거래처가 자료상으로 고발되었다하여 가공세금계산서로 본 처분은 부당함

○○세무서장이 2007.11.5. 청구법인에게 한 2002년 제1기 부가가치세 9,163,120원과 2002사업연도 법인세 12,844,500원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1998.5.16.부터 ○○시 ○○구 ○○로 0가 00-000 ○○○○버스터미널 0층 00-0에서 컴퓨터 및 주변기기를 도․소매하는 사업자로 2002.6.26. 주식회사 ○○○○○○(대표이사 이○○, 이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 컴퓨터 및 주변기기 등을 매입한 것으로 되어 있는 공급가액 40,500,000원의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련매입세액을 매출세액에서 공제하고, 법인세 신고시 쟁점세금계산서 상당액을 손금으로 산입하여 신고하였다. 청구외법인의 관할세무서장인 ○○○세무서장이 청구외법인에 대한 세무조사 과정에서 쟁점세금계산서에 대하여 거래사실 여부를 청구법인에게 소명하도록 권유하였으나, 이에 대한 소명이 없어 쟁점세금계산서를 자료상 혐의자료로 처분청에 통보함에 따라 처분청은 쟁점세금계산서를 자료상이 교부한 가공세금계산서로 보아 관련매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 법인소득금액 계산시 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입하여 2007.11.5. 청구법인에게 2002년 제1기 부가가치세 9,163,120원과 2002사업연도 법인세 12,844,500원을 각각 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.1.14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 2002.6.26. 청구외법인으로부터 컴퓨터 및 주변기기 등 73개를 구입하고, 그 다음날인 2002.6.27. 당시 경리직원으로 근무하였던 노○○의 외환은행 계좌를 통하여 구입대금 44,550,000원(부가가치세 포함)을 청구외법인의 기업은행 계좌에 PC뱅킹으로 지급한 사실이 예금거래명세서 등에 의하여 객관적으로 확인되고 있음에도 처분청은 청구외법인 및 대표이사 이○○이 자료상 혐의자로 고발되었다는 이유로 쟁점세금계산서를 가공가공세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구외법인과 동 법인의 대표이사 이

○○ 이 자료상으로 고발되었고, 청구법인의 경리직원인 노

○○ 의 통장에서 출금된 금액이 청구외법인의 통장으로 입금되었는지가 불분명하며, 쟁점세금계산서를 교부받아 구입한 컴퓨터 및 주변기기들이 매출되었는지 여부에 대한 객관적인 증빙서류의 제출이 없으므로 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 자료상 혐의자로 고발된 사업자로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서라 하여 관련 매입세액을 불공제하고, 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. (생 략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. ∼ 5. (생 략)

③ ∼ ⑥ (생 략)

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

2. ∼ 17. (생 략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구외법인으로부터 정상적으로 컴퓨터 및 주변기기를 매입하고 쟁점세금계산서를 교부받았음에도 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서, 청구법인의 기업은행 및 한국외환은행 통장사본, 경리직원이었던 노○○ 명의의 한국외환은행 저축예금 거래명세서, 한국외한은행 ○○전자상가 지점에서 발급한 계좌이체증명서, 세금계산서 및 신용카드매출전표 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 청구법인의 기업은행 및 한국외환은행 통장사본, 경리직원이었던 노○○의 한국외환은행 저축예금 거래명세서 및 한국외한은행 ○○전자상가 지점에서 발급한 계좌이체증명서를 살펴보면, 2002.6.27. 청구법인의 기업은행 예금계좌(번호 ,**--)에서 11,500,000원, 한국외환은행 예금계좌(번호 ---)에서 19,000,000원이 각각 인출되어 당시 경리직원이었던 노○○의 한국외환은행 예금계좌(번호 ---)에 각각 입금된 후, 같은 날에 쟁점세금계산서의 공급가액과 부가가치세의 합계액인 44,550,000원이 인출되어 청구외법인의 농협 예금계좌(번호 *****)로 입금된 것으로 되어 있다. 또한, 쟁점세금계산서의 거래품목인 컴퓨터 및 주변기기 등을 매출하였다는 매출세금계산서 및 신용카드매출전표 등에는 2002.6.28. 주식회사 ○○○○○○에게 컴퓨터 주변기기 1,980,000원을 비롯하여 2002.9.6. 주식회사 ○○○○에게 컴퓨터 주변기기 12,300,000원 등 48,984,000원 상당액에 매출한 것으로 되어 있다.

(2) 한편, ○○○세무서장이 2006년 12월 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인에 대한 조사내용을 보면, 청구외법인 및 동 법인의 대표이사 이○○은 검찰조사에 의하여 2003.12.30. 자료상 혐의자로 이미 고발된 후 청구외법인은 폐업한 상태이며, 2000년 제1기부터 2002년 제2기까지 3년간 신고한 매출액 157,676,565천원중 실물거래없는 가공매출액은 38,361,663천원으로 매출액 대비 24.3%가 실물거래없는 가공매출로 조사되어 있고, 쟁점세금계산서의 교부일이 속하는 2002년 제1기의 경우 신고한 매출액 31,175,486천원중 실물거래없는 가공매출액은 12,897,027천원으로 매출액 대비 41.3%가 가공매출로 조사되어 있다.

(3) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 거래대금 지급여부 등 거래사실에 대한 구체적인 사실관계 확인도 없이 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인이 자료상으로 고발되었다하여 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세하였으나, 쟁점세금계산서를 교부한 청구외법인 및 동 법인의 대표이사 이○○이 비록 자료상 협의자로 고발되었다 하더라도, 쟁점세금계산서의 교부일이 속하는 2002년 제1기 과세기간중 가공세금계산서의 발행비율이 41.3%로 동 과세기간의 세금계산서 전부가 가공세금계산서인 것은 아니고, 2002.6.26. 청구법인이 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서 거래품목인 컴퓨터 및 주변기기를 매입한 후에 2006.6.27. 거래대금 44,550,000원을 청구외법인에게 지급한 사실 및 매출한 사실이 청구법인의 경리직원이었던 노○○의 한국외환은행 저축예금 거래명세서 및 한국외한은행 ○○전자상가 지점에서 발급한 계좌이체증명서, 매출세금계산서 및 신용카드매출전표 등에 의하여 확인되는 점 등으로 보아 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서로 보여진다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하고, 쟁점세금계산서 상당액을 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.