1세대 1주택 양도소득세 비과세를 배제하고 동일한 내용의 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1999.10.20. OOOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOO 면적 59.94㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.9.29. 양도하고 배우자 소유의 OOO OOO OOO OOO OOOOOO OO OOOO 면적 52.561㎡(이하 “멸실주택”이라 하고, 관련 조합원입주권을 “쟁점입주권”이라 한다)를 포함하여 1세대 2주택에 해당한다고 보아 2006년 귀속 양도소득세 9,176,300원을 신고·납부하였다가, 2006.11.29. 쟁점입주권은 주택 수에서 제외되어 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 보아 기 납부한 위 양도소득세를 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 2005.5.30. 이전에 주택재건축 사업시행인가를 받고, 2006.1.1. 이후 관리처분계획인가를 받은 조합원입주권(쟁점입주권)은 주택 수에 포함된다 하여 1세대 2주택에 해당한다고 보아 2007.12.28. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2008.1.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 재건축주택에 대한 세법상의입주권 변환시기가 2005.5.30. 이전에는 사업시행인가일,2005.5.31. 이후에는 관리처분계획인가일이므로, 2005.5.30. 이전인 2005.5.19.에 사업시행인가를 받은 멸실주택은 사업시행인가일에 입주권으로 변환되어 개정 소득세법 제89조를 적용하는 것이 아니라 종전 규정을 적용하여야 하고, 그럴 경우 쟁점입주권은 주택 수에서 제외되므로 결국 쟁점주택의 양도는 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하여 청구인이 기 납부한 양도소득세를 환급하여 줄 것을 경정청구한 데 대하여 이를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 도시및주거환경정비법에 따른 재건축사업으로 2005.5.30. 이전에 사업시행인가를 받고 2006.1.1. 이후 관리처분계획의 인가로 취득한 입주자로 선정된 지위는 개정 소득세법 제89조에 따라 주택 수에 포함되는 것이므로 당해 입주권을 포함하여 2주택을 소유한 청구인 세대가 양도한 쟁점주택은 1세대 2주택의 양도에 해당하여 1세대 1주택으로 보아 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점주택 양도일 현재 청구인의 배우자가 주택입주권(2005.5.30. 이전에 사업시행인가를 받고 2006.1.1. 이후 관리처분계획인가를 받음)을 보유하고 있다 하여 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세를 배제하고 동일한 내용의 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1) 소득세법(2005.12.31., 법률 제7837호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. 3.대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 주택부수토지 라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 조합원입주권 이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 부 칙(2005.12.31. 법률 제7837호) 제3조【양도소득세에 관한 일반적 적용례】이 법 중양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】①제89조 제2항및 제104조 제1항의 개정규정은2006년 1월 1일 이후 최초로 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

(3) 소득세법시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 1세대 라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정 고시된 분당 일산 평촌 산본 중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

(4) 구 소득세법시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정되기 전의 것) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(주택재개발사업의 경우 동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일, 주택재건축사업의 경우 동법 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일이나 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

(5) 소득세법시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】(2005.5.31. 대통령령 제18850호로 개정된 것) ⑯ 도시 및 주거환경정비법에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(동법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 그 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일 현재 제154조 제1항의 규정에 해당하는 기존주택을 소유하는 자에 한한다)이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이에 부수되는 토지를 포함한다)를 양도하는 경우 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 불구하고 이를 제154조 제1항의 규정에 의한 1세대 1주택으로 본다.

(6) 부칙(2005.5.31. 대통령령 제18850호) ① 【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다.

④ 【주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관한 경과조치】 이 영 시행 전에도시 및 주거환경정비법에 의하여 사업시행인가를 받은 주택재건축사업의 조합원에 대한 1세대 1주택 특례적용 및 양도차익의 산정에 관하여는 제155조 및 제166조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 배우자 박OO이 2004.6.28. 취득한 멸실주택은 소득세법시행령 제155조 제16항이 개정(2005.5.31. 대통령령 제18850호)되기 이전인 2005.5.19.에 주택재건축사업 사업시행인가를 받고, 소득세법 제89조 제2항이 개정(2005.12.31. 법률 제7837호)된 이후인 2006.6.29.에 관리처분계획인가를 받았으며, 청구인은 멸실주택의 관리처분계획인가일 이후인 2006.9.29.에 자기소유의 쟁점주택을 양도하였음이 처분청 제시자료에 나타난다.

(2) 청구인은 소득세법 제89조 제2항과 소득세법시행령 제155조 제16항을 연관시켜 멸실주택이 2005.5.30. 이전에 주택재건축 사업시행인가를 받은 바 있어 그 때에 쟁점입주권으로 변환되었고, 그에 따라 2006.1.1. 이후 쟁점주택을 양도할 당시에는 주택 수에 포함되지 아니하므로 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상임을 주장한다.

(3) 그러나, 2005.12.31. 신설된 소득세법 제89조 제2항은 1주택입주권과 1주택을 보유한 자가 주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 양도소득세 비과세규정을 적용하지 않는다는 규정으로서, 주택입주권을 주택으로 볼 것인지 여부에 관한 규정인 반면, 소득세법시행령 제155조 제16항은 주택재건축사업의 주택입주권 변환시기에 관하여 2005.5.31. 개정일을 기준으로 종전 사업시행인가일에서 관리처분계획인가일로 보고, 그 주택입주권의 양도에 대하여 다른 주택이 없을 경우 1세대 1주택으로 의제하는 규정으로서, 동 규정은 종전에 주택입주권에 대하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용하지 않다가 이를 적용하면서 주택입주권의 변환시기에 관하여 규정한 것이므로 양 규정은 그 입법취지가 다르다고 할 수 있다.

(4) 따라서, 소득세법 제89조 제2항이 시행된 2006.1.1. 이후에 도시및주거환경정비법에 따른 주택재건축사업 관리처분계획인가를 받은 주택입주권과 다른 주택을 보유한 세대가 주택을 양도하는 경우에는 소득세법시행령 제155조 제16항의 규정을 연관시켜 해석할 것은 아니라고 할 것이다. 청구인의 경우, 소득세법 제89조 제2항에서 정하는 바와 같이 2006.1.1. 이후에 멸실주택의 관리처분계획인가를 받고, 1주택으로 보는 쟁점입주권을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우에 해당하므로 처분청이 쟁점주택의 양도를 1세대 1주택 양도소득세 비과세 대상이 아니라고 보아 청구인의 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.