1세대 1주택 2년거주 비과세 요건 충족 여부 및 양도소득 감면대상인지 비과세 대상인지 당부.

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○○○ ○○구 ○○동 104 ○○2차아파트 ○○○○호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.7.6. 양도한 후, 2006.9.21. 양도소득과세표준 예정신고시 쟁점주택이 1세대 1주택인 고가주택으로서 조세특례제한법 제99조 제1항 에 의한 신축주택이라 하여 양도 가액(775,000천원)중 6억원 이하에 해당되는 양도소득금액에 대하여는 1 세대 1주택 비과세 양도소득금액으로 하고, 6억원 초과에 해당되는 양도소득금액에 대하여는 조세특례제한법령상 감면대상 양도소득금액으로 구분하여 감면대상 양도소득금액에 해당하는 농어촌특별세 5,055,580원을 자진신고․납부하였다.
• 나. 이에 처분청은 쟁점주택이 1세대 1주택 비과세 요건중 2년 이상 거주요건을 충족하지 못한 사실을 확인하고 청구인이 비과세로 신고한 내용을 부인하고 쟁점주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 조세특례제한법상 신축주택에 대한 감면대상 양도소득금액으로 하고 과소신고한 양도소득금액에 대하여 신고불성실가산세를 적용하여 2008.3.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 14,864,630원 및 농어촌 특별세 30,112,570원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1988.3.30.○○○○시 ○○구 ○○동 104-1 ○○택 305호(이하 “구주택”이라 한다)를 임차하여 거주하다가 1996.9.20. 동 주택의 소유권을 취득하여 동 주택이 주택재건축사업으로 철거된 1996.12.12.까지 8년 8개월을 거주하였고, 재건축공사기간중에는 ○○○○시 ○○구 ○○동 509 ○○○○아파트 101동 507호를 임차하여 거주하였으며, 1999.1.12. 쟁점주택이 준공이 되었으나, 즉시 입주하지 못하고 2005.12.26. 입주하였다가 다음해인 2006.7.6. 쟁점주택을 양도하였다. 1세대 1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 비과세 제도는 주거생활의 안정과 거주․이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되고 있는 것으로 청구인은 구주택과 쟁점주택에 8년 이상을 살다가 양도하였으므로 소유권 취득일부터만 계산 하여 1세대 1주택 2년 거주 요건을 따지는 것은 부당하며, 소유권 취득일부터 거주 요건을 계산하더라도 주택재건축공사로 인해 어쩔 수 없이 거주하지 못한 기간을 거주기간에 포함하여야 하므로 이 건 처분을 취소하여야 한다.

(2) 설사, 청구인이 2년 이상 거주하여야 하는 요건을 충족하지 못하여 쟁점주택이 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되지 아니한다 하더라도 쟁점주택의 양도소득금액을 조세특례제한법상 100% 감면대상으로 신고하였으므로 신고불성실가산세는 적용하지 아니하여야 한다. 대법원은 세법상 가산세는 세법이 과세의 적정을 기하기 위하여 정한 의무의 이행을 확보할 목적으로 이들 의무를 해태하였을 때 그에 대하여 가해지는 일종의 행정벌적인 성격을 가지는 제재이므로 그 의무를 해태함에 있어 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다고 판시/(대법원 88누4218, 1989.4.25.)/하고 있고, 또한 가산세는 납세의무를 정당하게 이행한 자와의 공평부담을 도모하기 위한 행정 상의 조치이며 침해된 국고이익에 대한 회복이므로 손해배상적 성질을 가진다는 견해로 볼 때, 추가 납부할 본세가 감면대상이라면 그 감면세액에 대하여는 가산세를 적용하지 아니한다는 학설이 정설이다. 조세특례제한법상 감면제도는 적극적 감면과 소극적 감면으로 나누어 설명할 수 있는 바, 적극적 감면이란 감면신청요건을 훈시적 조항으로 이해하여 감면대상이라는 사실이 입증되면 감면을 적용하여 주는 것으로 관련 법 규정에 “감면을 받고자 하는 자가 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다”고 표기하고 있고, 이 건의 경우를 포함한 대부분의 일반적인 감면대상이 이에 해당되며, 이와 달리 소극적 감면이란 감면신청서를 제출하지 아니하면 감면이 배제되거나 감면 자체가 거부되는 것으로 이는 관련 법규정에 “대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 표기하여 적극적 감면대상과 구분하여 규정하고 있다. 따라서, 적극적 감면대상 소득금액이라면 감면대상 소득금액을 잘못계산하여 신고하였다 하여 감면신고 자체를 부정할 수 없고 바로잡은 소득금액이 역시 감면대상에 해당된다면 신고불성실 가산세는 적용할 수 없는 것인 바, 청구인은 당초 양도소득과세표준 예정신고시 양도 소득금액 계산명세서에서 양도소득금액을 전액 감면대상 양도소득금액으로 계산하고 그 중에서 다시 1세대 1주택에 해당하는 비과세 양도소득금액을 제외하고 신고하여 결과적으로 과소신고된 감면대상 양도소득금액은 없으므로 신고불성실가산세를 적용하지 아니하여야 함에도 그러하지 아니한 이 건 처분은 경정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 1세대 1주택 비과세 요건중 거주요건은 원칙적으로 1세대원 전원이 당해 주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것이나, 그 내용이 불분명한 경우에는 주민등록표상 전입일부터 전출일까지 기간에 의하는 바(서면인터넷상담4팀-3526, 2007.12.11.) 청구인은 쟁점주택의 취득일 이후 약 9월(1996.9.20.～1996.12.12. 및 2005.12.26.～2006.7.6.) 동안만 거주하였으므로 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 규정의 적용대상인 고가주택에 해당되지 아니한다.

(2) 구. 소득세법 제115조 제1항 에서 거주자가 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액 에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세액을 산출세액에 가산하는 것으로 규정 하고 있는 바, 이 건의 경우 청구인은 양도소득과세표준 예정신고시 신고하여야 할 양도소득금액에 미달하게 신고함으로써 양도소득금액이 변동되어 추가로 납부할 세액이 발생하였고, 당해 미달 신고한 양도소득금액은 당초 예정 신고한 감면대상 양도소득금액에 포함되지 아니하였으므로 신고불성실가 산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구인이 쟁점주택의 1세대 1주택 비과세 요건중 2년의 거주요건을 충족하고 있는지 여부(임차거주 기간 포함여부)

(2) 당초 양도소득과세표준 예정신고시 비과세대상으로 신고한 소득금액을 조세특례제한법상 감면대상 양도소득금액으로 경정하고 당해 소득금액에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2006년 12월 30일 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) (가) 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (나) 제95조【양도소득금액】

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양 도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (다) 제115조【양도소득세에 대한 가산세】

① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하 여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 소득세법시행령(2007년 2월 28일 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) (가) 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것 (○○○○○, 과천시 및택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지 개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.(단서생략)

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. (나) 제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항의 규정에 의한 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 6억원에 당해 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도차익 × 양도가액―6억원 양도가액 (다) 제178조【양도소득세에 대한 가산세의 계산】

① 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액은 법 제114조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 소득금액으로 한다.

② 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액에 미달한 금액에 관하여는 제146조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 준용한다. (3) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득 세의 감면】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다).(단서 생략)

(4) 조세특례제한법시행령 양도소득금액 × 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가 (가) 제40조 【구조조정대상 부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (나) 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

④ 법 제99조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 부동산의 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준 확정 신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 1에 해당하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 법 제99조 제1항 제1호의 주택

• 가. 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일을 포함한다)을 입증할 수 있는 증빙서류
• 나. 건축물관리대장
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.3.30. 구주택을 임차하여 거주하다가 1996.9.20. 구주택의 소유권을 취득하였고, 1996.12.12. 구주택이 주택재건축사업으로 철거됨에 따라 /○○○○○ ○○구 ○○동 509 ○○○○ /아파트 102동 702호를 임차하여 거주하였으며, 1999.1.12. 주택재건축사업이 완료됨에 따라 조세특례제한법 제99조 제1항 에 의하여 양도소득세가 감면되는 신축주택취득기간중에 사용승인 받은 쟁점주택의 소유권을 취득하였고, 2005.12.26. 쟁점주택에 전입하여 거주하였으며 2006.7.6. 양도한 사실이 청구인의 주민등록초본, 구주택 및 쟁점주택의 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 같은법시행령 제154조 제1항에서 거주자가 ○○○○○에 소재하는 주택을 양도한 경우 당해 주택을 3년 이상 보유하고 그 보유기간중 2년 이상 거주한 경우에는 1세대 1주택으로서 양도소득세를 비과세한다고 규정하고 있고, 같은법 제95조 제4항 및 같은법시행령 제154조 제5항에서 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있다. (나) 위의 사실 및 관련법령을 종합하여 검토하면, 1세대 1주택 비과세 요건중 거주기간의 요건은 당해 주택의 취득일부터 양도일까 지의 기간중에 동 주택에서 실제 거주한 기간을 의미하는 것인 바, 청구인은 구주택 및 쟁점주택을 임차하여 거주한 기간을 포함하여 거주한 기간은 9년 2월이나, 동 주택의 취득일부터 양도일(1996.9.20.～2006.7.6.)까지의 기간중 동 주택에서 실제 거주한 기간은 9월에 불과 하므로 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 요건중 2년 이상 실제 거주하 여야 하는 거주요건을 갖추지 못한 것으로 확인된다. (다) 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점주택을 775,000천원에 양도한 후 소득세법상 1세대 1주택인 고가주택 및 조세특례제한법상 양도소득세 감면대상인 신축주택의 양도라 하여 양도가액중 6억원 이하 금액에 대하여는 비과세대상으로, 6억원 초과 금액에 대하여는 감면대상으로 하여 양도소득금액을 106,241,625원으로, 산출세액 및 감면세액을 같은 금액인 25,646,985원으로, 감면세액에 대한 농어촌특별세를 5,129,390원으로 하여 2006년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세를 신고하였고, 처분청은 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점①심리결과와 같이 1세대 1주택 비과세를 배제하여 양도소득금액을 467,303,929원으로, 산출세액 및 감면세액을 각각 155,629,414원 및 153,005,191원으로, 양도소득금액 과소신고금액 361,061,304원에 대한 신고불성실가산세 12,024,704원 및 5년을 경과한 양도소득금액에 대한 양도 소 득세 2,624,223원 에 대한 납부불성실가산세 215,711원을 적용하여 14,864,638원을 결정세액으로 경정한 사실이 청구인의 양도소득과세표준 신고서 및 처분청의 양도소득세 경정결의서 등에 의하여 확인된다. (나) 청구인은 당초 양도소득과세표준 예정신고시 양도 소득금액 계산명세서에서 양도소득금액 전액을 감면대상으로 계산하고 그 중에서 다시 1세대 1주택에 해당하는 비과세 양도소득금액을 양도소득금액에 서 제외하고 신고하여 결과적으로 과소신고된 감면대 상 양도소득금액은 없고, 설혹 감면대상 양도소득금액을 잘못 계산하여 신고하였다 하더라도 바로잡은 양도소득금액이 역시 감면대상에 해당된다면 신고불성실가산세를 적용할 수 없다는 주장이다. (다) 전시한 관련법령 및 위의 사실관계 등에 의하면, 신고불성실가산세는 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 말하는 것이라고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구인은 쟁점주택의 양도소득과세표준 신고서상 양도소득금액을 106,241,625원으로 신고하여 처분청의 경정소득금액 467,303,929원 보다 361,061,304원의 양도소득금액을 과소신고한 것이 사실이고, 처분청의 경정결과 추가 납부세액(본세 2,624,223원)이 있는 것으로 확인되며, 1세대 1주택 비과세와 신축주택에 대한 양도소득세 감면은 그 사유 및 적용법령 등이 달라 비과세로 신고한 것을 감면신 고한 것으로 볼 수도 없는 것이므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다. (라) 따라서, 청구인이 쟁점주택의 양도소득금액을 과소신고한 데 대하여 신고불성실가산세를 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.