신축주택취득 감면세액 산정시 감면대상 소득금액을 직접 차감 계산해야 된다는 주장

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2002.1.18. 배우자 김○○과 공동지분(각 1/2지분)으로 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 000 ○○○○○ 아파트 000동 000호(청구인의 지분에 대해 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2007.11.26. 양도한 후, 2007.12.31. 쟁점주택이 1세대 1주택 고가주택으로서 조세특례제한법 제99조 제1항 에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택이라 하여 양도소득금액에서 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 직접 차감하여 과세표준을 산정하고 그에 따라 계산한 3,181,374원을 납부세액으로 하여 2007년 귀속 양도소득과세표준을 예정신고하였다.
• 나. 이에 처분청은 쟁점주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소 득금액을 과세표준에 포함하여 산출세액을 산정한 후, 그 중 소득세법 제90조 의 규정에 의하여 동 양도소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 2008.3.17. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 2,627,630원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1999.5.20. 분양계약을 체결하고 2002.1.18. 쟁점주택을 취득하여 거주하다가 2007.11.26. 양도하였으므로 쟁점주택은 양도시 1세대 1주택 비과세 요건을 모두 갖추었고, 조세특례제한법 제99조 에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택에 해당되는 바, 이와 같은 경우 양도소득세 감면방법은 소득세법에 대하여 특별법적인 지위에 있는 조세특례제한법 제99조 제1항 본문에 당해 신축주택을 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다. 따라서, 소득세법령에 대하여 특별법적인 지위에 있는 조세특례제한법령에서 위와 같이 양도소득세 감면방법을 명확하게 규정하고 있음에도 불구하고 이를 부인하면 소득세법 제90조 에 정한 다른 감면방법을 적용하는 것은 특별법 우선의 원칙에 위배되고, 또한, 조세특례제한법 제99조 제4항 에 의하여 제출하여야 하는 세액감면신청서식에도 감면받을 세액을 계산하는 방법에 대하여 별도 규정하고 있지 아니하는 바, 이는 반드시 소득세법 제90조 의 규정을 적용하여 감면 받을 세액을 계산하라고 하는 취지는 아니므로 조세특례제한법령에 정한 감면방법을 적용하여 이 건 처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 이외의 법률에서 규정하고 있는 감면소득이 있는 때에는 이 조항을 적용하여 양도소득세를 감면한다고 규정하고 있고, 청구인의 주장대로 한다면 조세특례제한법 제99조 제1항 전단부는 세액감면방식으로, 후단부는 소득금액에서 차감하는 방식으로 양도소득세를 감면하게 되어 동일한 유형의 감면에 대하여 감면방식을 달리 적용하게 되어 불합리하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제99조 에 의한 양도소득세 감면대상인 신축주택을 취득하여 5년이 경과한 후 양도하는 것에 대하여 양도소득세를 감면하는 경우, 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하는 방법을 적용할 것인지, 아니면 동 양도소득금액에 상당하는 세액을 감면하는 방법을 적용할 것인지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택

• 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 건축물관리대장 (3) 소득세법 제90조 【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택이 양도당시 1세대 1주택 고가주택으로서 청구인의 지분(1/2)이 조세특례제한법 제99조 에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택이라는 사실에 대하여는 다툼이 없으나, 청구인은 위 같은법 제99조 제1항의 규정에 의거 쟁점주택의 양도소득금액에서 감면대상 소득금액인 쟁점주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차 감하는 방식으로 산출세액을 계산하여 신고한 데 대하여 처분청은 소득세법 제90조 의 규정에 의거 위의 5년간 발생한 양도소 득금액을 과세표준에 포함하고 동 양도소득금액에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 하여 이 건 처분한 사실이 과세자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점주택은 양도당시 소득세법에 의한 1세대 1주택 비과세 요건과 조세특례제한법에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택의 요건을 갖추고 있는 바, 이와 같은 경우는 소득세법에 대하여 특별법적인 지위에 있는 조세특례제한법 제99조 제1항 본문에 따라 쟁점주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 양도소득세 산출세액을 계산하여야 한다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제99조 제1항 에서 거주자가 신축주택을 취득 하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 제3항에서 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다고 규 정하고 있고, 동 조항의 위임을 받은 같은법시행령 제99조 제4항에서 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부 동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금 액에서 양도소득기본 공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다. (다) 살피건대, 위 조세특례제한법 제99조 제1항 의 규정만으로 보면, 전단부는 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 세액감면방식으로, 후단부는 5년간 발생한 소득에 대하여는 소득금액에서 차감하는 방식으로 각각 양도소득세를 감면하는 것으로 볼 수도 있으나, 동일한 법조항에서 동일한 유형으로 양도소득세를 감면하며 5년 이내인지 또는 5년이 경과하였는지에 따라 그 감면방식을 달리 적용하여야 할 하등의 이유가 없다 할 것이고, 동 조항 및 제3항의 규정을 위임받은 같은법시행령 제99조 제4항의 규정과 같은법시행규칙 별지 제37호 서식에 의하면, 양도소득세 비과세 신청이나 소득공제 신청이 아닌 “세액감면” 신청을 하도록 하고 있으며, 소득세법 제90조 에서 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하고 있는 감면소득이 있는 때에는 이 조항을 적용하여 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법령에 의한 신축주택에 대한 양도소득세 감면은 감면대상 양도소득금액을 당해 주택의 양도소득금액에서 직접 차감하여 양도소득세를 계산하는 것이 아니라 소득세법 제90조 의 규정에 정한 바에 따라 자산의 양도소득금액에 따라 산정한 양도소득과세표준에 양도소득세 세율을 적용하여 계산한 금액에서 감면대상 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 한 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 감면하는 방식을 적용하는 것이 적법․타당하다고 판단된다(국심 2007서2315, 2007.11.7. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.