영세율 첨부서류를 누락한 것으로 하여 과세한 처분의 당부

○○세무서장이 2007. 11. 2. 청구인에게 한 부가가치세 2005년 제1기분 567,520원, 2005년 제2기분 4,815,660원, 2006년 제1기분 1,008,280원, 2006년 제2기분 1,376,970원의 과세처분은 영세율과세표준 신고불성실가산세 2005년 1기분 567,520원과 2005년 제2기분 4,815,660원을 취소하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구인은 1995. 3. 20.부터 ‘○○상사’라는 상호로 종이백 수출업을 영위하는 사업자로, 처분청이 수출통관자료에 대한 부가가치세 영세율 과세표준 신고 적정여부를 검토하는 과정에서 청구인이 2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 부가가치세 신고시 영세율 과세표준에 대한 첨부서류를 제출하지 아니한 사실을 확인하고 2007. 11. 2. 청구인에게 부가가치세 2005년 제1기분 567,520원, 2005년 제2기분 4,815,660원, 2006년 제1기분 1,008,280원 및 2006년 제2기분 1,376,970원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2008. 1. 29. 이 건 심파청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부가가치세 영세율 적용에 관한 규정상 부가가치세 영세율적용사업자의 경우 사후관리대장과 영세율첨부서류 검토조사서 등을 비치·등재하여 사후관리하도록 규정되어 있고, 실제 영세율조기 환급서류가 접수되면 관할세무서장은 영세율검토조서가 일치하지 아니할 경우 보정을 요구하거나 환급을 거부하는 것이 업무관행이므로 청구인에게 환급세액이 정상적으로 환급된 사실로 미루어 볼 때, 청구인이 당초 부가가치세 서면신고시 영세율 첨부서류(수출실적명세서)를 관할세무서장에게 제출하였음을 의미하는 것이며, 실무적으로 영세율첨부서류검토조사서는 반드시 작성하므로 업무담당자가 제출된 서면서류를 국세통합전산망에 입력하는 과정에서 영세율첨부서류 관련 내용을 누락한 것으로 볼 수 밖에 없다. 또한, 부가가치세법 기본통칙은 납세자의 편의를 위하여 규정된 것이나 실무적으로 동 기본통칙을 인용하여 영세율을 적용하는 세무공무원은 한 사람도 없다. 만약 동 기본통칙에 의하여 영세율이 적용되었다면 그 당시 가산세를 부과해야지 지금 가산세를 부과한 사실을 보아도 동 통칙에 의하여 영세율이 적용된 것이 아님을 알 수 있는 것이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 당초 2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 영세율과세표준 첨부서류를 제출하였다고 주장하고 있으나 ○○○세무서장 및 ○○세무서장에게 협조의뢰한 바, 2006년 제1기 중 부가가치세 신고시 영세율첨부서류는 첨부되지 아니하였음이 확인되었고(○○세무서 부가소득세과-0000), 2006년 제2기 중 처분청이 제출한 부가가치세 신고서 역시 영세율첨부서류(수출실적명세서)가 첨부되지 아니하였음이 확인되었다. 부가가치세법 기본통칙 11-64-13에서 “영세율적용대상 과세표준 신고시, 영세율첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영의 세율을 적용하며, 이 경우 법 제22조 제6항의 규정에 의해 영세율 과세표준 신고불성실가산세는 적용한다.”고 규정되어 있는 바, 당초 신고한 환급세액을 모두 적정하게 환급결정하였다는 것이 영세율첨부서류를 제출하였다고 보는 근거나 영세율 과세표준 신고불성실가산세 부과를 면제하는 사유가 되는 것은 아니므로 이 건 신고불성실가산세의 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 부가가치세 영세율첨부서류를 제출하지 아니한 것으로 보아 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제22조 【가산세】

⑥ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (2) 부가가치세법시행령 제65조 【확정신고와 납부】

② 법 제11조 제1항과 제26조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세확정신고서에 제64조 제3항의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 예정신고 및 제73조 제3항의 규정에 의한 신고에 있어서 이미 제출한 서류는 제외한다.

③ 법 제19조 제2항의 규정에 의한 부가가치세의 납부에 있어서는 법 제18조 제1항 및 제2항 단서의 규정에 의하여 신고한 환급세액 중 법 제24조 제2항의 규정에 의하여 조기에 환급되지 아니한 세액 및 법 제18조 제2항 본문의 규정에 의한 금액을 확정신고시의 납부세액에서 공제하여 부가가치세확정신고서와 함께 각 사업장 관할세무서장(제5조의 경우에는 주사업장 관할세무서장)에게 납부하거나 국세징수법에 의한 납부서에 부가가치세확정신고서를 첨부하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청의 부가가치세 업무처리지침상 사업자가 부가가치세를 신고할 때 제출한 영세율처부서류는 국세통합전산망에 입력하도록 하고 있으나 청구인이 제출하였다고 주장하고 있는 영세율첨부서류인 청구인의 수출실적명세서(2005년 제1기~2006년 제2기)가 입력되지 아니한 사실이 심리자료에 나타나나, 2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 환급세액이 청구인에게 정상적으로 지급된 사실에 대하여는 처분청과 다툼이 없다.

(2) 처분청이 2007. 10. 5. ○○○세무서장 및 ○○세무서장에게 청구인이 영세율첨부서류를 제출하였는지 여부를 확인요청한 공문(부가가치세과-0000)에 대하여, ○○세무서장은 청구인이 2006. 7. 18. 제출한 2006년 제1기분 부가가치세 신고서에서는 영세율첨부서류가 제출되지 아니하였음을 ‘영세율 첨부서류 제출 여부 조회에 대한 회신(부가소득세과-0000, 2007. 10. 10)’으로 통보한 사실이 확인되고, 2007. 1. 18. 청구인이 처분청에 제출한 2006년 제2기 부가가치세 신고서에는 영세율첨부서류가 제출되지 아니한 것으로 심리자료에 의하여 확인되나, 청구인이 ○○○세무서장에게 2005년 제1기분 및 2005년 제2기분의 영세율첨부서류를 제출하지 아니하였다는 회신은 확인되지 아니한다.

(3) 영세율 적용대상 과세표준을 예정신고 또는 확정신고시에 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임을 확인되는 때에는 영의 세율을 적용하나 이 경우 영세율 과세표준 신고불성실가산세는 부과한다(부가가치세법 기본통칙 11-64-13. 참조)

(4) 위 관련규정 및 사실관계를 종합해 보건대, 처분청은 2006년 제1기분 및 2006년 제2기분의 영세율첨부서류가 관할세무서장에게 제출되지 아니한 사실을 확인한 후, 2005년 제1기분 및 2005년 제2기분의 영세율첨부서류가 관할세무서장에게 제출되었는지 여부가 확인되지 아니하였음에도 불구하고 2005년 제1기분 및 2005년 제2기분의 영세율첨부서류도 제출하지 아니하였을 것이라고 미루어 추정하여 이 건 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 것으로 나타난다. 그러나, 처분청이 청구인이 2005년 제1기분부터 2006년 제2기분가지의 부가가치세 신고시 영세율첨부서류가 첨부되었는지 여부를 확인한 후 환급세액을 지급하는 것이 정상적인 업무절차이므로 동 세액이 지급되었다는 사실은 동 기간의 부가가치세 신고서에 영세율첨부서류가 첨부되었다고 추정되어야 할 뿐만 아니라 동 첨부서류를 확인하지 아니하고 환급세액을 지급하였다면 이러한 책임의 소재는 관할세무서장에게 있고, 만약 처분청이 청구인이 동 기간분의 영세율첨부서류를 관할 세무서장에게 제출하지 아니하였다고 주장하기 위하여는 이를 뒷받침할 수 있는 증빙을 제시하여야 하는 바, 2006년 제1기분 및 2006년 제2기분 부가가치세 신고서의 영세율첨부서류는 청구인이 제출하지 아니한 사실은 확인되나 2005년 제1기분 및 2005년 제2기분의 영세율첨부서류가 관할세무서장에게 제출되지 아니하였다는 사실을 입증할 수 있는 증빙은 없는 것으로 나타난다. 따라서, 청구인에게 한 2005년 제1기분 부가가치세 및 2005년 제2기분 부가가치세의 과세처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.