비록 청구법인이 사업의 정산이 이루어진 뒤에 명의인에게 특별부가세 일부를 지급한 경우라 하더라도 이는 청구법인이 명의인과 함께 사업을 공동으로 수행한 데 대한 자신의 귀속분을 부담한 것이라 할 것이므로, 특별부가세는 공동사업에서 발생한 법인세 비용으로서 손금불산입 항목에 해당함
비록 청구법인이 사업의 정산이 이루어진 뒤에 명의인에게 특별부가세 일부를 지급한 경우라 하더라도 이는 청구법인이 명의인과 함께 사업을 공동으로 수행한 데 대한 자신의 귀속분을 부담한 것이라 할 것이므로, 특별부가세는 공동사업에서 발생한 법인세 비용으로서 손금불산입 항목에 해당함
심판청구를 기각합니다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 ○○○은 ○○동 및 ○○동 사업을 공동시행 하기로 협약하면서 청구법인은 공사시공을 ○○○은 공사시행을 담당하기로 하였으며, 동 사업과 관련된 토지와 건물의 취득 및 분양을 모두 ○○○ 명의로 하였고, 이에 따라 청구법인과 ○○○ 간에 건축공사 도급에 관한 계약을 체결하고 청구법인은 ○○○으로부터 공사진척도에 따라 공사대금(기성금)을 지급받았다.
(2) ○○○은 청구법인에게 지급한 공사대금을 전액 공사원가로 계상하였고 청구법인은 동 금액을 전액 공사수입으로 계상하였으며, ○○○세무서장도 ○○○에게 특별부가세를 부과하면서 이러한 회계처리를 인정하고 ○○○이 청구법인에게 지급한 공사대금을 공사원가로 반영하여 양도차익을 계산하였으며, 특별부가세도 전액 ○○○에게 부과하였다. 이와 같이 ○○○세무서장은 청구법인과 ○○○이 ○○○동 및 ○○○동 사업을 공동시행 한 것으로 보지 아니하고 ○○○이 공사시행을 담당하고 청구법인이 공사시공을 담당하는 형태의 사업으로 판단하여 ○○○에게 특별부가세를 부과한 것으로 보인다.
(3) 한편, 청구법인과 ○○○ 간에는 공동사업협약서에 사업과 관련된 제세공과금을 사업원가에 포함하도록 명시되어 있지만, 양 회사가 당초 공동사업에 대한 정산시 특별부가세가 과세될 것으로 인지하였더라면 이익분배의 기초가 되는 사업이익 자체가 감소하였을 것이며, 이 경우 청구법인이 ○○○으로부터 지급받은 공사대금 또한 감소되었을 것이며 이에 따라 청구법인은 ○○○ 명의로 부과된 특별부가세를 분담할 수 밖에 없었다. 또한, 법원도 특별부가세 부과금액이 공동사업협약상의 제세공과금에 해당한다는 점을 인정하였기에 ○○○이 청구법인에게 특별부가세의 분담을 요구하면서 신청한 청구법인의 재산에 대한 가압류신청을 받아들인 것이다. 그러므로, 청구법인이 ○○○에게 부과된 특별부가세를 분담한 것은 공동사업협약서상 공동사업의 원가에 해당하는 비용이 당초 정산시 누락되어 공사대금을 과다하게 수령하였다가 차후에 해당비용이 발생되어 과다하게 지급받은 공사대금을 환불한 것이므로, 이는 공사수익의 감소에 해당한다.
(4) 아울러, 처분청은 청구법인과 ○○○이 ○○○동 및 ○○○동 사업을 공동시행 한 것으로 보아 청구법인이 ○○○에게 부과된 특별부가세를 분담한 것으로 보았지만, 청구법인과 ○○○은 시공사와 시행사의 관계이며, 동 사업에서 발생되는 이익금액의 크기에 따라 청구법인의 공사대금이 변동되는 조건의 도급공사 계약을 체결한 것이며 또한, 특별부가세 분담금액은 공동사업협약서상 공동사업의 원가에 해당하는 비용이 당초 정산시 누락되어 공사대금을 과다하게 수령하였다가 차후에 해당비용이 발생됨에 따라 과다하게 지급받은 공사대금을 환불한 것이므로, 이는 공사수익의 감소에 해당한다. 따라서 처분청이 특별부가세 분담금액을 법인세 납부금액으로 본 것은 부당하다.
(5) 한편, ○○○지방국세청장은 청구법인이 제기한 이의신청에 대한 결정에서 청구법인과 ○○○의 관계가 실질적으로 시공사와 시행사의 관계에 해당함에도 불구하고 처분청이 양사가 공동시행자임을 전제로 하여 청구법인이 분담한 특별부가세를 법인세로 본 것은 잘못이라고 판단하면서 특별부가세 분담금액이 ○○○동과 ○○○동 사업에 대한 정산이 완료된 후에 지급된 것이므로 이를 비지정기부금으로 보아 손금불산입하여야 한다고 판단하였지만, 기부금은 특수관계자 외의 자에게 법인의 사업과 직접 관계 없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액을 말하는 것이나 이 건 특별부가세 분담금액은 당초 정산시 과다하게 지급받은 공사대금을 환불한 성격이기 때문에 사업과 직접 관련이 있을 뿐만 아니라 무상으로 지출된 것도 아니다. 만약, 특별부가세 분담금액이 공동사업협약서상에 청구법인이 부담하지 않아도 될 성격의 금액이었다면 청구법인은 이를 지급하지도 않았을 것이며, 또한, 법원도 특별부가세의 분담을 요구하며 ○○○이 신청한 청구법인의 부동산에 대한 가압류신청을 받아들이지 않았을 것이다. 따라서, 청구법인이 분담한 특별부가세는 공동사업협약서에 제시된 공동원가가 당초 정산시 누락되어 청구법인이 공사대금을 과다하게 수령하였다가 차후에 해당비용이 발생되어 과다하게 지급받은 공사대금을 환불한 것이므로, 이는 공사대금(공사수입)의 감소로 손금에 해당한다.
(1) 청구법인이 제출한 건축공사표준계약서(공사시행자 ○○○, 공사 시공자 청구법인)와 공동사업협약서를 보면, 청구법인이 ○○○으로부터 건축공사를 도급받고 이익분배, 분양 및 임대, 분양대금 및 자금집행 등을 ○○○과 협약한 것으로 나타나므로, 청구법인과 ○○○은 공동사업자라기보다는 공사시공사와 공사시행사의 관계로 보인다.
(2) 한편, ○○○은 청구법인과 ○○○의 합의하에 부담하기로 한 특별부가세 부담액 479,220천원에 대해서만 법인세추납액으로 하여 손금불산입한 것으로 나타나므로, ○○○이 2003사업연도 소득금액 계산시 ○○○이 청구법인으로부터 지급받은 쟁점금액에 대하여 익금산입하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인이 ○○○동 및 ○○○동 사업이 이미 종료 된 이후인 2003년 6월에 ○○○에게 지급한 특별부가세는 비지정기부금으로서 전액 손금불산입 항목에 해당한다.
○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】
① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 법인세법 제21조 【제세공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 각 사업년도에 납부하였거나 납부할 법인세(괄호생략) 또는 소득할주민세와 각 세법에 규정된 의무불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(괄호생략) (이하생략)
○ 법인세법 제24조 【기부금의 손금불산입】
① 내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 사업년도의 소득금액(괄호생략)
2. 제2항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금의 합계액
○ 법인세법 제99조 【과세표준】
① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
1. 토지(괄호생략)
2. 건물(괄호생략)
○ 국세기본법 제14조 【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 심리자료로 제출된 ○○○동 사업의 토지(대 2,599㎡) 등기부등본에는 ○○○이 1997.7.1. 토지에 대한 소유권을 취득한 후 1999.7.19. 청구법인에게 지분 1/10을 이전하였으며, 건물의 등기부등본에는 위 토지 위에 ‘○○○’ 건물(지하 4, 지상 8층 근린생활시설 및 공동주택, 9,996.34㎡)이 건축되어 1999.7.23. ○○○ 명의로 소유권보전등기 하였음이 나타난다. 또한, ○○○동 사업의 토지(대 1,623.20㎡) 등기부등본에는 ○○○이 1998.5.15. 토지에 대한 소유권을 취득하였으며, 건물의 등기부등본에는 위 토지 위에 '○○○'건물(지하 6, 지상 9층 업무 및 근린생활시설, 11,728.65㎡)이 건축되어 2000.11.1. ○○○ 명의로 소유권보전등기 하였음이 나타난다.
(2) 청구법인과 ○○○이 체결한 협약서(일자미상)에는 양 회사가 ○○○특별시 송파구 ‘○○○동 복합변전소 분양사업’(공사기간; 1997.2.3.∼1999.6.30.)과 ○○○특별시 ‘○○○동 교대 복합변전소 복합건물 분양 사업’(공사기간 1998.3.12.∼2001.12.31.)을 공동시행 하기로 하면서 청구법인은 ○○○동 사업의 이익중 60%, ○○○동 사업의 이익중 50%를 분배받기로 하였고, 공동사업과 관련된 모든 제세공과금에 대해서는 공통비용으로 계산하고 이익배분으로 발생되는 세금은 이익의 귀속자가 각각 부담하기로 하였으며, 양 회사는 공사시공을 위해 공사도급 계약을 체결한 것으로 나타난다.
(3) 청구법인과 ○○○이 체결한 건축공사표준계약서(1997.5.23., 2000.10.14.)에는 건축주는 ○○○, 시공자는 청구법인으로 기재되어 있으며, ○○○동 사업의 공사도급 계약금액(공급가액)은 130억원상당, ○○○동 사업의 공사도급 계약금액은 137억원상당으로 나타난다.
(4) 처분청이 제출한 심리자료에는 ○○○세무서장이 2003.6.2. ○○○에게 ○○
○동 및 ○○○동 사업과 관련하여 1999～2001사업연도 특별부가세 1,487,055,397원(주민세 148,705,540원 제외)을 고지한 것으로 나타난다.
(5) 청구법인은 2003.4.12. ○○○이 청구법인에게 특별부가세 분담요청을 한 데에 대하여 ○○○동 및 ○○○동 사업의 최종 정산시점에서는 양사가 특별부가세 과세여부를 인지하지 못한 상황에서 이익분배를 하였으므로 당초 협약취지에 따라 특별부가세 비용은 공통으로 계산되어야 한다고 의견을 제시하여 청구법인과 ○○○은 2003.6.4. ○○○세무서장이 부과한 특별부가세에 대하여 청구법인이 ○○○동 사업은 5/9를, ○○○동 사업은 1/2를 부담하기로 합의하여 2003.7.2., 2003.10.2. 두 차례 걸쳐 ○○○에게 특별부가세 1,159,730,122원을 지급한 것으로 나타난다.
(6) 처분청이 제출한 심리자료에는 ○○○이 2003사업연도 소득금액 계산시 ○○○세무서장이 부과한 특별부가세 1,635,760,937원(주민세 포함)중 자신이 부담한 479,220,977원(주민세 포함)만 법인세추납액으로 하여 이를 손금불산입한 것으로 나타난다.
(7) 이를 바탕으로, 청구법인이 ○○○ 명의로 부과된 ○○○동 및 ○○○동 사업의 토지 및 건물에 대한 특별부가세 일부를 부담한 데 대해 처분청이 이를 법인세 비용 또는 업무와 관련없는 비지정기부금으로 보아 손금불산입 하여 법인세를 부과한 처분이 타당한지를 살펴본다. (가) 법인세법 제19조 및 제21조에서는 각 사업연도 소득금액 계산시 법인의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적이거나 수익과 직접 관련된 것은 손금으로 한다고 규정하면서 이 중 법인세(특별부가세는 법인에게 부과되므로 여기에 포함된다)는 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. (나) 이 건의 경우, 사실관계에서 보았듯이 청구법인과 ○○○은 ○○○동 및 ○○○동 분양사업을 공동으로 수행하기 위하여 공동사업협약서를 체결하였음이 나타나고, 별지 <표1>과 같이 공동사업을 수행하면서 청구법인은 공사시공자로서 사업시행에 관한 인․허가 및 분양책임을 맡고, ○○○은 사업부지 취득을 위한 자금을 조달하여 분담함에 따라 공동사업과 관련된 토지 및 건물에 대한 소유주로 등재되었음이 확인된다. (다) ○○○세무서장은 ○○○동 및 ○○○동 사업의 토지 및 건물에 대한 특별부가세를 그 소유자인 ○○○에게 부과하였으며, ○○○은 자신에게 부과된 특별부가세에 대하여 공동사업협약서에 기재된 바와 같이 사업과 관련된 제세공과금에 해당된다 하여 청구법인에게 특별부가세 분담을 요청하였으며, 청구법인은 2003.4.12. 특별부가세는 ○○○동 및 ○○○동 사업의 공통비용에 해당한다고 회신함에 따라 청구법인과 ○○○은 2003.6.4. 청구법인이 ○○○동 사업은 5/9를, ○○○동 사업은 1/2를 부담하기로 합의하여 청구법인이 2003.7.2., 2003.10.2. 두 차례에 걸쳐 특별부가세 명목으로 ○○○에게 1,159,730,122원을 지급한 것으로 나타난다. (라) 그렇다면, 비록 청구법인이 ○○○동 및 ○○○동 사업의 정산이 이루어진 뒤에 ○○○에게 특별부가세 일부를 지급한 경우라 하더라도 이는 청구법인이 ○○○과 함께 ○○○동 및 ○○○동 사업을 공동으로 수행한 데 대한 자신의 귀속분을 부담한 것이라 할 것이므로, 청구법인이 ○○○에게 지급한 특별부가세는 공동사업에서 발생한 법인세 비용으로서 손금불산입 항목에 해당한다(한편, ○○○지방국세청장은 이의신청결정시 청구법인이 부담한 특별부가세를 업무와 관련없는 비지정기부금으로 보았지만 이는 이 건 심리결과에 영향을 미치지 아니하므로 이에 대한 심리는 생략한다). (마) 따라서, 처분청이 청구법인의 2003사업연도 소득금액 계산시 청구법인이 부담한 특별부가세를 법인세 비용으로 보아 손금불산입 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] <표1>
○○○동 사업의 협약서 8조(역할분담)에 나타난 주요내용 과 업 내 용 역 활 분 담 토지구입등 자금조달
○○○ 토지의 등록, 취득 및 세부담 설계 및 감리자 선정 및 집행 청구법인 사업시행인 허가 한전과 사업시행 계약체결
○○○ 건설공사 시공자 이연건설 일반분양분의 분양책임 한전분양분의 분양책임 분양수입금의 관리 및 집행
○○○, 청구법인 준공처리 및 하자보수 청구법인
결정 내용은 붙임과 같습니다.