당초 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받았다가 사후 소급공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우 법인세법 제72조 제5항 및 동시행령 제110조 제6항에 의거 소급공제 환급세액과 이자상당액을 결손금 발생 사업연도(2005년)에 법인세로 징수한 처분의 당부

○○세무서장이 2008.1.19. 청구인에게 한 2005사업연도분 법인세 4,929,343,630원의 부과처분은 이자상당액 615,952,285원은 가산할 수 없는 것으로 하여 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 1번지 소재 주상복합건물(“쟁점부동산”)을 신축․분양하는 과정에서 2005사업연도에 결손금 15,975,523,516원이 발생하여 2005사업연도 법인세 신고시 결손금 소급공제대상 중소기업인 건설업에 해당한다고 보아 2004사업연도의 소득금액에서 소급공제하여 줄 것을 신청하여 2006.4.19. 법인세 4,313,391,349원을 환급받았다.
• 나. 서울지방국세청장은 2007년 1월 처분청에 대한 정기감사결과, 청구인은 주택을 직접 신축하지 아니하고 도급을 주어 신축․판매하는 ○○○ 부동산공급업에 해당되어 결손금 소급공제대상 중소기업이 아님을 지적함에 따라 처분청은 청구인이 환급받은 법인세 4,313,391,349원과 그에 대한 이자상당액 615,952,285원을 합한 4,929,343,630원을 2008.1.19. 청구인에게 2005사업연도 법인세로 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 결손금 소급공제를 받은 이후에 2005사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 사실이 없고, 2004사업연도의 법인세 과세표준과 세액의 경정내용에 오류가 없었음에도 법인세법 제72조 제5항 의 “결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우” 또는 같은법시행령 제110조 제6항의 “직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우”에 해당하는 것으로 유추적용하여 환급세액에 이자상당액을 가산하여 법인세로 추징한 처분은 부적법하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제72조 제5항 은 결손금 소급공제 대상이 되는 중소기업을 전제로 입법된 규정으로 중소기업이 아닌 자는 당연히 결손금 소급공제를 신청할 수 없고 환급받을 수 없기 때문에 환급대상 중소기업으로 오인하여 환급신청하거나 환급받아 추징당하는 경우에도 당연히 적용되는 규정으로 볼 수 있고, 만약 결손금을 부당 소급공제 받은 자에게 추징하지 않는다면 결과적으로 위법을 저지른 납세자에게 국가가 금전적 지원을 해주는 결과가 되어 공평의 원칙에도 반하므로 청구인에게 결손금 소급공제를 배제하고 법인세로 추징한 처분은 적법하다. 설사, 법인세법 제72조 제5항 및 같은법시행령 제110조 제6항이 적용되지 않는다 하더라도 결손금 소급공제에 의하여 환급받았다가 사후 공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우는 당초 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 경우에 해당하여 「법인세법 제66조 제2항 및 제4항의 규정에 의거 법인세 및 이자상당액을 추징할 수 있다.

• 가. 쟁점 당초 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받았다가 사후 소급공제대상이 아닌 것으로 밝혀진 경우 소급공제 환급세액과 이자상당액을 결손금 발생 사업연도의 법인세로 추징할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제72조 【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.

③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.

⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. (2) 법인세법시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】① 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 법인세액”이라 함은 직전사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 “감면세액”이라 한다)을 차감한 금액(이하 "직전사업연도 법인세액" 이라 한다)을 말한다.

② 법 제72조 제1항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액”이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.

1. 직전사업연도의 법인세 산출세액

2. 직전사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 “소급공제 결손금액”이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액

⑤ 법 제72조 제5항에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액”이라 함은 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액

2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 제4항의 규정에 의하여 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율

⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다. (3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. (4) 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

⑦ 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 신축․분양하는 과정에서 2005사업연도에 15,975,523,516원의 결손금이 발생함에 따라 결손금 소급공제대상 중소기업에 해당한다고 보아 법인세 4,313,391,349원을 환급신청하여 환급받았으나, 처분청은 청구인의 업종이 결손금 소급공제대상인 건설업이 아니라 소급공제대상이 아닌 부동산공급업에 해당한다고 보아 청구인이 기 환급받은 법인세 4,313,391,349원에 이자상당액 615,952,285원을 가산하여 4,929,343,630원을 추징하였다.

(2) 청구인이 결손금 소급공제 환급받은 세액을 법인세법 제72조 제5항, 같은법시행령 제110조의 적용대상으로 보아 추징할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 제72조 제5항 은 “납세지 관할세무서장은 결손금 소급공제 신청에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다”라고 하고, 그에 따라 같은법시행령 제110조 제5항에서 그 징수할 법인세액과 이자상당액의 계산에 관하여 규정하고 있으며, 같은법시행령 제110조 제6항은 “납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다”고 하고서 “이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다”고 규정하고 있다. (나) 위 규정을 문리해석할 경우, 청구인과 같이 2005사업연도에 결손금이 발생하여 결손금 소급공제 환급신청에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 중소기업이 아닌 것으로 밝혀졌다 하더라도 그와 같은 경우가 법인세법 제72조 제5항 의 ‘결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우’에는 해당하지 않는 것으로 해석되고, 그에 해당할 경우의 환급세액 및 이자상당액 계산에 관한 같은법시행령 제110조 제4항 및 제5항의 규정은 적용될 수 없다. (다) 한편, 결손금 소급공제시의 환급세액 계산에 관한 법인세법시행령 제110조 제2항 에서 ‘직전 사업연도의 법인세 산출세액’ 및 ‘직전 사업연도의 과세표준’이란 소급공제 결손금액을 차감하기 전의 과세표준 및 세액을 말하므로, 결손금 소급공제를 받은 후 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우가 법인세법시행령 제110조 제6항 의 ‘당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준 금액이 달라진 경우’에도 해당하지 아니하여 동 규정에 의한 과다환급세액 징수대상도 아니라고 해석된다. (라) 따라서, 결손금 소급공제 환급신청하여 법인세를 환급받았다가 결손금 소급공제 대상이 되는 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 법인세법 제72조 제5항 및 같은법시행령 제110조 제6항을 적용하여 환급세액과 그 이자상당액을 가산한 금액을 법인세로서 징수한 것은 동 규정을 확대해석 또는 유추해석하여 적용한 잘못이 있다고 판단된다○○○.

(3) 결손금 소급공제 환급받은 세액이 법인세법 제66조 제4항 의 일반적 경정규정 및 국세기본법 제51조 제7항 의 국세환급금 환급규정의 적용대상인지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 법인세법 제72조 제5항 은 결손금소급공제환급결정 이후 발생한 후발적 사유에 의하여 당초 결정한 환급세액에 이자상당액을 가산한 금액을 징수하는 규정으로서, 당초부터 결손금소급공제환급대상 중소기업이 아닌 법인이 환급세액을 신청하여 환급받은 경우에는 법인세법 제72조 제1항 의 규정을 위배한 것에 해당하여 잘못 환급한 세액의 추징도 동 규정에 근거를 두어야 할 것이다. (나) 결손금소급공제환급은 법인세법 제60조 의 규정에 의한 법인세 과세표준 및 세액신고서에 첨부하여 환급신청하고 법인세를 환급받는다는 점에서 결손금소급공제환급신청은 법인세 과세표준과 세액의 신고에 포함된다고 할 수 있고, 환급신청에 따른 결정 및 결정의 취소는 행정처분에 해당하여 그 신청 또는 결정에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 법인세법에서 이를 시정할 수 있는 별도의 규정을 두고 있지 아니하더라도 시정에 합리적인 이유가 있고, 세법에서 모든 경우를 예상하여 규정할 수 없다는 현실적인 측면을 고려할 때에 법인세법에서 일반적인 오류 또는 탈루를 시정할 수 있도록 한 규정을 적용할 수 있다고 봄이 타당하다. (다) 결손금소급공제환급결정 및 결정취소시 당해연도와 직전연도의 과세표준에는 변경이 없으나, 결손금소급공제액이 이월결손금의 크기에 영향을 미쳐 사후 사업연도의 과세표준에 영향을 줄 수 있고, 총결정세액․고지세액 등 세액의 변경은 가져오므로 당해연도와 직전연도의 과세표준에 변경이 없다고 하여 일반적인 과세표준 및 세액의 경정시와 차이를 둘 이유는 없다. (라) 따라서, 법인세 과세표준 및 세액신고시 착오 또는 고의로 결손금소급공제환급신청서를 첨부하여 신고하고 환급결정에 따라 환급받은 경우에는 법인세법 제66조 제2항 제1호 의 “신고내용에 오류 또는 탈루가 있을 때” 에 해당하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정하거나 또는 법인세법 제66조 제4항 의 “과세표준과 세액을 결정․경정한 후 그 결정․경정에 오류 또는 탈루가 있는 것”에 해당하여 발견 즉시 이를 다시 경정할 수 있다고 할 것이다. (마) 결손금소급공제환급세액이 결정취소 또는 재결정됨에 따라 이미 지급한 세액의 반환을 청구함에 있어서는 법인세법 제72조 제3항 에서 결손금소급공제환급신청에 따른 결정시 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 함을 규정하고 있으므로 국세기본법 제51조 제7항 의 규정에 따라 국세징수법의 고지․독촉 및 체납처분의 규정을 준용하여 지급한 세액의 반환을 청구할 수 있다고 해석된다. (바) 다만, 결손금소급공제환급세액의 반환을 청구하면서 법인세 본세에 가산하는 이자상당액은 가산세 또는 가산금과는 달리 별도의 규정에 의하여 징수할 수 있는 것이므로 법인세법 제66조 제2항 및 제4항의 일반적 경정규정을 적용하여 추징시 이자상당액을 가산하는 근거조항이 없고, 국세징수법상으로도 징수할 수 있는 근거조항이 없으므로 법인세 본세를 추징하면서 이자상당액을 가산할 수는 없다고 판단된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 청구인과 같이 결손금 소급공제대상 중소기업에 해당하지 아니하는 법인이 결손금 소급공제 환급받은 경우에 대하여 후발적 사유로 법인세와 이자상당액을 추징하는 규정인 법인세법 제72조 제5항 을 적용한 것은 확장해석 또는 유추해석에 의한 적용으로 볼 수 있으나, 당초 신고 또는 결정의 오류 또는 탈루를 시정하는 규정인 법인세법 제66조 제2항 및 제4항의 적용대상으로는 볼 수 있으므로 처분청이 법인세 본세에 대하여 추징한 것은 결과적으로 동일하여 잘못이 없고, 이자상당액은 법인세법 제66조 의 경정시 또는 국세징수법상의 징수시 추징할 수 있는 근거조항이 없으므로 이를 추징한 것은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.