무주택종업원에게 무상으로 제공한 주택의 임차보증금 상당액을 종업원에 대한 자금대여로 보아 그 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하며, 1997사업연도~1999사업연도의 결손금이 증가된 경우 이를 2004사업연도 과세표준 및 세액의 계산에 있어서 이월결손금으로 공제할 수 있음
무주택종업원에게 무상으로 제공한 주택의 임차보증금 상당액을 종업원에 대한 자금대여로 보아 그 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하며, 1997사업연도~1999사업연도의 결손금이 증가된 경우 이를 2004사업연도 과세표준 및 세액의 계산에 있어서 이월결손금으로 공제할 수 있음
○○○세무서장이 2007.12.27. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소하고, 1999사업연도에 익금산입한 인정이자상당액 중 9,098,296,457원 및 손금불산입한 지급이자상당액 중 3,619,600,679원 합계 12,717,897,136원을 각각 익금불산입 및 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004사업연도의 과세표준과 세액을 경정한다.
○○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 처분청은 2003.3.1. 청구법인에게 1998사업연도 법인세 97,325천원 및 1999사업연도 법인세 179,563천원을 각각 경정․고지하였고, 청구법인은 이에 대하여 납세고지서를 받은 날로부터 90일이 경과할 때까지 아무런 불복청구를 제기하지 아니하였으며, 2005.3.31. 1999사업연도 이전 사업연도의 국세부과제척기간이 만료되었다.
- 다. 2007.1.31. 청구법인은 2004사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구에서, 종업원에게 제공한 임차주택 가운데 2000.4.3. 현재 임대계약이 체결되어 잔여임대기간이 남아있는 분은 2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 신설된 소득세법 시행규칙제15조의2 규정에 의하여 잔여임대기간동안 사택으로 보는 것이 타당하고, 동 사택에 대하여는 법인세법 시행령제88조 제1항 제6호 단서의 규정에 의하여 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 타당하다는 국세심판원의 결정○○○에 근거하여, 처분청이 1997사업연도～1999사업연도 과세소득을 증액결정한 금액 가운데 2000.4.3. 이전에 임대계약이 종료된 분을 제외하고 잔여임대기간이 남아있는 분에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 해당액이 과다하게 산정되어 있으므로 해당액에 대하여 익금불산입 및 손금산입하는 경우 발생하는 결손금을 2004사업연도에 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004사업연도의 과세표준과 세액을 경정하여 달라는 경정청구를 하였다.
- 라. 2007.12.27. 처분청은 청구법인의 2004사업연도 과세표준 및 세액의 경정청구에 대하여, 청구법인이 1997사업연도～1999사업연도의 종업원에 대한 사택제공 관련 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입한 처분에 대하여 부과처분일(2003.3.31.)로부터 90일이 경과할 때까지 불복청구를 제기하지 아니하여 동 처분에 대한 확정력이 발생하였으며, 2005.3.31. 1999사업연도 이전 사업연도의 부과제척기간이 만료되어 청구법인의 2004사업연도 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 받아들일 수 없다는 결과통지를 하였다.
- 마. 청구법인은 이에 불복하여 2008.3.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 세무상 결손금이란 특정 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차를 통하여 확정된 결손금만을 의미하는 것이 아니고, 실체적으로 존재하는 손금 초과액이 세무상 결손금에 해당하는 것이며, 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다 할 것이며, 청구법인이 종업원에게 주택임차보증금을 보조한 것은 부당행위계산 부인의 적용대상에서 제외되는 사택의 제공에 갈음하여 행하여진 것으로서 그 실질에 있어서는 사택의 제공과 동일시 할 수 있고, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래라고 할 수 없으므로, 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아 있는 분에 대하여는 그 임대차계약기간 만료일까지 사택을 제공한 것으로 보아 업무무관 가지급금에 대한 인정이자계산 및 지급이자 손금불산입 대상에서도 제외되어야 할 것이다. 따라서, 법인이 특정 사업연도분에 대한 손금 등이 차후에 추가 확인되어 증가된 결손금을 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 공제가능한 이월결손금으로 하여 경정청구하는 경우 처분청은 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 당해 증가된 결손금을 공제가능한 이월결손금으로 경정하여야 하는 것으로, 청구법인의 경우 1997사업연도～1999사업연도 과세표준의 감액은 이후 사업연도의 공제가능한 이월결손금을 증가시키게 되고 이로 인하여 증가된 이월결손금이 최종적으로 모두 공제되는 2004사업연도 과세표준 계산시 영향을 미치게 되어, 경정청구 대상이 되는 2004사업연도 과세표준 재계산을 위하여 쟁점이 되는 1997사업연도～1999사업연도의 소득금액이 감액되어야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 2004사업연도 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
- 나. 처분청 의견 2007.1.31. 청구법인이 청구한 2004사업연도 과세표준 및 세액에 대한 경정청구는 ○○○지방국세청장이 청구법인의 1997～1999사업연도에 대한 세무조사 결과에 따라 처분청이 2003.3.1. 경정․고지한 부과 처분통지를 받은 날로부터 90일이 경과할 때까지 청구법인은 아무런 불복청구를 제기하지 아니하였고, 2005.3.31. 1999사업연도 이전 사업연도의 국세 부과제척기간이 만료되기에 이르기까지 1997사업연도～1999사업연도에 익금산입된 인정이자 및 손금불산입된 지급이자에 대하여 손금으로 인정받기 위한 어떠한 절차도 취하지 아니하여 청구법인은 1997사업연도～1999사업연도에 대한 경정청구의 자격이 없으며, 2004사업연도 경정대상 소득금액이 존재하지 아니하므로 청구법인의 2004사업연도 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
① 선행사업연도인 1997사업연도～1999사업연도의 세무조사결과에 대한 불복제기 절차없이 국세부과제척기간이 만료된 사업연도의 결손금이 증가하는 사유가 발생한 경우, 이후 사업연도인 2004사업연도의 이월결손금으로 공제하여 달라는 경정청구가 적법한 경정청구인지 여부
② 청구법인이 1997사업연도～1999사업연도에 무주택종업원에게 무상으로 제공한 주택의 임차보증금 상당액을 종업원에 대한 자금대여로 보아 그 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부
③ 1997사업연도～1999사업연도의 결손금이 증가된 경우 이를 2004사업연도 과세표준 및 세액의 계산에 있어서 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부
(1) 국세기본법(2005.12.29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것) 제26조의 2 (국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제45조의2 (경정등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 제55조 (불 복) ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제68조 (청구기간) ① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
(2) 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제13조 (과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액
2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득
3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 제14조 (각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. 제28조 (지급이자의 손금불산입) ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (3) 법인세법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것) 제10조 (결손금공제) ① 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 공제에 있어서는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 순차로 공제한다.
② 법 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 법 제72조 제1항의 규정에 의하여 공제받은 결손금과 법 제18조 제8호의 규정에 의하여 무상으로 받은 자산의 가액 및 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채의 감소액으로 충당된 이월결손금은 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제된 것으로 본다.
③ 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금에는 제81조 제1항의 규정에 의한 승계결손금의 범위액을 포함한다. 제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) ① 법 제28조 제1항 제4호 나목에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. 제88조 (부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. (4) 소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제38조 (근로소득의 범위) ① 법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에는 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다.
6. 출자자나 출연자인 임원(주권상장법인 및 협회등록법인의 주주 중 제40조의 규정에 의한 소액주주인 임원을 제외한다)이 사택을 제공받음으로써 얻는 이익
7. 종업원이 주택(주택에 부수된 토지를 포함한다)의 구입ㆍ임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 대여받음으로써 얻는 이익 (5) 소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되고, 2005.2.19. 대통령령 제18705호로 개정되기 전의 것) 제38조 (근로소득의 범위) ① 법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에는 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다.
6. 주택을 제공받음으로써 얻는 이익. 다만, 주주 또는 출자자가 아닌 임원(주권상장법인 또는 협회등록법인의 주주 중 제40조의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다)과 임원이 아닌 종업원(비영리법인 또는 개인의 종업원을 포함한다) 및 국가ㆍ지방자치단체로부터 근로소득을 지급받는 자가 재정경제부령이 정하는 사택을 제공받는 경우를 제외한다.
7. 종업원이 주택(주택에 부수된 토지를 포함한다)의 구입ㆍ임차에 소요되는 자금을 저리 또는 무상으로 대여받음으로써 얻는 이익 (6) 소득세법 시행규칙(2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 신설된 것) 제15조의 2 (사택의 범위) ① 영 제38조 제1항 제6호 단서에서 “재정경제부령이 정하는 사택”이라 함은 사용자가 소유하고 있는 주택을 동조 동항 동호 단서의 규정에 의한 종업원 및 임원(이하 이 조에서 “종업원 등”이라 한다)에게 무상 또는 저가로 제공하거나, 사용자가 직접 임차하여 종업원 등에게 무상으로 제공하는 주택을 말한다. 부 칙(2000.4.3. 재정경제부령 제138호) 제1조 (시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제5조 (사택에 관한 경과조치) 이 규칙 시행일 현재 사용자가 주택을 임차하여 종업원등에게 저가로 제공하고 있는 경우 그 주택은 임대차계약기간 만료일이 속하는 과세기간 분까지 이를 제15조의2의 개정규정에 의한 사택으로 본다.
(1) 청구법인이 2007.1.31. 처분청에 한 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구가 적법한 경정청구인지에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2004사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 2005.3.31. 처분청에 신고한 사실이 나타난다. (나) 청구법인은 2007.1.31. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 한 사실이 나타나고, 그 내용에 있어 1997사업연도～1999사업연도 임차사택에 대하여 2000.4.3.현재 잔여임대기간이 남아있는 분에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입액이 과다하게 산정된 것이라 하여 이를 2004사업연도에 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 달라는 것과 ○○○로부터의 미수배당금 702억원을 대손금으로 하여 손금산입하는 처분, 2003사업연도 대손충당금 유보액 124억원을 손금산입하는 처분 및 공제받지 못한 외국납부세액 공제에 대하여 각각 경정청구를 한 것으로 나타난다. (다) 2007년 12월 처분청은 청구법인의 2004사업연도 경정청구에 대하여 검토한 결과, 1997사업연도～1999사업연도 임차사택에 대하여 2000.4.3.현재 잔여임대기간이 남아있는 분에 대한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입액이 과다하게 익금산입된 것이라 하여 이를 2004사업연도에 공제받을수 있는 이월결손금으로 하여 달라는 청구를 제외하고 그 이외의 청구건에 대하여는 이를 경정하는 것으로 되어 있다. 따라서, 청구법인의 2007.1.31. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구는 법정신고기한(2005.3.31.) 경과 후 3년 내에 청구한 적법한 경정청구로 판단된다.
(2) 청구법인이 1997사업연도～1999사업연도에 무주택종업원에게 무상으로 제공한 주택의 임차보증금 상당액에 대하여 처분청이 종업원에 대한 자금대여로 보아 그 인정이자를 익금산입하고 관련 지급이자를 손금불산입한 처분이 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. (가) 2003년 1월 ○○○지방국세청장이 청구법인에 대한 1997사업연도～1999사업연도에 대한 세무조사결과를 통지한 내역 중 직원임차사택관련 내용을 보면, 업무무관가지급금 인정이자 40,750백만원 및 관련 지급이자 23,920백만원을 각각 익금산입 및 손금불산입하는 것으로 되어 있고, 업무무관가지급금 인정이자 계산 세부내역을 보면, 1997사업연도～1999사업연도의 가지급금에 대한 적수를 계산하고, 12%～20%의 이자율을 적용하여, 인정이자 상당액 1997사업연도 10,010,862천원(구 ○○○은행 분 5,472,210천원, 구 ○○○은행 분 4,538,652천원), 1998사업연도 17,763,573천원(구 ○○○은행 분 10,068,223천원, 구 ○○○은행 분 7,695,350천원), 1999사업연도 12,975,946천원(구 ○○○은행 분) 합계 40,750,381천원을 각각 익금산입하는 것으로 되어 있으며, 지급이자 손금불산입액 계산 세부내역을 보면, 1997사업연도～1999사업연도의 지급이자 상당액에 총차입금적수에서 가지급금적수가 차지하는 비율을 곱하여 산정된 1997사업연도 4,618,059천원(구 ○○○은행 분 2,427,632천원, 구 ○○○은행 분 2,190,427천원), 1998사업연도 14,193,251천원(구 ○○○은행 분 7,816,413천원, 구 ○○○은행 분 6,376,838천원), 1999사업연도 5,108,060천원(구 ○○○은행 분) 합계 23,919,370천원을 각각 손금불산입하는 것으로 되어 있다. (나) 2003년 1월 청구법인이 작성한 임차사택 운영에 대한 사실관계 확인서를 보면, 임차사택에 대한 정의가소득세법에 규정되기 전 은행의 임차사택 운영은 입주직원이 임대주와 직접적인 임대차계약의 당사자가 되며, 직원이 채권회수에 대한 보증채무 및 임차보증금의 상환지연에 대한 연체이자 부담조건 등으로 운영되어 왔으며, 종업원의 근로소득 과세에 대하여 ○○○으로부터 회보받은 임대사택 대여이익 처리방안에 따라 각 사업연도별로 경정되어야 할 금액은 인정이자 상당액 1997사업연도 4,538,652천원, 1998사업연도 7,695,350천원, 1999사업연도 12,975,946천원 합계 25,209,948천원으로 되어 있고, 관련 지급이자 1997사업연도 2,190,427천원, 1998사업연도 6,376,838천원, 1999사업연도 5,108,060천원 합계 13,675,325천원으로 되어 있으며, 이에 따라 처분청은 합병법인인 구 ○○○은행이 종업원에게 대여한 임차보증금 상당액에 대하여법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 각 사업연도 법인소득금액 계산시 인정이자 상당액 1997사업연도 4,538,652천원, 1998사업연도 7,695,350천원, 1999사업연도 12,975,946천원 합계 25,209,948천원을 각각 익금산입하고, 관련 지급이자 1997사업연도 2,190,427천원, 1998사업연도 6,376,838천원, 1999사업연도 5,108,060천원 합계 13,675,325천원을 각각 손금불산입하는 것으로 하여 1997사업연도～1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 사택관련 내부규정(인사관련 규정 및 지침 제7장 제1절 임차사택)을 보면, 과거 1년동안 주택을 소유한 사실이 없는 실근무연수 1년 이상인 직원을 수혜대상으로 하고, 임차사택의 임차보증금 기준한도는 ○○○ 및 수도권 지역은 95백만원, 광역시 70백만원, 기타지역은 60백만원 범위내로 하는 것으로 되어 있고, 임차사택 대여기간은 8년으로 되어 있으며, 채권보전을 위하여 임차사택은 은행명의로 전세권 또는 근저당권을 설정하거나 보증보험에 가입하여야 하는 것으로 되어 있다. (라) 2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 신설된 소득세법 시행규칙제15조의2(사택의 범위)의 개정내용을 보면, 현행 규정상 출자자나 출연자인 임원이 사택을 제공받은 경우는 당해 사택이용소득에 대하여 근로소득으로 보아 과세하고 있으나, 종업원이 이용하는 사택의 경우(근로소득에서 제외) 사택의 범위가 명확하지가 아니하여 임차사택의 경우 주택자금대출과 실무상 구분이 어려우므로 그 범위를 명확히 규정하여 해석상 논란의 소지를 제거하고자 하는 것으로 되어 있으며, 2004.6.19. 재정경제부의 소득세법 시행규칙(2000.4.3. 제정된 재정경제부령 제138호) 부칙 제5조(사택에 관한 경과조치)의 해석과 관련된 회신문을 보면, 동 부칙에서 규정하는 사택의 범위에는 이 규칙시행일 현재 사용자가 임차하되(종업원이 임차보증금 일부에 대하여 별도의 임대차계약을 체결하는 경우 포함) 종업원 등이 임차비용 일부를 부담하고 있는 주택이 포함되는 것이라고 유권해석○○○한 사실을 확인할 수 있다. (마) 쟁점임차주택중 2000.4.3. 이전에 임대계약이 체결된 분으로 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아 있는 분에 대하여 살펴보면, 청구법인이 무주택종업원에게 임차한 사택을 제공한 것이라면 부당행위계산부인 대상이 되지 아니하는 것이고, 임차보증금을 지원한 것이라면 부당행위계산부인 대상이 된다고 보아야 할 것인 바, 2000.4.3. 신설된 소득세법 시행규칙제15조의2(사택의 범위), 부칙 제5조(사택에 관한 경과조치), 재정경제부 해석○○○ 등을 고려할 때, 청구법인은 임차주택의 보증금에 대하여 입주종업원에게 연대보증을 서게 하고 연대보증서를 제출하게 하였으나, 임차계약 체결과 관련하여 청구법인이 채권보전을 위하여 임차사택에 대한 전세권 또는 근저당권을 설정하거나 보증보험에 가입하도록 하고 있어, 입주종업원이 청구법인에 제출한 연대보증서나 보증각서의 내용은 임차보증금에 대한 회수책임을 부여한 것이라기 보다는 임차주택과 임차보증금에 대한 관리책임을 부여한 것이라고 판단되어, 종업원에게 임차보증금에 대하여 연대보증을 서게 하거나 보증각서를 제출하게 하였다는 이유로 청구법인이 종업원에게 사택을 제공한 것이 아닌 주택 임차보증금을 대여한 것으로 보기는 어렵다고 하겠다○○○. 따라서, 청구법인이 종업원에게 제공한 쟁점임차주택 중 2000.4.3. 현재 임대계약이 체결되어 잔여임대기간이 있는 분은 2000.4.3. 재정경제부령 제138호로 신설된 소득세법 시행규칙제15조의2(사택의 범위)와 동 부칙 제5조(사택에 관한 경과조치)의 규정에 의해 잔여임대기간동안 사택으로 보는 것이 타당하고, 동 사택에 대하여는 법인세법 시행령제88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항 제6호 단서의 규정에 의해 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 타당하다고 판단된다○○○.
(3) 1997사업연도～1999사업연도의 쟁점임차주택 중 2000.4.3. 이전에 임차계약이 체결된 분으로 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아있는 분에 대하여 그 임대차계약기간 만료일까지 사택을 제공한 것으로 보아 이와 관련된 인정이자 상당액 및 지급이자 상당액을 각각 익금불산입 및 손금불산입하는 경우 증가되는 결손금에 대하여 이후 사업연도인 2004사업연도의 이월결손금으로 공제하여야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 청구법인이 종업원에게 대여한 임차보증금 상당액에 대하여 각 사업연도 법인소득금액 계산시 인정이자 상당액 1997사업연도 4,538,652천원, 1998사업연도 7,695,350천원, 1999사업연도 12,975,946천원 합계 25,209,948천원을 각각 익금산입하고, 관련 지급이자 1997사업연도 2,190,427천원, 1998사업연도 6,376,838천원, 1999사업연도 5,108,060천원 합계 13,675,325천원을 각각 손금불산입하는 것으로 하여 1997사업연도～1999사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 각각 경정한 것으로 나타난다. (나) 쟁점임차주택에 대한 임차보증금 중 2000.4.3. 이전에 임차계약이 체결된 분으로 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아있는 분에 대하여 그 임대차계약기간 만료일까지 사택을 제공한 것으로 보아, 동 사택에 대하여는 법인세법 시행령제88조(부당행위계산의 유형 등) 제1항 제6호 단서의 규정에 의해 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 타당하다고 판단○○○한 것은 전술한 바와 같다. (다) 청구법인이 제출한 2004사업연도 경정청구서의 법인세과세표준 및 세액조정계산서를 보면, 각 사업연도소득 금액에서 공제할 이월결손금이 788,190,201천원으로 당초신고 이월결손금 767,051,607천원보다 21,138,594천원이 증가된 것으로 나타나고, 그 내용을 보면, 쟁점임차주택중 2000.4.3. 이전에 임차계약이 체결되고 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아있는 분에 대한 인정이자 및 지급이자를 각각 익금불산입 및 손금산입하여 증가된 것으로 나타나며, 그 내용은 다음 <표>와 같다. <표> 쟁점임차사택 관련 경정청구 내용
○○○ (라)법인세법제13조(과세표준) 및 제14조(각 사업연도의 소득)에서 법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액이라고 규정하고 있고, 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액을 공제한 금액으로 규정하고 있다. 또한, 세무상 결손금이란 어느 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 의미하므로 설령 그 초과금액이 아직 법인의 법인세 과세표준 및 세액의 신고나 과세관청의 법인세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정에 의하여 확정되지 않았다고 하더라도 법인세법상의 세무상 결손금에 해당한다고 보는 것이 타당한 바,법인세법상의 세무상 결손금이란 특정 사업연도의 익금의 총액을 초과하는 손금의 금액 중 과세표준과 세액의 확정절차(신고ㆍ수정신고ㆍ결정 및 경정)를 통하여 확정된 결손금만을 의미하는 것이 아니고, 설령 확정절차를 거쳐 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금의 총액이 그 사업연도의 익금의 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액이 세무상 결손금에 해당하는 것이며, 이월결손금은 법정 공제기간인 5년 이내에서 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하여야 할 것이다○○○. (마) 살피건대, 법인이 특정 사업연도분에 대한 손금 등이 차후에 추가 확인되어 증가된 결손금을 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 공제가능한 이월결손금으로 하여 경정청구하는 경우 처분청은 경정청구가 가능한 그 후의 사업연도 과세표준 계산시 당해 증가된 결손금을 공제가능한 이월결손금으로 하여 경정하여야 하는 것인 바, 청구법인이 경정청구일(2007.1.31.) 현재 국세부과제척기간이 이미 만료된 1997사업연도～1999사업연도의 법인세 과세표준을 계산함에 있어 쟁점임차주택에 대한 인정이자 및 지급이자 상당액 중 2000.4.3. 이전에 임차계약이 체결되고 2000.4.3. 이후 잔여임차기간이 남아있는 분에 대한 인정이자 및 지급이자를 각각 익금불산입 및 손금산입하여 결손금이 증가하는 경우, 당해 결손금 상당액을 국세부과제척기간이 만료되지 아니한 그 후 사업연도인 2004사업연도의 각 사업연도소득에서법인세법제13조(과세표준) 제1호의 규정에 의하여 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액은 이월결손금으로 공제할 수 있다 할 것이다. 따라서, 이 건의 경우 청구법인이 경정청구한 2004사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도인 1999사업연도 익금산입한 인정이자상당액 중 9,098,296,457원 및 손금불산입한 지급이자상당액 중 3,619,600,679원 합계 12,717,897,136원을 각각 익금불산입 및 손금산입하여 계산된 결손금 상당액을 공제받을 수 있는 이월결손금으로 하여 2004사업연도의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.