신축주택취득기간 경과후 사용승인되어 감면요건을 배제한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다

• 가. 청구인은 2000.5.9. ○○○를 취득하고 ○○○아파트 재건축조합원으로 참여하여 2001.9.18. 조합원자격으로 같은 번지 ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2004.9.30. 사용승인을 받아 2004.11.26. 소유권보존등기한 후, 2006.12.20. 쟁점주택을 아들에게 증여하고 부담부채무액 350,000천원을 양도가액으로 하여 2007.2.28. 처분청에 양도소득 과세표준 예정신고 및 양도소득세 54,785,780원을 자진납부하였다..
• 나. 청구인은 쟁점주택의 양도가 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 기납부한 양도소득세 53,877,550원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 이에 대해 처분청은 자기가 건설한 신축주택의 경우, 당해 거주자가 신축주택 취득기간(2001.5.23.~2003.6.30.)내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 양도소득세 감면대상이 되는 것이며 쟁점주택의 경우 사용승인일이 2004.9.30.이므로 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 2008.3.15. 청구인의 경정청구에 대한 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.5.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택은 재건축아파트로서 조합원취득분 세대와 일반분양분 세대로 구성되어 있으며, 일반분양분 377세대는 2001.6.25. 일반분양하였고, 조합원취득분은 2004.9.30. 준공되었으며, 청구인은 쟁점주택을 2006.12.20. 양도하였다. 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에서 일반분양분에 대한 감면을 규정하고 있으며, 제2호는 조합원취득분에 대한 감면을 규정하고 있는 바, 쟁점주택과 같이 조합원취득분과 일반분양분이 함께 있는 경우, 일반분양분은 같은 법 시행령 제99조의 3 제3항의 규정에 의거 신축주택취득기간(2001.5.23.~2003.6.30.) 경과 후에 사용승인을 받는 경우에도 감면하도록 규정하고 있고, 쟁점주택은 조합원의 주택이며, 청구인은 2001.9.18. 조합원의 자격으로 ○○○아파트재건축조합으로부터 분양계약을 체결하여 2004.9.30. 쟁점주택이 준공되었으므로 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인을 받더라도 감면대상이 되는 주택에 해당하므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 자기가 건설한 신축주택에 해당하고, 자기가 건설한 신축주택은 2002.12.11. 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 개정법령의 시행일 전에 사용승인 또는 사용검사를 받아야 하나, 2004.9.30. 사용승인(사용검사 등)을 받았으므로 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다. 따라서, 쟁점주택의 경우는 2004.9.30. 사용승인을 받고, 2004.11.26. 소유권보존등기한 신축주택에 해당하므로 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하고 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 재건축조합 조합원의 지위로 취득한 주택이 신축주택취득기간 후에 사용승인을 받은 경우, 신축주택취득기간 내에 일반분양한 사실이 있어도 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정, 2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포 함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정) (2) 조세특례제한법시행령 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정)① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. (2000. 12. 29. 신설)

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간” 이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택 (2005. 2. 19. 개정)

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. (2005. 2. 19. 개정)

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양 계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다. (2001. 8. 14. 개정)

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점주택을 증여하고 부담부채무액 350,000천원을 양도가액으로 하여 처분청에 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부하였다가 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 양도소득세 감면특례를 적용하여 기납부한 세액을 환급해 줄 것을 경정청구한 데 대하여, 처분청이 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 경정청구에 대해 거부통지한 사실이 처분청의 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의한 신축주택 취득기간 내인 2003.6.30. 이전에 불가항력적인 사유로 건축법상 사용승인 등을 받지 못하였고 2004.9.30. 쟁점주택이 준공되었으므로 신축주택취득기간경과 후에 사용승인을 받는 경우에도 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정을 적용하여 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면특례를 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의하면, 거주자가 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지 주택건설업자로부터 최초로 매매계약을 체결하고 취득한 신축주택, 주택조합 또는 재개발조합을 통하여 취득한 주택을 사용승인 또는 사용검사를 받은 후 신축주택을 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 신축주택이 고급주택(2003.1.1.부터는 고가주택)에 해당하는 경우에는 감면을 배제하도록 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제29조 제2항에서는 법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행 전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.6.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다고 규정되어 있다. (나) 조합원의 취득주택이 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제1호에 해당하는지, 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반 분양자 자격으로 주택을 취득하는지, 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이며, 청구인은 쟁점주택을 조합원 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택의 경우는 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 신축주택에 해당된다 하겠다(○○○, 2007.11.7., 같은 뜻임).

(3) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 보면, 청구인은 재건축조합 조합원으로서 재건축조합으로부터 쟁점주택을 취득하였으나 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 시행일(2003.1.1.) 현재는 물론 신축주택취득기간(2001.5.23.∼2003.6.30.) 이내에도 사용승인 등을 받지 못하고 2004.9.30. 사용검사필증을 교부받아 위 신축주택취득기간을 경과하였으므로 쟁점주택은 양도소득세 감면대상 신축주택 대상에 해당하지 아니한다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하고 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다