[요지] 매매계약서상 토지와 건물의 가액의 구분이 기준시가로 안분한 금액과 비교하여 현저한 차이가 있으므로 기준시가로 안분하여 양도세를 과세함
[요지] 매매계약서상 토지와 건물의 가액의 구분이 기준시가로 안분한 금액과 비교하여 현저한 차이가 있으므로 기준시가로 안분하여 양도세를 과세함
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산 양도는조세특례제한법제85조의 규정에 따른 지정지역내의 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례 요건을 충족하였으므로 기준시가에 의하여 양도소득을 계산하여야 한다. 이는 쟁점부동산을 양수한 OOOO이주택법제16조의 규정에 의해 OOOO OOO로부터 주택건설사업계획승인을 받은 업체로서주택법제17조 규정에 따라 쟁점부동산을 양수하여도시개발법제11조의 규정에 의한 사업시행자가 되므로조세특례제한법제85조의 규정에 의해 당연히 기준시가 과세특례 적용을 받아야 한다.(주위적 청구)
(2) 설령조세특례제한법제85조의 기준시가 과세특례요건을 충족하지 못하였다 하더라도 계약내용대로 토지와 건물의 가액을 구분계산하여야 하며, 만약 토지와 건물의 가액을 조사청의 방식대로 안분계산한다 하더라도 건물의 용도를 공부상의 계사가 아니라 실제 이용현황인 공장용도의 건물로 기준시가를 재계산 하여야 한다.(예비적 청구)
(2) 쟁점부동산의 매매계약서상 토지가액은 16,229,690천원으로서 기준시가로 안분계산한 19,076,886천원의 85.1%이며, 건물가액은 공급가액 2,727,273천원으로서 기준시가로 안분계산한 138,913천원의 1,960%로서, OOOO의 쟁점외토지 매매가액과 비교하면 당초계약시 건물가액은 0으로 산정하여 토지가액만으로 결정되었다고 보여지고, 또한 이 가액은 청구인과 매수자가 감정기관 등의 합리적인 절차 없이 임의로 구분·산정한 것으로서 객관적인 가치를 반영하지 못하고 있기 때문에 토지 및 건물의 총 양도가액을소득세법제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제4항의 규정에 의한부가가치세법 제48조의 2 제4항을 준용하여 건물분의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 산정한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점부동산의 양도는조세특례제한법제85조에서 규정하는 ‘지정지역내의 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례’ 요건을 충족하였으므로 기준시가에 의해 양도소득을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)
(2) 실지거래가액으로 양도소득을 계산하는 경우에도 계약내용대로 토지와 건물의 양도가액을 인정하여 구분계산하여야 하며, 토지와 건물의 양도가액을 기준시가로 안분하는 경우에도 건물의 용도를 공부상 계사가 아닌 실지 사용되고 있는 공장용도로 하여 안분계산하여야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
(1) 조세특례제한법 제85조 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 소득세법 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 소득세법 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날
5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구ㆍ지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날
(2) 조세특례제한법 시행령 제79조의 2 (지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)①법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다. (2005. 2. 19. 신설) [별표 7] (2005.2.19. 신설) 기준시가 과세기준일(시행령 제79조의 2 관련) 14.도시개발법 제9조의 규정에 의하여 도시개발구역을 지정하거나 개발계획을 수립한 날 15.주택법제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 날
(3) 도시개발법 제3조 (도시개발구역의 지정 등)①특별시장·광역시장 또는 도지사(이하 “시·도지사”라 한다)는 계획적인 도시개발이 필요하다고 인정되는 때에는 도시개발구역을 지정할 수 있다. 이 경우 지정하고자 하는 도시개발구역의 면적이 대통령령 이상인 경우에는 건설교통부 장관의 승인을 얻어야 한다. 제9조 (도시개발구역지정의 고시 등)①지정권자는 도시개발구역을 지정하거나 제4조 제1항 단서의 규정에 의하여 개발계획을 수립한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 관보 또는 공보에 고시하고 당해 도시개발구역을 관할하는 시장·군수 또는 구청장에게 관계서류의 사본을 송부하여야 하며, 이 경우 관계서류를 송부받은 시장·군수 또는 구청장은 이를 일반에게 공람시켜야 한다. 변경의 경우에도 또한 같다. 제11조 (시행자 등)①도시개발사업의 시행자(이하 “시행자”라 한다)는 다음 각호의 자 중에서 지정권자가 이를 지정한다.다만, 도시개발구역의 전부를 환지방식으로 시행하는 경우에는 제4호의 토지소유자 또는 조합을 시행자로 지정한다.
1. 국가 또는 지방자치단체
2. 대통령령이 정하는 정부투자기관
3. 지방공기업법에 의하여 설립된 지방공사
4. 도시개발구역 안의 토지소유자(제20조의 규정에 의한 수용 또는 사용방식의 경우에는 도시개발구역 안의 국ㆍ공유지를 제외한 토지면적의 3분의 2 이상을 소유한 자를 말하며,공유수면매립법 제9조의 규정에 따라 면허를 받은 자를 당해 공유수면을 소유한 자로 보고 그 공유수면을 토지로 본다) 또는 이들이 도시개발을 위하여 설립한 조합(이하 “조합”이라 한다)
(4) 주택법 제16조 (사업계획의 승인)①대통령령이 정하는 호수 이상의 주택건설사업을 시행하고자 하는 자또는 대통령령이 정하는 면적 이상의 대지조성사업을 시행하고자 하는 자는 사업계획승인신청서에 주택과 부대시설 및 복리시설의 배치도, 대지조성공사설계도서 등 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 시·도지사(국가·대한주택공사 및 한국토지공사가 시행하는 경우와 대통령령이 정하는 경우에는 건설교통부장관을 말한다. 이하 이 조 및 제17조에서 같다)에게 제출하고 그 사업계획승인을 얻어야 한다. 다만, 주택외의 시설과 주택을 동일 건축물로 건축하는 경우 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택조성사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만제곱미터 이상인 경우에는 시·도지사 또는 지방자치법 제3조 제3항에 따라 자치구가 아닌 구를 둔 시의 시장
2. 주택건설사업 또는 대지조성사업으로서 해당 대지면적이 10만 제곱미터 미만인 경우에는 특별시장, 광역시장 또는 시장, 군수
② 제1항의 규정에 의하여 주택건설사업의 승인을 얻고자 하는 자는 당해 주택건설대지의 소유권을 확보하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 자는 그러하지 아니하다.
⑥ 시·도지사는 제1항의 규정에 의하여 사업계획을 승인한 때에는 이에 관한 사항을 고시하여야 하며, 사업계획승인서 및 관계서류의 사본을 지체없이 관할 군수·시장·구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 송부하여야 한다. 제17조 (다른 법률에 의한 인·허가 등의 의제 등)①시·도지사가 제16조의 규정에 의하여 사업계획을 승인함에 있어서 다음 각호의 인가·허가·결정·승인 또는 신고 등(이하 인·허가 등이라 한다)에 관하여 제3항의 규정에 의한 관계행정기관의장과 협의한 사항에 대하여는 당해 인·허가 등을 받은 것으로 보며, 사업계획의 승인고시가 있은 때에는 다음 각호의 관계법률에 의한 고시가 있은 것으로 본다.
1. 건축법 제8조의 규정에 의한 건축허가, 동법 제9조의 규정에 의한 가설건축물의 건축허가 또는 신고
9. 도시개발법 제3조의 규정에 의한 도시개발구역의지정, 동법 제11조의 규정에 의한 시행자의 지정, 동법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가 및 동법 제64조 제2항의 규정에 의한 허가 제26조 (환지방식에 의한 도시개발사업으로 조성된 대지의 활용)①사업주체가 국민주택용지로 사용하기 위하여 도시개발사업시행자(도시개발법에 의한 환지방식에 의하여 사업을 시행하는 도시개발사업의 시행자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 체비지의 매각을 요구한 때에는 그 도시개발사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 체비지의 총면적의 2분의 1의 범위안에서 이를 우선적으로 사업주체에게 매각할 수 있다.
② 제1항의 경우에 사업주체가 도시개발법 제27조의 규정에 의한 환지계획의 작성전에 체비지의 매각을 요구한 때에는 도시개발사업시행자는 사업주체에게 매각할 체비지를 그 환지계획에서 하나의 단지로 정하여야 한다.
③ 제1항의 규정에 의한 체비지의 양도가격은 건설교통부령이 정하는 바에 의하여 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가업자가 감정평가한 감정가격을 기준으로 한다. 다만, 임대주택을 건설하는 경우 등 건설교통부령이 정하는 경우에는 건설교통부령이 정하는 조성원가를 기준으로 할 수 있다. (6)소득세법 제100조 (양도차익의 산정)①양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액.감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액. 감정가액 등을 포함한다.)에 의하는 때는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액.감정가액.환산가액이 적용되는 경우 매매사례가액.감정가액.환산가액 등을 포함한다.)에 의하고 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (8)소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등)④법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제2항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.
(9) 부가가치세법 시행령 제48조의 2 (과세표준의 안분계산)④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.
1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전과세기간 개시일로부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산 가격 공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 이항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 의하여 안분계산한다.
2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분계산한다.
(1) 쟁점 (1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점부동산을 주택건설사업계획 승인을 얻은 공익사업시행자인 OOOO에게 양도한 것은조세특례제한법제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 과세특례 요건을 충족하였으므로 쟁점토지의 양도가액을 기준시가에 의하여 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.
1. 2005.9.23. OOOO이 공고한 ‘OOOOOO 도시개발구역 지정 및 개발계획 입안요청에 따른 공람공고O(OOO OO OOOOOOOOOO)를 보면, OOOO OOO OOO OOOOOOO 일원 44필지 95,266㎡를 사업기간 2006.5.30.(실시계획인가예정일)～2009.5.30.(환지처분예정일)까지 사업시행방식을 환지방식으로 하여 이백순(’58.1.2.)이 사업시행자로 되어 있으며, 쟁점토지가 다음 <표1>과 같이 도시개발구역지정 범위 내에 속하는 것으로 확인된다.
2. 2005.12.30. OOOOOO는 OOOO 고시 OOOOOOOOOO로 ‘OO OOOO 도시개발구역지정 및 개발계획수립 고시’를 하고 있으며, 2006.1.9. OOOO은 OO OOOO 도시개발사업 조합장에게 ‘OO OOOO 도시개발사업 조합설립 인가’(OOOOOOOOO)를 한 사실이 확인된다.
3. 2006.6.27. 청구인과 OOOO간의 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 매매대금 19,229,690천원(건물 3,000,000천원, 토지 16,229,690천원)으로 계약금 7,000,000천원은 계약시에, 잔금 12,229,690천원은 2006.12.18.에 지불하는 것으로 되어 있고, 2006.12.18. OOOO에 매매를 원인으로 소유권이 이전된 것이 쟁점부동산 등기부등본에 의하여 확인된다.
4. 2006.6.30. OOOOOO가 고시한 ‘주택건설사업계획승인O(OOOO OO OOOOOOOOOO) 내용을 보면, OOOO이 시행하는 OOO OOO OOOOOOOOOO 1-1블럭상의 주택건설사업계획(OOOOOO OOO OOOOOOOO OOOOOOO)을 승인한 것으로 되어 있고, 승인내역에서 지상 18～25층 16동 1,040세대를 건설하는 것으로 되어 있는 사실이 확인된다.
5. 2006.7.25. OOOO이 OOOOOO도시개발사업 조합장(OOO) 앞으로 보낸 OOOO 도시개발사업 환지계획 변경 인가(OOOOOOOOOO)서상 환지예정지변경조서를 보면 다음 <표2>와 같고, 쟁점부동산과 관련된 내용은 <표3>과 같다. <표2> 환지예정지변경조서 (OOOO, O) <표3> 환지예정지변경조서 상 쟁점토지 편입 내용 (OOOO)
6. 2003.5.29. OOOOO 공고 OOOOOOOOO를 보면, 쟁점부동산이 속한 OOOO OOO에 대해 주택외의 부동산 지정지역(토지투기지역)으로 지정·공고한 사실이 확인된다. (나) 2004.12.31. 신설된 조세특례제한법 제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 입법취지를 보면, 투기지역에 소재하는 부동산을 양도하는 경우에는 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 신고하여야 하나, 예정지구·지역 등을 지정하기 전에 취득한 경우 등 일정한 요건을 충족하고 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을 위한 법률 등에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용 포함)하는 경우에는 공익사업의 원활한 진행과 세부담 경감을 목적으로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액 대신에 기준시가에 의할 수 있는 것으로 되어 있음을 알 수 있다. (다) 살피건대, OOOOOO 도시개발구역 지정, OO OOOO 도시개발사업 조합설립 인가, 주택건설사업계획승인, OOOO 도시개발사업 환지계획 변경 인가 등 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 쟁점토지는 OOOOOO 도시개발 사업계획내에 편입된 토지(쟁점토지 중 1,361㎡는 미편입된 것으로 나타난다)이고, 도시개발사업의 시행자는 OOOOOO 도시개발사업조합임이 확인되며, 그 사업시행방식이 청구인은 쟁점토지를 조합원 지분으로 출자하여 도시개발사업조합을 설립하고 동 조합이 도시개발사업을 시행하여 구획이 확정된 토지를 환지받는 방식인 점으로 보아 청구인이 쟁점토지를 사업시행자인 도시개발사업조합에 양도한 것으로 보기는 어려운 것으로 판단되고, OOOO이 환지예정조서상 소유자로 된 점으로 보아 OOOO 역시 도시개발사업조합 조합원의 일원으로 참여하고 있는 것으로 보여진다. 또한, OOOO이 주택건설사업계획승인을 받은 것은 OOOOOO 도시개발사업구역 내 승인된 범위내의 아파트를 건축하는 것으로서 OOOO이 취득한 쟁점토지는 주택건설사업계획 상의 사업자의 지위에서 공익사업용으로 취득한 것이라기 보다는 OOOO의 수익사업을 영위하기 위해 필요한 토지를 확보하기 위해 쟁점부동산을 취득한 것으로 보여지므로, 청구인이 쟁점부동산을 OOOO에 양도한 것은 관련법령에 따라 청구인의 의사에 반하여 양도된 것이라기 보다는 일반적인 부동산거래에 의한 것이라 할 것이므로, 청구인이 공익사업시행자인 OOOO에게 쟁점부동산을 양도하였으므로조세특례제한법제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정을 적용하여 쟁점부동산의 양도가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가로 하여 양도소득을 산정하여야 한다는 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다. (가) 2007.8. OO지방국세청 조사공무원이 작성한 조사서를 보면, 쟁점부동산의 양도가액 산정과 관련하여 감정 등의 합리적인 절차없이 기준시가로 안분계산한 138,913천원에 불과한 건물가액을 임의로 3,000,000천원(부가가치세 포함)으로 하여 양도차손을 발생시켰다면서 쟁점부동산에 대한 건물분의 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 양도가액을 산정하는 것으로 조사되어 있다. (나) 청구인은 쟁점부동산의 거래는 당사자들 사이의 약정이 매매계약서에 구체적으로 명시되어 있을 뿐만 아니라 실지거래가액이 확인되는 이상 처분청이 쟁점부동산의 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다는 것은 부당하고, 토지와 건물의 가액을 안분계산하는 경우에도 건물의 기준시가를 공부상 현황인 계사가 아닌 실제 이용현황인 공장용도의 건물로 기준시가를 계산하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.
1. 2006.6.27. 작성된 청구인과 OOOO간의 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 매매대금 19,229,690천원(건물 3,000,000천원, 토지 16,229,690천원)으로 계약금 7,000,000천원은 계약시에, 잔금 12,229,690천원은 2006.12.28.에 지불하는 것으로 되어 있다.
2. 2006.12.11. 작성된 청구인과 OOOO간의 쟁점외토지 매매계약서를 보면, 매매대금 4,020,310천원으로 계약금 및 중도금 없이 계약일인 2006.12.11. 전액을 지불하는 것으로 되어 있다.
3. OOOO OOO OOO OOOO 대 1,818㎡ 등기부 등본을 보면, 2006.12.11. 같은 곳 79-8로 1,182㎡가 분할된 것으로 나타나고 같은 곳 79-1 대 636㎡는 OOOO에, 같은 곳 79-8 대 1,182㎡는 OOOO에 소유권이 이전된 것으로 나타나고, 같은 곳 79-3 대 16,760㎡ 등기부등본을 보면, 2006.12.11. 같은 곳 79-9 대 13,684㎡, 같은 곳 79-10 대 25㎡로 분할된 것으로 나타나고, 같은 곳 79-3 대 3,051㎡ 및 79-10 대 25㎡는 OOOO에 같은 곳 79-9 대 3,051㎡는 OOOO에 소유권이 이전된 것으로 나타난다.
4. 쟁점건물에 대한 등기부등본을 보면, OOOO OOO OOO OOOO외 5필지 지상에 시멘트 블록조 스레트지붕 단층계사 7동 2,003.17㎡, 같은 곳 79-3 지상에 시멘트 블록조 스레트지붕 단층창고 2동 93.4㎡, 시멘트 블록조 스페트지붕 단층주택 55.1㎡, 시멘트 블록조 스레트지붕 단층계사 2동 863.7㎡, 목조 스레트지붕 단층계사 4동 1,197㎡인 것으로 나타난다.
5. 청구인이 양도한 쟁점토지와 쟁점외토지의 양도가액을 비교하면 면적당 다음 <표4>와 같고, 건물에 대한 기준시가내역은 다음 <표5>와 같다. <표4> 쟁점토지 및 쟁점외토지의 면적당 단가 (OOOOO) <표5> 건물기준시가계산내역(2006.1.1 기준) (OOOOO) O OOOO O OOOO O OOOO O OOOO O OOOO O OOO O OOOO O OO OO O OOOO
6. 쟁점부동산에 대한 청구인이 신고한 양도가액과 처분청이 경정한 양도가액은 다음 <표6>과 같으며, 청구인이 2006.12.18. 건물분에 대한 세금계산서(공급가액 2,727백만원, 세액 273백만원)를 발행하여 2007.1.25. 2006년 2기 부가가치세 확정신고시 신고·납부한 사실이 확인된다. <표6> 신고 및 경정 양도가액 비교 (OOOOO)
7. 2007.8.9. OOOOOO 주식회사(OOOO)가 OO지방국세청장에게 회신한 부동산취득관련 자료제출에 대한 내용을 보면, 2006.12.18. 청구인에게서 쟁점부동산을 취득하는 과정에서 감정평가, 매매단가 결정 및 건물매매가 결정 등의 내부 의사결정 절차보다 청구인의 매매가액 결정을 존중하여 매매가 이루어졌다는 내용으로 회신하고 있는 사실이 확인된다.
8. 청구인은 쟁점건물에 대해 공부상 계사로 되어 있으나 실지 공장으로 사용한 것이라면서 OOOO OOO OOO 거주 최주한 외 10건의 월세계약서와 OOOO OOO OOO OOOO OO OOOO(OO OOO) 외 10건의 사업자등록증 사본을 제시하고 있다. (다) 살피건대,소득세법제100조(양도차익의 산정)의 규정에 의하면, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산하도록 되어 있는 바,
1. 쟁점토지와 쟁점외토지의 양도가액을 비교하여 보면 <표4>에서 보는 바와 같이 OOOO에 양도한 가액과 OOOO에 양도한 가액이 차이가 있는 것으로 나타나나, 이는 OOOO에 양도한 OOOO OOO OOO OOOO 대지 1,182㎡와 OOOO에 양도한 같은 곳 79-1 대지 636㎡는 당초 같은 곳 79-1 대지 1,818㎡에서 분할된 토지이며, OOOO에 양도한 같은 곳 79-9 대지 13,684㎡와 OOOO에 양도한 같은 곳 79-3 대지 3,051㎡ 및 같은 곳 79-10 대지 25㎡는 당초 같은 곳 79-3 대지 16,760㎡에서 분할된 토지로서 OOOO에 양도한 토지와 OOOO에 양도한 토지의 가격차이가 발생할 특별한 이유가 없음에도 이를 달리 계산하였고, 쟁점건물의 양도시 기준시가는 <표5>에서 보는 바와 같이 47,008천원(안분계산의 경우 138,913천원)에 불과한 것을 3,000,000천원으로 하여 건물가액을 구분한 것은 감정 등 객관적이고 합리적인 방법에 의한 가액이 아닌 임의의 가액으로 보여지므로 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 판단된다.
2. 청구인이 축사로 신축된 쟁점건물을 일정기간 동안 임대하여 임차인들의 사업자등록지로 되어 있으나, 쟁점건물의 경우 그 실체적인 내용이 계사로 건축된 것으로 보아 비록 공장용도로 사용되었다 하나 쟁점건물을 공장용도로 구조를 변경한 사실이 없는 점으로 보아 쟁점건물을 공장용도에 해당되는 건물로 보기는 어려운 것으로 판단된다.
3. 따라서 청구인이 쟁점건물의 양도에 따른 부가가치세를 신고한 것에 대해 처분청이 쟁점건물의 양도가액을 재계산함으로 인하여 과오납된 부가가치세 상당액을 환급하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로서 청구인이 쟁점건물의 가액을 실지거래가액을 기준으로 구분된 것이라는 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단되고, 또한 기준시가로 쟁점부동산의 토지가액과 건물가액을 구분하는 경우에도 계사로 건축된 쟁점건물을 공장용도의 건물로 보아 기준시가를 계산하여야 한다는 주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.