부동산 임대업으로 사업자등록 하였으나 주택 임대업을 등록하지 않은 경우, 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부(경정)

[참조결정] 2007서2589 /

[주 문] OO세무서장이 2007.11.5. 청구인에게 한 2006년 귀속 종합부동산세 3,542,620원 및 농어촌특별세 708,520원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OOOOOOO 지상 건물 202호, 203호, 302호를 종합부동산세법 시행령 제3조의 규정에 의한 합산배제 임대주택으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2006년 귀속 종합부동산세 신고 당시, OOOOO OOO OOO OOOOOOO OO OO OOOO, OOOO, OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 임대주택법 제6조에서 규정하고 있는 임대주택으로보아 종합부동산세 과세표준에서 합산배제한 후, 과세표준을 155,523,002원, 결정세액을 1,157,763원으로 하여 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 2006.12.15.까지 쟁점주택과 관련하여 주택임대사업자 등록을 마치지 아니하였다는 이유로 이를 과세표준 합산배제 대상에서 제외하고, 2007.11.5. 청구인에게 2006년 귀속 종합부동산세 3,542,620원 및 농어촌특별세 708,520원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.14. 심판청구를 제기하였다

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 과세사업자등록증을 교부받아 면세사업을 영유할 수 있으므로 청구인이 반드시 면세사업을 등록하여야 하는 것이 아니고, 또한 종합소득세 확정신고시 주택임대업에서 발생하는 수입을 신고한 사실이 있으므로 쟁점주택을 종합부동산세 과세표준에 합산함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조에 의하면, 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 지방자치단체의 임대사업자 등록 및 관할세무서의 사업자등록을 요건으로 정하고 있으나, 청구인의 경우 2006.6.1. 현재 처분청에 주택임대사업자 등록을 마치지 않아 합산배제 임대주택의 요건을 갖추지 못하였으므로 이를 과세표준에 합산하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 과세기준일 현재 부동산 임대업으로 사업자등록 하였으나 주택 임대업을 등록하지 않은 경우, 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 종합부동산세법 제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 임대주택법 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

(2) 종합부동산세법 시행령(2007.8.6. 대통령령 제20210호로 개정되기 전의 것) 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은임대주택법 제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다.

1. 임대주택법 제2조제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항의 규정에 의한 합산배제신청을 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택

• 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이3억원 이하일 것
• 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것

(3) 임대주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. “임대주택”이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.

2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법 제9조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자가 동법 제16조의 규정에 의한 사업계획승인을 얻어 건설한 주택중 사용검사시까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 마치고 건설교통부령이 정하는 바에 따라 임대하는 주택

3. “매입임대주택”이라 함은 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.

4. “임대사업자”라 함은 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사ㆍ지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방공사”라 한다)ㆍ제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의 2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다. 제6조【임대사업자의 등록】① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(4) 임대주택법 시행령 제6조【임대사업자의 범위 및 등록기준 등】① 법 제6조 제1항에서 “대통령령이 정하는 호수”라 함은 다음 각 호의 구분에 따른 호수 또는 세대를 말한다.

1. 건설임대주택의 경우: 단독주택은 2호, 공동주택은 2세대

2. 매입임대주택의 경우: 단독주택은 5호, 공동주택은 5세대

(5) 소득세법 제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 부가가치세법 제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 임대사업자등록증, 사업자등록증, 각 부동산등기부등본, 임대주택 합산배제신청서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등을 종합하면 아래사실이 확인된다. (가) 청구인은 2004.12.7. OO구청에 OOOOO OOO OOO OOOOOOO 지상 건물 201호, 202호, 203호, 301호, 302호, 401호 총 6세대에 관하여 임대주택법 제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자 등록을 하였다. (나) 또한 청구인은 2004.10.31. 관할 세무서에 부동산 임대업(업종코드 701201)으로 사업자등록을 하였으나 주택 임대업(업종코드 701101)의 사업자 등록은 하지 않았다가, 2007.8.6.에서야 주택 임대업을 부업종으로 추가하였다. (다) 청구인은 2006년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고 당시 주택임대에 따른 면세사업 수입금액으로 6,000,000원을 신고하였고, 2006년 종합소득세 신고 당시에는 2006년 제1기 및 제2기 부가가치세 매출액 합계 80,561,090원보다 보다 10,583,053원이 많은 91,144,143원을 부동산 임대수입금액으로 신고하였다. (라) 청구인은 2006.9.25. 아래 표와 같이 OOO OOO OOOOOOO OO OO OOOO, OOOO, OOOO O OOOO를 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택으로 신고하였으나, 처분청은 아래 주택들을 과세표준에 합산하여 이 건 종합부동산세를 부과하였다(아래 주택 중 401호는 청구인이 심판청구 대상에서 제외하였다).

(2) 한편, 이 건과 관련된 법령은 다음과 같다. (가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호는 임대주택법 제2조 제1호의 규정에 의한 임대주택 또는 대통령령이 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택을 종합부동산세 과세표준 합산대상이 되는 주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항은 위 "대통령령이 정하는 주택"을 임대주택법 제2조 제4호의 규정에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 따른 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 건설임대주택, 매입임대주택, 기존임대주택 중 일정한 면적 이하, 일정 호수 이상, 일정 공시가격 이하, 일정 임대기간 이상 등의 요건을 갖춘 주택으로 규정하고 있다. (나) 소득세법 제168조 제1항, 제2항은 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 하고 부가가치세법 규정에 의하여 (과세)사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 (면세)사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자는 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록증을 교부받아야 하고 이 경우 당해 사업자는 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자 등록이 별도로 필요하지 않다 할 것(부가가치세법 기본통칙 5-7-2 참조)이다.

(3) 살피건대, 처분청은 청구인이 과세기준일 현재 관할세무서에 주택 임대업으로 사업자등록을 하지 않았으므로 쟁점주택이 종합부동산세 과세표준에 합산되어야 한다고 주장하나, 소득세법 제168조 제1항, 제2항 등을 살펴보면 이미 부동산 임대업으로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택 임대업을 부업종으로 추가등록하지 아니한다 해도 소득세법상 면세사업자 등록을 한 것으로 본다고 해석되는 점, 종합부동산세법 시행령 제3조 제3항에서 합산배제 임대주택의 요건으로 주택임대로 사업자등록을 하는 경우라 규정하지 아니하고 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우라고만 규정하고 있는 점, 부동산(상가) 임대업으로 사업자등록을 하였다 하더라도 주택임대업을 영위하는 것이 가능한 점, 청구인이 동일한 사업장인 전체 주택에서 실제 과세사업인 상가 임대업뿐만 아니라 면세사업인 주택임대업을 함께 영위한 점, 청구인이 부가가치세 및 종합소득세 확정 신고 당시 주택 임대업에서 발생하는 수입금액을 합산하여 신고한 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 과세기준일 현재 쟁점주택 임대업을 부업종으로 추가 등록하지 아니하였다 하더라도 다른 합산배제 요건들을 충족하고 있는 이상 실질과세원칙에 따라 쟁점주택은 합산배제 임대주택으로 봄이 타당하다 할 것(OO OOOOOOOOO, 2007.10.17.외 다수, 같은 뜻임)이어서, 처분청이 쟁점주택을 청구인의 종합부동산세 과세표준에 합산한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.