국세의 부과제척기간 및 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도

1. ○○○세무서장이 2007.11.19. 청구법인에게 한 피합병법인분 2002사업연도분 법인세 185,920,440원, 합병법인분 법인세 2002사업연도분 97,526,070원, 2003사업연도분 618,699,690원, 부가가치세 2002년 제2기분 86,663,600원, 2003년 제1기분 86,663,600원, 2003년 제2기분 180,033,080원, 합병후존속법인분 법인세 2004사업연도분 306,911,770원, 2005사업연도분 35,951,610원, 2006사업연도분 63,277,940원, 부가가치세 2004년 제1기분 47,086,500원, 2006년 제2기분 25,764,000원의 부과처분과, ○○○세무서장이 2007.11.19. 청구법인에게 한 피합병법인분 부가가치세 2002년 제2기분 69,081,810원, 2003년 제1기분 79,166,080원의 부과처분은

• 가. 합병법인과 피합병법인이 2001.6.27.부터 2002.3.15.까지 ○○○에 발행·교부한 ○○○ 감리용역에 대한 세금계산서(공급가액: 4,402,000,000원)는 용역의 공급시기 도래전에 발행·교부한 정당한 세금계산서로 인정하고, 2003.9.30. 발행·교부한 세금계산서(공급가액: 1,698,000,000원)는 당일 해당분(370,357,142원)만을 정당한 세금계산서로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하며,
• 나. 합병법인과 피합병법인이 2001~2003사업연도 법인세 신고시 수익계상한 ○○○ 감리용역 6,100,000,000원은 “작업진행률”을 기준으로 수익과 비용을 각 해당 사업연도별로 계산하여 2002 및 2003 사업연도의 익금과 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 건축설계 및 감리업을 영위하는 법인으로서 이 건 과세대상 기간 중 합병이 있었는 바, 합병법인은 주식회사 ○○○, 이하 “합병법인”이라 한다)이며, 2003.12.24. 주식회사 ○○○이하 “피합병법인”이라 한다)를 흡수 합병한후 2007.7.5. 법인명을 피합병법인과 같은 주식회사 ○○○ 이하 “합병후존속법인”이라 한다)로 변경하였다.
• 나. ○○○지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 조사결과, ①청구법인(합병법인, 피합병법인)이 2001사업연도부터 2003사업연도까지 ○○○ 주식회사(이하 “○○○”이라 한다)에 공급한 ○○○트 감리용역 6,100,000,000원(이하 “쟁점감리용역”이라 한다)에 대한 용역의 공급시기와 가액 및 손익의 귀속시기를 별지 감리용역 신고 및 경정 내용과 같이 경정하고, ②합병후존속법인이 2004사업연도에 고정자산 처분손실로 계상한 ○○○철거건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 장부가액 271,434,000원을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 손금불산입하고, ③합병후존속법인이 2004사업연도에손금계상한 주식회사 ○○○에 지급한 설계외주용역비 301,372,950원(이하 “쟁점외주설계비”라 한다)을 손금불산입함과 동시에 피합병법인의 2003사업연도의 손금으로 인정하고, ④합병후존속법인이 2006사업연도에 손금계상한 주식회사 ○○○에 지급한 외주용역비 200,000,000원(이하 “쟁점외주용역비”라 한다)을 손금불산입하면서, 부가가치세 매입세액을 불공제하고, ⑤합병후존속법인이 2005사업연도에 손금계상한 조선○○ 합자회사에 대한 임차보증금 112,753,000원(이하 “쟁점임차보증금”이라 한다)을 각각 손금불산입하는 등의 세무조사내용을 처분청에 통보하였다. 다.○○○세무서장은 2007.11.19. 청구법인에게 피합병법인분 2002사업연도분 법인세 185,920,440원, 합병법인분 법인세 2002사업연도분 97,526,070원, 2003사업연도분 618,699,690원, 부가가치세 2002년 제2기분 86,663,600원, 2003년 제1기분 86,663,600원, 2003년 제2기분 180,033,080원, 합병후존속법인분 법인세 2004사업연도분 306,911,770원, 2005사업연도분 35,951,610원, 2006사업연도분 63,277,940원, 부가가치세 2004년 제1기분 47,086,500원, 2006년 제2기분 25,764,000원을 각각 경정·고지하였다.
• 라. ○○○세무서장은 2007.11.19. 청구법인에게 피합병법인분 부가가치세 2002년 제2기분 69,081,810원, 2003년 제1기분 79,166,080원을 각각 경정·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2008.2.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 쟁점감리용역에 대하여 2001.6.27.부터 2002.3.15.까지는 당초 계약내용 대로 세금계산서를 발행·교부하였으나, 용역을 공급받는 ○○○의 사정으로 2003.7.22. 당초 계약을 변경후 2003.9.30. 용역비를 정산하면서 정당하게 세금계산서를 발행하여 신고하였는데도 처분청이 임의로 공급시기와 가액을 조정하여 부과처분한 것은 부당하며, 2001년 제1기~2002년 제1기 부가가치세와 2001.1.1. ~2001.12.31.사업연도 법인세에 대해서는 이 건 처분 당시 부과제척기간이 경과하여 어떠한 결정(증액 또는 감액)도 할 수 없게 되었는데도 부과제척기간 경과 기간분에 대하여 감액경정하지 않은 것은 이중과세이므로 위법·부당하다. (2)쟁점건물을 사무실 용도로 사용하다 임대후 철거한 것이므로 쟁점건물의 철거당시 장부가액은 자본적 지출이 아니고 수익적 지출이다.

(3) 쟁점외주설계비는 청구법인이 주식회사 ○○○로부터 실제로 설계용역을 공급받고 정당하게 세금계산서를 교부받은 것인데도 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금부인한 것은 부당하다. (4) 청구법인은 주식회사 ○○○으로부터 ○○○지역 재건축·재개발사업 관련정보를 제공받기 위하여 2006.8.28. 동 법인과도시정비사업 대상지 조사용역계약을 체결한 후 쟁점외주용역비에 대한 계약금조로 200,000,000원을 지급한 것이므로 이를 손금으로 인정하여야 한다. (5) 청구법인은 ○○○ 합자회사의 화의 인가 개시결정시 쟁점임차보증금을 화의채권으로 인정받지 못하였고, 임차건물의 임의 경매에도 참가하였으나 우선순위에 밀려 회수가 불가능하여 2005.11.21. 이사회결의에 따라 대손금으로 계상한 것은 정당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 거래상대방인 ○○○이 검찰 수사 및 재판을 받는 중에도 쟁점감리용역을 계속 제공하였고, 변경계약서(2003.7.22.)에는 계약 당사자간 서명 날인이 없어 계약이 변경되었다는 것은 일방적인 주장에 불과하므로 당초 계약서상 약정된 대로 세금계산서를 교부하는 것이 적법하며, 법원판결 및 당사자간 합의에 의해 당초 계약내용이 변경될 경우 수정세금계산서를 발행하여야 함에도 잔액분에 대하여 일시에 세금계산서를 교부한 데 대해 공급시기를 처분내용과 같이 조정하여 과세한 것과, 세금계산서를 사실과 다르게 교부한 경우에 대하여 국세기본법제26조의2 제1항 제3호의 규정에 의하여 5년의 부과제척기간을 적용한 것은 정당하다.

(2) 청구법인은 건축물을 신축하기 위하여 쟁점건물을 철거한 것이므로 쟁점건물의 철거당시 장부가액은 토지에 대한 자본적 지출에 해당한다.

(3) 피합병법인이 설계용역을 수주하여 주식회사 ○○○에 하도급 준 것으로 피합병법인이 2003.12.3. ○○○설계용역에 대한 세금계산서를 교부하였으므로, 피합병법인은 늦어도 2003.12.3.이전에 주식회사 ○○○로부터 쟁점외주설계비에 대한 세금계산서를 교부받아 손금산입하고, 부가가치세 매입세액공제를 하여야 하는데도, 2004.1.2. 피합병법인이 아닌 합병후존속법인이 세금계산서를 교부받아 손금 산입후 부가가치세 매입세액공제를 한 것은 부당하다.

(4) 청구법인이 쟁점외주용역비 지출에 대한 증빙으로 제시하는정비사업대상지 현황조사보고서는 재건축·재개발조합이 도시정비구역지정을 받기 위하여 행정 관청에 제출하는 서류로서 청구법인의 업무(설계·감리)와는 무관하므로 손금불산입하고 부가가치세 매입세액을 불공제한 것은 정당하다.

(5) 청구법인은 조선○약 합자회사의 화의개시 결정시 쟁점임차보증금을 정리채권으로 신고하지 않아 화의 채권으로 인정받지 못해 채권회수 기회를 놓쳤으며, 2002.11.28. 임차건물의 경매에도 참여하지 않는 등 채권회수를 위한 노력을 하지 않았을 뿐 아니라 피합병법인의 부실채권을 인수하여 합병후존속법인의 대손금으로 계상한 것은 부당하다.

• 가. 쟁 점

① 처분청이 쟁점감리용역의 부가가치세법상 공급시기와 가액을 당초 약정된 용역대가 지급시기별로 금액 비율로 안분하여 경정한 처분과 법인세법상 손익의 귀속시기를 부가가치세법상 용역의 공급시기로 경정한 처분 및 부과제척기간이 경과한 연도에 신고한 매출액을 부과제척기간이 경과하지 않은 연도로 변경하여 과세한 처분의 당부

② 쟁점건물 철거당시의 장부가액을 자본적 지출로 보아 과세한 처분의 당부

③ 쟁점외주설계비를 손금 부인한 처분의 당부

④ 쟁점외주용역비를 손금 부인한 처분의 당부

⑤ 쟁점임차보증금을 대손금 부인한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 다음 각호의 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제1호의 규정에 의한 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호의 규정에 의한 상호합의가 종결된 날부터 1년이 경과되기 전까지는 당해 결정ㆍ판결 또는 상호합의에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다. (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제34조【대손충당금의 손금산입】

② 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 제40조【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (3) 법인세법 시행령 제31조 【즉시상각의 의제】

① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산한다.

② 제1항에서 “자본적 지출”이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

⑦ 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다. 제62조【대손금의 범위】

① 법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금

2. 어음법에 의한 소멸시효가 완성된 어음

3. 수표법에 의한 소멸시효가 완성된 수표

4. 민법에 의한 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금

5. 회사정리법에 의한 정리계획인가 또는 화의법에 의한 화의인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

6. 민사집행법 제102조 의 규정에 의하여 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권

7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 인하여 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 의하여 한국은행총재 또는 외국환은행의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것

8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망，실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권 제69조 【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설 등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 건설 등의 계약기간(그 목적물의 건설 등의 착수일부터 인도일까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 1년 이상인 건설 등의 경우 그 목적물의 건설 등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도까지의 각 사업연도의 익금과 손금은 동항의 규정에 불구하고 기획재정부령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다. (4) 법인세법 시행규칙 제34조 【작업진행률의 계산 등】

① 영 제69조 제2항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우: 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다. 해당 사업연도말까지 발생한 총공사비누적액 작업진행률 ＝ ────────────────────── 총공사예정비

2. 제1호 외의 경우: 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제2항 본문의 규정에 의하여 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

계약금액 × 작업진행률 － 직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

당해 사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 단서에서 “기획재정부령이 정하는 경우”라 함은 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.

1. 제7장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

2. 조세조약에 부합하지 아니하는 과세의 원인이 되는 조치가 있는 경우에 그 조치가 있음을 안 날부터 3년이내(조세조약에서 따로 규정하는 경우에는 그에 따른다)에 그 조세조약의 규정에 의한 상호합의의 신청이 있는 것으로서 그에 대한 상호합의가 있는 경우 (5) 부가가치세법 제9조 【거래시기】

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (1994. 12. 22. 개정) 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (6) 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

• 다. 사실관계 및 판단 (1)쟁점①에 대하여 본다. (가)사실관계 1)쟁점감리용역에 대한 계약 내용을 보면, 청구법인(합병법인, 피합병법인)과 ○○○은 2001.6.8. 체결한 공사책임감리계약서에서, 계약금액은 130억원〔부가가치세별도이며, 지분율은 합병법인(6): 피합병법인(4)임〕용역기간은 계약체결일 부터 사용검사일 까지, 감리용역대가는 별지 감리용역 신고 및 경정내용과 같이 2001년 7월 부터 2004년 4월이후 사용검사시 까지 매 2개월 단위로 균등하게 수수하기로 약정하였다가, 2002년 5월경 발주처인 ○○○에 대한 검찰수사결과 당초 계약금액 130억원 중에는 주식양도대금이 포함되어 있다는 사실이 밝혀짐에 따라 용역가액을 75억원으로 변경후 61억원으로 최종 확정하였으며, 감리용역은 2003.9.30.까지 중단없이 계속 공급되었다. 2)쟁점감리용역계약을 중도에 해지하였는지에 대하여 보면, 청구법인(합병법인, 피합병법인)과 ○○○이 2003.7.22. 합의하였다는 합의서에, “2001.6.8.자 감리계약에 의한 적정 용역비는 금 75억원(부가가치세 별도)임을 확인하며, 2001.6.8.자 감리계약은 2003.7.22.자로 합의해지하고 해지에 따라 청구법인에게 발생한 손해의 전보를 위하여 ○○○은 청구법인에게 1,061,000,000원을 2003.7.22.까지 지급하기로 하고, 추가지급금에 대한 정식 세금계산서를 청구법인은 ○○○에게 제출하며, 청구법인이 ○○○에 제공한 감리용역의 기성고는 2003.7.31.현재 6,439,000,000원(부가가치세 별도)임을 확인한다.”고 되어 있으나 작성일자와 계약 당사자의 서명 날인이 없는 등 해지여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙으로 보기 어렵다. 3)쟁점감리용역의 공급에 대한 부가가치세 신고 및 경정 내용을 보면, 청구법인은 세금계산서를 발행·교부한 날을 감리용역의 공급시기로 하여 신고하였으나, 처분청은 청구법인이 발행한 세금계산서상 총공급가액 6,100,000,000원을, 당초 계약시 대가의 각 부분을 받기로 한 약정기간(2001.7.10.~2004.4.30)의 기간별 금액 비율로 안분하여 매출과표를 경정하면서 부과제척기간경과분(2001년 제2기분 매출과표 감소분 1,520,2885,458원과 2002년 제1기분 매출과표 증가분 255,429,092원의 차가감액 1,264,856,366원)에 대해서는 경정하지 않아 결과적으로 그 기간분 부가가치세 126,485,636원은 이중과세 되었다. 4)쟁점감리용역에 대한 법인세 신고 및 경정 내용을 보면, 청구법인은 부가가치세법상 용역의 공급시기와 동일하게 세금계산서를 발행·교부한 날이 속하는 사업연도에 수익계상하였고, 처분청은 청구법인이 발행한 세금계산서상 총공급가액을 당초 대가를 받기로 약정한 기간별 금액 비율에 따라 안분하여 수익을 귀속시키면서 부과제척기간 경과분(2001사업연도)에 대해서는 경정하지 않아 결과적으로 그 기간에 줄어든 수입금액 1,520,285,458원에 대한 법인세 425,679,928원(1,520,285,458원×28%)은 이중과세 되었다. (나)판 단 1)쟁점감리용역의 공급시기 및 가액이 적정한지 본다. 쟁점감리용역은 당초 계약시(2001.6.27.)부터 마지막 세금계산서를 교부한 날(2003.9.30)까지 중단없이 계속하여 공급되었으므로 처분청이 최종 확정된 용역가액을 당초 계약시의 거래시기 및 가액 비율로 안분하여 공급시기 및 가액을 산정한 것은 타당한 것으로 보인다. 그렇다면, 청구법인이 발행·교부한 세금계산서 중 2001.6.27. 1,950,000,000원, 2001.8.31. 613,000,000원, 2001.10.31. 613,000,000원, 2002.1.15. 613,000,000원, 2002.3.15. 613,000,000원은 공급시기가 도래하기전에 정당하게 교부한 세금계산서인데도 처분청에서 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급시기 및 가액을 경정한 것은 잘못이라고 판단된다. 다만, 청구법인이 2003.9.30. 발행·교부한 세금계산서 1,698,000,000원에 대해서는 당일 해당분만 정당한 세금계산서로 인정하고, 나머지 부분은 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 2)쟁점감리용역의 손익귀속시기가 적정한지 본다. 처분청은 쟁점감리용역의 손익귀속시기를 부가가치세법상 용역의 공급시기 및 공급가액과 동일하게 결정하였으나, 쟁점감리용역은 계약기간이 1년이상이므로 “작업진행률”을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 당해 사업연도의 익금과 손금에 산입하되, “작업진행률”을 계산할 수 없다고 인정되는 경우에는 용역제공완료일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입하도록 법인세법 시행령 제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조에 규정되어 있어, 쟁점감리용역가액 6,100,000,000원에 대한 손익의 귀속시기는 “작업진행률”에 의하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 한편, 청구법인은 2001사업연도 법인세에 대해서는 이 건 부과처분 당시 부과제척기간이 경과하여 어떠한 경정(증액 또는 감액)도 할 수 없게 되었는데도 부과제척기간이 경과한 2001사업연도 신고분 중 일부를 부과제척기간이 경과하지 않은 2002~2003사업연도로 손익의 귀속시기를 변경하여 과세하면서 그 부분에 대하여 감액경정하지 않은 것은 이중과세이므로 위법·부당하다고 주장하나, 각 사업연도별(2001~2003년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 법인세법 시행령제69조 제2항의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(2001년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(2002~2003년)는 법인세법이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 국세기본법에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다(○○○, 2006.9.1. 합동회의, 같은 뜻임). 따라서 이와 관련된 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (2)쟁점②에 대하여 본다. (가)사실관계 피합병법인은 2003.8.19. 사주 오○○○으로부터 ○○○ 대지 445.6㎡, 동 지상 철근콘크리트조 슬래브 2층 근린생활시설 1층 196.89㎡, 2층 196.89㎡, 지층 196.89㎡ 중 토지 및 건물 지분 19분의 9를 취득하여 합병후인 2004.3.11. 동 지상건물을 철거하고, 철거당시 건물장부가액 271,434,000원을 2004사업연도에 고정자산 처분손실로 손금산입하였으며, 상기 토지상에는 청구법인의 자회사인 주식회사 ○○○가 2004.11.23. 건물을 신축 보존등기후 2005.2.28.부터 청구법인에게 토지분 임차료를 지급한 사실이 세금계산서 등 관련서류에 의하여 확인된다. (나)판 단 청구법인은 쟁점건물을 취득한지 불과 6개월 정도 경과한 다음 철거 후, 자회사로 하여금 새로운 건물을 신축토록 한 것으로 보아 토지만을 사용할 목적으로 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 것으로 인정되므로 철거한 건물의 장부 가액을 토지의 자본적 지출로 본 처분청의 결정은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (3)쟁점③에 대하여 본다 (가)사실관계 1)합병후존속법인은 2004.1.2. 주식회사 ○○○로부터 교부받은 설계외주비에 대한 세금계산서의 공급가액 301,372,950원을 2004사업연도의 손금으로 산입과 동시에 2004년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액공제를 하였고, 처분청은 쟁점외주설계비는 피합병법인이 합병되기전인 2003.12.3. ○○○에 공급한 설계용역을 주식회사 ○○○에 외주 준 것이라 하여 피합병법인의 2003사업연도 손금으로 인정하고, 합병후존속법인의 2004사업연도 손금에 불산입하면서 부가가치세 매입세액을 불공제하였다. 2)피합병법인이 2003년 5월 주식회사 ○○○와 합의한 건축설계용역계약합의서를 보면, 피합병법인은 총공사설계예약금액중 잔금 298,156,950원(준공도서납품시 청구부분)을 지급한다고 되어 있고, 외주업체인 주식회사 ○○○의 업무일지(2003.11.29.)에는 ○○○의 준공도면을 최종 정리하였다는 내용이 기록되어 있다. (나)판 단 쟁점설계외주비는 피합병법인이 수주하여 청구법인의 자회사인 주식회사 ○○○에 외주를 준 설계용역인데, 피합병법인이 2003.12.3. 원 발주자에게 용역제공(설계도서납품)을 완료한 후인 2004.1.2. 합병후존속법인이 외주업체로부터 설계도면을 공급받았다는 것은 시기상 앞뒤가 서로 맞지 않는 모순점이 있어 사리에 어긋나고, 피합병법인에게 귀속되는 비용인데도 합병후존속법인의 손금에 산입하고 부가가치세 매입세액공제를 한 것은 부당하므로 이 건에 대한 처분청의 결정은 잘못이 없다고 판단된다. (4)쟁점④에 대하여 본다 (가)사실관계 1)쟁점외주용역 약정 내용은 다음과 같다. 합병후존속법인과 주식회사 ○○○이 2006.8.28. 약정한 업무는 서울지역의 주택재건축·주택재개발 정비사업 대상지의 현황 조사(대상지 면적, 용도지역·지구, 기타개요 등), 정비구역 지정에 필요한 관청 자료수집, 구역 소유자 및 세입자 현황조사, 각 구역 사업추진 여부 검토 등이고, 약정금액은 3억원(부가가치세는 별도)으로 하고, 용역비는 과업성과물 제출시 2억원, 최종과업수행결과물 제출시 1억원을 수수하기로 하였다. 2)쟁점외주용역비에 대한 증거자료는 다음과 같다. 청구법인은 쟁점외주비 지출에 대한 증빙으로 “2010 도시·주거환경정비기본계획(주택재건축사업부분)” 1권(○○○)과 “정비사업대상지 현황조사 보고서” 4권(○○○)을 제출하였는데 그 내용은 재개발·재건축사업예정지구내의 도시정비구역 지정을 받기 위해 제반 사항을 정리한 것으로 보인다. 3)쟁점외주비 관련 법원 판결문 내용은 다음과 같다. 대구지방법원 제11형사부 판결문(○○○)을 보면, 청구법인의 대표이사 박○○○과 주식회사 ○○○의 이사 박○○○이 쟁점외주용역비를 주고 받은 것에 대해, 주식회사 ○○○이 이 건 계약이 체결된 이후인 2006.8.29. 에서야 설립등기가 이루어졌고, 2006.9.1.부터 업무를 개시하였으며, 청구법인에 대한 매출 2억원과 ○○○에 대한 매입 5,000만원 외에는 실질적인 거래가 전혀 없는 것 등에 비추어, 주식회사 ○○○은 쟁점외주용역비를 수수하기 위하여 급조된 법인에 불과한 것으로 보아 용역수주로 인한 액수미상의 이익상당의 뇌물을 수수한 것으로 인정하여 두 사람 모두에게 유죄를 선고한 것으로 기록되어 있다. (나)판 단 법원에서는 쟁점외주용역비에 대하여 액수 미상의 뇌물을 수수한 것이라 인정하여 주고 받은 사람 모두에게 유죄를 선고한 사실이 있고, 외주용역비에 대한 증거자료를 검토한 바, 청구법인의 고유업무인 설계업무나 감리업무와 직접적인 관련이 있는 것으로 보기 어려우므로 이를 손금불산입하고 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분청의 결정은 잘못이 없다고 판단된다. (5)쟁점⑤에 대하여 본다. (가)사실관계 1)피합병법인은 1999.11.1.부터 ○○○ 164평을 임차보증금 168,000,000원, 월 임차료 2,216,000원에 임차하여 사무실로 사용하던 중 2000년 8월경 ○○○ 합자회사의 부도발생으로 인한 화의개시 결정을 받을시 위 임차보증금을 화의채권으로 신고한 사실이 없으며, 임차보증금 168,000,000원에서 임차건물 경매에 따른 배당금 지급시까지 미지급한 임차료를 차감한 112,753,000원을 미수임차보증금으로 계상하였다. 2) 합병후존속법인은 2005.11.12. 이사회 결의로 피합병법인으로부터 승계한 쟁점임차보증금 112,753,000원을 2005사업연도 대손금으로 손금산입하였고, 처분청은 쟁점임차보증금을 피합병법인의 2002사업연도 대손금으로 계상하여야 하는데도, 합병후존속법인의 2005사업연도 손금에 산입한 것은 부당하다며 손금불산입하였다. (나)판 단 2002년에 임차건물주인 ○○○ 합자회사의 화의인가 결정이 있었으므로 피합병법인은 쟁점임차보증금을 그 당시에 화의채권신고한 다음 회수가 불가능할 경우 2002사업연도의 대손금으로 계상하였어야 하는데도 이를 이행하지 않은채 3년이 경과한 2005사업연도에 와서 합병후존속법인의 손금에 산입한 것은 부당하므로 이 건에 대한 처분청의 결정 역시 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.