쟁점상가의 취득세 및 중개수수료를 필요경비로 공제하여 달라는 주장의 당부(경정)

[주 문] OOO세무서장이 2007.9.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 104,402,170원의 부과처분은 OOO의 취·등록세를 필요경비로 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2005.12.경 청구외 OOO으로부터 OOO(이하 “쟁점분양권”이라 한다)를 1,200,000천원에 취득하고 2006.1.20. 청구외 OOO에게 1,430,000천원에 양도하였으나 2006년 귀속 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 청구인은 2006.8.22. OOO로부터 완공된 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1,500,000천원에 취득하면서, 같은 날 쟁점부동산 중 OOO(이하 “쟁점상가”라 한다)를 청구외 OOO에게 325,000천원에 양도하고 쟁점상가의 취득가액을 400,000천원으로 하여 양도차익이 없는 것으로 2006년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.
• 다. 처분청은 2007.6.20. OOO세무서장으로부터 정기감사결과처분에 따른 양도소득세 결정결의 내용을 통보받고, 쟁점분양권의 양도가액을 1,430,000천원 취득가액을 1,200,000천원으로, 쟁점상가의 양도가액을 325,000천원으로 취득가액은 쟁점부동산의 면적을 기준으로 안분계산한 296,535천원으로 양도소득을 계산하여, 2007.9.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 104,402,170원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장

1. 청구인이 OOO에게 쟁점분양권 양도시 양도차익 230,000천원에 대해 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고·납부하였으므로 부가가치세액 20,909천원을 기납부세액으로 공제하여야 한다.

2. 쟁점상가 취득시의 비용인 취·등록세 18,400천원과 부동산 중개수수료 23,000천원을 필요경비로 공제하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

3. 쟁점상가는 400,000천원에 취득하고 325,000천원에 양도하여 75,000천원의 손실이 발생하였음에도 처분청이 취득가액을 쟁점부동산의 면적을 기준으로 안분계산하여 과세한 처분은 부당한다.

• 나. 처분청 의견 쟁점상가는 같은 건물안에 소재하고 토지 개별공시지가와 면적 이 동일하며, 쟁점부동산에 대한 각 상가별 상가건물기준시가는 오히려 쟁점상가가 가장 낮은 금액으로 확인되는 등 쟁점상가의 취득가액이 불분명하여 면적비례로 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

1. 쟁점분양권을 양도하고 세금계산서를 발행하여 착오 신고·납부한 부가가치세액을 양도소득세 기납부세액으로 공제하여 달라는 주장의 당부

2. 쟁점상가의 취·등록세 및 중개수수료를 필요경비로 공제하여 달라는 주장의 당부

3. 실지거래가액으로 일괄 취득한 쟁점부동산을 개별적으로 양도한 경우 개별 취득가액이 불분명하다 하여 취득가액을 면적기준으로 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제96조 (양도가액) ①제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정)

2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우 (2005. 12. 31. 개정)

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 (2005. 12. 31. 개정)

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2005. 12. 31. 개정)

(2) 소득세법 시행령 제166조 (양도차익의 산정 등) ④법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

(3) 부가가치세법 시행령 제48조의 2 (과세표준의 안분계산) ④사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.(단서 생략)

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 1)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점분양권을 양도하고 그 양도차액 230,000천원에 대해 세금계산서를 발행하고 부가가치세 20,909천원을 납부하였으므로 부가가치세액 상당액을 양도소득세 기납부세액으로 공제하여 달라는 주장이다. (나) 청구인은 OOO이라는 상호로 음식업을 영위하는 자로서, 국세청통합전산망에 의해 확인된 2006년 1기 예정 수정신고서 세금계산서제출합계표를 보면, 공급가액 209,090천원, 부가가치세액 20,909천원의 세금계산서 1매가 제출된 것으로 나타나고, 청구인이 심리자료로 제시한 OOO에게 발행한 세금계산서와 일치하는 것으로 확인된다. (다) 처분청이 청구인에 대한 2006년 귀속 양도소득세 경정결의서상의 필요경비 47,710천원을 보면, 부가가치세 24,710천원(본세 20,909천원+가산세 3,801천원)과 중개수수료 23,000천원을 필요경비로 공제하고 있는 사실이 확인된다. (라) 살피건대, 청구인이 쟁점분양권의 양도차액 230,000천원에 대해 부가가치세를 신고·납부하였으므로 부가가치세 20,909천원을 양도소득세 기납부세액으로 공제하여 달라는 주장이나, 처분청이 부가가치세를 필요경비에 산입한 것이 적정한 것인지는 별론으로 하더라도, 양도소득세와 부가가치세는 과세표준의 계산방법과 세율구조가 상이하므로 부가가치세로 납부한 세액을 양도소득세의 기납부세액으로 공제하는 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 2)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점상가 취득시의 비용 취·등록세 18,400천원과 부동산 중개수수료 23,000천원을 필요경비로 공제하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 주장이다. (나) 처분청이 청구인에 대한 2006년 귀속 양도소득세 경정결의서상의 필요경비 47,710천원을 보면, 부가가치세 24,710천원(본세 20,909천원+가산세 3,801천원)과 중개수수료 23,000천원을 필요경비로 공제하고 있는 사실이 확인된다. (다) 따라서, 청구인이 주장하는 금액 중 부동산 중개수수료 23,000천원은 필요경비로 기 공제된 사실을 알 수 있고, 취·등록세는 필요경비에서 공제되지 아니한 사실로 보아, 쟁점상가를 취득하면서 지출된 취·등록세는 쟁점상가의 양도차익을 계산함에 있어 필요경비로 공제되어야 할 것으로 판단된다.

(3) 쟁점 3)에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점상가를 400,000천원에 취득하고 325,000천원에 양도하여 75,000천원의 손실이 발생하였음에도 처분청이 취득가액을 면적기준으로 안분계산하여 과세한 처분은 부당한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

1. 2006.8.22. 작성된 OOO와 청구인간의 부동산매매계약서를 보면, 쟁점부동산을 일괄하여 매매대금 1,500,000천원으로 하여 계약일에 전액을 지급하는 것으로 되어 있고 각 상가별 가액은 구분 표시되어 있지 아니하나 수기로 가필하여 쟁점상가를 4억이라고 표기하고 나머지는 각각 275,000천원으로 표기되어 있다.

2. 청구인이 2006.8.22. OOO에 신고한 부동산거래계약신고필증을 보면, 매수인은 청구인으로 매도인은 OOO로 되어 있고 각 상가별 신고가액은 다음 <표>와 같다. OOO

3. 2007.5.10. OOO가 처분청에 제출한 확인서 내용을 보면, 쟁점부동산에 대한 금액을 구분하여 작성한 일이 없고, 5개 상가를 한묶음으로 계약을 체결하였다는 내용으로 되어 있으며, 청구인이 심리자료로 제시한 2007.10.12. OOO의 확인서 내용을 보면, 부동산거래계약신고필증에 기재된 각 호별 매매금액인 제108호～제111호까지 각각 275,000천원과 제112호는 400,00천원으로 기재된 금액은 청구인이 허위로 기재한 것이 아니며, OOO와 청구인이 합의하여 거래한 금액이라는 내용으로 되어 있다.

4. 처분청은 쟁점상가의 양도소득을 계산함에 있어 그 취득가액을 쟁점상가 면적 25.5㎡가 청구인이 취득한 쟁점부동산의 전체면적 128.99㎡에서 차지하는 비율을 총 취득가액 1,500,000천원에 곱하여 296,535천원으로 계산한 사실이 확인되고, 국세통합전산망에 의해 확인된 2007.1.1. 고시된 쟁점상가의 각 호별 단위면적당 상가건물기준시가는 다음 <표>와 같다. OOO (나) 살피건대, 쟁점부동산은 집합건물의 1층에 위치하고 그 면적이 108호가 26.99㎡이고 109호～112호는 각 25.5㎡로 동일한 반면 상가건물의 기준시가에 있어서 쟁점상가의 가액이 가장 낮은 것으로 나타나고, 쟁점부동산에 대한 매매계약서 상 각 상가별 가액이 구분되지 아니한 채 총매매대금 1,500,000천원으로 기재되어 각 상가별 취득가액이 불분명한 경우에 해당된다 할 것이므로 청구인이 신고한 쟁점상가의 취득가액 400,000천원은 합리적인 기준이 없이 계산된 임의의 가액으로 보여진다. 양도소득세의 과세표준을 산정함에 있어서, 양도(취득)자산에 대한 매도(취득)가액의 총액은 알 수 있으나 각 자산별 매도(취득)가액의 구분이 되어 있지 않은 경우에 그 구분은 그 비율이 현저하게 불합리하다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 기준시가에 의한 가액에 비례하여 안분계산하는 방식OOO으로 할 수도 있으나, 쟁점부동산과 같이 취득당시의 기준시가가 없는 경우 전체 취득면적에서 쟁점상가의 면적이 차지하는 비율로 안분계산하는 방식으로 쟁점상가의 취득가액을 계산하는 것이 합리적인 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산 취득가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점상가의 면적이 쟁점부동산의 전체면적에서 차지하는 비율을 총 취득가액에 곱하여 쟁점상가의 취득가액을 안분계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.