매출누락에 대응하는 손금이 함께 누락되어 추가로 손금으로 산입하여야 하는지 여부

삼성세무서장이 2008.2.19. 청구법인에게 한 2003사업연도 법인세 21,660,740원, 2004사업연도 법인세 51,410,750원의 부과처분은 청구법인이 하도급공사비로 지급하였다는 203,525,000원에 대하여 이를 실제로 지급하였는지를 재조사 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

청구법인은 1996.6.24. 개업하여 건설업·의장공사를 주업으로 하는 업체이다. 중부지방국세청장은 청구법인이 원도급자인 (주)○○○건설(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 2003사업연도 중에 ○○○의 증축 공사와 관련하여 386,300천원(공급대가)에 하도급계약을 체결하고 공사를 시행한 후 매출세금계산서는 212,300천원만 발행하여 174,000천원을 매출누락하고, 2004사업연도 중에 ○○○ 증축 공사와 관련하여 294,000천원에 청구외법인과 하도급계약을 체결하고 동 공사를 시행한 후 동 금액을 매출누락 한 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였다. 처분청은 청구법인의 위 매출누락분에 대하여 2008.2.19. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 21,660,740원, 2004사업연도 법인세 51,410,750원 합계 73,071,490원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.5.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 청구외법인과 도급계약을 체결한 사실 및 매출누락한 사실에 대하여는 인정하나, 청구법인이 매출누락과 관련된 ○○○ 및 ○○○ 공사현장에 투입된 원가를 당초 법인세 신고시 일부만 손금산입하였으며, 손금산입하지 아니한 2003사업연도 100,129천원 및 2004사업연도 117,125천원을 손금으로 산입하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 2003년 ○○○ 증축 공사와 2004년 ○○○ 증축 공사와 관련하여 매출누락한 사실은 인정하면서 이에 대응하는 공사원가 중 손금으로 인정받지 못한 부외원가에 대하여 추가로 손금산입할 것을 주장하나, 공사대금 증빙인 송금자료 내지 입금표를 추가적으로 제시하지 못하고 있어 공사대금 여부를 확인할 수 없으므로 동 금액을 손금불산입하여 과세한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 매출누락에 대응하는 손금이 함께 누락되어 추가로 손금으로 산입하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 (3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 원인테리어 등에게 무통장입금 등 송금된 사실이 확인되는 금액을 처분청이 손금으로 산입한 후 과세자료를 통보하였으나, 청구법인은 공사도급금액 중에서 무통장입금 등으로 송금된 금액과의 차액을 현금 등으로 지급한 금액을 추가로 아래 표와 같이 손금산입하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

• 아 래 -

○○○ (가) 처분청 과세전적부심의 재조사 결정에 따른 현지확인 종결복명서에 의하면 “매출누락에 따른 부외원가 장부 및 제출증빙 검토한 바 ○○○ 원가 증빙 359,351천원(공급가액) 및 ○○○ 원가 증빙 226,477천원(공급가액) 중 부외공사원가 관련 송금증빙 ○○○ 82,272천원(기 원가 산입분 198,533천원 별도), ○○○ 119,999천원 각각 손금산입한다” 고 기재되어 있고, 아래 표와 같이 과세자료를 통보한 사실이 확인된다.

• 아 래 - ○○○ (나) 청구법인은 (주)○○○를 포함한 위 4개업체와는 ○○○ 및 ○○○의 공사기간중에 부산 및 ○○○ 외에 9건의 하도급에 따른 공사를 수행하고 매입세금계산서를 교부받았으며 수십건의 온라인 및 현금으로 결제하였는 바, 그 내용은 아래표와 같다.

• 아 래 -○○○ (다) 청구법인은 (주)○○○와 (주)○○○의 사실확인서를 제출하지 않았으나, ○○○와 박○○○의 사실확인서와 위 4개업체의 견적서를 제출하였다.

(2) 위의 사실관계를 살피건대, 처분청은 청구법인이 (주)○○○ 등에게 계좌이체 방식 등으로 송금한 금액을 자료파생 후 손금산입하는 등 (주)○○○ 등이 실제의 거래처라는 사실을 인정하고 있음을 알 수 있고, ○○○의 경우 과세관청이 인정한 경비는 매출액의 46％로서 도급공사의 속성에 비추어 지나치게 낮은 것으로 보이며, 청구법인이 (주)○○○와 (주)○○○의 사실확인서는 제출하지 않았으나 ○○○ 윤○○○와 박○○○의 사실확인서를 제출하고 있고, ○○○ 및 ○○○의 공사와 관련된 원인테리어 등 위 4개업체의 견적서를 청구법인이 제시하였으며, 청구법인이 총 11건의 하도급공사 가운데 세금계산서를 발급 받아 법인세 신고시 손금산입한 부분의 온라인 결제 비율은 24.7%(현금결제 비율 75.3%)로 확인되는 한편, 쟁점교회공사 2건의 공사와 관련하여 매입누락으로 손금산입하지 못한 부분의 증빙자료는 온라인 결제 비율이 71.6%(현금결제 비율 28.4%)이고 청구법인이 이들 4개 업체에 하도급을 준 전체 금액 대비 온라인 결제 비율은 44.7%(현금결제 비율 55.3%)인 것으로 나타나는 바, 쟁점교회공사 매출누락에 따른 손금산입을 주장하며 제출한 증빙상 온라인결제 비율이 71.6%로서 정상적으로 세금계산서를 발행 받아 법인세 손금으로 산입하여 신고한 부분의 온라인결제 비율 24.7%보다 3배 정도 높은 것으로 나타나는 점 등에 비추어 볼 때 (주)○○○ 등에게 하도급을 주고 매입세금계산서를 교부받지 않았다는 청구주장에 신빙성이 있는 것으로 판단되므로 청구주장 매입분에 대하여 재조사하여 그 거래사실이 확인되는 경우 손금산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.