주식매수선택권에 대한 과세특례규정 적용시 근무기간 산정에 예외를 인정할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] OOO세무서장이 2007.11.12. 청구인에게 한 2004년 귀속 종합소득세 8,100,000원 및 2005년 귀속 종합소득세 3,597,100원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO에 1975.1.27. 입사하여 근무하던 중 2002.3.15. OOO으로부터 주식매수선택권(부여주식수 1,700주, 행사가격 65,200원)을 부여받은 후 2003.3.31. 퇴사하고 2003.4.1. 관계회사OOO인 주식회사 OOO에 입사하였다가 2006.3.15. 퇴사하였다.
• 나. 청구인은 주식매수선택권 부여계약에 따라 2004.12.20.(1,200주), 2005.1.20.(500주) 주식매수선택권을 행사하여 OOO으로부터 동사 발행 주식을 교부받았고, OOO은 청구인의 주식매수선택권 행사이익(2004년 34,032천원, 2005년 13,835천원)을 기타소득으로 보아 20%의 세율을 적용하여 원천징수하였으며, 청구인은 OOO의 근로소득과 기타소득을 합산하여 종합소득세 확정신고를 하였다.
• 다. 청구인은 2007.9.10. 주식매수선택권 행사이익은 조세특례제한법 제15조에 따라 비과세소득이므로 2004년 귀속 종합소득세 8,100,000원과 2005년 귀속 종합소득세 3,597,100원 합계 11,697,100원을 환급해 줄 것을 경정청구하였고, 처분청은 청구인이 위 조 제2항 제4호 단서규정의 2년 이상 근무 요건을 충족하지 않았다 하여 2007.11.12. 거부처분을 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.13. 이의신청을 거쳐 2008.2.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 OOO에 근무하다 본인의 의사와는 무관하게 관계회사인 OOO으로 전출된 것이므로 OOO에 근무한 기간을 근무기간에 합산하여야 한다. 청구인과 같이 OOO에 근무하던 자들에 대한 판례OOO에서도 “근로관계에 있어 OOO과 관계회사들 사이에 동일성을 입증할 수 있으므로 구 조세감면규제법 제13조의 2 제1항을 적용함에 있어서는 감면대상자들이 관계회사에 근무한 기간을 포함하여 산정함이 타당하다”고 판시하고 있고, 청구인과 함께 근무하던 전OOO은 OOO세무서에위 판례를 근거로 경정청구를 하여 종합소득세를 환급받았다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 주식매수선택권을 부여받은 날(2002.3.15.)부터 OOO에서 2년 이상 근무한 후 행사하여야 하나, 2년이 경과되지 않은 2003.4.1. OOO으로 전출한 후 주식매수선택권을 행사하였으므로 조세특례제한법 제15조에 의한 주식매수선택권 과세특례에 해당되지 않는다. 재정경제부 예규(재법인-366, 2004.6.28.)에 주식매수선택권에 대한 과세특례 적용가능 범위에는 법인의 관계회사로 전출하여 근무한 기간은 포함하지 아니한다고 되어 있으며, 유사사건이라 하여 청구인이 제출한 판결문은 확정판결의 주문에 기재된 위법사유에만 미치는 것으로써, 당해사건의 당사자인 행정청만을 기속하는 것이고 유사사건까지 기속하는 것은 아니므로 그 유사성이인정된다 하더라도 청구주장을 뒷받침하는 증빙으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구인이 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 전출된 것으로 보아 주식매수선택권에 대한 과세특례규정 적용시 근무기간 산정에 예외를 인정할수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제15조 (2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것)【주식매수선택권에 대한 과세특례】① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 제2조 제2호의 규정에 의한 부품ㆍ소재전문기업(이하 “부품ㆍ소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “창업법인 등”이라 한다)의 종업원(벤처기업 및 부품ㆍ소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원 등" 이라 한다)이 주식매수선택권을 2006년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(주식매수선택권의 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함하는 것으로 한다)중 연간 3천만원 한도내의 금액은 이를 근로소득ㆍ사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

1. 창업법인 등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원 등과 약정한 것일 것

2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액 이상일 것

3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것 4.주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것.다만, 창업법인 등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며，2년 이상 근무하고 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다.

5. 창업법인 등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위안에서 동일 종업원 등에게 주식매수선택권을 부여할 것

6. 종업원 모두를 대상으로 주식매수선택권을 부여하는 것이 아닐 것 제15조 (2005.12.31. 법률 제7839호로 개정된 것)【주식매수선택권에 대한 과세특례】② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인 등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며，2년 이상 근무하고 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다.

③ 창업법인 등이 제1항의 규정에 의하여 종업원 등에게 제2항 제1호 내지 제5호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(제4호 단서의 규정을 적용함에 있어서 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유로 2년 이상 근무하지 못한 때 및 퇴직한 경우로서 행사기간 내에 행사할 수 있도록 하는 때에는 그 요건을 갖춘 것으로 본다)을 부여하고 그 종업원 등이 이를 행사함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우(제1항의 규정에 의하여 종업원 등이 주식매수선택권을 행사함으로써 얻는 이익이 연간 3천만원을 초과하는 경우를 포함한다)에는 법인세법 제52조의 규정에 불구하고 당해 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 하지 아니한다. 시행령 제13조 (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것)【주식매수선택권에 대한 과세특례】⑦ 법 제15조 제3항에서 "사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유" 라 함은 종업원 등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다.

(2) 소득세법 제20조【근로소득】① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 갑 종

• 가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여 제21조【기타소득】① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ일시재산소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득ㆍ양도소득 및 산림소득 외의 소득으로 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

22. 퇴직전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익 시행령 제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조의 규정에 의한 근로소득의 범위에는 다음 각호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “당해 법인 등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

(3) 증권거래법 시행규칙 제36조의 9【주식매수선택권부여계약 등】② 주식매수선택권부여법인은 주식매수선택권을 부여받은 임ㆍ직원이 사망하거나 정년으로 인한 퇴임 또는 퇴직 기타 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우에는 그 행사기간동안 주식매수선택권을 행사할 수 있도록 하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구인의 주식매수선택권 행사이익이 주식매수선택권에 대한 과세특례에 해당한다 하여 기 납부한 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구인이 주식매수선택권을 부여받은 OOO에서 2년 이상 근무하지 않았으므로 위 과세특례에 해당하지 않는다 하여 경정청구를 거부한 사실이 경정청구서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 조세특례제한법 제15조 제2항 제1호에서 제3호의 요건을 갖추고 있다는데 대해서는 청구인과 처분청간 다툼이 없으나, 제4호 단서에 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 한다고 규정하고 있는 바, 처분청은 청구인이 주식매수선택권을 부여받은 OOOO에서 2년 이상 근무하지 않았으므로 주식매수선택권에 대한 과세특례에 해당하지 않는다는 주장이므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 제출한 경력증명서에 따르면, 청구인은 1975.1.27. OOOO에 입사하여 근무하다, 2002.10.1. OOO에 파견되었고, 2003.3.31. OOO에서 퇴사하고 OOO으로 전출된 것으로 나타나며, 2003.4.1. OOO 관리부에 입사하였다가 2006.3.15. 퇴사한 것으로 확인된다. (나) 이의신청 결정서(2008.1.8.) 등 심리자료에 따르면, 청구인은 2002.3.15. OOO으로부터 주식매수선택권 1,700주를 부여받아 2004.12.20. 1,200주, 2005.1.20. 500주를 행사하였으며 행사이익은 아래 표와 같다. OOO (다) 청구인이 제출한 전OOO의 국세환급금 통지서, 경력증명서 등에 따르면, 전OOO은 OOO에 근무하던 중 2002.3.15. 주식매수선택권을 부여받고, 2003.4.1. OOO으로 전출되었으며, 2004.12.20., 2006.2.20., 2006.12.20. 주식매수선택권을 행사한 후 OOO이 주식매수선택권 행사이익에 대해 기타소득세를 원천징수하였으나, 전OOO의 경정청구에 따라 OOO세무서장이 2004년 귀속 종합소득세 및 2006년 귀속 종합소득세를 환급한 것으로 나타난다. (라) 위의 사실과 관련 법령의 내용을 종합하여 보면, 주식매수선택권에 대한 과세특례를 적용받기 위해서는 조세특례제한법 제15조 제2항 제4호 단서에 따라 ‘종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사’하여야 하나, 주권상장법인 등의 주식매수선택권 부여에 대해 규정하고 있는 증권거래법령에서 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우에는 그 행사기간동안 주식매수선택권을 행사할 수 있도록 하여 왔고, 조세특례제한법령에서도 이를 반영하여 관련 규정을 개정한 것으로 보이는 바, OOO은 OOO이 100% 출자한 회사로 청구인은 OOO에 전출되기 전 이미 OOO에 파견되어 근무한 것으로 나타나고, 청구인은 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 전출된 것으로 나타난다.

(3) 따라서 청구인이 주식매수선택권에 대한 과세특례의 다른 요건들을 갖추었고, OOO에서 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 관계회사에 전출하였음에도 처분청이 OOO에 2년 이상 근무하지 아니하였다 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.