매입세액이 등록전 매입세액에 해당된다 하여 매입세액 공제를 부인한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구법인은 비영리법인인 재단법인 ○○○○○○○○○○ 연금재단의 지점법인으로 수익사업을 개시하기 위하여 2007.4.30. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 주식회사 ○○○○○(이하 “청구외법인”이라 한다)와 고정자산(오피스텔이며, 이하 “쟁점건물”이라 한다)에 대한 매매계약을 체결한 다음, 2007.6.14. 부동산 임대업의 사업자로 사업자등록 신청을 하고, 2007.6.21. 자로 사업개시일이 2007.4.30.자로 기재된 사업자등록증을 교부받았으며, 청구외법인으로부터 작성일자가 2007.4.30.과 2007.5.2.로 기재된 공급가액 5,451,988,657원 상당의 매입세금계산서 2매(2007.4.30. 1,090,397,732원, 2007.5.2. 4,361,590,925원이며, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2007년 제1기분 부가가치세 확정신고시 관련 매입세액 545,198,865원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급대상 매입세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인을 실시하고, 청구법인이 부동산 매매업의 사업자로 사업자등록 신청을 한날이 2007.6.14.이므로 사업자등록 신청일로부터 소급하여 20일 이전에 교부받은 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다 하여 매입세액 공제를 부인하고, 신고불성실가산세를 적용하여 2007.11.2. 청구법인에게 2007년 제1기분 부가가치세 54,519,880원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 당초 쟁점건물에 대한 매매계약은 2007.3.30. 청구법인의 본점이 청구외법인과 체결하였으나, 동 매매계약은 중대한 하자로 인한 계약무효의 사유가 발생하여 2007.4.30. 청구법인이 청구외법인과 매매계약을 다시 체결하고, 계약금 1,680백만원은 계약체결일인 2007.4.30에 중도금 6,720백만원은 2007.5.2.에, 잔금 8,400백만원은 사용승일인 2007.8.25.에 각각 지급하기로 한 다음, 계약금 및 중도금과 관련하여 발행일자가 2007.4.30. 및 2007.5.2.로 기재된 쟁점세금계산서를 교부받았는 바, 쟁점세금계산서는 그 발행일자를 2007.4.30. 및 2007.5.2.로 기재한 것일 뿐, 청구법인의 사업자등록번호가 기재된 점으로 보아 사업자등록증 교부일인 2007.6.27. 이후에 발행된 것이 분명하므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당된다고 볼 수 없다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 그 작성일자가 2007.4.30. 및 2007.5.2.로 기재되어 있음이 확인되므로 쟁점세금계산서에 작성일자로 기재된 날을 세금계산서의 교부시기로 보아야 하고, 부가가치세법 제9조 제3항 의 규정에 의하여 세금계산서의 교부시기가 공급시기가 되는 것이며, 청구법인이 부동산 임대업의 사업자로 사업자등록 신청을 한 날은 2007.6.14.로 확인되므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 등록전 매입세액에 해당되어 부가가치세법 제17조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 청구법인의 매입세액으로 공제하지 아니한 당초 천분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서상의 매입세액이 등록전 매입세액에 해당된다 하여 매입세액 공제를 부인한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정된 것) 제5조【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.

② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다. 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화 ․ 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호화 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(3) 부가가치세법시행령(2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정된 것) 제59조【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지는 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추과되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 제60조【매입세액의 범위】

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 비영리법인으로 수익사업을 영위하기 위하여 2007.6.14. 부동산 임대사업자로 사업자등록 신청을 하였고, 처분청은 2007.6.21. 개업연월일이 2007.4.30.로 기재된 사업자등록증을 교부하였음이 처분청의 전산자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점건물(오피스텔)과 관련된 매매계약서는 2건이 존재하는 바, 2007.3.30.자 “가계약”이라고 표시된 계약서는 청구법인의 본점인 재단법인 ○○○○○○○○○○ 연금재단이 청구외법인과 체결하였으나 중대한 하자로 인한 계약무효의 사유가 발생하여 폐기하였다는 계약서로, 동 매매계약서에는 계약금 지급일이 2007.4.2.로, 중도금 지급일이 2007.5.1.로, 잔금 지급일이 사용승인일로 기재되어 있고, 2007.4.30.자 “본계약”이라고 표시된 계약서는 청구법인이 청구외법인과 체결한 계약서로 쟁점세금계산서와 직접 관련된 계약서라고 주장하고 있는 바, 동 매매계약서상 대금지급조건은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점건물의 매매계약서상 대금지급조건 구 분 지급일자 비 율 금 액(원) 비 고 계약금 2007.4.30. 10% 1,680,000,000원 중도금 2007.5.2. 40% 6,720,000,000원 잔 금 사용승인일 50% 8,400,000,000원 합 계 100% 16,800,000,000원 부가가치세 포함

(3) 위 가계약과 관련하여 청구법인의 본점은 2007.4.2. 청구외법인에게 계약금 1,680백만원을 지급하고, 공급받는 자가 청구법인의 본점(○○○-○○-○○○)으로 기재된 세금계산서를 교부받았고, 2007.4.30.자로 청구법인이 청구외법인과 본계약을 체결하면서, 계약금 및 중도금 지급일자를 2007.4.30. 및 2007.5.2.로 변경하고, 청구법인의 본점은 청구외법인으로부터 위 계약금을 회수하여 청구외법인의 분양대금 대리사무신탁회사인 주식회사 ○○○○○○○의 ○○은행 계좌로 다시 이체하였으며, 2007.5.2. 중도금을 주식회사 ○○○○○○○의 계좌로 지급한 다음, 2007.4.30. 및 2007.5.2.자로 공급받는 자가 청구법인(○○○-○○-○○○○○)으로 기재된 세금계산서를 교부받았는 바, 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서의 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물의 매매와 관련된 세금계산서 발행내역 구 분 매매물건 작성연월일 공급가액 세 액 비 고 계약금 토지분 2007.4.30. 480,562,495

• 건물분 2007.4.30. 1,090,397,732 109,039,773 쟁점세금계산서 중도금 토지분 2007.5.2. 1,922,249,982

• 건물분 2007.5.2. 4,361,590,925 436,259,093 쟁점세금계산서

(4) 청구법인은 2007.7.25. 2007년 제1기분 부가가치세 신고를 하면서 청구외법인으로부터 교부받은 세금계산서 중 건물분 세금계산서인 쟁점세금계산서상의 쟁점매입세액을 조기환급대상 매입세액으로 신고하였고, 처분청은 쟁점매입세액이 등록전 매입세액에 해당된다고 보아 청구법인이 조기환급대상으로 신고한 것을 부인하고, 신고불성실가산세를 과세하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(5) 이에 대하여 청구법인은 2007.6.14. 사업자등록 신청을 하여 2007.6.21.자로 사업자등록증을 교부받았고, 쟁점세금계산서에 청구법인의 사업자등록번호가 기재된 점으로 보아 쟁점세금계산서는 청구법인이 2007.6.21. 이후에 교부받은 것이 분명한데도 처분청이 쟁점세금계산서에 기재된 세금계산서 작성일자(2007.4.30 및 2007.5.2)를 교부시기로 보아 쟁점매입세액을 등록전 매입세액으로 본 것이므로 부당하다는 취지의 주장을 하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제16조 에 의하면, 세금계산서는 같은법 제9조에서 정하는 재화의 공급시기에 교부하도록 되어 있고, 세금계산서 교부시에는 작성연월일을 필요적 기재사항으로 기재하도록 되어 있으므로 세금계산서에 작성일자가 기재되어 있는 경우, 그 세금계산서는 특별한 사정이 없는 한 그 작성일자를 교부시기로 보는 것이 타당하다고 할 것이다. (나) 또한, 같은법 시행령 제53조 제2항에 의하면, 세금계산서를 교부받는 자가 사업자가 아닌 경우에는 같은법 제16조 제1항 제2호의 등록번호에 갈음하여 같은법 시행령 제8조 제2항의 규정에 의하여 부여받은 고유번호나 공급받는 자의 주소 ․ 성명 및 주민등록번호를 기재하도록 되어 있고, 같은법 시행령 제59조에 의하면, 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 정정사유가 발생한 경우에는 같은법 21조의 규정에 의하여 과세관청이 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 수정세금계산서를 교부할 수 있도록 되어 있으며, 같은법 시행령 제60조 제8항 및 제9항에 의하면, 등록전 매입세액인지 여부는 등록신청일을 기준으로 판단하도록 되어 있다. (다) 이 건의 경우, 청구법인은 부가가치세법 제9조 제1항 에 규정하는 재화의 공급시기가 도래하기 전에 대가의 일부(계약금 및 중도금)를 지급하고 쟁점세금계산서를 교부받은 것이므로 같은조 제3항의 규정에 의하여 그 교부시기를 재화의 공급시기로 보아야 할 것이며, 쟁점세금계산서의 교부시기는 대가의 일부가 실제로 지급되었고, 쟁점세금계산서상에 작성연월일로 기재된 2007.4.30. 및 2007.5.2.로 보아야 할 것이므로 사업자등록 신청일(2007.6.14.)로부터 소급하여 20일 이전에 교부된 쟁점세금계산서상의 매입세액은 같은법 제17조 제2항 제5호의 등록전 매입세액에 해당된다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서사상의 매입세액을 공제하지 아니한 것은 다리 잘못이 없다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.