수분양자가 부담할 이자를 대신부담시 필요경비 산입여부 및 종전사업에 사용하던 자산을 폐기시 필요경비 산입여부

○○○세무서장이 2007.7.25. 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 929,537,330원, 2005년 귀속 종합소득세 190,387,990원의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 2004년 소득금액계산시 104,365,754원을 필요경비에 산입하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 ○○○에서 1995.1.23.부터 골프연습장을 운영하여 오던 중 2002.6.1. 업종을 부동산매매업으로 정정신청하고, 동 장소에 오피스텔을 신축·분양한 후 ① 수분양자에 대한 중도금 대출금이자 중 입주지정일 이후에 청구인이 부담한 이자상당액 101,408,037원(이하 “쟁점이자”라 한다)을 기타대여금으로 자산계상하고, ② 종전사업(골프연습장)에 사용하던 기계장치, 시설장치, 비품(이하 “쟁점자산”이라 한다)을 폐기하였으나 동 자산의 장부가액 180,815,485원을 필요경비에 산입하지 아니하였으며, ③ 오피스텔분양과 관련하여 부동산양도차익예정신고시 적용한 장기보유특별공제액 2,464,676,317원(이하 “쟁점장기보유특별공제액”이라 한다)을 확정신고시에는 이를 배제하여 신고하였다가, 쟁점이자 101,408,037원(2004년 33,815,304원, 2005년 67,592,733원)을 필요경비에 산입하고, 쟁점자산의 장부가액을 고정자산폐기손실로 하여 필요경비에 산입하였으며, 쟁점장기보유특별공제액을 적용하여 2007.5.28. 처분청에 2004년 귀속 종합소득세 929,537,330원 및 2005년 귀속 종합소득세 190,387,990원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 처분청은 쟁점이자는 계약상 수분양자가 부담하기로 약정하였다는 사유로, 쟁점자산의 폐기손실은 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 폐기한 것이 아니라는 사유로, 쟁점장기보유특별공제액은 관련법령상 예정신고시에만 적용되고 확정신고시에는 적용할 수 없는 사유로 2007.7.25. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.23. 이의신청을 거쳐 2008.3.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 분양계약자와 총분양가액의 10%인 계약금과 30%의 잔금을 제외한 60%의 중도금은 은행에서 계약자 명의로 대출을 받아 충당하고 입주지정일 이전에 발생한 대출이자는 전액 청구인이 부담하고 입주지정일 이후에 발생한 대출이자에 대하여는 수분양자(분양계약자)가 부담하는 조건으로 오피스텔분양계약을 체결하여 동 대출이자 중 입주지정일 이후에 발생된 쟁점이자를 당기 비용이 아닌 기타대여금으로 처리하였으나, 쟁점이자는 계약자의 여러 사정으로 납부하지 못하여 청구인이 대위변제한 것이고 추후 청구인이 계약자에 대하여 구상권을 행사할 수도 없는 이자이므로 청구인의 당기비용으로 보아 필요경비에 산입하여야 한다.

(2) 청구인은 종전사업(골프연습장) 자체를 폐업한 것이 아니라 다른 사업(오피스텔 신축분양)을 영위하기 위하여 부득이 종전사업에 공하였던 쟁점자산을 폐기한 것이며, 소득세법시행령 제67조 제6항에서도 시설의 개체, 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우 당해 자산의 장부가액은 필요경비로 산입할 수 있다고 규정하고 있으므로 쟁점자산의 장부가액을 필요경비로 산입하여야 한다.

(3) 일반적으로 모든 세법에서 적용되는 예정신고제도는 과세관청의 조세채권 조기확보와 납세의무자에게 분납적 효과를 주는 것으로서 예정신고시 혜택을 받지 못한 경우에도 확정신고를 통하여 최종 정산하도록 한 것임에도 유독 부동산매매업의 경우에만 부동산매매차익예정신고시 장기보유특별공제를 적용하게 하고 확정신고시에는 장기보유특별공제를 배제함으로써 예정신고시보다 확정신고시의 세부담을 더 크게 하였고, 또한 관련법령에서 예정신고시 장기보유특별공제를 금지하였다면 예정신고시 산출세액이 증가하여 더 많은 예정신고납부세액을 공제받을 수 있었던 것인 바, 이는 개별세법의 일반적인 논리에 어긋나는 것이므로 확정신고시에도 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인이 제출한 분양계약서상 청구인이 중도금의 대출이자를 부담한다는 조건은 명시되지 아니한 반면, 동 분양계약서 제2조 제1항 제5호에는 “병(분양 및 시공사)의 보증에 의하여 융자가 알선되고 을(매수인)이 이자 등을 납부하지 아니하여 금융기관에서 병에게 대신 이행을 청구하는 경우에 갑(매도자인 청구인) 또는 병이 14일 이상의 유예기간을 정하여 2회 이상 최고하여도 을이 금융기관에 그 이자 등을 납부하지 않을 때”라고 규정하고 있는 점으로 볼 때 대출이자는 분양계약자(을)가 납부하여야 함을 알 수 있으므로 청구인이 대위변제하였다는 쟁점이자를 청구인의 필요경비로 산입할 이유가 없다.

(2) 국세청예규(○○○, 2005.3.24.외 다수)에 따르면, 거주자가 자기소유의 토지상에 있는 건축물을 철거하여 부동산매매업을 영위하는 경우 신축·분양하는 상가건물은 사업용 고정자산이 아니라 재고자산이므로 철거되는 기존 건축물의 가액은 당해 사업의 소득금액 계산상 필요경비에 산입할 수 없다고 해석하였고, 청구인의 경우 기존의 골프연습장을 철거하고 신축한 오피스텔은 사업용 고정자산이 아니라 재고자산이므로 철거한 기존 건축물 및 시설장치와 멸실된 집기 등의 장부가액을 2004~2005년 소득금액 계산상 필요경비에 산입할 수 없다. (3) 소득세법 제107조 는 장기보유특별공제액을 예정신고 산출세액 계산시 공제하도록 규정하고 있으므로 장기보유특별공제를 확정신고시 산출세액에서 공제하여야 한다는 청구인의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요도 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구인이 오피스텔을 신축·분양하면서 중도금에 충당한 은행대출금에 대한 이자를 입주지정일 이후에는 수분양자가 부담하기로 약정하였으나 수분양자가 잔금을 납부하지 아니하는 등 계약불이행으로 계약이 해지되어 청구인이 쟁점이자를 부담한 경우, 동 이자를 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 새로운 사업(오피스텔신축분양)을 위해 종전사업(골프연습장)에 사용하던 쟁점자산(기계장치, 시설장치, 비품,)을 폐기한 경우, 동 자산의 잔존 장부가액을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

(3) 부동산매매업의 경우 예정신고시에는 장기보유특별공제를 허용하면서도 확정신고시에는 이를 배제하여 과세하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제27조 【필요경비의 계산】

① 부동산임대소득금액·사업소득금액·일시재산소득금액·기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

○ 소득세법시행령 제55조 【부동산임대소득등의 필요경비의 계산】

① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각호의 것으로 한다.

2. 부동산의 양도당시의 장부가액(주택신축판매업과 부동산매매업의 경우에 한한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조의 규정을 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

13. 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자.

27. 제1호 내지 제26호의 경비와 유사한 성질의 것으로서 당해 총수입금액에 대응하는 경비

○ 소득세법시행령 제89조 【자산의 취득가액등】

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산외의 자산은 당해 자산의 취득당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

○ 소득세법 제69조 【부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 자진납부】

① 부동산매매업을 영위하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생할 때에도 이와 같다.

② 제1항의 규정에 의한 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조의 규정을 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조 제1항 각호에 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자가 제1항의 규정에 의하여 토지등 매매차익예정신고와 함께 자진납부를 한 때에는 그 산출세액에서 신고·납부한 매매차익에 대한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제(이하 “토지등 매매차익예정신고납부세액공제”라 한다)한다.

⑤ 토지등 매매차익에 대한 산출세액의 계산 및 결정·경정에 관하여는 제107조 및 제109조의 규정을 준용한다.

⑥ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 및 예정신고납부절차등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법시행령 제128조 【토지 등의 매매차익의 계산】

① 법 제69조 제3항의 규정에 의한 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다.

1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비에 상당하는 금액

2. 제75조의 규정에 의하여 계산한 당해 토지등의 건설자금에 충당한 금액의 이자

3. 토지등의 매도로 인하여 법률에 의하여 지급하는 공과금

4. 법 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제

○ 소득세법 제107조 【예정신고 산출세액의 계산】

① 예정신고자진납부에 있어서 납부할 세액은 그 양도차익에서 장기보유특별공제·양도소득기본공제를 한 금액에 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 산출세액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1995.1.23. 개업하여 골프연습장업을 영위하다가 2002.6.1. 부동산매매업으로 사업자등록을 정정하고, 골프연습장으로 사용하던 토지상에 주거용 오피스텔을 신축하여 2004년 및 2005년에 분양한 사실, 쟁점이자 및 쟁점자산의 장부가액을 필요경비에 산입하지 아니하였고 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 동 오피스텔분양사업과 관련한 종합소득세를 신고납부하였다가 쟁점이자 등을 필요경비 등에 산입하여 경정청구한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 처분청이 과세근거자료로 제시하는 경정청구검토서 (2007.7.25.)에 의하면, 아래 표<1> 및 표<2>와 같이 청구인이 2004년 귀속 종합소득세 929,537,330원 및 2005년 귀속 종합소득세 190,387,990원의 환급을 신청한 데 대하여, 쟁점(1)의 경우 청구인이 제출한 분양계약서를 검토한 바 계약서상 청구인이 중도금의 대출이자를 부담한다는 조건이 없으며 분양계약서 제2조(계약의 해제) 제1항 제5호에 “병(시공사)의 보증에 의하여 융자가 알선되고 을(매수인)이 이자등을 납부하지 아니하여 금융기관에서 병에게 대신 이행을 청구하는 경우에 갑(매도인인 청구인) 또는 병이 14일 이상의 유예기간을 정하여 2회 이상 최고하여도 을이 금융기관에 그 이자등을 납부하지 않을 때”로 규정하고 있는 내용으로 볼 때 대출이자는 분양계약자인 을이 납부하여야 함을 알 수 있으므로 청구인이 대위변제한 이자비용을 당기 이자비용으로 인정하여 경정할 이유가 없고, 쟁점(2)의 경우 소득세법시행령 제67조 (즉시상각의 의제) 제6항에서 “시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여 생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액과 처분가액의 차액을 당해연도의 필요경비에 산입할 수 있다”고 규정한 것은 사업별 고정자산의 내용연수표의 자산의 일부를 시설의 개체 또는 기술의 낙후로 폐기한 경우에 적용하는 것으로서 청구인의 주장대로 경정할 이유가 없으며, 쟁점(3)의 경우 부동산매매업에 있어서 부동산매매차익예정신고시에는 장기보유특별공제가 가능하나 종합소득세 확정신고시에는 장기보유특별공제를 적용하는 규정이 없으므로 청구인의 주장대로 경정할 이유가 없다는 내용이 나타난다. (단위:원) 귀속 구 분 당초 신고 경정 청구 차 액 비 고 2004년 과세표준 671,018,244 4,526,713,403 △2.244.304.841 납부할세액 2.395.390.049 1.465.852.719 △929.537.330 환급신청세액 2005년 과세표준 1.158.367.558 655.772.560 △502.594.998 납부할세액 389.817.330 199.429.334 △190.387.990 환급신청세액 (단위:천원) 구 분 경정청구사유 금 액 합 계 2004년 2005년 쟁점(1) 입주지정일 이후 이자 대납분 필요경비산입 요구 33,815 67,593 101,408 쟁점(2) 종전사업의 집기비품 및 시설장치의 폐기손실 필요경비산입 요구 180,815

• 180,815 쟁점(3) 예정신고시 반영된 장기보유특별공제의 확정신고시 반영 요구 2,029,674 435,002 2,464,676 합 계 2,244,304 502,595 2,746,899

(3) 청구인이 경정청구시 제출한 중도금대출과 관련한 청구인의 이자부담내역에 의하면 아래 표<3>과 같이 청구인은 2002년~2005년 동안 분양계약자의 중도금대출과 관련한 금융기관이자 2,001,475천원 중 입주지정일 이전분 1,900,067천원은 당기비용으로 처리하고 입주지정일 이후분인 쟁점이자 101,408천원은 기타대여금으로 처리하였다가, 쟁점이자를 필요경비에 산입하여 경정청구한 사실이 나타난다. (단위:원) 귀속연도 총지급이자 당초 회계처리내용 비고 당기비용 (입주지정일이전 자산계상 (입주지정일이후) 2002년 88,390,123 88,390,123 0 2003년 770,033,630 770,033,630 0 2004년 1,075,459,142 1,041,643,838 33,815,304 2005년 67,592,733 0 67,592,733 합 계 2,001,475,628 1,900,067,591 101,408,037

(4) 청구인이 신축분양한 ○○○ 계약해지세대의 중도금대출이자 대위변제 및 잡수익계상내역에 의하면, 청구인은 아래 <표4>와 같이 당초 분양계약자의 계약불이행으로 계약이 해지된 47세대의 계약금 316,879,740원을 2005년에 잡수익으로 계상한 사실이 장부사본 및 손익계산서에 의하여 확인되고, 쟁점이자 중 계약이 해지된 47세대의 입주지정일 이후 청구인의 이자부담액은 91,684,991원으로 나타나고 있다. <표4>청구인의 중도금대출이자 대위변제 및 잡수익 계상 내역 < 생 략 >

(5) 오피스텔의 분양계약서(202호 샘플) 제2조 (계약의 해제) 제1항 제5호에 의하면 병(시공사인 주식회사○○○)의 보증에 의하여 융자가 알선되고 을(매수인 안○○)이 이자 등을 납부하지 아니하여 금융기관에서 병에게 대신 이행을 청구하는 경우에 갑(청구인) 또는 병이 14일 이상의 유예기간을 정하여 2회 이상 최고하여도 을이 금융기관에 그 이자등을 납부하지 않을 때. 단 최고시 『당해 유예기간이 지나도록 금융기관에 그 이자 등을 납부하지 아니하면 이 계약을 해제하며, 계약 해제시에는 계약금과 중도금 등 기납부한 분양대금에서 대출 원리금, 위약금을 공제한 후 나머지 금액을 반환한다』는 내용이 나타난다.

(6) 청구인이 제시하는 쟁점자산의 내역서 및 장부사본 등에 의하면 아래 <표5>와 같이 기존사업(골프연습장)에 사용하던 기계장치 등으로서 잔존 장부가액이 180,815,485원이며, 동 자산중 기계장치와 시설장치는 골프연습장에서 고객이 친 볼을 다시 모아 타석에 올려주는 공승기계 및 골프망으로서 골프연습장이 있는 건물과 일체를 이루고 있으며 비품은 고객의 락카, 책상 등인 사실이 확인된다. (단위:원) 계정과목 취득가액 감가상각누계액 잔존 장부가액 비 고 기계장치 26,700,000 2,698,467 24,001,533 공승기계 등 시설장치 87,245,613 6,881,392 80,364,221 골프망 등 비 품 76,449,731

• 76,449,731 락카 외 합 계 190,395,344 9,579,859 180,815,485

(7) 토지등매매차익 소득세 예정신고 및 자진납부계산서 17매에 의하면, 청구인은 오피스텔을 분양하고 2004년 4월부터 2005년 12월까지 17회에 걸쳐 토지등매매차익에 대한 소득세 예정신고를 하면서 장기보유특별공제액 2,4654,676,317원을 적용한 사실이 확인된다.

(8) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 살펴보면, 청구인은 오피스텔을 신축하여 분양하면서 분양촉진책의 일환으로 분양계약자가 납부해야할 중도금을 은행으로부터 대출받아 충당하면서 약정에 의해 입주지정일까지 발생된 대출이자는 청구인이 부담하고 입주지정일 이후에 발생된 대출이자는 분양계약자가 부담하기로 약정한 사실이 확인되는 바, 쟁점이자는 입주지정일 이후에 발생된 대출이자로서 원칙적으로 분양계약자가 납부하여야 하는 것이고 분양계약자가 이를 납부하지 아니하여 청구인이 대위변제하였다면 구상권을 행사하여 분양계약자로부터 쟁점이자를 회수하여야 함에도 청구인은 대위변제한 쟁점이자의 회수를 위한 노력을 확인되지 아니한 점으로 볼 때 분양계약자로부터 받을 채권을 임의포기한 것이므로 이를 필요경비에 산입하기는 어렵다고 판단된다.

(9) 다음으로, 쟁점(2)의 쟁점자산에 대한 폐기손실의 필요경비 인정여부에 대하여 살펴보면, 이 건과 같이 청구인이 골프연습장으로 사용하던 사업용 건물 등을 철거한 후 오피스텔을 신축하여 부동산매매업을 영위하는 경우 관련법령상 기존 건축물의 장부가액의 필요경비 산입방법에 대하여 명백하게 규정하고 있지는 아니하나, 기업회계기준상 다른 사업을 위한 기존의 사업용 건물을 철거하는 경우 기존건물의 장부가액 및 철거비용은 당기비용으로 처리한다고 규정하고 있는 점, 소득세법기본통칙(33-19)에서도 자기소유의 토지상에 새로운 건축물을 건축하기 위하여 기존건축물을 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 새로운 건축물에 대한 자본적 지출로 하고, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거한 경우 철거한 건축물의 취득가액과 철거비용은 당해 토지에 대한 자본적 지출로 한다고 규정하고 있는 점, 또한 처분청과 같이 사업용에 사용하던 건물을 철거하고 신축한 건물이 사업용 자산이 아닌 재고자산이라고 하여 철거된 건물의 장부가액을 필요경비로 인정하지 아니한다면 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 상가를 신축하여 분양하는 사업을 하는 경우와 그 과세소득에 차이가 발생하는 등 과세형평상 불합리한 문제점이 도출되는 점 등을 감안할 때 다른 사업을 위하여 사업용으로 사용하던 기존건물을 철거하였다면 그 다른 사업의 사업용 자산인지 재고자산인지 여부에 불구하고 기존건물의 장부가액은 필요경비에 산입하는 것이 합리적이고 또한 수익비용대응의 원칙에도 부합한다고 할 것이므로(○○○, 2008.7.3. 같은 뜻임), 쟁점자산 중 토지 및 건물 등에 부착되어 있는 기계장치 및 설비장치는 이를 철거하여 폐기하지 아니하면 다른 사업을 할 수 없는 것이므로 새로운 사업의 필요경비에 산입하는 것이 타당하다. 다만, 비품중 락카 등은 건물과 분리되어 중고품으로 판매할 수 있음에도 청구인이 이에 대한 명세를 제출하지 아니하였고, 비품 중 책상 등은 새로운 사업을 하더라도 계속 사무용으로 사용할 수 있는 것이므로 이를 폐기손실로 인정하기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 쟁점자산 중 기계장치 및 설비장치의 장부가액의 합계 104,365,754원은 2004년의 소득금액계산시 필요경비에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.

(10) 끝으로, 쟁점(3)의 부동산매매업에 대한 종합소득확정신고시 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지의 여부에 대하여 살펴보면, 소득세법 제69조 에서 종합소득세 과세대상인 부동산매매업자에게 그 매매일이 속하는 달의 말일부터 2월이 되는 날까지 납세지 관할세무서장에게 양도소득세의 토지등 예정신고방법에 따라 토지등 매매차익예정신고를 하고 그 세액을 납부하도록 규정한 것은 부동산매매업자가 부동산매매업에서 발생된 매매차익을 정부에 자진신고납부하게 함으로써 소득세의 중간예납제도와 같은 효과를 얻을 수 있을 뿐만 아니라 일시적으로 발생된 소득에 대한 세원의 멸실방지 및 세수의 조기확보를 기하고 납세의무자의 자금부담을 분산시켜 주며 신고납부세액공제를 부여함으로써 성실신고 풍토를 조성시키고자 함에 그 입법취지가 있다고 할 것이다. 따라서, 청구인이 부동산매매업을 영위하면서 토지등 매매차익예정신고시 양도소득세 계산방법에 따라 장기보유특별공제를 적용하였다고 하더라도 이는 납부세액을 계산하기 위한 방편일 뿐이고, 종합소득세로 과세하는 경우에는 과세체계상 장기보유특별공제는 적용되지 아니하는 것이므로 청구주장은 관련법령을 오해한 것이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.