신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받은 경우 감면이 배제되는지 여부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 2001.5.16. ○○시 ○○구 ○○동 000번지 ○○○○○○○ 000동 0000호(전용면적 84.3㎡로 국민주택 규모 이하의 주택이며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 재건축조합의 조합원 자격으로 취득하여 2003.4.2. 양도하고, 양도소득세 16,783,000원을 예정신고․납부하였다가, 2007.5.29. 처분청에 ‘쟁점주택이 2001.5.16. 사용승인을 받은 주택으로서 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제99조 제3항 제2호의 주택에 해당되므로 신축주택취득기간인 1998.5.22.부터 1999.12.31.까지의 기간 중 주택조합이 조합원 이외의 자(이하 “일반분양자”라 한다)와 잔여주택에 대한 매매계약을 체결하는 경우에는 양도소득세를 100% 감면받을 수 있는 것인데도 청구인은 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받은 경우에만 양도소득세가 감면되는 줄로 잘못 알고 양도소득세를 납부하였으므로 청구인이 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 재건축조합원의 자격으로 쟁점주택을 취득하였으므로 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받은 경우에만 양도소득세가 감면되는 것이나, 쟁점주택은 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받았으므로 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 양도소득세 감면을 적용할 수 없다 하여 2007.7.16. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.12. 이의신청을 거쳐 2008.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 재건축조합의 조합원 자격으로 쟁점주택을 취득하였고, 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 에서 규정하는 신축주택취득기간(1998.5.22.부터 1999.12.31.까지) 경과 후인 2001.5.16. 사용승인을 받았으나, 신축주택 취득기간 내인 1999.7.21부터 1999.7.22.까지의 기간 중 재건축조합과 조합원 외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로, 청구인의 쟁점주택 양도에 대하여는 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당함에도 이를 배제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제99조 제3항 제2호의 규정은 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 적용되는 감면규정이므로 쟁점주택에는 적용할 수 없고, 쟁점주택과 같이 자기가 건설한 주택에 대하여는 같은법 제99조 제1항 제1호가 적용되어야 할 것이나, 동 규정에 의할 경우 신축주택취득기간이 경과한 후에 사용승인을 받은 쟁점주택은 감면 대상으로 볼 수 없으므로 청구인의 감면신청을 배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 재건축조합의 조합원이 취득한 신축주택이 취득기간 이후에 사용승인되었다 하더라도 취득기간 내에 일반분양한 사실이 있는 경우에는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 신축주택취득기간 이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 부칙 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다. 부칙 제2조 【일반적 적용례】 이 법중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 이 법 시행전에 종전의 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조제1항 또는 제99조의3제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17829호로 개정된 것) 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제99조제1항 본문에서 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액 이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

② 법 제99조제1항제2호 단서에서 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택 이라 함은 1998년 5월 21일 이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

③ 법 제99조제1항제2호에서 대통령령이 정하는 주택 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 주택조합 등 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 잔여주택 이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동연합주택조합의 조합원 자격으로 쟁점주택을 분양받아 2001.5.16. 사용승인을 받고, 2001.5.23. 소유권 이전등기를 하였으며, 2003.4.2. 쟁점주택을 양도하였음이 처분청 조사자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구인이 처분청에 제출한 ○○아파트 분양정보자료에 의하면, ○○동연합주택조합이 조합원 분양분을 제외한 잔여주택에 대하여 조합원 이외의 자(일반분양자)와 분양계약을 체결한 날은 1999.7.21.부터 1999.7.22.까지 2일간으로 신축주택취득기간 이내인 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 신축주택취득기간 이내에 주택조합과 조합원 이외의 자인 일반분양자가 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있으므로, 청구인이 조합원 자격으로 취득한 쟁점주택에 대해서도 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제99조 제3항 제2호 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정에 의해 양도소득세를 감면함이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조세특례제한법 제99조 제1항 에서 제1호는 자기가 건설한 신축주택을, 같은조 같은항 제2호는 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우를 규정하고 있으며, 위 제1호와 제2호 모두 주택조합 등의 조합원이 취득하는 주택의 경우를 포함하고 있다. 또한, 조세특례제한법 시행령 제99조 제3항 제2호 에서 조합원이 취득하는 주택은 상위법인 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 위임근거 내에서 해석하여야 할 것이므로 조합원이 일반분양자로 참가하여 주택을 취득하는 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다. 따라서, 조합원의 주택취득이 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 해당하는지 제2호에 해당하는지 여부는 조합원이 일반분양자의 자격으로 주택을 취득하는지 조합원의 자격으로 주택을 취득하는지에 따라 결정하여야 할 것이다(국심 2005서4459, 2006.8.14. 및 국심 2006서4482, 2007.8.30.등 다수 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점주택을 조합원의 자격으로 취득하였으므로 쟁점주택은 조세특례제한법 제99조 제1항 제1호 에 규정하는 자기가 건설한 신축주택에 해당됨에도 주택건설사업자로부터 취득하는 주택에 한하여 적용하는 조세특례제한법 시행령 제99조 제3항 의 규정을 들어 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.12.31.) 경과 후인 2001.5.16. 사용승인을 받은 쟁점주택의 양도에 대하여도 동 규정에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다고 주장하고 있는 것으로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.