매입세금계산서를 가공매입세금계산서로 보아 고지한 처분의 적법 여부

○○세무서장이 2007.8.24. 청구인에게 한 부가가치세 2001년 제2기분 13,936,950원, 2002년 제1기분 8,122,170원의 부과처분은 이를 취소한다.

1.처분개요

• 가. 청구인은 1989. 10. 19. 개업하여 ‘○○’이라는 상호로 ‘제조/금은세공업’을 영위하고 있는 사업자로 2001년 제2기부터 2002년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○타워 ○○호에서 ‘귀금속 도소매업’을 영위하는 주식회사 ○○(이하 “청구외법인”이라 한다) 으로 부터 17건 공급가액 281,118천원(2001년 제2기 11건 100,506천원, 2002년 제1기 6건 180,612천원)상당의 세금계산서를 교부받아 관련매입세액을 공제받았다.
• 나. 처분청은 ○○지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 청구외 법인에 대하여 조세범칙조사를 실시하고 과세자료를 통보함에 따라 청구인이 교부받은 위 세금계산서 중 공급가액 101,175천원(2001년 제1기 62,935천원, 2002년 제1기 38,240천원) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점거래” 또는 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고, 2007.8.24. 청구인에게 부가가치세 2001년 제2기분 13,936,950원, 2002년 제1기분 8,122,170원을 경정 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2007.11.9. 이의신청을 거쳐 2008.1.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 청구외법인으로부터 지금을 매입하고 거래대금을 청구외법인의 ○○은행 계좌로 입금하였는데도 처분청은 전체 거래 중 거래대금의 무통장입금자가 김○○인 쟁점거래에 대해서만 김○○이 청구인의 직원이 아니라는 이유로 거래 부인하였는바, 김○○은 2001년부터 약 2년 6개월간 청구인의 직원으로 근무하였고, 당시 김○○의 급여가 얼마 되지 아니하여 청구인이 김○○의 급여에 대하여 근로소득세 신고를 소홀히 하였던 것은 사실이나, 김○○이 청구인의 직원이었다는 사실은 당시 김○○과 함께 근무하였던 직원들과 청구인의 거래처 사장들의 근무사실 확인서 및 김○○이 발행한 세금계산서 등에 의하여 확인되므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점거래의 매입대금을 입금시킨 김○○이 2001년부터 약 2년 6개월간 청구인의 직원으로 근무하였다고 주장하나, 청구인이 김○○에게 근로소득을 지급하고 소득세를 원천징수한 사실이 없고, 김○○의 확인서에는 김○○이 2001. 6.1.부터 청구인의 사업장에서 근무하다가 2004.2.1.부터 ‘주식회사 ○○’에서 근무하였다고 기재되어 있는 반면, 관련인들의 확인서에는 근무한 기간이 모두 상이하여 신빙성을 인정하기 어려우므로 대금의 입금자가 김○○으로 되어 있는 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 본 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 정상거래에 의하여 수취된 것으로 보아 관련매입세액을 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2003.5.29. 법률 제6905호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부 받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법시행령(2002. 10. 28. 대통령령 제17766호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 법위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 조사관서가 청구외법인에 대하여 조사한 내용을 살펴보면, 조사관서는 청구외법인이 2001년 4월부터 2004년 6월까지 세금계산서만 필요로 하는 지방사업자 및 ○○시 ○○구 소재 사업자등 231개 업체에 실물 거래없이 허위로 세금계산서 770매, 공급가액 8,478백만원을 교부하면서 대리인 등으로 하여금 매출처에서 청구외 법인의 ○○은행 계좌로 입금한 것처럼 대리입금하게 하여 정상매출인 것처럼 가장하였고, 주식회사 ○○코리아 등으로부터 실물 거래없이 허위의 매입세금계산서 384매, 공급가액 70,694백만원 및 허위의 매입계산서 10매, 4,026백만원을 수취하였다고 보아 2005. 2. 28. 청구외 법인을 조세범처벌법 위반혐의로 ○○서부지방검찰청에 고발한 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 2001년 제2기 및 2002년 제1기 부가가치세 과세기간에 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서는 17건이며, 이 건 조사 당시 청구인은 조사관서의 소명요구에 따라 위 세금계산서상의 매입 대금 309,229,503원(부가가치세 포함)을 아래 〈표〉와 같이 청구외법인의 통장으로 입금하였다고 소명하면서 대금결제 증빙을 제시하였고, 조사관서는 아래 서울〈표〉의 대금 결제내역 중 거래대금을 김○○이 무통장 입금한 거래를 가공거래로 보았는바, 그 이유는 청구인이 김○○에 대하여 근로소득세를 원천징수한 사실이 없는 점으로 보아 김○○을 청구인의 직원으로 보기 어렵다는 것이었다. 〈표〉청구인의 거래대금 결제내용 소명내역 (단위: 언, 부가가치세 포함금액) 거래일 거래금액 대금결제 무통장입금자 처분청이가공거래로본금액 무통장입금 통장거래 2001.07.14. 24,992,000 23,382,000 1,610,000 윤○○외 2001.08.14 24,992,000 14,874,000 10,000,000 윤○○외 2001.09.11 13,052,000 13,052,000 김○○ 13,052,000 2001.09.12 27,280,000 27,280,000 김○○ 27,280,000 2001.10.18 13,492,600 13,610,000 윤○○외 2001.10.24 26,809,200 26,810,000 윤○○외 2001.11.13 13,140,600 3,141,000 10,000,000 윤○○외 2001.12.11 15,519,988 15,520,000 김○○ 15,519,988 2001.12.14 12,876,600 12,877,000 윤○○외 2001.12.18 13,141,337 13,141,000 윤○○외 2001.12.26 13,376,000 13,376,000 김○○ 13,376,000 소계 198,672,925 164,186,600 34,487,000 69,228,588 2002.01.07 13,376,000 13,375,000 윤○○외 2002.01.25 13,346,663 6,000,000 7,346,000 윤○○외 2002.02.18 277,866,652 27,866,000 윤○○외 2002.03.18 13,786,663 13,786,663 13,786,663 2002.03.20 13,904,000 13,904,000 윤○○외 2002.04.12 28,276,600 28,276,600 김○○ 28,276,600 소계 110,556,578 61,438,263 49,116,000 42,063,263 합계 309,229,503 211,838,200 83,603,000 111,291,851

(3) 이에 대하여 청구인은 당시 김○○이 입사한지 얼마 되지 아니하였고, 급여도 얼마 되지 아니하여 청구인이 김○○의 급여에 대하여 근로소득세신고를 소홀히 하였던 것은 사실이나, 김○○은 2001년 6월부터 2004년 1월까지 거래처에 제품(반지와 팔찌등)을 배달하고 대그을 수금하는 업무를 담당하다가 청구인의 아들 윤○○이 회사(주식회사 ○○)를 설립하자 2004년 2월부터 윤○○이 운영하는 회사에서 근무하고 있다고 소명하면서 그 근거로 김○○의 확인서와 당시 김○○과 함께 근무하였다는 청구인의 직원 5명 및 청구인의 거래처 및 동종업체 사장 9명의 근무사실 확인서, 당시 김○○이 작성하였다는 세금계산서 사본 8매와 조사관서가 금융기관에서 직접 확보한 무통장 입금증 사본 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가)김○○의 확인서(2007.8.9. 작성, 인감증명서 첨부)에는 김○○(1978년, 2001년 당시 25세)은 2001. 6. 1부터 청구인의 직원으로 취직하여 일하던 중 2001. 9. 11.부터 2002. 4. 12.까지 6회에 걸쳐 청구인을 대신하여 ○○은행 ○○3가 지점에 가서 지금 대금을 청구외법인에게 무통장 입금한 사실이 있으며, 2004. 2. 1.부터 현재까지 주식회사 ○○(대표자 윤○○)에 근무하고 있다는 취지의 내용이 기재되어 있다. (나) 청구인의 직원이자 청구인의 장남인 윤○○(1976년생)의 확인서(2008.1. 작성, 인감증명서 첨부)에는 윤○○과 김○○은 ○○고등학교 동창생으로 2001년 6월에 청구인이 운영하는 ○○ 체인부판매매장에 함께 입사하였으며, 윤○○은 2002년 4월에 ‘주식회사 ○○’를 설립하면서 회사를 그만두었고, 김○○은 윤○○의 권유로 2004년 2월에 주식회사 ○○로 옮기게 되었다는 취지의 내용이 기재되어 있다. (다) 청구인의 직원 김○○외 4명의 확인서(2008. 1. 18. 작성, 인감증명서 첨부)에는 확인서 작성자들은 2001년 및 2002년 당시 김○○과 함께 근무한 사실이 있다는 취지의 내용이 기재되어 있고, 청구인의 거래처 사장 정○○ 및 동종업체 사장 최○○ 등 9명의 확인서(2007년 10월부터 2008년 1월 중 작성, 인감증명서 및 사업자등록증 사본 등 첨부)에는 김○○이 2001년부터 청구인의 직원으로 근무한 사실이 있었음을 확인한다(구체적인 근무 개시시기가 완벽하게 일치하지는 아니함)는 취지의 내용이 기재되어 있다. (라) 청구인은 쟁점거래와 관련된 무통장 입금증 사본(조사관서가 은행에서 직접 수집한 것)과 김○○이 청구인의 직원으로 근무할 당시 발행하였다는 세금계산서를 사본 8매(2001. 7. 19. ~ 2001. 9. 21. 발행분)를 제시하면서 동 세금계산서를 김○○이 발행하였다고 주장하고 있는 바, 동 무통장 입금 중에 기재된 글씨체와 동 세금계산서에 기재된 글씨체가 동일인의 것으로 보이는 점이 있다. (마) 한편, 조사관서의 조사내용에 어디에도 김○○이 청구외법인의 직원 또는 대리인의 입장에서 청구인과의 거래대금에 대한 무통장 입금증을 작성하였다는 근거는 없으며, 청구외법인과 다른 거래처간의 거래대금과 관련된 무통장 입금증 등을 김○○이 작성하였다는 근거도 없다. (바) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 일반적으로 물품의 구입대금 등을 무통장입금 등의 방법으로 거래처에 지급하고 그 무통장 입금증 등을 보관하고 있는 경우, 동 거래대금은 정상적으로 지급된 것으로 보는 것이 타당하며, 동 거래대금이 물품의 구입자에게 다시 환수되었거나 정상적으로 지급되지 아니하였다는 사정은 이를 주장하는 자가 입증하는 것이 타당하다고 할 것인 바, 이 건의 경우, 청구인은 쟁점거래와 관련된 거래대금을 무통장입금의 방식으로 청구외법인에게 지급하고 그 거래증빙으로 무통장 입금증을 보관하고 있음이 조사관서의 금융거래내역 조회 등에 의하여 확인되었고, 동 거래대금이 청구인에게 다시 환수되었거나 동 거래대금의 입금자 김○○이 청구외법인과 직접 관련이 있는 자 등으로 확인된 사실이 없는 한편, 청구인이 김○○에 대한 근로소득에 대하여 소득세를 원천징수한 사실이 없어 김○○을 청구인의 직원으로 볼 수 없다 하더라도, 청구인이 제출한 증빙자료의 내용으로 볼 때, 김○○은 청구인의 장남 윤○○의 고등학교 동창생으로서 청구인과 관련이 있는 자이며, 청구인의 사업장에서 일을 도와 주면서 거래처에 대한 심부름 ․ 은행업무 ․ 세금계산서 발행업무 등을 도와주었을 가능성이 충분하다고 보이는 반면, 처분청은 청구인이 김○○으로부터 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하였다는 사실 이외에 이를 반증할 뚜렷한 근거를 제시하지 못하고 있으므로 김○○이 입금자로 되어 있는 쟁점거래와 관련된 매입대금은 청구인이 청구외법인에게 정상적으로 지급한 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.