토지 건물 일괄양도이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분하여 양도차익을 산정한 처분

심판청구를 기각합니다.

청구인은 1989.10.20. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 665-1 공장용지 2,807㎡(이하 “쟁점(1)토지”라 한다) 및 같은 곳 665-3 전 186㎡(이하 “쟁점(2)토지”라 하고, 쟁점(1)토지 및 쟁점(2)토지를 합한 2,993㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 췯그하여 그 위에 청구인의 아들 정○○가 2000.1.11. 공장건물 792㎡를 신축하여 임대용으로 사용하다 2006.11.17. 및 2006.12.26. 김○○에게 양도하면서 쟁점토지는 750,000천원, 공장건물은 350,000천원에 양도한 것으로 하여 양도소득세를 신고․납부하였다. 처분청은 쟁점토지 및 공장건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 안분계산하여 2007.11.26. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 68,350,810원 및 1,308,480원 합계 69,659,290원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008.2.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지 및 공장건물 양도시 양수자와 합의하여 양도가액을 결정하고 매매계약을 체결한 후 등기부등본상에 그 가액으로 등재하였고, 양수인은 동 가액으로 장부에 계상하였으며, 계약서상의 가액은 주변시세를 반영한 합리적인 가액임에도 청구인이 임의로 양도가액을 정하였다는 양수인의 확인서를 근거로 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 쟁점토지의 양도가액을 안분계산하여 양도소득세를 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액은 기준시가에 미달하고 공장건물의 양도가액은 기준시가 대비 480%로 지나치게 높아 객관적인 가치가 반영된 가액으로 인정하기 어렵고, 양수자도 쟁점토지의 가액을 청구인이 임의로 작성하였음을 확인한 바 있으므로 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지의 양도가액을 산정하였음은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지와 건물의 일괄양도에 대하여 가액의 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분계산하여 양도차익을 산정한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액․감정가액․환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 겨우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

○ 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다.

○ 부가가치세법시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한 소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[괄호 생략]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 청구인의 아들 정○○는 쟁점토지 및 공장건물을 김○○에게 일괄양도하고 계약서상의 양도가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 신고․납부하였으나, 처분청은 쟁점토지 및 공장건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 총양도가액 1,100,000천원을 기준시가에 의하여 안분계산하여 아래와 같이 양도차익을 산정하고 청구인에게 쟁점토지에 대한 양도소득세를 과세하였다. (단위:천원) 구분 계 쟁점(1)토지 쟁점(2)토지 공장건물 신 고 양도가액 1,100,000 730,000 20,000 350,000 취득가액 435,625 30,893 2,304 402,428 양도차익 660,744 698,059 17,626 △54,941 경 정 양도가액 1,100,000 988,645 24,065 87,290 취득가액 155,618 51,588 3,418 100,612 양도차익 944,381 935,788 20,561 △13,322

(2) 쟁점토지 및 공장건물의 매매계약서에 기재된 쟁점토지의 양도가액 750,000천원은 양도당시의 쟁점토지 기준시가 845,346천원보다 낮은 반면, 공장건물의 양도가액 350,000천원은 공장건물 기준시가 72,864천원 대비 480%로 지나치게 높게 책정된 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점토지 및 공장건물의 가액을 양수자 김○○와 합의하에 양도가액을 결정하여 매매계약을 체결하였다고 주장하고 있으나, 양수자 김○○는 “건물과 토지의 별도감정없이 일괄적으로 1,100,000천원을 주고 매매하기로 하여 계약서 작성시만 건물과 토지가액을 양도자가 임의로 정하여 계약서를 작성하였다.”고 2007년 9월 확인서를 작성한 사실이 있다.

(4) 청구인은 쟁점토지 및 공장건물의 거래가액에 관한 구분 기준에 대하여 농지조성비, 전용부담금, 공장신축비 등에 의하였다고 주장하면서도 그에 대한 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(5) 그렇다면, 청구인이 신고한 쟁점토지의 양도가액은 청구인과 양수자가 감정 등 합리적인 절차 없이 임의로 산정한 것으로 보아야 할 것인 바, 이와 같이 토지 및 건물의 일괄양도시 토지 및 건물의 양도가액을 임의로 산정하여 객관적인 가치를 반영하지 못하는 경우에는 소득세법 제100조 제2항 및 같은법시행령 제166조 제4항의 토지 및 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하므로 처분청이 동 규정에 의거 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 을 준용하여 총 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지의 양도가액을 산정한 것은 잘못히 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.