가공거래로 본 처분에 대해 실제 컴퓨터 부품을 매입했다는 주장의 당부

○○세무서장이 2008.2.20. 청구법인에게 한 2003년 2기 부가가치세 11,497,950원 및 2003사업연도 법인세 17,145,050원의 부과처분은 이를 취소한다.

1.처분개요 청구법인은 컴퓨터 프로그램 개발 및 관련 제품을 납품하는 사업자로, 2003년 2기 과세기간 중 (주)□□□로부터 공급가액 65,940,000원의 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 해당 매입세액을 공제하고 동 금액을 손금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 각각 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산하여 2008.2.20. 청구법인에게 2003년 2기 부가가치세 11,497,950원 및 2003사업연도 법인세 17,145,050원을 각각 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008. 3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하게 된 경위는, ○○전선의 ‘○○전선 운영시스템(Project 기간: 2003.5.1～2003.7.30 및 2003.10.1～2003.11.30)’ 구축과 관련하여 ○○전선로부터 위 Project를 하청 받은 (주)◇◇◇로부터 청구법인이 위 프로그램 개발과 컴퓨터 주변기기 등을 다시 도급받아 (주)◇◇◇ 등에게 납품하기 위해 쟁점세금계산서의 Pc/Moniter/Printer 등 컴퓨터 및 주변기기를 (주)□□□로부터 구입하여 (주)◇◇◇ 등에게 공급하고 대금을 수령하였으며, (주)□□□에 대한 대금지급은 청구법인의 국민은행 예금계좌(519737-01-000000)에서 인터넷뱅킹으로 (주)□□□국민은행 예금계좌(015-25-0055-000)로 6차례에 걸쳐 66,995,500원을 지급하고 나머지 5,538,500원은 현금으로 지급하여 모두 72,534,000원을 지급하고 장부상 정상적으로 계상하였다. 따라서 청구법인은 1997.10.1. 개업하여 현재까지 자료상과 거래하여 과세된 바가 없는 성실한 중소기업으로 (주)□□□와의 거래는 정상적인 거래이므로 처분청이 청구법인으로부터 소명도 없이 이 건 과세한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 실지거래라고 주장하며 제출한 관련서류(세금계산서, 거래명세표, 입금표, 대금결제 통장, 확인서 등)를 검토한 바, 청구법인이 컴퓨터 관련 부품을 매입하여 거래처 (주)◇◇◇ 등에 프로그램 납품시 공급한 사실은 인정되나, 그 매입처가 (주)□□□임을 확인할 수 있는 증빙은 전혀 없으며, 청구법인이 (주)□□□와 거래한 시점은 2003년 2기뿐으로 수년 동안 거래한 고정거래처가 아님에도 불구하고 부품을 공급하고 세금계산서를 교부받은 시점과 대금을 지급한 시점이 수개월이상 상이한 것은 자료상인 (주)□□□와 가공세금계산서를 수취하여 대금을 계좌로 이체한 시점에 소급하여 세금계산서를 교부한 것으로 보이며, (주)□□□의 국민은행 계좌(015-25-0055-000)의 거래내역을 보면, 입금과 동시에 출금하여 자료상 계좌로 확인되므로 청구법인이 (주)□□□와 거래하였다고는 볼 수 없어 쟁점세금계산서는 실물거래 없는 가공거래로 보아 이 건 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 등을 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호 의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우 의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (1994. 12. 22. 개정)

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유 로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 (3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) (4) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조 의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조 에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (5) 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항 의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997.10.1. 설립하여 프로그램 개발 및 관련 부품을 납품하는 사업을 영위하는 법인으로, 2003년 2기 과세기간 중 (주)카오스로부터 쟁점세금계산서를 수취한데 대해 처분청이 쟁점세금계산서는 실물거래 없는 가공의 거래로 보아 이 건 법인세와 부가가치세를 과세하자 청구법인은 정상적인 거래라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 (주)□□□로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역은 아래와 같다. (금액단위: 원) 공급자 일자 공급가액 매입세액 계 비고 (주)□□□ (106-86 -00000) 2003.7.10 15,750,000 1,575,000 17,325,000 컴퓨터 및 주변기기 2003.9.30 15,085,000 1,508,500 16,593,500 2003.10.29 15,025,000 1,502,500 16,527,500 2003.11.3 5,035,000 503,500 5,538,500 2003.12.19 15,045,000 1,504,500 16,549,500 계 65,940,000 6,594,000 72,534,000 (나) (주)□□□는 2006.12월 △△세무서장으로부터 자료상으로 조사되어 고발된 업체로서, (주)□□□는 2003.1기부터 2003.2기까지 매출세금계산서 교부금액 1,918백만원 중 874백만원이 가공매출로 가공비율이 45.5%이고, 동 기간 중 매입세금계산서 수취금액 1,795백만원 중 1,212백만원이 가공으로 가공비율이 67.5%로서 부분자료상으로 조사되었다. (나) 청구법인은 쟁점세금계산서의 컴퓨터 및 주변기기의 매입대금 72,534,000원은 청구법인의 국민은행 통장(519737-01-000000)에서 인터넷 뱅킹으로 5차례에 걸쳐 66,995,500원(2003.7.10 17,325,000원, 2003.10.7 9,700,000원, 2003.10.9 6,893,500원, 2003.12.1 4,400,000원, 2003.12.19 12,149,500원, 2004.1.29 16,527,000원)을 (주)□□□에 이체 지급하고, 나머지 5,538,500원은 현금으로 지급하였음이 금융자료와 장부에 의거 확인되는 반면, 처분청은 (주)□□□가 이 건 거래에 대한 대금을 청구법인으로부터 무통장 입금 받은 후 동일금액을 당일 출금되었다 하여 거래사실을 부인하였으나 출금된 금원이 다시 청구법인에게 귀속되었는지에 대하여는 확인되지 아니한다. (다) 한편, (주)◇◇◇의 검수확인서 등에 의하면, (주)◇◇◇가 ○○전선의 Connecter System 구축과 관련하여 ○○전선으로부터 ‘○○전선 전선운영 System’ 프로젝트를 도급받아 청구법인에게 하도급(프로젝트 기간: 2003.5.1～2003.7.30, 2003.9.1～2003.10.15. 2003.10.1～2003.11.30)을 주고, 청구법인이 운영프로그램과 PC/Moniter/Printer 등 컴퓨터 및 주변기기를 납품하였음이 업무도급계약서, 검수확인서, 매출세금계산서(2003.7.30 공급가액 20,750,000원, 2003.9.15 공급가액 25,000,000원, 2003.11.30 공급가액 47,850,000원) 등에 의하여 확인된다.

(2) 위의 사실관계를 종합해 볼 때, 청구법인이 (주)□□□에 매입대금을 지급한 사실이 금융자료에 의하여 확인되는 점, (주)□□□가 이 건 매입대금을 청구법인으로부터 무통장 입금 받은 후 출금된 금원이 다시 청구법인에게 귀속되었는지가 확인되지 아니한 점, 청구법인이 컴퓨터 관련 부품을 매입하여 (주)◇◇◇에 프로그램 납품시 공급한 사실이 인정되고 처분청도 이를 인정하고 있는 점 등으로 보아 청구법인이 (주)□□□로부터 쟁점세금계산서의 컴퓨터및 주변기기를 매입한 정상거래로 보이므로 처분청이 이 건 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.