[요지] 건물 멸실이전에 잔금을 지급하고 종전주택을 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로 1세대1주택에 의한 비과세규정을 적용배제한 처분은 부당함
[요지] 건물 멸실이전에 잔금을 지급하고 종전주택을 취득한 것으로 보는 것이 타당하므로 1세대1주택에 의한 비과세규정을 적용배제한 처분은 부당함
[주 문] OO세무서장이 2007.7.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 58,712,670원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 2006.5.22. OOOOO OOO OOO OOOOO OOOOOOO OOOO OOOOO(이하 쟁점주택 이라 한다)를 양도하고1세대1주택 비과세에 해당한다고 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 쟁점주택은 청구인이2001.2.27.OOOOO OOO OOO OOOOOOO 소재 대지 73㎡을취득하여 OOOOOOOOOOOOO(이하 주택조합 이라 한다)에 제공하고 환지받은 것으로, 쟁점주택 보유기간은 그 사용승인일인 2003.12.1.부터 양도일인 2006.5.22.까지 2년 6개월로 3년 보유요건을 충족하지 못한 것으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용배제하여 2007.7.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 58,712,670원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.29. 이의신청을 거쳐 2008.4.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
① 종전주택에 대한잔금청산일이 불분명하다 하여1세대1주택 비과세 규정을 적용배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 규정에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되는지 여부
(1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.
(2) 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한취득시기및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.(이하생략)
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
② 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 본다.
(3) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ①다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
(4) 소득세법시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 1세대 1주택 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 1년 이상인 것)을 말한다. (5)조세특례제한법 제99조의 3(2002.12.11. 법률 제6762 호로 개정된 것)【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (6)조세특례제한법시행령 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.
1. 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 잔여주택 이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택
2. 조합원(도시재개발법 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택건설촉진법 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.
(1) 청구인이 2000.6.26. 종전주택 중도금으로 52백만원을 지급한 점, 건축물대장에는 2000.8.7. 종전주택이 멸실된 것으로 기재되어 있으나 2000.10월까지 종전주택의 전기사용실적이 있는 점, 2000.12.30. 발급된 조합주택 인증서에 청구인이 조합원으로 등재되어 있는 점에 대해서는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.
(2) 처분청은 청구인이 2006.5.22. 양도한쟁점주택 보유기간은 그 사용승인일인 2003.12.1.로부터 2년 6개월로 3년에 미달하는 것으로 보아 1세대1주택 비과세 규정을 적용배제하여 이 건 과세하였으며, 청구인은 쟁점주택 보유기간은 종전주택 취득일인 2000.7.30.부터 기산하여야 한다고 주장하며 매매대금지급내역, 조합원 인증서, 사실확인서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인은 2000.6.7. 종전주택 전소유주 OOO과 매매계약서를 작성하고 매매대금은 청구인의 아버지 OOO로부터 증여받아 지급한 것으로 주장하고 있다. <청구인의 종전주택 매매가액 및 지급내역> (단위: 백만원) 매매가액 계약금 (2000.6.7.) 중도금 (2000.6.24.) 잔금 (2000.7.30.) 이주비 승계 158 20 52 16 70 매매대금 지급과 관련하여 제출된 영수증, 계좌거래내역(OOOO OOOOOOOOOOOOOOO) 등에 의하면 청구인의 아버지 OOO의 예금계좌에서 2000.6.7. 20백만원, 6.24. 52백만원, 7.29. 16백만원이 각각 수표로 인출되고 이 중 52백만원이2000.6.26. OOO에게 중도금으로 지급된 사실이 확인되며, 주택조합 정산내역서에 의하면 쟁점주택 분양가액은 266,250천원이고, 조합원인 청구인의 부담액은 284,885천원이며, 종전주택 보상가액인 174,680천원을 제외한 정산금액은 110,205천원이고, 이주비 70,000천원은 별도 정산하는 것으로 기재되어 있다. (나) 등기부등본에 의하면 종전주택은 2000.7.1. 주택조합에 신탁을 원인으로 등기되었다가 2000.10.9. 신탁해지를 원인으로 2001.3.2. 신탁해지 되었고, 2001.2.27. 매매를 원인으로 2001.3.2. 소유권이 이전된 것으로 공부상 기재되어 있으나, 2001.2.20. 작성된 쟁점주택 주택조합의 토지·건물현황에 의하면 종전주택 대지 73㎡ 및 건물 96.52㎡의 소유주는 청구인으로 기재되어 있고, 2000.12.30. 발급된 주택조합의 조합원 인증서에 의하면 청구인이 주택조합의 조합원으로 등재되어 있으므로 청구인의 종전주택 취득일은 실제로는 2001.2.27. 이전으로 보는 것이 타당하다. (다) OOOOO OOOOOOOO 조합장인 OOO는 청구인이 2000.7월경에 종전주택을 취득하고 이를 주택조합에 출자하여 2000.12.30. 조합원자격을 취득하였으나, 전소유자인 OOO이 종전주택을 주택조합에 신탁등기하여 주택조합의 동의 없이는 소유권이전이 불가능하여 그 후 2001.3.2.에 소유권이전 등기를 하였다는 내용의 사실확인서를 제출한 바, OOO의 양도소득세신고서에 첨부된 주민등록등본 및 토지대장, 개별공시지가확인서 등의 발급일이 2000.8.28., 2000.9.21.로 확인되는 점, 등기부등본상 신탁해지는 2001.3.2.이나 신탁해지 원인일은 그 이전인 2000.10.9.로 등재된 점 등을 감안할 경우, 당시 주택조합이 조합원명부, 권리가액 확정 등을 위하여 조합원의 소유권변동을 보류하여 종전주택의 소유권이전 등기가 지연되었다는 청구인의 주장이 신빙성이 있는 것으로 판단된다.
(3) 한편 2001.2.27. 전소유주 OOO의 양도소득세신고서에는 종전주택 잔금일자가 2001.2.10.로 기재되어 있고, 첨부된 매매계약서에는 2001.2.27. 종전주택 대지 73㎡을 매매대금 50백만원에, 잔금은 계약 당일 일시불로 지급하는 것으로 기재되어 있어 양도소득세신고서의 잔금지급일과 상이하며 종전주택 보상가액(174,680천원) 등을 감안할 때 위 계약서를 실제 매매계약서로 보기는 어렵다.
(4) 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구인의 종전주택 취득일은 OOO의 양도소득세 신고 당시 매매계약일인 2001.2.27.로 보기는 어렵고, 그 이전에 청구인이 종전주택을 소유하고 주택조합의 조합원으로 등재된 점, 등기부등본상 신탁등기 해제 원인일이 2000.10.9.로 그 이전에 종전주택이 매매된 것으로 보이는 점, 사회통념상 중도금 지급일로부터 1개월을 전후하여 잔금이 지급되는 점 등을 감안할 때, 청구인이 건물 멸실이전인 2000.7.30.에 잔금을 지급하고 종전주택을 취득한 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서, 처분청이 청구인이 쟁점주택을 양도한 데 대하여 1세대1주택에 의한 비과세 규정을 적용배제한 처분은 잘못이 있다 하겠다.
(5) 쟁점주택이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령제99조의3 제3항 제2호의 규정에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상에 해당된다는 쟁점②에 대하여는 논의를 생략한다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.