현금 지급 인건비등을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

○○세무서장이 2007.12.24. 청구인에게 한 종합소득세 253,843,900원의 부과처분은 신여성병원의 2004년도 귀속분 의약품 원가 등 합계 222,000,000원과 현금지출한 인건비 합계 403,744,450원, 특근당직수당 39,226,600원, 명절상여금 25,400,000원 및 2003년에 직원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인과 정○○, 이○○, 원○○(이하 “청구인 등”이라 한다)은 2003.1.1.부터 ○○도 ○○시 ○○동 *-에서 신○○병원이라는 상호로 산부인과를 공동운영하고 있다. 나.○○지방국세청장은 청구인 등이 비보험 진료수입금액을 종합소득세 신고시 누락한 혐의에 대하여 개인사업자 통합조사를 실시한 결과, 현금수입금액 합계2,187백만원이 신고누락된 사실을 적출하고, 필요경비 267백만원을 추인하는 것으로 하여 청구인 등에게 세무조사 결과통지를 하였고, 이들이 제기한 과세전적부심사청구에서 ‘전산자료를 근거로 산출한 현금수입 누락금액에 오류가 있다’는 청구주장을 받아들여 재조사 결정을 하자 수입금액에 대하여 재조사를 실시한 결과, 2003년 및 2004년 귀속분은 ‘ 전산자료의 현금수입금액 합계가 당초 조사시의 합계와 차이가 없고 수동차트와 전산프로그램에 수록된 진료금액을 샘플로 검증한 결과도 전산자료의 진료금액에 중대한 요류를 발견할 수 없었으나, 진료비 수납단계에서 신용카드 수납분을 현금수납으로 잘못 입력한 사실이 확인된다 하여 11백만원을 감액시정하고, 2005년 귀속분은 전산자료의 현금수입금액 합계가 당초 조사시 확보한 전산자료 합계액보다 204백만원이 감액되었으나, 청구인 등이 그차액에 대하 구체적인 근거를 제시하지 아니하고 있는 바, 이는 세무조사 이후 전산조작에 의한 것이라 하여 수입금액을 감액하여 달라는 청구주장은 받아들이지 아니하면서 2005년 신용카드 매출액 중 집계가 누락되어 현금매출누락에 포함된 사실이 확인되는 79,964천원을 수입금액에서 차감하는 것으로 하여 아래 표와 같이 청구인 등의 주소지를 관할하는 세무서장들에세 자료통보하였다.
• 다. 처분청은 ○○지방국세청장으로부터 청구인 등이 현금수입금액합계 2,097백만원을 종합소득세 신고시 누락하였다는 자료통보를 받고 이에 따라 청구인 등에게 아래 표와 같이 2003년 귀속~2005년 귀속 종합소득세 합계 1,014,800,360원을 경정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.3.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인 등은 2003.1.2. 신○○병원을 개업하면서 전산프로그램을 도입하였으나 프로그램상 오류발생 및 직원들의 전사자료 관리미숙으로 인하여 2003년과 2004년에는 입력된 전산자료를 기초로 회계장부를 작성할 수없는 상태였으며, 2005년에 와서야 총수입금액 관련 전산기록을 실제와 거의 일치시킬수 있었는 바, 종합소득세 신고시에 전산자료를 이용하지 아니하였는 데, 위와 같은 전산요류 등의 사실은 2005년의 전산기록상 청구인 등이 신고한 총수입금액이 전산기록에 비해 125백만원이 과소계상되어 있음에도 신용카드수입금액은 차이가 발생하지 아니한 사실에 의해서도 확인된다. 따라서 청구인등이 쟁점현금수입을 신고 누락하였다고 보기 위하여는 처분청이 과세근거인 전산자료 중 현금수입금액만큼은 정확한 자료라는 사실을 입증하여야 함에도 처분청은 청구인 등이 최초의 세무조사 당시 수차례에 걸쳐 전산자료의 모순을 설명하였음에도 불구하고 단순히 전산자료상의 현금수입금액만을 근거로 세무조사를 하였으며, 재조사시에도 청구인 등이 전산상 현금수입액에 대한 오류의 유형으로서 신용카드수입액이 현금수입으로 이중계상된 오류를 제기하자 동 오류내용만을 확인되는 것으로 보아 직권시정하였을 뿐이다. 또한, 처분청이 2005년 전산자료상 현금수입액으로 조사한 금액과 청구인 등의 전산자료와는 204백만원이 불일치하는 오류가 있음에도 처분청은 재조사시에도 그 차이에 대한 세부내경을 청구인 등에게 제시하거나 철저한 검증과정이 없이 회호 세무조사시에 청구인 등의 전산에서 출력한 내용이 정당함을 근거로 청구인 등이 전산을 조자가였다는 추정을 하고 쟁점현금수입이 신고 누락되었다고 보았다. 따라서 처분청이 전산자료상 현금수납액 기록을 과세근거로 하여 쟁점현금수입이 누락된 것으로 보아 과세한 처분은 취소되어야 한다. (2)청구인 등은 외부기장한 2004년 계정별원장을 검토한 결과, 당초 필요경비로 회계전표에는 입력되었다가 최종 재무제표 작성시에는 차감전표로 입력된 222백만원과 청구인 등이 일용직 사원 등에게 현금으로 지급한 인건비 등 403백만원이 종합소득세 신고시 필요경비에서 누락된 사실을 확인하였는 바, 의약품의 경우는 청구인 등이 매입계산서를 전량 수취한 것으로서 이는 사업장현황신고시 제출한 매입계산서합계표에 대한 검증이 세무조사시 이루서졌으므로 사실임이 명백하고, 직원급여는 원천징수이행상황신고 및 지급조서가 제출되었으며, 이자비용에 대해서는 전액 금융기관차입금 이자비용으로 전액 통장을 통하여 지금되었고, 접대비의 경우에도 전액 신용카드지출증빙을 보관하고 있다. 한편, 청구인 등이 현금으로 지출한 인건비 등은 매월 지출결의서가 있고 지출결의서에 첨부된 세부항목명세서에는 수령자으 구체적인 인적사항등이 지재되어 있음에도 처분청은 단지 현금으로 지출되었다는 사유만으로 필요경비에 산입하지 아니하였다. 따라서 위와 같이 청구인 등이 종합소득세 신고시 필요경비에서 누락된 사실이 확인되는 쟁점금액은 필요경비로 추인되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)청구인 등의 전산자료는 의산의 진료기록과 외래 및 입 퇴원시 진료비 수납에 실제 사용하는 것으로서 차트번호, 일자, 환자명, 총진료비, 보험청구, 본임부담, 비보험, 신용카드 수납, 현금수납 등이 구체적으로 기록되어 있을 뿐 아니라 이건 과세전적부심사결정에 따라 수입금액 재조사를 하면서 수동진료차드와 전산자료의 진료비 금액과 관련하여 소아과, 산부인과의 샘플을 월별로 오류금액이 있는지 검증하였으나 오류금액이 없었으며, 단지 수납구분만 일부오류가 있었는 바, 신용카드로 수납한 것을 현금수납으로 잘못 전산입력한 것이 확인되는 11백만원을 현금수입금액 누락분에서 감액 처리하였고, 청구인 등이 2005년도분 전산자료상 현금수입금액 합계가 당초 조사시 학인된 금액보다 204백만원이 적으므로 그 차액을 현금수입금액에서 차감하여 줄 것을 청구한데 대하여 조사하였으나. 당초 세무조사시 확보된 전산자료와 일별집계표와는 달리 청구인 등은 204백만원이 줄어든 전산자료와 일별집계표만을 제시할 차이가 나는 이유와 구체적인 근거를 제시하지 못하여 이를 인정하지 아니하였으며, 참고로 청구인 등이 제시한 진료비 중 비현금수납분을 입금하는 별도 은행통장에 의하면 현금수납분에서 거래처 등에 당일 현금지출분을 차감한 금액을 통장에 입금하며, 연도별 현금입금은 2003년도 841,164천원, 2004년도 450,221천원, 2005년도 422,784천원이 각각 입금되었음이 확인되고 있어 전산자료상 현금수입금액이 누락 된 것으로 판단된다. 따라서 청구인 등은 수입금액이 노출되는 의료보험과 신용카드등 수입금액 위주로 소득세를 신고하였고, 대외 노출이 어려운 비보험과 본인부담분 현금수납은 전산조작하는 수법으로 은폐시켰으며, 세무조사시 적발되자 각종 분석기법으로 전산자료가 신빙성이 없다고 주장할 뿐, 신빙성이 있는 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 바, 재조사시에도 전산자료상 진료금액의 오류를 발견할 수 없었으므로 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구인 등은 장부에 기장되어 잇니 아니한 쟁점금액을 필요경비로 추인하여야 한다고 주장하지만 쟁점금액이 사업돠 관련된 지출인지 여부 및 실제 지출한 경비인지 여부가 확인되지 않고 있을 뿐 아니라 현금지출한 필요경비는 지출결의서 등만 있고, 실제로 지출한 사실이 확인되지 아니하므로 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점현금수입을 신고누락한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점금액을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) ○○지방국세청장은 청구인 등에 대한 조사시 진료비는 1층수납,소아접수,야간당직 등 담당자별로 수납하고, 일일수입금액은 원무시스템에 모든 진료내역과 진료비과 본인부담듬 및 공단부담금별 현금 및 신용카드별로 입력되고 있으며, 외부기장의 근로자료로서는 보험청구금액, 카드매출,현금매출이 있으나, 청구인 등이 기장한 장부에는 의료보험,의료보호, 비보험진료비의 총액만 구분되어있어 의료보험 중 본인부담분과 이의 수납유형을 알수가 없을 뿐 아니라 비보험 진료수입금액 또한 월별 또는 분기별 총액만 기장하여 수납유형을 알수없는바, 전산프로그램외에는 비보험 진료수입금액에 대한 다른 원시지록이 없기 때문에 객관적으로 확인되는 의료보험 청구자료와 신용자드 발행자료, 전산프로그램의 현금진료 수납자료에 의하여 진료수입금액을 조사하였다. (나) ○○지방국세청장은 위와 같은 조사자료를 바탕으로 청구인 등이 신고한 진료수입금액 중 현금과 신용카드로 수납될 수 있는 금액은 의료보험 및 의료보호의 본인부담금, 일반진료비이므로 이들을 합한 금액에서 신용카드 발행분을 차감하여 신고한 현금진료금액을 환깅하였고, 이를 전산프로그램상 담당자별 현금수납자료와 대사하여 신고 누락된 쟁점현금수입을 조사하였는 바, 당초 조사한 내용은 아래 표와 같으며, 과세전적부심사결정에 따른 재조사시에는 현금매출누락에 중복된 2003년 4,944천원과 2004년 6,370천원, 2005년 신용카드 매출액 중 집계가 누락되어 현금매출누락에 포함된 79,964천원을 차감하였다. (조사적출내역: 병원 수납금액 기준) (단위: 천원) 연도별 수입금액 신고내용 전산자료 현금수납

④ 적출금액 (④-③) 신용카드 발행금액

① 수납대상(본인부담금+비보험) 현금③ (②-①) 소계② 본인부담 비보험 계 8,818,778 9,375,353 2,349,734 7,025,619 556,575 2,744,343 2,187,768 2003 2,688,620 2,701,499 759,522 1,941,977 12,879 1,021,997 1,009,118 2004 2,882,379 2,913,261 768,025 2,145,236 30,882 881,068 850,186 2005 3,247,779 3,760,593 822,187 2,938,406 512,814 841,278 328,464 (조사적출내역: 총수입금액 기준) (단위: 천원) 연도별 수입금액 신고내용 전산자료 현금수납

④ 적출금액 (④-③) 총수입 금액① 수납유형 현금③ (②-①) 소계② 공단부담 신용카드 계 16,368,690 15,812,115 6,993,337 8,818,778 556,575 2,744,343 2,187,768 2003 4,935,002 4,922,123 2,233,503 2,688,620 12,879 1,021,997 1,009,118 2004 5,047,069 5,016,187 2,133,808 2,882,379 30,882 881,068 850,186 2005 6,386,619 5,873,805 2,626,026 3,247,779 512,814 841,278 328,464 (다) 이에 대해 청구인 등은 아래 표에서 보듯이 청구인 등이 신고한 수입금액이 2003년과 2004년에 전산상의 총수입금액에 비해 각각 759백만원과 968백만원만큼크고, 청구인 등이 신고한 신용카드 수입액은 2003년과 2004년에 전산상의 신용카드 수납액에 비해 각각 1,744백만원과 1,835백만원이 크며, 전산자료 중 외래와 관련된 신용카드수입액이 2003년과 2004년에는 영으로 기록되ㅐ어 있는 점 등을 들어 청구인 등이 오류가 발생한 전산자료를 근거로 종합소득세 신고를 할 수 없었기 때문에 별도로 수입금액을 산출하여 신고하였음에도 처분청이 잘못된 전산자료를 근거로 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (총수입금액) (단위: 백만원) 사업연도 신고금액① 전산자료② 차이금액③=①-② 차이비율③/① 2003년 4,935 4,176 759↑ 15.38% 2004년 5,034 4,076 958↑ 19.03% 2005년 6,363 6,488 (-)125↓ (-)1.96% 합 계 16,332 14,740 1,592↑ 9.75% (신용카드 수입금액) (단위: 백만원) 사업연도 신고금액① 전산자료 차이금액

③ =①-② 차이비율

③ /① 외래ⓐ 입원ⓑ 계②=ⓐ+ⓑ 2003년 2,689

• 945 945 1,744 64.86% 2004년 2,869

• 1,034 1,034 1,835 63.96% 2005년 3,224 2,222 1,003 3,225 (-)1 0.03% 합계 8,782 2,222 2,982 5,204 3,578 40.74% (라) 살피건대, 청구인 등은 위의 표에서 보는 바와 같이 ○○지방국세청장이 조사한 전산기록상 총수입금액보다 훨씬 큰 금액을 총수입금액으로 종합소득세 신고한 것만 보더라도 청구인 등이 전산기록에 의존하여 종합소득세를 신고한 것이 아니라는 것을 알 수 있음에도 처분청이 전산자료를 근거로 쟁점현금수입이 신고누락되었다고 봄은 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인 등은 전산자료가 잘못되었다는 주장만 할 뿐 본인들이 종합소득세 신고한 내용이 정당함을 입증 할 수 있는 장부 등 증빙을 제출하지 아니하고 있을 뿐 아니라 전산자료외에는 비보험 진료 수입금액 및 수납유형을 확인할 수있는 자료도 제출하지 아니하고 있다. 그렇다면 ○○지방국세청장이 과세전적부심사결정에 따라 재조사하면서 담당자별로 일일현금수납액을 입력한 전산자료의 현금수납액에서 의료보험 및 의료보호의 본인부담금과 비보험 일반진료비에서의 신용카드 수납분을제외한 금액을 신고누락된 쟁점현금수입으로 볼 수 밖에 없었던 사정이 수긍이 될 뿐 아니라 재조사시 진료금액의 전산입력 오류 여부를 과별, 수납구분별로 2003년부터 2005년까지 각 연도 중 1월 및 6월분의 불임시술, 마약수불대장, 분만대장, 소아과 예방접종 명단에 대한 수동차트를 전산입력 자료와 대사하였으나 오류 입력금액이 없었던 점이나, 전산상 현급수입금액 중 기 신고한 신용카드매출 수입금액이 포함되어 있는지 여부르 2003년부터 2005년까지 3개년의 일자별, 인별 신용카드매출명세서를 조회하고, 병원의 전산자료를 일자별 환자의 수납명세서를 출력하여 신용카드매출명세서에 나온 환자의 수납금액 중 전산상 현금수납으로 분류된 것을 조사한 결과, 신용카드매출분을 현금매출분으로 오류입력한 것이 2003년 5백만원과 2004년 6백만원이 있는 사실과 신용카드매출액 중 집계누락으로 현금매출누락이 된 것이 2005년에 79,964천원이 있음을 확인한 점 등을 볼때, ○○지방국세청장이 청구인 등이 신고 누락한 쟁점현금수입을 산정하기 위하여 위와 같은 방법으로 조사한 데에는 잘못이 있다고 할 수 없으므로 청구주장은 이유가 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 처분청이 이 건 종합소득세를 부과하면서 추인한 경비는 아래 표와 같은데, 청구인 등이 신○○병원의 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비로 추인하여야 한다고 주장하는 아래 표의 쟁점금액과는 다른 경비임이 확인된다. 처분청 조사시 추인된 장부계상누락 경비내역 구분 2003 2004 2005 계 업무관련 수수료등 -손해배상보험료 24,032,580 -복리후생비 25,935,489 -기숙사 임대료 3,435,000 -의료사고합의금 125,000,000 -손해배상보험료 8,327,400 -기숙사 임대료 3,600,000 -연구관련수수료 9,954,500 -의료사고합의금 11,865,600 -복리후생비 20,139,260 -기숙사 임대료 4,300,000 소계 53,403,069 146,881,900 36,304,860 89,707,929 검사대행 수수료 및 소모품비 등 -소모품비 등 18,582,123 (의약품비 2,728천원,소모품비 15,853천원

• -검사대행료 12,585,000 계 71,985,192 146,881,900 48,889,860 267,756,952 (단위: 원) 쟁점금액 내역 (단위: 원) 구분 2003년 2004년 2005년 합계 결산시 임의차감된 필요경비

• 222,000,000

• 222,000,000 현금지출후 신고 누락된 필요경비 177,046,000 148,100,600 78,597,850 403,744,450 합 계 177,046,000 370,100,600 78,597,850 625,743,850 (나) 청구인 등이 쟁점금액 중 아래 표상의 222,000,000원은 2004년도에 경비출을 하면서 정상적으로 전표처리를 거쳐 계정별원장에 비용으로 계상되었다가 결산시에 임의로 차감됨으로써 종합소득세 신고시에 누락되었다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. 1)먼저, 의약품 원가로 지출하였다는 150,000,000원에 대하여 본다.

• 가) 청구인 등은 2004년도 사업장현황 신고시 매입처별세금계산서합계표를 처분청에 제출하였고, 이와 관련하여 ○○지방국세청장이 이 건 조사시 세금계산서합계표에 대한 불부합조사도 하였지만 불부합으로 인하여 처분된 과세금액이 없었는 바, 청구인 등이 동 세금계산서의 의약품을 실제로 매입한 사실이 확인되므로 결산시 임의로 차감된 150,000,000원을 필요경비로 추인하여야 한다고 주장하면서 2004년도 의약품 계정별원장 사본, 당초 의약품 계정별원장에 입력된 회계전표의 근거자료인 세금계산서 등을 제출하고 있다. 나)청구인 등이 제출한 2004년도 의약품 계정별원장상 지급액은 아래표와 같다. 월별 1 2 3 4 5 6 지급액 28,634 35,555 17,879 32,828 22,516 21,463 (단위: 천원) 7 8 9 10 11 12 계 36,926 35,698 36,814 42,477 85,402 12,408 405,055 다)판단 청구인 등이 제출한 2004년도 의약품 계정별원장에 기재된 의약품의 매입내용이 관련 매입세금계산서 및 간이 계산서의 기재내용과 일치 하고 있는 바, 청구인 등이 의약품을 매입하면서 일ㄹ 의약품 계정별원장에 기재한 사실이 확인되고, 청구인 등이 처분청에 제출한 매입처별세금계산서합계표상 이 건 의약품 관련 매입세금계산서의 불부합 사례가 발생하지 아니한 것으로 나타나고 있는 바, 청구인 등이 가공매입세금계산서를 수취하고 거래상대방이 동 세금계산서를 부가가치세 신고한 정황이 드러나지 않는 이 건의 경우에는 청구인 등이 의약품 계정별원장에 기재된 내용대로 의약품을 매입한 것으로 인정된다. 그렇다면 2004년도 의약품 계정별원자에는 2004.1월부터 2004.12월까지 매월 말일마다 12,500,000원이 반품 등 적요사항을 기재함이 없이 일률적으로 차감되어 있는 바, 비록 이러한 차감이 이루어진 사유가 무엇인지 규명되지 아니한다고 하더라도 청구인 등의 필요경비 감소를 가져오는 회계처리임을 감안 할때, 실지조사방법에 의하여 종합소득세를 부과한 이건 과세처분에 있어서 의약품 매입비 중에서 임의로 차감된 것으로 인정되는 의약품 원가 150,000,000원은 필요경비로 추인하는 것이 타당하다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.