사업을 영위하였고 1983.3.19. ○○○ 주식회사로 상호를 변경하면서 주택건설업을 영위하다가 1999.4.19. 부도발생 및 1999.10.1. 화의인가결정되었고, 회사 갱생을 위해 노력한 결과 2008년초 화의에서 벗어나게 되었는 바, 그 과정에서 회계기록 등의 관리를 소홀히 하게 되었는데 2007년 11월 이 건 세무조사 당시 과거의 회계기록에 대한 조사결과, 아래와 같은 경정사유를 추가로 확인할 수 있게 되었다. 청구법인은 1995.11.28. ○○○이라 한다)의 주식 40만주(액면가액은 5천원이고, 이하 “쟁점투자유가증권”이라 한다)를 20억원에 출자하였는데 동 사는 1999년 IMF구제금융위기 당시 부도가 발생하여 청구법인은 1999사업연도 결산시 위 주식의 가치가 없는 것으로 판단하여 위 출자금액 20억원을 투자유가증권평가손실로 회계처리하고 세무상 손금불산입 유보처분하였는데, 그 이후 청구법인이 부도발생 및 이에 따른 화의절차에 들어가면서 동 법인의 부도 이후 진행상황을 확인하지 못하였으나, 이 건 세무조사 이후 ○○○의 법인등기부등본을 확인한 바, 동 법인은 2002.12.20. 자본금이 300억원에서 5천만원으로 감자되고 상호도 ○○○ 주식회사로 변경되었으며, 2002사업연도 주식등변동상황명세서에 의하면, 2002.3.21. 40만주 전부를 청구법인이 대한종합금융 주식회사에 40만원에 양도한 것으로 처리되어 있고, 2003사업연도 주식등변동상황명세서상 주주명부 중 청구법인이 없는 사실이 확인되고 있으며, 따라서 쟁점투자유가증권은 2002.3.21. 모두 양도되었기에 유가증권평가손실로 손금불산입 유보처분된 20억원은 전액 2002사업연도 손금으로 산입하여 이에 따라 당해 및 이후 사업연도 이월결손금, 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.
(2) 또한, 청구법인은 1999년 부도와 화의절차 진행과정에서 각종 미수채권에 대한 소멸시효 등의 관리를 소홀히 하고 계속적인 결손의 발생 등의 사정으로 손금불산입된 채권의 소멸시효 기간도래에 의한 손금산입 등 정상적으로 유보사항에 대한 관리를 하지 못하였는데, 2000사업연도 중 1999년 이전 발생한 선급금 11억 3,434만원을 대손처리한 후 전액 손금불산입 유보하였고, 분양미수금 20억 5,888만원을 대손충당금으로 설정하였다가 2000년 중 진행률에 따라 설정한 분양미수금 29억 777만원 중 20억 5,888만원을 대손충당금과 상계한 후 세무조정시 손금불산입 유보하였으며, 기타 미수금 7,299만원을 대손처리한 후 세무조정시 손금불산입 유보하여 총 32억 6,625만원(이하 “쟁점대손금”이라 한다)의 대손금을 2000사업연도에 손금불산입 유보처리한 바 있다. 청구법인과 같이 화의절차를 진행한 법인의 경우는 화의절차 개시신청부터 인가일까지는 법원에서 관리위원이 채권회수여부 등에 대한 조사를 실시하기 때문에 결국 화의인가 시점이 정상채권에 대한 회수절차를 취하는 마지막 시점이기 때문에 소멸시효 기산일은 채권발생시기가 아닌 법원의 화의절차 인가시점으로 보는 것이 타당하고, 따라서 청구법인의 경우 화의인가 시점인 1999년을 소멸시효 기산점으로 하여 상거래 관련 채권의 소멸시효기간인 5년이 되는 2004년에 소멸시효가 완성된 것으로 보아야 하므로 쟁점대손금은 2004사업연도 손금으로 산입하여 이에 따라 당해 및 이후 사업연도 이월결손금 및 과세표준 등을 경정하여야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점유가증권 처분손실에 대하여 2002사업연도의 손금으로 산입하여야 한다고 하나, 불복청구의 대상은 2002사업연도 소득금액 증액경정한 1,433만원의 범위내라고 볼 수 있고, ○○○의 2002사업연도 주식등변동상황명세서 및 2001사업연도 주주현황 등을 살펴보면, 2002.3.21. ○○○의 지분을 제외하고 모든 지분이 ○○○ 주식회사로 이전되었고, 2002.11.20. 법인등기부등본상 자본금이 감소된 사실이 확인되고 있다. 그러나, 이 건 이의신청서 등에 의하면, 청구법인은 ○○○금융의 주식이전 사실 및 감자사실에 대하여 이 건 세무조사 종결시점인 2007년 11월말 이전에는 인지하지 못한 것으로 나타나고, 주식 양도경위 및 이에 대한 입증서류도 없으며, 이의신청심리시 양수자인 ○○○ 주식회사에 주식양수에 대한 정황 및 관련 근거서류 등을 요구하였으나 제출하지 못하는 등 주식의 이전경위 등이 명확하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구법인의 지분이 서류상으로 임의 이전되었다는 사실 외에는 명확한 사실이 확인되지 아니하여 쟁점투자유가증권이 2002년에 양도되었다고 볼 수 없으므로 쟁점투자유가증권 처분손실을 2002사업연도에 손금산입할 수 없다.
(2) 쟁점대손금과 관련하여, 청구법인의 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액조정계산서, 소득금액조정합계표상에 쟁점대손금을 손금산입하였고, 2001 ~ 2004사업연도 자본금과 적립금조정명세서(을)에 쟁점대손금 항목의 금액이 기재되어 있고, 2005사업연도에는 미수금으로 명칭을 바꾸어 자본금과 적립금조정명세서(을)에 기재된 사실이 확인되나, 2000사업연도 법인세 신고에 대한 수정신고가 없었으므로 당초 신고내용이 유효한 것이고, 따라서 쟁점대손금은 손금에 기산입된 것으로 2004사업연도에 재차 손금산입할 수 없는 것이다. 또한, 법인세법 시행령 제62조 (대손금의 범위)에 의하면, 채권은 성격에 따라 그 소멸시효가 달라지는 것으로 상법에 의한 외상매출금 및 미수금,민법에 의한 대여금 및 선급금 등은 소멸시효가 다르고, 소멸시효 기산일은 민법제166조(소멸시효의 기산점)에 의거 채권발생일이 되며, 같은 법 제168조(소멸시효의 중단사유) 및 제178조(중단후의 시효진행)에 의거 소멸시효 중단사유에 해당되었을 경우는 중단사유 종료시점이 소멸시효 기산점이 되는 것이나, 청구법인은 각 채권에 대한 구체적인 발생경위, 채권회수 절차 및 소멸시효 중단사유 해당여부 등에 대한 구체적인 이유나 증빙서류 등을 제출하지 아니하고 임의적으로 화의절차 개시연도를 소멸시효 기산일로 보고 소멸시효 5년을 일괄적으로 적용하여 소멸시효가 완성되었다는 주장은 구체적이고 명시적이지 못하므로 쟁점대손금의 손금산입은 인정할 수 없다.
(3) 설혹, 쟁점유가증권 처분손실과 쟁점대손금을 추가 손금으로 인정한다 하더라도 국세기본법에 따라 증액경정에 대한 불복청구를 함에 있어서는 당초 확정된 세액을 초과하는 세액에 한하여 다툴 수 있는 것이고, 동 세액의 범위 내에서는 청구주장에 제한을 받는다고 볼 수 없으므로(국심 ○○○, 2006.12.28. 같은 뜻) 이 건의 경우 경정처분으로 소득금액 증가분인 2002년 1,433만원, 2003년 9,413만원, 2004년 3,034만원, 2005년 3억 7,952만원 및 2006년 7억 1,063만원의 범위내에서만 손금추인을 청구할 수 있는 것이다.
① 쟁점투자유가증권이 2002년 중 양도된 것으로 보아 양도당시 장부가액인 20억원을 2002사업연도 손금으로 추가산입할 수 있는지 여부
② 청구법인이 주장하는 대손금 32억 6,600만원을 2004사업연도 대손금으로 하여 추가 손금산입할 수 있는지 여부
③ 법인세 경정처분의 당부를 다툼에 있어 그 이전 5년 이내의 이월결손금에 대하여 추가로 다툴수 있는지 여부 및 증액경정 세액의 범위를 초과하여 불복할 수 있는지 여부
① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 부칙 (2002.12.18. 법률 제6782호)
② 【경정 등의 효력에 대한 적용례】제22조의 2의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 경정하는 분부터 적용한다. (2) 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제40조 【손익의 귀속사업연도】
① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 제34조 【대손충당금 등의 손금산입】
① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
② 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
④ 제1항의 규정에 의하여 대손충당금을 손금으로 계상한 내국법인이 제2항의 규정에 의한 대손금이 발생한 경우에는 그 대손금을 대손충당금과 먼저 상계하여야 하고, 대손금과 상계하고 남은 대손충당금의 금액은 다음 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.
⑤ 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.
⑦ 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 대손충당금 및 대손금에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 법인세법 시행령 제10조 【결손금공제】
① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다. 제19조【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용
2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액
8. 대손금(부가가치세매출세액 미수금으로서 회수할 수 없는 것 중 부가가치세법 제17조 의 2의 규정에 의한 대손세액공제를 받지 아니한 것을 포함한다)
제62조 【대손금의 범위】
① 법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금
2. 어음법에 의한 소멸시효가 완성된 어음
3. 수표법에 의한 소멸시효가 완성된 수표
4. 민법에 의한 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금
5. 회사정리법에 의한 정리계획인가 또는 화의법에 의한 화의인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권
9. 부도발생일부터 6월 이상 경과한 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한한다). 다만, 당해 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.
③ 제1항 각호의 1에 해당하는 대손금은 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.
1. 제1항 제1호 내지 제7호에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날
2. 기타의 경우에는 당해 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날
⑥ 법 제34조 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 대손충당금 및 대손금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(1) 청구법인의 1999 ~ 2006사업연도 법인세 과세표준 신고 내역, 처분청의 경정처분 내역 및 청구법인의 심판청구 내역을 보면, 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 1999 ~ 2006사업연도 법인세 과세표준 신고내역, 처분청의 경정처분 내역 및 심판청구 내역 ○○○
(2) 쟁점①과 관련한 사실관계 등을 본다. (가) 청구법인은 쟁점투자유가증권이 2002.3.21. 양도되었으므로 1999 ~ 2006사업연도 중 위의 주식과 관련하여 유가증권 평가손실로 하여 손금불산입 유보처분된 20억원을 2002사업연도의 손금으로 추가산입하여 이에 따라 당해 사업연도 및 이후 사업연도 이월결손금 및 과세표준 등을 경정하여야 한다고 주장하면서, 청구법인의 1998~2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서·제무제표, ◯◯주택할부금융의 법인등기부등본·2002년 및 2003년 주식등변동상황명세서·출자확인서 등을 증빙자료로 제출하고 있다.
1. 청구법인의 1998사업연도 대차대조표와 투자유가증권명세서를 보면, ○○○의 주식(출좌좌수 40만좌) 20억원이 투자자산으로, 1999년 손익계산서 및 특별손실명세서상 위 주식가액 20억원이 특별손실(투자유가증권 평가손실)로 각각 계상되어 있고, 1999~2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 보면, 1999사업연도 소득금액조정명세서(1)상 투자유가증권평가손실 20억원을 손금불산입한 후 사내유보로 처분한 후, 2000 ~ 2006사업연도 중 자본금과 적립금조정명세서(을)상 기초 및 기말잔액으로 사후관리하고 있는 것으로 되어 있고, 심판청구일 현재까지 손금산입하여 △유보로 세무조정한 사실은 없는 것으로 나타난다.
2. ○○○은 법인등기부등본에 의하면, 1995.11.28. 사업목적을 주택의 할부구매를 위한 자금의 융통, 여신전문금융업, 신용 및 담보대출, 어음할인 업무 등으로 하여 설립되었고, 상호는 설립시 ○○○ 주식회사에서 1997.3.26. 및 2002.11.21. 각각 ○○○ 주식회사로 변경된 것으로 나타나며, 자본금의 변경내역을 보면, 아래 <표2>와 같다.
○○○ 출자확인서를 보면, 1999.5.24. ○○○의 대표이사 ○○○가 발행한 것으로 청구법인이 1995.11.28.(법인등기부상 설립일) 20억원[40만주(○○○ 1주 5,000원)]을 출자한 것으로 사실확인하고 있고, ○○○의 2002년 주식등변동상황명세서(을) - 비상장주식·출자지분양도상황표를 보면, 주주 중 청구법인은 기초잔액이 40만주·시가총액 20억원으로 2002.3.21. 40만주를 40만원(액면가액 1원 - 평가기준일 2001.12.31.)에 ○○○ 주식회사에 양도한 것으로 나타나며, 다른 주주들도 보유주식 전부를 ○○○ 주식회사에 각각 액면가액 1원에 양도(총 양도주식 540만주, 85.0%이고, 주주별로 ○○○)한 것으로 나타나고, ○○○ 2002.11.19. 5,998,500주를 299억 9,250만원(액면가 5천원)에 취득하였다가 2002.11.21. 49억 2,998만원에 ○○○에게 각각 양도한 것으로 되어 있다.
○○○의 2003년 주식등변동상황명세서(갑)를 보면, 기초·기말의 총주식수 및 시가총액은 600만주, 300억원이고, 주주는 ○○○(4,798,800주, 79.98%, 239억 9,100만원), ○○○(599,850주, 10.0%, 29억 9,925만원), ○○○(599,850주, 10.0%, 29억 9,925만원), ○○○(1,500주, 0.03%, 750만원)로 구성되어 있으며, 청구법인은 주주로 등재되어 있지 아니한 것으로 나타난다. (나) 이 건 이의신청결정서에 의하면, ○○○의 2002년 주식변동내역을 아래 <표3>과 같이 작성하고 있고, 청구법인이 2001사업연도 중 ○○○에 대한 일부 채무를 변제하고 나머지는 면제를 받아 2001년말에는 채무가 더 이상 존재하지 아니한 것으로 확인하면서 쟁점투자유가증권의 매매와 관련하여 매매계약서 등을 제출하지 못하여 동 주식의 양도사실이 확인되지 않고 있으므로 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다고 결정하고 있다. <표3> 이의신청결정서상 ○○○의 2002년 주식변동 내역
○○○
(3) 쟁점②와 관련한 사실관계 등을 본다. (가) 청구법인은 2000사업연도에 손금불산입 유보처리한 쟁점대손금은 청구법인에 대한 화의인가 시점인 1999년이 소멸시효 기산점으로 상거래 관련 채권의 소멸시효기간인 5년이 되는 2004년에 소멸시효가 완성된 것으로 보아야 하므로 2004사업연도의 손금으로 추가 산입하여 이에 따라 당해 사업연도 및 이후 사업연도 이월결손금 및 과세표준 등을 경정하여야 한다고 주장하면서, 2000 ~ 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서, 1996 ~ 1999사업연도 중 선급금대손상각명세서, 1999년 분양미수금명세서, 2000년 대손충당금 및 분양미수금 계정별원장 등을 증빙자료로 제출하고 있다.
1. 청구법인의 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서에 의하면, 대손충당금 및 대손금조정명세서상에 분양미수금 20억 5,885만원을 대손충당금과 상계처리한 것으로 기재되어 있고, 과목별소득금액조정명세서(2)상에 대손금 32억 6,622만원을 당기 대손계상액으로 손금산입하고 유보처분한 것으로 나타나며, 자본금과적립금조정명세서(을)에 의하면, 쟁점대손금 32억 6,622만원이 2001 ~ 2006사업연도 중 대손금, 대손충당금 및 미수금 명목으로 기초 및 기말잔액으로 각각 기재되어 있다.
2. 기타 청구법인이 제출한 선급금대손상각명세서 등에 의하면, 1999사업연도 이전에 발생한 선급금 11억 3,434만원을 2000사업연도 중에 대손처리한 후, 전액 손금불산입 유보처분하고, 2000년 대손충당금·분양미수금 계정별원장을 보면, 분양미수금 20억 5,885만원을 대손충당금과 상계처분하고, 기타 분양미수금 7,299만원을 2000년도 중 대손처리한 후 손금불산입 유보로 세무조정하는 등 2000사업연도 중 쟁점대손금을 손금불산입 유보처분한 것으로 되어 있다. (나) 쟁점대손금에 대한 처분청의 이의신청결정서를 보면, 법인세법 시행령 제62조 에 의하여 소멸시효가 완성되어 회수할 수 없는 채권금액은 그 소멸시효가 완성된 날이 속하는 사업연도에 신고조정으로 손금에 산입할 수 있는 것으로서, 소멸시효가 완성된 대손금을 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 손금에 산입하지 못한 경우에는 국세기본법 제45조의2 에 정한 바에 따라 경정청구에 의해 손금으로 인정받아야 할 사항이며, 청구법인의 2000사업연도 법인세 신고서상 기손금산입하였던 쟁점대손금을 또 다시 손금산입(△유보)할 수 없으므로 청구법인의 주장은 이유없는 것으로 결정하고 있다.
- 라. 판 단
(1) 먼저, 처분청은 쟁점③과 관련하여, 증액경정처분에 대한 불복청구를 함에 있어서는 당초 확정된 세액을 초과하는 세액에 한하여 다툴 수 있는 것이고, 동 세액의 범위 내에서는 청구주장에 제한을 받는다고 볼 수 없으나(○○○, 2006.12.28. 참조), 이 건의 경우 경정처분으로 인한 소득금액 증가분인 2002년 1,433만원, 2003년 9,413만원, 2004년 3,034만원, 2005년 3억 7,952만원 및 2006년 7억 1,063만원의 범위내에서만 손금추인을 청구할 수 있다는 의견이므로 이에 대하여 본다. (가) 법인세법 제13조 및 제14조에서 법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액이라고 규정하고 있고, 법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도 소득의 범위안에서 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 공제한 금액이라고 규정하고 있고, 세무상 결손금이란 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 의미하므로 설령 그 초과금액이 아직 법인의 법인세 과세표준 및 세액의 신고나 과세관청의 법인세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정에 의하여 확정되지 않았다고 하더라도 법인세법상의 세무상 결손금에 해당한다고 보는 것이 타당한 바, 법인세법상의 세무상 결손금이란 특정 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차(신고ㆍ수정신고ㆍ결정 및 경정)를 통하여 확정된 결손금만을 의미하는 것이 아니고, 설령 확정절차를 거쳐 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도 손금의 총액이 그 사업연도 익금의 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액이 세무상 결손금에 해당하는 것이며, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제할 수 있다 할 것이다(○○○, 2001.2.9. 같은 뜻임). (나) 다만, 국세기본법제22조의2 제1항에서 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다고 규정하고 있어, 증액경정의 효력이 미치는 범위를 세액을 기준으로 하여 당초 확정된 세액에 그 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 된다 할 것이다.(○○○외 다수 같은 듯임).
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합 검토하여 볼 때, 청구법인은 1999사업연도 중 쟁점투자유가증권 평가손실액 20억원을 특별손실로 계상하여 손금불산입하고 유보처분한 후 자본금과 적립금조정명세서(을)상에 계속 사후관리하여 손금산입 △유보로 추인한 사실은 없는 것으로 확인되고, ◯◯주택할부금융의 2002사업연도 주식등변동상황명세서상 쟁점투자유가증권이 2002.3.21. 40만원(1주당 1원)에 전량 양도된 것으로 나타나며, 이후 청구법인이 주주명부상 등재되어 있지 아니한 점 등으로 볼 때, 쟁점투자유가증권은 2002년 중 양도된 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. (나) 그렇다면, 비록 청구법인이 2002사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 쟁점투자유가증권의 장부가액 20억원을 손금산입하지 아니하였으나, 양도한 자산의 양도당시 장부가액을 손금으로 한다고 규정하고 있는 법인세법 시행령제19조 제2호 및 이월결손금 관련 규정 등에 의하여 쟁점투자유가증권의 양도당시 장부가액 20억원을 2002사업연도 손금으로 추인할 수 있다고 할 것인 바, 다만, 위 20억원을 2002사업연도에 손금추인하여 당해 사업연도 및 이후 사업연도의 이월결손금, 과세표준 및 세액을 경정하더라도 위에서 살펴본 바와 같이 경정처분으로 인하여 증액된 세액의 범위내에서 이를 다툴 수 있는 것이므로 이 건 심판결정에 따라 감액경정될 세액은 각 사업연도별로 증액경정된 부과처분 세액의 범위내로 하는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 2000 ~ 2001사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서에서 쟁점대손금을 2000사업연도 법인세 신고시 손금산입 유보로 세무조정하여 신고한 후, 2001사업연도 법인세 신고시 이를 오류정정하여 손금불산입 유보로 세무조정하여 신고한 것으로 나타나는 바, 위와 같은 경우 2000 및 2001사업연도에 쟁점대손금을 손금산입 △유보 및 손금불산입 유보로 잘못 세무조정하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 것은 수정신고 또는 경정청구를 통하여 오류정정하는 것이 타당하나, 청구법인은 쟁점대손금과 관련하여 2000 및 2001사업연도 법인세 신고분에 대하여 수정신고 또는 경정청구한 적이 없는 것으로 확인되고 있고, 심판청구일 현재 이들 사업연도 법인세 신고분에 대한 수정신고 및 경정청구기간이 도과되어 당초 신고한 대로 확정되었다고 할 것이므로 쟁점대손금에 대하여 2004사업연도의 손금으로 추인하여 달라는 청구법인의 주장은 이유없다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.