사업자등록을 하지 않은 임대주택이 종부세 합산배제 주택에 해당하는지 여부.

○○세무서장이 2007.7.1. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합부동산세 3,601,120원 및 농어촌특별세 720,220원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1997.7.31. ○○시 ○○구 ○○동 000-19번지 384.7㎡ 위 지상에 연면적 1,004.39㎡ 규모의 다가구주택 및 근린생활시설을 신축하여 2~4층 다가구주택(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 5층 근린생활시설을 2002.7.1부터 임대하면서 점포부분에 대한 사업자 등록을 관할 세무서에 신청(2002.10.22. 부동산 점포임대)하였다.
• 나. 청구인은 2006.12월 쟁점주택에 대하여 처분청으로부터 종합부동산세 과세대상자로 신고․납부 안내를 받았으나 청구인은 2006.12.13. 기존 점포임대에 대한 사업자등록증상에 주택임대업을 추가한 후 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 보아 종합부동산세를 신고하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 2006년 과세기준일(2006.6.1) 현재 복합주택 중 상가임대에 대해서는 부가가치세법 제5조 에 의한 사업자등록이 되어 있으나 쟁점주택의 임대에 대해서는 소득세법 제168조 의한 사업자등록이 되어 있지 아니하여 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 못한 것으로 판단하여 2007.7.1. 청구인에게 2006년 귀속 종합부동산세 3,601,120원 및 농어촌특별세 720,220원을 결정고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2007.10.2. 이의신청을 거쳐 2008.1.22. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 과세기준일(2006.6.1) 현재 점포임대에 대해서만 사업자 등록을 하였으나 쟁점주택도 실제 임대하고 있었고, 쟁점주택에 대해 종합부동산세 합산배제를 적용받기 위해서는 사업자등록을 하여야 한다는 사실을 미리 알려주지 않았으므로 과세 기준일 현재 사업자등록(업종추가) 신청은 불가능하며, 종합부동산세 안내문을 받고 쟁점주택에 대해 사업자등록 정정신고(2006.12.13)를 하여 쟁점 과세물건은 합산배제 임대주택에 해당하므로 이 건 종합부동산세 및 농어촌특별세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세의 합산배제 대상 임대주택은 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택으로 규정되어 있으나, 청구인은 과세기준일 이후에 사업자등록 정정신고(업종추가)를 하여 합산배제 임대주택의 요건에 해당되지 아니하므로 쟁점주택을 종합부동산세 과세 대상으로 보아 이 건 과세한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 주택임대에 대한 사업자등록을 하지 아니하였다 하여 종합부동산세 과세시 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 부가가치세법제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다. (2) 부가가치세법 제5조 【등 록】

① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 교부하여야한다. (3) 부가가치세법시행령 제2조 【용역의 범위】

① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 그 밖의 행위로 한다.

6. 부동산업 및 임대업. (단서생략).

③ 제1항의 사업구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하되, 제1항에 규정하는 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류표에 불구하고 동항의 사업에 포함되는 것으로 본다.

(4) 종합부동산세법 제7조【납세의무자】

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “주택분 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 “세대원”이라 한다) 중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 “주된 주택소유자”라 한다)가 납세의무자가 된다. 제8조【과세표준】

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 임대 주택법 제2조 제1호 의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 당해 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 당해 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (5) 종합부동산세법시행령 제3조 【합산배제 임대주택】

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 임대주택법제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 잇는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 “다가구주택”이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다.

③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 임대 주택법 시행령 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다.

④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다.

⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 지방세법시행령 제140조 의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

⑧ 합산배제 임대주택의 규정을 적용받고자 하는 자는 법 제16조 제1항의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 서식에 의하여 관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다.

(6) 임대주택법 제2조【정의】

4. “임대사업자”라 함은 국가․지방자치단체․대한주택공사․ 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)․제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. 제6조【임대사업자의 등록】

① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장․군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 임대 주택법시행령 제6조 【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】

① 법 제6조 제1항에서 “대통령령이 정하는 호수”라 함은 단독주택의 경우에는 2호, 공동주택의 경우에는 2세대를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.10.22. 쟁점주택의 사무실 임대와 관련하여 관할세무서장인 ○○세무서장에게 부동산(업태) 점포임대(종목)로 사업자등록을 하였으나, 주택임대에 대한 사업자등록은 2006년 12월 종합부동산세에 대한 신고안내를 받고 2006년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2006.6.1. 이후인 2006.12.13. 처분청에 주택임대업을 추가로 등록하였다.

(2) 쟁점주택에 대한 일반건축물대장(갑)에 의하면, 쟁점주택은 지하 1층, 지상 5층의 주상복합 건물로서 2~4층은 다가구주택으로, 5층은 근린생활시설로 나타난다.

(3) 또한, 쟁점주택에 대한 처분청의 종합부동산세 과세자료에 의하면 12호의 다가구주택을 임대하고 있으며, 가구별로 그 면적이 국민주택규모를 초과하는 가구는 없는 것으로 확인된다.

(4) 한편, 청구인에 대한 2006년 1기 및 2기 부가가치세, 2006년 귀속 종합소득세 신고내역을 살펴보면, 2006년 1기 매출액 924천원, 2기 매출액 930천원을 신고하여 간이과세자로 납부면제자에 해당하는 것으로 처분청의 전산자료에 의해 확인되고, 2006년 귀속 종합소득세는 신고사항이 확인되지 아니하나, 2005년 귀속 종합소득세의 수입금액을 7,518천원 신고하여 과세미달 처리한 사실이 처분청의 전산자료에 의해 확인된다.

(5) 청구인은 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준 합산대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 임대주택임을 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에서 임대 주택법 제2조 제1호 에서 규정한 임대주택 또는 다가구 임대주택으로 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 주택은 과세표준 합산대상이 되는 주택 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다고 규정하고 있고, 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 에서 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 임대 주택법 제2조 제4호 의 규정에 따른 임대사업자로 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택, 매입임대주택, 기존임대주택(임대사업자의 지위에서 종합부동산세법 시행일인 2005.1.5. 이전부터 임대하고 있던 주택) 중 일정한 면적 이하, 호수 이상, 공시가격 이하, 임대기간 이상 등의 요건을 충족하고 있는 주택이라고 규정하고 있다. 나) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항에서 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 하고 부가가치세법 규정에 의하여 사업자 등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 의 규정에 의한 사업자등록을 별도로 하지 아니한다(부가가치세법 기본통칙 5-7-2 참고). 다) 소득세법 제168조 제1항 과 제2항 등을 보면 이미 비주거용 건물임대업으로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니한다 하더라도 소득세법상 면세사업자등록을 한 것으로 본다고 해석되는 점, 종합부동산세법시행령 제3조 제3항 에서 합산배제 임대주택의 요건으로 주택임대로 사업자등록을 하는 경우라 규정하지 아니하고 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우라고만 규정하고 있는 점, 부동산(점포) 임대업으로 사업자등록을 하였다 하더라도 주택임대업을 영위하는 것이 가능한 점, 청구인이 동일한 사업장인 쟁점주택에서 실제 과세사업인 점포 임대업 뿐만 아니라 면세사업인 주택 임대업을 함께 영위하고 2006년 1기 및 2기 부가가치세를 신고한 점(2006년 귀속 종합소득세 신고사항은 처분청의 전산자료에 의해 확인되지 아니하나 2006년 부가가치세 신고사항 및 2005년 귀속 종합소득세 신고내용으로 보아 과세미달에 해당되어 신고의 실익이 없다고 보여지는 점) 등을 감안하면, 비록 청구인이 2006년 귀속 종합부동산세의 과세기준일 현재 쟁점주택에 대한 주택임대업의 업종을 추가로 등록하지 아니하였다 하더라도 2002.10.22부터 점포임대업을 영위한 것으로 등록한 이상 실질과세의 원칙상 쟁점주택은 합산배제 임대주택에 해당(국심 2007구5052, 2008.1.25. 같은 뜻)되는 것으로 보인다.

(6) 따라서, 처분청이 위 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.